쟁점거래를 운송용역으로 보아 쟁점세금계산서 관련 매입 및 매출을 부인하고, 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있음

OOO세무서장이 2012.1.4. 및 2012.3.5. 청구법인에게 한 부가가치세 2006년 2기분 OOO원, 2007년 1기분 OOO원, 2007년 2기분 OOO원, 2008년 1기분 OOO원, 2008년 2기분 OOO원, 2009년 1기분 OOO원, 2009년 2기분 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 이를 각하한다.

• 가. 청구법인은 계면활성제 등 제조업을 영위하는 법인으로 2006년 2기부터 2009년 2기까지 부가가치세 과세기간에 특수관계법인인 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 청구법인 OOO으로부터 원재료(Ethylene Oxide)OOO원 상당을 매입한 후 이를 청구법인 OOO에 공급(이하 “쟁점거래”라 한다)한 후 관련 매입·매출 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서"라 한다)를 수수하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. OO지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 쟁점거래는 재화의 공급이 아니라 원재료를 청구법인의 OOO에서 OOO으로 운송한 운송용역에 해당하는 것으로 보아 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 2012.1.4. 및 2012.3.5. 쟁점세금계산서 관련 매입 및 매출을 부인하고 세금계산서불성실가산세 OOO원(2006년 2기 OOO원, 2007년 1기 OOO원, 2007년 2기 OOO원, 2008년 1기 OOO원, 2008년 2기 OOO원, 2009년 1기OOO원, 2009년 2기 OOO원)을 부과하여 청구법인에게 부가가치세 OOO원(2006년 2기 OOO원, 2007년 1기OOO원, 2007년 2기 OOO원, 2008년 1기OOO원, 2008년2기 OOO원, 2009년 1기 OOO원, 2009년 2기 OOO원)을 경정고지하고, 세금계산서 교부 및 수취위반에 대하여조세범처벌절차법제15조 제1항에 의하여 벌금 OOO원을 통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 화물자동차 운수사업법에 따르면 ‘자가용 화물자동차’는 유상으로 운송용역을 제공하는 것이 금지되어 있어 원재료에 대한 운송용역을 제공하기 위해서는 탱크로리를 운송사업 차량으로 보유하고 있어야 하나 청구법인은 탱크로리가 없고 OOO이 자가용화물자동차로 탱크로리를 보유하고 있어, 화물자동차 운수사업법과 시장의 여건에 의하여 OOO에서 OOO으로 원재료를 공급하기 위해서 OOO에 원재료를 판매한 후 다시 매입하는 거래를 하였는바, 이는 특수한 시장여건을 고려하여 청구법인과 OOO 당사자간의 자유의사에 따라 결정된 정상적인 거래이며, OOO은 원재료를 이전 받은 후에는 재화의 멸실 또는 훼손 등으로 인한 손해, 즉 재화의 보유에 따른 위험을 부담하게 되는 바, 자사의 부담으로 보험을 가입하고 있으며 OOO으로부터 구입한 원재료를 OOO에 재판매함으로써 ㎏당 OOO원의 판매차익을 얻을 수 있으며 당해 금액에는 운송용역에 대한 대가뿐만 아니라 재화 보유에 따라 부담해야 하는 위험에 대한 보상이 포함되어 있다고 보아야 하므로 회사와 OOO과의 동 거래를 통해 원재료 보유에 따른 모든 효익과 위험이 OOO로 이전되었으며 부가가치세법상 과세거래인 재화의 공급에 해당하는 것이므로 이 건 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분 및 벌금 통고한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 OOO에서 OOO을 통한 OOO으로의 원재료 거래와 관련된 매출 및 매입세금계산서는 원재료 부족분에 대한 동일 법인내의 재고이동으로 OOO은 운송용역 외에 별도의 부가가치를 창출하지 않으므로 부가가치세법 제6조 재화의 공급에 해당되지 않아 당초 발행 및 수취된 세금계산서는 운반비를 초과한 금액에 대해서는 잘못 발행된 세금계산서에 해당하므로 이 건 부과처분은 적법하고, ① 청구법인과 특수관계법인인 OOO이 화물자동차 운수사업법 위반 내용을 합법화하기 위한 수단으로 세금계산서를 발행한 것을 가지고 당해 재고이동과 관련된 거래가 재화의 공급인지 아닌지를 판단하는 논거로 삼을 수 없다는 점, ② 청구법인이 OOO의 원재료를 OOO을 통해 OOO으로 이동시킨 것은 OOO의 원재료 부족을 보충하기 위한 일시적인 공장간 재고 이동에 지나지 않는 다는 점, ③ OOO의 보험가입 내용은 당해 쟁점거래와는 별개의 OOO의 일반적인 운송용역에 대한 보험가입 내용으로 오히려 이 사건 쟁점거래가 용역의 제공이라는 증거가 된다는 점, ④ 청구법인의 OOO에서 OOO로 재고이동시에는 별도 판매이익이 없다가 OOO이 청구법인의 OOO으로 재고 이동을 하여 운송용역을 종결했을 때 운반비만 계산한 점, ⑤ 청구법인 OOO에서 OOO로 발행된 세금계산서를 보면,원재료(EO) 재고이동(OO→OO)으로 표시되어 있으며 OOO에서 청구법인 OOO으로 발행된 세금계산서 발행내역 상 품목은원재료(EO) 재고이동으로 표시되어 있다는 점, ⑥ 원재료 재고이동으로 인한 당해 거래에 대해 청구법인도 2010년 7월부터 운반비로 계상하여 법인 장부상에서도 법인의 수입금액이 아닌 단순 운송용역이었음을 스스로인정하고 있다는 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 이 사건 쟁점거래를정상적인 재화의 공급으로 전제하고 주장한 것은 이유가 없으므로 운송용역으로 보아 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점거래를 운송용역으로 보아 세금계산서불성실가산세를 부과하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) OO지방국세청장이 청구법인에 대하여 2008사업연도 법인세 통합조사를 실시(2011.11.4. ∼ 2011.12.19.)한 결과, 청구법인 OOO이 2006.7.31.부터 2008.3.3.1까지 주식회사 OOO에게, 2008.4.30.부터 2009.10.30.까지는 특수관계 법인인 OOO에게 원재료(Ethylene Oxide)를 공급하면, 청구법인 OOO이 이를 다시 매입(쟁점거래)하였는바, 청구법인의 본점(OOO) 및 OOO의 판매대리점인 OOO로부터 육상운송을 통하여 원재료를 공급받고 있으며, OOO은 주식회사 OOO로부터 파이프라인을 통해 직접 공급받고 있으며, OOO의 원재료가 부족할 때에는 OOO에서 재고로 보관하고 있는 원재료를 OOO의 차량을 이용하여 공급받은 것으로 되어 있다. 처분청은 쟁점거래에 대하여 운송용역에 해당하는 것으로 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 그근거를 보면 다음과 같다. (가)청구법인의 OOO에서 OOO로 세금계산서 발행한 금액은 주식회사 OOO로부터 구매한 금액(구매단가 × 공급수량)을 그대로 책정하여 별도의 판매이익을 계상하지 않았으며, OOO에서 OOO로부터 세금계산서 수취시 금액은 OOO의 구매 대금에 별도로 운반비 OOO원/㎏(2006년 1기부터 2007년 1기까지는 OOO원, 2007년 2기부터 2009년 2기까지는 OOO원)을 추가하여 계산한 것으로 나타나고, 청구법인의 부사장 박OOO과 문답한 내용을 기재한 전말서(2012.2.24.)에서도 확인되고 있다. 한편, 2010년 이후에 쟁점거래와 같은 유형의 거래가 4회 있었는데, 당시 OOO은 매출세금계산서를 발행하지 아니하였고, OOO이 OOO에 발행한 세금계산서에는 원재료 ㎏당 OOO원을 공급가액으로 하여 발행한 것으로 나타난다(품목란에는 원재료 재고이동으로 기재되어 있음). (나)청구법인의 결의전표에 의하면, 법인 장부상 당해 거래는 동일날짜에 계상되었으며 매출 및 매입거래로는 계상하지 않고 차액에 대해서만 운반비로 회계처리하였으며, (다) 청구법인이 2007～2009사업연도 법인세 신고시 제출한 조정후 수입금액명세서의 ‘부가가치세 과세표준과 수입금액 차액 검토표’를 보면, OOO의 매출세금계산서에 발행분에 대하여는 부가가치세 과세표준으로 신고하였으나, 법인세 신고시에는 매출세금계산서상의 금액을 수입금액에서 제외한 후, 차이내역을 ‘재고이동’으로 처리하였음이 확인되고, 2010사업연도에는 원재료의 재고이동과 관련한 수입금액 조정내역이 없는 것으로 확인된다. (라) OOO이 2008～2010사업연도 수입금액에 대하여 법인세 신고한 내역은 다음 표와 같다.

(2) 청구법인은 다음과 같은 이유로 쟁점거래에 대하여 불성실세금계산서가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하면서 청구법인이 주식회사 OOO과 체결한 물품매매 계약서(2006.2.1.)와 영업배상책임 및 가스배상책임 보험가입증서 등을 제시하고 있다. (가) 화물자동차 운수사업법에 따르면 ‘자가용 화물자동차’는 유상으로 운송용역을 제공하는 것이 금지되어 있어 원재료에 대한 운송용역을 제공하기 위해서는 탱크로리를 운송사업 차량으로 보유하고 있어야 하는데, 청구법인 이를 보유하고 있지 아니하나, OOO이 자가용화물자동차로 탱크로리를 보유하고 있어, 화물자동차 운수사업법과 시장의 여건에 의하여 OOO에서 OOO으로 원재료를 공급하기 위해서 OOO에 원재료를 판매한 후 다시 매입하는 거래를 한 것으로 이는 특수한 시장여건을 고려하여 청구법인과 OOO 당사자간의 자유의사에 따라 결정된 계약에 따른 것이므로 정상 거래이다. (나) 특수관계 법인인 OOO을 통한 공장간 EO 이동은 회사가 OOO에 재화 판매 후 재구매한 행위로 당사자간의 합의에 따라 자금거래의 편의상 그 차액만 수수한 것으로 정당하게 대가를 수수한 재화의 공급에 해당되는바, OOO이 유통과정에서 발생할 수 있는 상품의 손해에 대하여 동 법인의 부담으로 보험에 가입하였으며, (다)세금계산서를 발행하여 수입금액이 발생하였더라도 기업회계나 법인세법에 따른 매출에 해당하지 않는 경우 법인세 신고시 사업자의 매출액과 부가가치세과세표준의 차이내역을 신고하도록 되어 있다. (라)청구법인은 쟁점거래와 관련하여 회계감사인의 의견을 존중하여 매출액을 계상하지 않았던 것이며, 이에 따라 법인세 신고시에도 조정후수입금액명세서 상에 쟁점거래와 관련된 부가가치세과세표준을 수입금액 제외하였다.

(3) 살피건대, ① 청구법인이 주식회사 OOO과 물품매매 계약을 체결하고 계약서에 따라 거래한 점, ② 관련법령에는 화공제품인 원재료를 운송하려면 운송차량을 보유한 원재료 판매회사인 OOO 등을 이용할 수밖에 없는 점, ③ 청구법인은 불가피하게 매입 및 매출 형식의 거래를 선택한 것으로 조세회피 등의 사실이 없는 점 등을 감안할 때 쟁점거래를 운송용역으로 보아 쟁점세금계산서 관련 매입 및 매출을 부인하고, 세금계산서불성실가산세를 부과하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 한편, 청구법인은 통고처분에 대하여도 불복청구를 제기하였으나,국세기본법제55조 제5항 제2호에서조세범처벌절차법에 따른 통고처분은 불복청구의 대상이 아닌 것으로 규정하고 있으므로 이에 대한 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 일부는 부적법하고 나머지는 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.