공유수면매립지에 건설된 조선소용 도크,호안,안벽 등 쟁점구축물의 시설공사비는 부가가치세 과세대상에서 제외됨

OOO세무서장이 2011.11.10. 청구법인에게 한 2007년 제2기 부가가치세 OOO 원 의 부과처분은 청구법인이 전라남도 OOO단지 조성에 소요된 총공사비의 매립지 총공사비 중 드라이도크공사비 OOO원과 호안 및 안벽공사비 OOO원 은 과세대상에서 제외되는 것으로 하고, 부지조성공사비 OOO원과 어업보상비 OOO원은 과세대상에 포함되는 것으로 하며, 우수공사․포장공사․부대공사비 OOO원은 매립공사와의 관련성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 전라남도 OOO에서 선박 및 기자재 제조업을 영위하는 내국법인으로, 2005.3.16. OOO 건설을 목적으로 OOO군과 투자협약을 체결한 후, 조선시설부지 조성을 위하여 2005.10.17. OOO군청으로부터 전라남도 OOO리 일원의 공유수면(신청면적 100,130㎡, 최종확정면적 98,967㎡)에 대한 매립면허를 받아 2007년 10월경 공유수면매립공사를 포함한 화원농공단지 개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 완료하고, 위 공유수면매립면허에 대한 준공인가시 매립지의 부지조성 및 드라이도크․호안․안벽공사, 우수․포장․부대공사, 어업보상비등에 소요된 총공사비를 OOO원(이하 “쟁점공사비”라 한다)으로 산정하여 준공인가 신청을 하여 OOO군으로부터 2007.10.18. 화원농공단지 전제 면적 149,529㎡에 대한 준공인가(98,967㎡의 공유수면매립 준공인가 포함)를 받으면서, 매립지 98,967㎡(이하 “쟁점매립지”라 한다)를 포함한 공유수면에 건설된 도크(310m), 호안, 안벽, 도로 등 구축물(이하 “쟁점구축물”이라 한다)의 소유권을 취득하였으며, 2007년 제2기 확정 부가가치세 신고시 쟁점공사비 전액을 과세표준에서 제외한 채 부가가치세를 신고하였
• 다. 나. 처분청은 2008.4.30.부터 2008.5.9.까지 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지확인을 실시하고 쟁점공사비 중 매립공사와 직접 관련된 공사비용으로 OOO원을 산정하여 이를 청구법인이 공유수면 매립공사 용역을 국가에 제공한 금액으로 보아 부가가치세 과세표준에 가산하여 2007년 제2기분 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였
• 다. 다. 광주지방국세청장은 처분청에 대한 정기업무종합감사를 실시하여 청구법인이 농공단지 조성을 위한 공유수면 매립공사 용역을 국가에 제공하고 그 대가로 쟁점매립지 및 시설물에 대한 소유권을 취득하였으므로 처분청이 쟁점공사비 전액에 대해 부가가치세를 과세하여야 함에도 OOO원만 과세하여 2007년 제2기분 부가가치세를 부족징수한 사실을 감사지적하였고, 처분청은 이에 근거하여 2011.11.10. 청구법인에게 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점사업은 산업입지 및 개발에 관한 법률에 근거하여, 청구법인이 2005.10.17. OOO군수로부터 전라남도 OOO 일원 및 공유수면 포함 123,713㎡(육지부 23,583㎡, 공유수면 100,130㎡)를 매립하여 OOO를 입주시키기로 하는 ‘화원농공단지 개발 실시계획승인’을 받았고, 그 실시계획승인으로서 공유수면관리 및 매립에 관한 법률 제9조 의 공유수면매립 면허와 같은 법 제13조에 의한 실시계획 인가를 받은 것으로 하였다. 공유수면매립법제2조 제3호에서 “매립”이라 함은 공유수면에 토사․토석 기타의 물건을 인위적으로 투입하여 토지를 조성하는 것이라고 규정하여 쟁점구축물은 공유수면매립에 해당하지 않음이 명백하다. 부가가치세법 시행령제48조 제6항에서 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 당해 매립공사에 소요된 총공사비를 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 구 공유수면매립법(2010.4.15. 공유수면매립 및 관리에 관한법률에 의하여 폐지되기 전의 것) 제26조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제20조 제2항 내지 4항에 의하면, 국가 또는 지방자치단체 이외의 자로서 매립면허를 받아 공유수면을 매립한 자는 총 사업비에 상당하는 쟁점매립지의 소유권을 취득하게 되어 있고, 그 총사업비의 산정방법은 당해 매립공사에 소요된 조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 기타 비용을 합산한 금액으로 하고 있어 부가가치세법 시행령 제48조 제6항 소정의 총사업비는 매립공사에 소요된 조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 기타 비용을 합산한 금액을 말하는 것이다. 또한 공유수면매립법 시행령제20조 제2항의 총사업비는 같은 조 제3항에서 2인 이상 감정평가업자인 감정인의 평가액의 평균치로 한다고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 총사업비는 감정평가액의 평균인 OOO원에 근접하는 금액이어야 한다. 한편, 항만법 제15조 와 같은 법 시행령 제18조 제2항 제2호, 같은 조 제3항에 의해 국가에 귀속되지 아니하는 항만시설 및 토지 중 비관리청이 취득하려는 토지의 가액은 같은 법 시행령 제19조의 총사업비 범위 이내이어야 하고, 이 경우 총사업비는 해당 토지의 조성공사에 사용된 금액으로 산정하도록 하고 있어 이 건 쟁점사업에도 적용할 수 있으나, 항만법 제19조 및 제20조에서 국가에 귀속되는 항만시설을 무상으로 사용하게 하는 경우의 총공사비는 토지가액 뿐만 아니라 항만시설에 소요된 총사업비도 포함되는 것이어서 쟁점사업에는 적용할 수 없는 것이다. 처분청은 대법원 2009.3.12. 선고, 2008두20147 판결을 이 사건의 선례로 제시하고 있으나, 이 판결은 원고의 상고를 기각한 아무런 이유의 기재가 없는 판결로서 선례로서의 가치가 없고, 판결의 사실관계를 살펴보면, 1심은 원고가 자기의 비용으로 공사를 하고, 관계법령에 따라 그 소유권을 취득하여 국가 등과 원고 사이에 아무런 대가관계가 존재하지 아니한다고 보았으나, 2심은 국가로부터 매립공사 및 접안시설공사를 묶어서 정산취득하는 조건으로 용역을 제공하였고, 실제로 정산하는 과정에서도 매립공사, 접안시설공사 등을 모두 포함한 총공사비를 감정가와 비교하여 정산한 결과로서 소유권을 취득하였으므로 접안시설도 대가관계가 있는 개발사업의 용역제공에 포함된다고 판단하였다. 그러나 쟁점사업은 매립공사와 접안시설공사를 묶어서 정산취득하는 조건으로 용역을 제공한 사실이 없고, 실제로 정산하는 과정에서 매립공사, 접안시설공사 등을 모두 포함한 총공사비를 감정가와 비교하여 정산한 결과로 소유권을 취득한 사실이 없다. 즉 이 사건에서 처분청이 인정한 총공사비는 OOO원이고, 감정가는 OOO원이며, 두 금액을 비교하여 정산한 결과로 소유권을 취득한 것이 아니다. 따라서 이 판례는 쟁점사업의 선례가 될 수 없는 것이
• 다. 결론적으로 처분청은 공유수면매립공사와 농공단지조성공사를 혼용하여 매립한 토지의 소유권을 취득하는 경우와 매립한 토지의 무상사용권을 취득하는 경우를 구별하지 아니하고 총사업비를 산정하고 있으므로 이유없다 할 것이어서 처분청의 처분은 취소되어야 한다. 다만, 청구법인은 2개의 감정기관의 감정가액의 평균금액인 OOO원을 총사업비로 하는 부과처분에는 응할 용의가 있다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 사업의 편의 및 경제적 효율성을 위하여 OOO 건설에 부수되는 쟁점구축물의 자가시설공사를 매립사업과 동시에 진행하게 된 것일뿐, 쟁점구축물의 시설공사가 공유수면매립과 함께 인가한 공사의 범위에 필수적으로 포함되는 것은 아니고, 공유수면매립에 대한 실시계획 인가와 OOO 건설은 별개라는 주장이나, 청구법인과 전라남도 및 해OOO이 2005.3.16. OOO 건립과 관련하여 체결한 투자협약서를 보면, OOO 건설이 투자협약의 목적이었음을 알 수 있고, 청구법인이 해양수산부에 제출한 공유수면매립 기본계획 반영요청서의 공유수면 매립목적은 조선시설 부지이고, 토지이용 계획에도 도크가 명시되어 있으며, 청구법인이 2005년 8월 OOO군에 제출한 농공단지 실시계획 승인계획서에 첨부된 매립공사 설명서(설계도)의 주요부분에 쟁점구축물의 세부공사 내역이 반영되어 있고, 청구법인이 2005.9.2. OOO군에 제출한 농공단지 개발사업 실시계획승인 신청서의 주요내용에도 도크가 포함되어 있으며, 공유수면관리 및 매립에 관한 법률은 국토의 효율적인 이용을 위하여 사업자에게 공유수면매립 면허를 부여하되, 그에 따르는 부관사항을 지정할 수 있는 바, 이 건 공유수면매립사업은 OOO 건설이 부관으로 지정되어 있고, 국가의 관리․감독하에 쟁점구축물의 공사를 포함한 공유수면 매립공사가 진행되었으므로 쟁점구축물 공사는 청구법인의 자유의지와 관계없이 협약 및 관계법령에 의해 시공되어야 하는 부분이고, 만약, 청구법인의 주장처럼 청구법인이 쟁점구축물 공사를 하지 아니하고, 단순한 매립공사만 하였다면 실시계획 승인된 내용대로 공사를 시행하지 아니한 것이 되어 준공인가가 불가능하고, 청구법인은 쟁점매립지 및 시설물에 대한 정산취득이 불가능할 것이므로 공유수면 매립과 OOO 건설은 불가분의 관계에 있고, 쟁점구축물의 공사는 공유수면매립공사의 범위에 포함된다 할 것이다. 청구법인은 공유수면 매립공사에 소요된 총사업비란 매립공사에서 필수적인 성토를 위한 방조제 등 토지조성과 관련된 공사비만을 의미하고 사업자가 필요에 의하여 임의로 설치한 시설비는 총공사비에 포함되지 아니한다는 주장이나, 쟁점구축물의 공사는 공유수면매립실시계획인가 내용에 따라 준공검사의 대상이 되고, 청구법인이 반드시 공사를 완료하여야만 하는 것이므로 그 공사는 총공사비에 당연히 포함되는 것이고, 이 건 공유수면매립면허는 도크를 포함한 OOO 부지를 건설하는 것이 공유수면 매립의 주목적이었으므로 국가와의 거래관계는 당연히 OOO 건설을 위한 쟁점구축물 등이 포함된다고 봄이 타당하다. 청구법인은 쟁점구축물이 항만법 시행령제17조의 규정에 따라 국가등에 귀속되는 시설이 아니므로 정산대상에 해당하지 아니하고, 시설의 이용권을 취득한 것도 아니므로 거래의 상대방이 존재하지 않기 때문에 용역제공의 대가에 포함되지 아니한다는 주장이나, 청구법인이 OOO군에 쟁점구축물을 포함한 농공단지개발사업용역(공유수면매립용역)을 제공한 대가로서 정산취득한 것이라면, 쟁점구축물의 시설공사는 OOO군에 제공한 용역에 포함되고, 그 공사비는 청구법인이 제공한 용역의 시가로서 부가가치세의 과세표준에 포함된다 할 것이다(대법원 2009.3.12. 선고, 2008두20147 판결 같은 뜻임). 이 사건의 경우에도 청구법인과 OOO군의 투자협약서(2005.3.16.)에 OOO 건립이 명시되어 있는 점, 청구법인이 해양수산부에 요청한 공유수면기본계획반영요청서에 도크가 포함되어 공유수면매립기본계획변경 승인된 점, 공유수면매립공사 실시계획 인가신청서에 쟁점구축물의 공사가 포함되어 실시계획 승인된 점, 공유수면 매립 및 농공단지 준공검사 대상에 쟁점구축물이 포함되어 준공 인가된 점, 쟁점구축물의 관리감독권한이 OOO군청이 있는 점, 쟁점사업의 정산과정에서 쟁점구축물을 포함한 전체의 공사비와 감정가를 비교하여 청구법인이 쟁점구축물과 함께 쟁점매립지의 소유권을 취득한 점 등에 비추어 청구법인이 취득한 쟁점매립지는 청구법인이 OOO군에 제공한 쟁점사업 건설용역의 대가관계에 있다 할 것이므로 쟁점공사비는 청구법인의 자가 용역비가 아니라 청구법인이 OOO군에 제공한 쟁점사업용역의 시가에 포함된다고 보아야 하므로 이를 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세한 처분은 정당하다 할 것이다.

• 가. 쟁점 공유수면매립지에 건설된 OOO용 도크․호안․안벽 등 쟁점구축물의 시설공사비가 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 시행한 화원농공단지 개발사업의 진행상황은 다음과 같다.

(2) 청구법인이 제출한 투자협약서에 의하면, 청구법인과 OOO군은 2005.3.16. 전라남도 및 OOO군과 전라남도 OOO리 일대에 45,000평(2단계 20만평) 규모의 중형OOO를 건설하기 위하여 청구법인이 OOO 상당을 투자하고, 전라남도와 OOO군은 중소OOO 건립일정에 맞도록 제반 행정적․재정적 지원을 최대한 제공하기로 하는 투자협약을 체결한 사실이 나타난다.

(3) 청구법인이 2005년 8월 OOO군에 제출한 화원농공단지 실시계획 승인신청서에 첨부된 매립공사설명서 중 드라이도크 공사계획은 다음과 같다. 3.1 매입공사 설명서

1.6 DRY DOCK 계획 1.6.1 DRY DOCK ․ DOCK 제원 L 250m × B 70m × D 10m ․ DOCK의 위치, 기본구조 형식, DOCK WALL 구조형식, DOCK FLOOR 구조형식, PUMP HOUSE, SILL(턱), CRANE RAIL 기초

(4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2005년 7월 해양수산부에 제출한 공유수면매립 기본계획 반영요청서에서 토지이용계획을 다음 <표1>과 같이 제출한 것으로 나타난다. <표1> 토지이용계획 (5) 2005.8.12.부 관보에 의하면, 해양수산부는 전라남도 OOO OOO OOO(OOOO)에 농공단지조성(조선시설부지)을 위하여 매립면적 100,130㎡의 공유수면매립기본계획변경을 고시한 사실이 확인된다.

(6) 청구법인이 제출한 OOO군의 화원농공단지 개발실시계획 승인서에 의하면, OOO군은 2005.10.17. 청구법인이 신청한 개발면적 123,713㎡ (육지부 23,583㎡, 공유수면 100,130㎡)의 화원농공단지 개발 실시계획을 승인하였고, 아울러 위 화원농공단지 개발 실시계획승인으로 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제30조의 규정에 의한 OOO군 도시관리계획의 결정을 비롯하여 공유수면매립법제9조의 규정에 의한 매립면허, 같은 법 제13조의 규정에 의한 실시계획의 인가, 방조제관리법에 의한 방조제 사용허가 등을 받은 것으로 처리되었음을 통보하였다. 위 화원 농공단지 개발 실시계획 승인서의 “4.이행해야 할 사항”에는 해양수산부 소관사항 중 “1. 매립공사의 시공은 건설기술관리법에 의한 적합한 면허를 받은 업체가 시공토록 하고, 매립공사 시행에 따른 감리 등 관리․감독에 적정을 기하여야 한다”라고 기재되어 있다.

(7) OOO군이 2007.6.8. 화원농공단지 개발 실시계획 변경(신청인: 청구법인, 개발면적: 당초 123,713㎡ → 변경 149,742㎡)을 승인한 내용 중 도시이용계획 및 주요시설물 변경승인을 한 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 2007.6.8. OOO군의 개발실시계획 변경승인 중 도시이용계획 및 주요시설물 변경승인 내역

(8) 청구법인이 제출한 쟁점사업의 총공사비 세부내역은 다음 <표3>과 같다. OOOOOOOOOO OOOO OOOO OOOO (OO: O)

(9) 청구법인은 2007.10.12. OOO군에 쟁점사업의 공유수면매립공사 준공인가 신청서를 제출하였는바, 동 신청서에 첨부된 총사업비 대비 감정평가금액 대비표에서, 쟁점매립지(공유수면분)는 총공사비 OOO원이 소요되었고, 감정기관OOO에 의해 OOO원으로 평가되어 청구법인은 매립면적 98,967㎡ 중 국가에 귀속되는 부분은 없는 것으로 하고, 청구법인에 전부 귀속되는 것으로 하여 준공인가를 신청한 사실이 나타난다.

(10) 쟁점사업에 대한 OOO군의 준공인가 관련 심리자료에 의하면, 청구법인이 OOO군에 신청한 쟁점사업의 준공인가 신청에 대해 OOO군은 2007.10.18. 토지이용면적 149,529㎡에 대해 준공인가(쟁점매립지 98,967㎡에 대한 준공인가 포함)를 한 것으로 나타난다.

(11) 청구법인은 우리원의 조세심판관회의에 참석하여 드라이도크 및 호안, 안벽은 선박건조를 위한 OOO 전용시설로, 타인이 임의로 사용할 수 없고, 일반적인 항만시설과 달리 항만법제17조의 규정에 의해 국가 등에 귀속되는 시설이 아니라는 취지의 진술을 하였다. (12) 부가가치세법 시행령 제48조 제6항 에서 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 공유수면매립법(2010.4.15. 법률 제10272호 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 부칙 제2조에 의하여 폐지되기 전의 것) 제2조 제3호에서 “매립”이라 함은 공유수면에 토사․토석 기타의 물건을 인위적으로 투입하여 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다고 규정하고 있으며, 항만법제17조 제1항은 “비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다. 다만, 대통령령이 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있고, 제3항은 “비관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위 안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다.”고 규정하고 있으며, 제4항은 “제3항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용하는 자는 당해 시설을 타인으로 하여금 사용하게 할 수 있다”고 규정하고 있다.

(13) 이상의 관련법령 및 사실관계를 종합하여 살펴보면, 사업자가 국가로부터 공유수면매립법에 의한 면허를 받아 공유수면매립공사를 시행하여 그 준공인가를 얻은 후 매립으로 인하여 조성된 토지 중 일부 또는 전부에 대한 소유권을 취득하였다면, 그 사업자는 국가에 토지매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 토지의 소유권을 취득한 것으로서 사업자의 용역제공과 매립토지에 대한 소유권 취득 사이에는 대가관계가 있다고 봄이 상당하므로 매립지조성공사는 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당한다 할 것인바(대법원 1996. 3. 12. 선고 95누15308 판결, 2002. 10. 25. 선고 2002두172 판결 등 참조), 처분청은 청구법인이 농공단지 조성을 위한 공유수면 매립공사 용역을 국가에 제공하고, 그 대가로 쟁점매립지 및 시설물에 대한 소유권을 취득하였으므로 쟁점공사비 전액이 부가가치세의 과세대상이라는 의견이나, ① 선박제조시설의 조성은 공유수면에 토사․토석 기타의 물건을 인위적으로 투입하여 토지를 조성하는 구공유수면매립법상 매립과는 개념적으로 구분되는 점, ② 청구법인이 매립지 총공사비와 쟁점매립지의 평가액을 비교하여 정산하는 것으로 준공인가 신청을 한 것은 청구법인이 화원농공단지 개발사업 총공사비를 매립공사비와 OOO 건설공사비로 나누지 아니하고 편의상 육지부 공사비와 공유수면 공사비로 나눈데 기인한 것으로, 선박제조시설의 조성에 소요된 비용은 매립공사에 소요된 공사비가 아니라 OOO 건설공사비에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, ③ OOO에서 청구법인이 배타적으로 사용할 수 있는 선박제조시설은 항만법등 관련법령에 의해 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 일반적인 항만시설 등과는 그 성격이 다른 점, ④ 선박제조시설의 조성에 소요된 비용은 공유수면을 매립하여 소유권을 취득한 쟁점매립지와 직접적인 대가관계가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점공사비 중 선박제조 전용시설에 해당하는 것으로 청구법인이 배타적으로 사용하는 드라이도크 및 호안․안벽의 조성에 소요된 비용은 부가가치세 과세대상이 되는 부가가치세법 시행령제48조 제6항의 공유수면매립법상 매립공사에 소요된 사업비로 보기는 어렵다 할 것이고, 부지조성공사비와 어업보상비는 일반적인 매립공사에서도 발생하는 비용으로 선박제조시설과 관련하여 발생한 비용이라고 보기는 어려워 이를 부가가치세 과세대상에 해당한다고 봄이 타당하며, 우수공사, 포장공사 및 부대공사 등에 소요된 비용은 그 성격상 매립공사와 선박제조시설 조성공사와의 관련성이 중복될 수 있으므로 관련성 여부를 재조사하여 이를 적절히 배분하는 것이 합리적이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.