조특법에 의한 환급대상을 부가세법에 의거하여 환급받은 경우 초과환급신고 및 납부・환급불성실 가산세 부과는 부당함

OOO세무서장은 2011.12.12. 청구인에게 한 부가가치세 2008년 제1기 OOO, 2008년 제2기 OOO, 2009년 제1기 OOO, 2009년 제2기 OOO, 2010년 제1기 OOO, 2010년 제2기 OOO의 부과처분은 초과환급신고가산세와 납부․환급불성실가산세를 과세하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 부가가치세 면세 대상인 ‘축산(양돈)업’을 주업으로, 과세사업인 OOO을 부업으로 영위하는 과세․면세 겸업 사업자이다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 2011년 1기 확정 부가가치세 환급신고에 대한 현지확인 결과 면세사업에 사용한 동물용의약품 매입세액OOO을 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제한 것으로 확인되어 2008년 1기～2010년 2기 과세기간 동안 환급받은 부가가치세액에 초과환급신고가산세 OOO, 납부․환급불성실가산세 OOO을 가산하여 2011.12.12. 청구인에게 부가가치세 2008년 제1기 OOO, 2008년 제2기 OOO, 2009년 제1기 OOO, 2009년 제2기 OOO, 2010년 제1기 OOO, 2010년 제2기 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 조세특례제한법에 의한 부가가치세 환급대상 농․축산․임․어업용 기자재 환급신청을 착오로 관련 규정에 의한 환급신청이 아닌 부가가치세 신고시 매입세액 공제하여 신고하였으나, 당초에 환급 받아야 할 환급세액을 환급받았을 뿐 더 많이 환급받은 것이 아니기 때문에 가산세 부과대상에서 제외되어야 하며, 부과된 초과환급 및 납부․환급불성실가산세는 취소하여야 한다. (2) 부가가치세 환급결정은 납세자의 신청에 의해 과세당국이 결정한 것으로서, 2008년 1기～2010년 2기 과세기간 동안 부가가치세 신고시 동물용의약품을 매입세액 공제하였으나 처분청은 아무런 언급없이 환급하여 줌으로써 정상적인 신고로 오인하게 한 후 이를 경정한 것은 국세기본법 제15조 의 신의성실원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 부가가치세 신고시 공제한 매입세액 중 동물용의약품 매입관련 세액은 면세관련 매입세액에 해당하나 이를 매입세액 공제하여 신고함으로써 환급세액이 부가가치세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하였고, 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하였으므로 초과환급신고가산세 및 납부․환급불성실가산세 부과처분은 정당하다. (2) 농․축산․임․어업용기자재 환급신청 대상을 부가가치세 신고시 매입세액공제한 것은 명확한 신고오류로 이를 확인하여 경정하고 초과환급세액에 대하여 가산세 경정한 처분은 정당하며, 결정 또는 경정에 오류가 있음을 발견하고 이를 바로잡아 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니하며, 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 부가가가치세법 제21조에 의거하여 경정이 가능하다.

• 가. 쟁 점

① 조세특례제한법에 의한 환급대상인 농․축산․임․어업용 기자재를 부가가치세법에 의거하여 환급받은 경우 초과환급신고 및 납부․환급불성실 가산세 부과의 당부

② 이 건 과세처분이 국세기본법에 의한 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제47조 [가산세 부과]

① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당의무가 규정된 세법의 당해 국세의 세목으로 한다. 다만, 당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하지 아니하는 것으로 한다. 제47조의4 [초과환급신고가산세]

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3의 규정을 적용한다. 다만, 부가가치세법 제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제47조의5 [납부·환급불성실가산세]

① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다. 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

④ 제1항의 산식 중 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액과 제2항의 산식 중 초과하여 환급받은 세액은 법인세법 또는 조세특례제한법에 따라 소득세 및 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액을 포함하여 산정한다. 제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2) 국세기본법 시행령 제27조의4 [납부·환급불성실가산세] 법 제47조의5제1항 또는 제2항에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 1일 1만분의 3의 율을 말한다. (3) 부가가치세법 제17조 [납부세액]

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 제21조 [결정 및 경정]

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우

② 사업장 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

③ 사업장 관할 세무서장등은 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. (4) 조세특례제한법 제105조의2 [농어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례]

① 다음 각 호에 해당하는 세무서장(이하 이 조에서 "관할 세무서장"이라 한다)은 대통령령으로 정하는 농어민(이하 이 조에서 "농어민"이라 한다)이 농어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(부가가치세법 제3조제4항 에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당한다) 또는 직접 수입하는 기자재로서 대통령령으로 정하는 것에 대해서는 기자재를 구입 또는 수입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급할 수 있다.

1. 제3항에 따른 환급대행자를 통하여 환급을 신청하는 경우에는 환급대행자의 사업장 관할 세무서장

2. 제1호 외의 경우에는 해당 농어민의 사업장 관할 세무서장

② 제1항에 따른 기자재를 공급하는 일반과세자는 그 기자재를 구입하는 농어민이 세금계산서의 발급을 요구하면 부가가치세법 제32조 에도 불구하고 세금계산서를 발급하여야 한다.

③ 제1항에 따라 환급을 받으려는 농어민은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "환급대행자"라 한다)를 통하여 환급을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자는 사업장 관할 세무서장에게 직접 환급을 신청할 수 있다.

1. 농업협동조합법에 따른 조합

2. 수산업협동조합법에 따른 조합

3. 엽연초생산협동조합법에 따른 엽연초생산협동조합

⑤ 관할 세무서장은 제1항에 따라 부가가치세액을 환급받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 환급받은 부가가치세액과 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 부가가치세로 추징한다.

1. 농어민이 제1항에 따라 부가가치세액을 환급받은 기자재를 본래의 용도에 사용하지 아니하거나 농어민 외의 자에게 양도한 경우

2. 농어민이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 세금계산서에 의하여 부가가치세를 환급받은 경우

3. 농어민에 해당하지 아니하는 자가 제1항에 따른 부가가치세액을 환급받은 경우

(5) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제9조 [환급신청 및 환급절차] ④ 제8조에 해당하는 자는 법 제105조의2제3항 단서의 규정에 따라 관할 세무서장에게 직접 환급을 신청하고자 하는 경우에는 제7조에 해당하는 기자재의 구입일 또는 수입신고일이 속하는 분기말 또는 그 다음 분기말의 다음달 25일까지 기획재정부령이 정하는 농ㆍ어업용기자재부가가치세환급신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 사업장 관할 세무서장에게 신청하여야 한다.

1. 부가가치세법제20조의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표

2. 통ㆍ이장, 어촌계장 또는 업종별 수산업협동조합장의 확인을 받은 경작확인서 또는 조업확인서(개인인 사업자로서 매년 최초로 환급을 신청하는 경우에 한한다)

⑤ 제2항 내지 제4항의 규정에 따라 환급신청을 받은 관할 세무서장은 환급신청기간 종료일부터 20일 이내에 환급하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 검토조서, 현장확인 종결보고서, 청구법인의 확인서 등의 주요내용은 아래와 같다. (가) 청구법인의 2008년 1기～2010년 2기 기간 동안 부가가치세 신고한 내역은 아래와 같이 확인된다. OOOOOOOOO OOOOO OOOO (나) 청구법인에 대한 처분청의 부가가치세 경정결의 결과 가산세 과세내용은 아래와 같다. OOOOOOOOO OOO OO OO (2) 처분청은 청구법인이 부가가치세 신고시 매입세액 공제받은 금액 중 OOO주식회사와 주식회사 OOO 등에서 매입한 OOO에 대한 매입세액은 면세관련 매입세액에 해당되어 공제받지 못할 매입세액으로 확인되며, 조세특례제한법 제105의2 에 의한 농어업용기자재 사후환급신청대상을 부가가치세 신고서상 매입세액 공제대상으로 신고한 것으로 보고, 국세청에 과세자문신청을 하여 국세청장으로부터 ‘과세․면세 겸업사업자인 납세자가 매출세액에서 공제되지 아니하는 부가가치세 면제되는 사업 관련 매입세액을 과세사업 관련 매출세액에서 직접 공제하여 환급받은 경우에는 국세기본법 제47조의4 (초과환급신고가산세)와 같은 법 제47조의5(납부․환급불성실가산세)에 따른 가산세가 적용된다’는 회신을 받고 이 건 부가가치세를 경정하면서 초과환급신고가산세와 납부․환급불성실가산세 등을 과세하였다. (3) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법 제47조 에서 ‘가산세는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 부과하며, 해당의무가 규정된 세법의 당해 국세의 세목으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제47조의4에서 초과환급신고가산세는 ‘납세자가 신고한 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때’ 등의 경우에 과세한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제47조의5에서 ‘납부․환급불성실가산세는 환급받은 세액이 정상적으로 환급받아야 할 세액을 초과하는 때’ 등의 경우에 과세한다고 규정하고 있다. (나) 또한, 청구법인의 2011년 제1기 부가가치세와 관련된 처분청의 현장확인조사 종결 보고서(2011.8.10.)에 의하면, 청구법인은 조특법 제105조의2에 의한 농업용기자재 사후환급신청 대상을 부가가치세 신고서상 매입세액 공제대상으로 착오 신고한 것으로 확인된다고 기재되어 있으며, 국세청의 부가가치세 집행기준 제105의2-0-2에 의하면, 농어민이 부가가치세환급특례법 제9조 제2항이 규정하는 환급 신청기한(기자재의 구입일이 속하는 분기말 또는 그 다음 분기말의 다음달 10일까지) 경과 후에 농업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급을 국세기본법 제45조의2 에서 규정하는 기한까지 신청하는 경우에도 부가가치세 환급특례를 받을 수 있다고 되어 있다(국세청 부가가치세과-488, 2010.4.16. 같은 뜻임). (다) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구법인은 국세기본법 제45조의2 에서 규정하는 기한(2009년 제1기분은 2012.7.25.까지임) 내에조특법제105조의2에 의한 농업용기자재 사후 환급신청을 하지 아니하였고, 처분청은 청구법인이 착오로 환급신청을 하지 아니한 조특법 제105조의2에 의한 부가가치세는 환급하지 아니하고, 잘못 신고한 부가가치세 매입세액만 공제 부인하는 한편, 초과환급신고가산세와 납부․환급불성실가산세를 가산하여 이 건 부가가치세를 추징하였으나, 청구법인의 환급신고는 단순한 착오에 의한 것으로 확인되고 있고, 결과적으로 청구법인의 착오신고로 인하여 정상적으로 신고하였을 경우에 비하여 초과환급신고가 발생하였거나, 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하였다고 보기는 어려운 점이 있다. 사정이 이러하다면, 이 건 초과환급신고가산세 및 납부․환급불성실가산세는 과세하지 않는 것이 합리적이라고 판단된다. (4) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 쟁점①에서 청구주장이 인용되어 쟁점②는 심리의 실익이 없어졌으므로 이하 쟁점②에 대한 심리는 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.