쟁점차입금에 대한 이자율은 차입금 변제조건 및 그에 따른 위험도와 이자율 결정과정 등을 고려하여야 하고, 특히 사회기분시설에 대한 민자사업과 관련된 차입금의 이자율은 민자사업의 수익성, 발전정도 및 위험 등을 감안하여 쟁점차입금의 이자율이 적정한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당함
쟁점차입금에 대한 이자율은 차입금 변제조건 및 그에 따른 위험도와 이자율 결정과정 등을 고려하여야 하고, 특히 사회기분시설에 대한 민자사업과 관련된 차입금의 이자율은 민자사업의 수익성, 발전정도 및 위험 등을 감안하여 쟁점차입금의 이자율이 적정한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당함
OOO세무서장이 2011.8.26. 청구법인에게 한 2005～ 2009사업연도 법인 세(이월결손금으로 인하여 고지세액은 없음) 부과처분은
1. 청구법인이 OOO한국인프라투융자회사로부터 2003.3.21. 차입 한 후순위차입금(한도 OOO억원), 2003.3.28. 차입한 후순위차입금(한도 OOO억원), 2004.10.24. 차입한 선순위차입금(한도 OOO억원, 주식회사 OO은행으로부터 2003.1.30. 차입한 한도 OOO억원의 선순위차입 금을 대체한 차입금)에 대한 이자율이 적정한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
○○세무서장이 2011.7.15. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합소득세 5,097,960원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 먼저, 이 건 관련 사실관계를 설명하면 다음과 같다. (가) OOO도로관리[(구)OOO제2순환도로 주식회사]는 1997.2.28. O O광역시와 ‘OOO제2순환도로1구간(OOO순환도로)민간투자사업’에 대한 실시협약(이하 “최초협약”이라 한다)을 체결하고 사업을 시행하여 2000.11.30. OOO순환도로를 완공하였으며, OOO순환도로의 소유권은 완공 즉시 최초협약에 의하여 OOO광역시에 귀속되었고, OOO도로관 리는 OO순환도로에 대한 무상관리운영권(2001.1.1.～2028.12.31.)에 기초하 여 2001.1.1.부터 통행료를 징수․운영하여 왔다. (나) OOO도로관리의 출자자는 OOO순환도로의 시공을 담당한 주 식회사 OOO 등 5개 건설사로, 당시 재무건전성과 자금유동성이 상대적으로 취약하여 사회기반시설의 운영기간(28년) 동안 지분을 보유하기 보다는 자금력이 있고 장기투자가 가능한 연기금, 금융기관 및 사회 기반시설투융자회사 등 재무적 투자자들에게 해당 지분 등을 매각하 려 하였다. (다) 이에 청구법인은 2003.1.30. OOO순환도로 민자사업 사업시행 자 이던 OOO도로관리와 OOO순환도로의 관리운영권 및 관련 자산․부채 를 O,OOO억원에 인수하기로 하는 양수도계약을 체결하고, 2003.3.17. OOO광역시로 부터 승인통보를 받아 2003.3.28. 해당 자산 및 권리를 인수하였으며, 위 양수도계약에 따라 청구법인은 OOO도로관리가 가지고 있던 실시협약(OOO광역시와 OOO도로관리가 1997.2.28. 체결하고 2000.12.29. 변경한 실시협약으로 이하 “실시협약”이라 하고, 해당 협약서를 “실시협약서”라 한다)상의 사업시행자로서의 권리․의무를 포괄적으로 승계하고, 2028.12.31.까지 OOO순환도로의 관리운영권을 가지며 통행료를 사용자들로부터 징수해오고 있다. (라) 청구법인은 OOO순환도로의 관리운영권 양수대금 및 운영자금을 조달하기 위해 주식회사 OOO은행(이하 “OOO은행”이라 한다)으로부 터 2003.1.30. 선순위차입금[이자율은 ‘3년 만기 AA-회사채 유통수익률 + 1.8%’(2004년 감사보고서상 이자율은 7.25%)임] OOO억원을 차입하였 고, 특수관계자인 OOO로부터 2003.3.21. 만기를 2018년 6월, 이자율을 연 20%로 하는 한도 OOO억원의 금액(쟁점후순위차입금), 2003.3.28. 만기를 2018년 6월, 이자율을 연 15%로 하는 한도 OOO억원의 금액(쟁 점운영자금차입금)을 각각 차입하는 계약을 체결하였으며, OOO은행으로 부터 차입한 선순위차입금과 OOO로부터 차입한 쟁점후순위차입금 을 광주순환도로 관리운영권 양수대금으로, 쟁점운영자금차입금을 운영자금으로 각각 사용하였다. (마) 이후 청구법인은 2004.10.24. OOO로부터 OOO억원을 연 10%의 고정금리로 차입하는 약정을 체결하고, 동 차입금으로 OOO은행의 기 존 선순위차입금을 차환하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OOO OO OO) OOOOOOO OOOO OOO OOOOOO OOO OOOOOOO OOO O O O OOOOO OOO OOOOOOO OOO OO O OOO OO OO OO OOO OO) OOOOOOOOOOO OOO OOOOO OO OOOO OOO OOOOOOO OOOO O OO OOO OOO OOO OO OOOO OO, OO OOOO OO OO, OO OOO O OO OOO OOO (바) 처분청은 2010.11.22.부터 2010.12.7.까지 청구법인의 2009사업연도에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점후순위차입금 이자율이법인세법에 따른 당좌대출이자율 8.5%를 초과하므로 이는법인세법제52조의 부당행위에 해당한다고 보아 2009사업연도의 지급이자 중 OOO원을 손금부인함과 동시에 2005～2008사업연도에 대해서도 2009사업연도에 대한 세무조사결과를 적용하여 동일한 논리로 다음 <표5>와 같이 해당 금액을 손금부인하여 법인세 과세표준에 대한 경정통지를 하였다(이월결손금으로 인해 고지세액은 0원임). OOOOOOOOOO OOOO OOO OOOO (OO: O)
(2) 처분청이 청구법인에게 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 부당하다. (가) 특수관계자로부터의 차입금에 대한 이자율이법인세법상 당좌대출이자율보다 높게 결정되었다 하더라도 당해 이자율이 경제적 합리성을 갖는다면 이는 부당행위계산부인 대상이 아니며, 동 차입금 의 이자율이 적정한지 여부(경제적 합리성)는 차입금의 변제조건 및 그 에 따른 위험도와 이자율의 결정과정 등을 고려하여 판단하여야 한다. 1)법인세법제52조 제2항에서는 부당행위계산부인의 기준을 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거 래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)으로 규정하고 있
2. OOO는 2008.10.13. 국세청에사회기반시설에 대한 민간투자 법(이하 “민간투자법”이라 한다)상 사업시행자가 특수관계자에게 지급하는 후순위차입금 이자율이법인세법상 당좌대출이자율보다 높을 경우 당해 사업시행법인에게법인세법상 부당행위계산부인규정이 적용될 수 있는지 여부에 관하여 질의를 하였고, 이에 대하여 국세청 은 특수관계자로부터의 후순위차입금에 대한 이자율이 시가보다 높은 경 우 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부는 후순위차입금 변제조건 및 이에 따른 위험도, 후순위차입금의 이자율 결정과정 등을 감안하여 사실판단할 사항이라고 회신하였다(법인세과-3977, 2008.12.15.). 즉, 민자사업에 있어서 후순위차입금 이자율이 당좌대출이자율보다 높은 경우에도 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부는 후순위차입금 변 제조건 등의 제반사항을 모두 고려하여 판단하여야 한다는 것이다. 또한, 특수관계자로부터의 차입금에 대한 이자율이법인세법상 당좌대출이자율보다 높다고 하여 과세관청이 부당행위계산부인규정을 적용하여 세금을 부과한 처분에 대해서도 국세청은 특수관계자로부터 자금을 차입하고 고율의 이자를 지급하는 경우에도 제반사정을 참작 하여 조세부담의 부당감소 또는 경제적 합리성에 반하는 경우에 한하 여법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것이며, 이자율은 채무자의 신용정도, 재무상태와 담보제공 여부 등에 따라 결정되는 것임에도 이를 감안하지 아니하고 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 잘못이 있다고 보아 차입금의 이자율이 당좌대출이자율보다 높 다 하더라도 당해 이자율의 결정이 경제적 합리성이 있다면 이는 부당행 위계산부인의 대상이 아니라고 판단(심사법인 2005-0115, 2005.11.10., 심사법인 2005-0116, 2005.11.10., 국심 2003부3621, 2004.9.1. 참조)한 바 있다. 그러므로, 쟁점차입금에 대한 이자율의 적정여부, 즉 경제적 합리성은 차입금 변제조건 및 그에 따른 위험도와 이자율 결정과정 등을 고려하여 판단하여야 한다. (나) 쟁점차입금 거래는 민자사업의 특수성과 위험, 각 차입금의 변제조건․위험도․이자율 결정과정 등을 고려할 때 경제적 합리성이 있는 거래로서 부당성이 없다.
1. 청구법인이 OOO로부터 차입한 쟁점차입금 이자율은 민자사업의 특수성과 위험이 적정하게 반영되었다. 청구법인은 OOO순환도로 관리․운영과 관련하여 OOO광역시로 부터 최소운영수입을 보장(MRG: Minimum Revenue Guarantee, 최 소 운영수입보장제도)받을 수 있으나, 이는 실시협약상 추정통행료 수입 의 85%이며 115%를 초과하는 금액은 OOO광역시로 환수되는 바, 청구 법인이 OOO순환도로 관리운영권을 인수할 당시 예상되는 기대수익은 실시협약상 추정통행료 수입의 85～115% 사이였다. MRG는 위험한 장기투자인 민자사업의 위험을 완화하지 않으면 투자자를 구할 수 없 기 때문에 부가되는 조건일 뿐이고, 이러한 MRG에도 불구하고 민자사업의 투자위험은 여전히 존재하고 있다. 사회기반시설에 대한 민자사업은 그 기한이 한시적이고, 실시협약상의 민자사업만이 수익사업으로 그 수익원이 한정적이며, 프로젝트 제안 및 선정, 건설, 완공후 시설운영 등 여러 단계에 걸쳐 30여년간 지속되는 사업으로서 완공 이후 시설운영기간 동안 운영수입 감소 및 운영비용 증가위험, 운영 초기 낮은 수준의 통행량에 따른 수입제한, 정부정책의 변화 및 법규개정 위험 등 해당 사업기간 동안 여러 가지 위험에 노출된다. 청구법인은 민간투자법 제14조 에 따라 주무관청이 인정한 사업 이 외의 다른 사업은 할 수 없었고, OOO순환도로의 경우 OOO광역시 최초의 민자사업으로 시민들이 유료도로 이용에 익숙하지 않은 상황 이었으며, 28년간의 장기투자였고, OOO광역시는 지방자치단체 중에서 도 재정자립도가 2003년 당시 63%로 전국 광역시 중 최저치를 기록하는 등 매우 열악한 수준이어서 지방정부의 연간예산에 최소수입보장금(MRG) 지원금액이 적절히 반영되지 못할 수 있는 위험이 내재되어 있었다. 더욱이, OOO광역시는 두 차례(2007.4.26. 및 2011.1.4.)에 걸쳐 청구 법인에게 일방적으로 MRG 수준을 낮추자는 제의(2007년의 경우 28년간 85%수준의 MRG를 20년간 80%로 감소, 2011년의 경우 MRG수준을 현행 85%에서 76%수준으로 감소)를 하면서 청구법인이 이에 응하지 않을 경우 OOO순환도로의 관리운영권을 시에 매도하거나 자체적인 재정보전 경감대책을 수립하겠다고 통보한 바 있다. 이와 같은 사실관계에서 확인될 수 있듯이 OOO순환도로 민자사업은 OOO광역시의 정책변화로 인한 사업위험에 크게 노출되어 있었다. 또한, MRG와 관련하여 청구법인과 OOO광역시가 2004.10.16.자로 체결한 합의서 제3조(통행료수입보장) 제1항에 의하면, 2003년 이전의 MRG를 기준으로 한 통행료 부족액이 실시협약상의 재정지원기간을 초과하여 지급이 지연되고 있었음이 확인된다. 이는 이자율 결정과정에서의 리스크 요소로 작용하였다. 또한, 위 합의서 제3조(통행료수입보장) 제4항에 의하면, OOO광역시는 2005년부터 2009년까지의 통행료수입 부족액을 각 회계연도 종료 후 6개월 이전에 현금으로 사업시행자인 청구법인에게 지급하기로 하였으나, OOO광역시는 2002～2009년 다음 <표6>과 같이 MRG와 관련한 통행료수입 부족액을 당초 지급기한보다 지연하여 지급하였다. 구분 당초 지급시기 주1) 실제 지급시기 2002년도 MRG 2003년 4월 2004년 11월 주2) 2003년도 MRG 2004년 4월 2005년 3월 주2) 2004년도 MRG 2005년 4월 2006년 3월 주2) 2005년도 MRG 2006년 4월 2006년 6월, 2007년 4월 2006년도 MRG 2007년 4월 2008년 1월 2007년도 MRG 2008년 4월 2008년 9월, 2009년 1월 2008년도 MRG 2009년 4월 2009년 4월, 2010년 1월 2009년도 MRG 2010년 4월 2010년 5월․12월, 2011년 1월 <표6> MRG 지연 지급사례 주1) 청구법인은 매 사업연도 종료 후 1개월 이내에 OOO광역시에 재정지원을 요청하 며, 요청일로부터 90일 이내에 지급하도록 규정되어 있음[OOO광역시와 OOO도로관리 가 2000.12.29. 체결한 실시협약서 제49조(재정지원) 제2항] 주2) 청구법인과 OOO광역시가 2004.10.16. 체결한 합의서 제3조(통행료수입보장)에 따라 지급됨 이로 인해 청구법인의 예상 현금흐름은 상당한 위험을 맞이하였 고, 이에 따라 실시협약 모델상 수익금액과 실제 발생한 재무제표상의 수 익금액(재정지원금 포함)은 다음 <표7>과 같이 큰 차이를 보이고 있다. OOOOOOOOOO OOO OOOOO OOO OO OO OO (OO: OO) OO) OOOO OO OOOOOO OOOO OO OOOOOO OOOO OO OOO OO) OOOOO O OOOOO OOOO OOOOOO OOOO OOO OO) OO: OOOOOOOO OOO(OOOOOO) OOOOOO OOOOO(OOOOOOOOOOO) O O OOO OOOOO 또한, 실시협약상 매년 물가상승률을 반영하여 인상되어야 할 통행료도 다음 <표8>과 같이 인상되지 않았는 바, 이러한 사정에서 알 수 있듯이 OOO순환도로 민자사업은 상당한 사업위험에 노출되어 있었다(지난 10년간 소형차만 2009년 4월 처음으로 한차례 인상). OOOOOOOOOO OOO OOOO (OO: O) O) OO: OOOO OOOO O OOOOOOOO OOO OO 이와 같이 OOO순환도로 민자사업은 지방자치단체가 추진하는 초 기 민자사업으로서 비록 MRG가 있다 하더라도 민자사업자가 통제할 수 없는 여러 변수(통행량, 정책의 변화, MRG의 지연지급, 통행료 인상 지연 등)가 존재하여 그 수익성과 안정성이 검증되지 않아 사업에 필 요한 자본의 조달에 있어 이와 같은 위험성이 이자율에 반영될 수밖에 없 었고, 쟁점차입금 이자율은 이러한 위험성이 반영되어 합리적으로 결정된 것이다.
2. 쟁점선순위차입금의 이자율은 차입조건의 변경에 따른 이자율 상승요인이 적정하게 반영된 것으로 경제적 합리성이 있어 부당하지 않다. 청구법인은 OOO은행으로부터 차입한 선순위차입금의 차입기간이 장기간이어서 이자율 변동위험에 노출될 가능성이 매우 높아 이러한 위험을 회피(hedge)할 필요가 있었다. 고정금리로 차환할 시점에 AA-회사채의 과거의 이자율 변동추세를 보면, 과거 5년간 4.1～ 10.41%로 경기변동 및 시장상황에 따라 급격한 이자율의 변동이 있 어 변동금리의 차입에 상당한 위험이 있음을 알 수 있는바, 쟁점선순위 차입금의 이자율은 이러한 금리변동위험 프리미엄(변동금리→고정금리)이 반영되어 결정된 것이다. 또한, 청구법인과 OOO광역시가 2004.10.16. 체결한 합의서 제3조(통행료수입 보장)에서 보듯이, OOO광역시는 실시협약상의 최소수입 보장금 지급의무를 제때 이행하지 않아 청구법인은 재정적인 어려움 에 빠져 있었고, 이로 인해 대출을 해줄 금융기관을 찾을 수 없어 OO O 로부터 차입하였으며 이자율은 이러한 경영실적 악화에 따른 프리미엄이 반영되어 결정된 것이다. 기존 선순위차입금 약정 조건에 포함되어 있던 후순위 대출원리금 지급제한 조건(선순위원리금 상환을 위한 예금 적립 규정, 일정 현금 비율 유지 조건, 일정 부채 비율 유지 등)이 삭제됨으로 인해 대주입 장 에서는 증가된 채권회수위험 프리미엄이 반영되어 기존 변동이자율보 다 높게 결정된 것이다.
3. 쟁점후순위차입금의 이자율은 변제조건 및 이에 따른 위험도, 이자율 결정과정 등을 고려할 때 경제적 합리성이 있어 부당하지 않다.
④ 차입원리금 전액 상환 전까지 후순위 채권자는 후순위 채무에 대 해 채무불이행 선언 또는 변제권 등의 행사가 불가하며, ⑤대출금채권 확보를 위한 담보나 지급보증도 설정되지 않아 원리금 상환에 대한 위험이 매우 높다. 이러한 위험은 이자율을 결정함에 있어 반드시 반 영되어야 한다. 무담보차입의 경우 담보차입보다 차입이자율이 2～4% 높아야 한 다는 것을 과세관청도 인정(심사법인 2005-0116, 2005.11.10.)한 바 있고, 만 기가 길수록 경제적 상황변동에 따른 불확실성이 커지므로 이에 대 한 위험프리미엄을 법원도 인정(서울행정법원 2009.11.6. 선고 2007구합47138 판결)하고 있으며, 원리금 변제순위 및 지급제한 조건으로 인해 후순위차입금이 선순위차입금에 비해 열위에 있으므로 이에 대한 프 리미엄이 이자율에 반영되는 것은 당연한 것이다. 더욱이, 쟁점후순위차입금은 채무자인 청구법인이 채무상환을 불 이행하더라도 채권자로서의 가장 중요하고 기본적인 권리인 채권회 수절차 조차도 개시할 수 없어 청구법인이 상환해 주기만을 기다려야 하고, 초기 민자사업에 대한 대규모 투자로서 다른 금융상품과 달리 제3자에게 매각할 수 있는 유통시장도 없는 차입금 대출거래였으며, OOO광역시는 2002년부터 2009년까지 MRG와 관련한 통행료수입 부족액을 당초 지급기한보다 지연하여 지급하였고, 나아가 85%의 MRG가 보장된다 하더라도 통행료 인상지연, 실제교통량 하락으로 인한 현금흐름의 유동성 감소에 따른 차입금이자 연체 위험이 여전히 존재하였다. 이와 같은 위험요소가 쟁점후순위차입금 이자율에 반영되지 않는다면 당해 거래는 발생하지 않았을 것이며 이는 제3자가 대출하는 경우에도 마찬가지이다.
4. 쟁점운영자금차입금의 이자율은 변제조건 및 이에 따른 위험 도, 이자율 결정과정 등을 고려할 때 경제적 합리성이 있어 부당하지 않
5. 또한 실시협약상 추정교통량이 정상적으로 실현(100%)만 되어도 통행료 수입으로 쟁점차입금의 원금 및 이자 상환이 충분히 가능하였으므로 청구법인의 쟁점차입금 거래는 경제적으로 합리적인 재무조달구조이다. OOO순환도로 민자사업 실시협약상 추정교통량은 1996.6.5.자 ‘제2 순환도로 1구간OOO 민자유치시설사업 기본계획 고시문’에 서 OOO광역시가 합리적이고 객관적으로 산출하여 제시한 예측교통량을 반영하여 결정된 것이다. 청구법인은 OOO도로관리로부터 OOO순환도로 관리운영권을 인수하는 과정에서 이러한 실시협약 상의 추정교통량을 신뢰하고 사업을 양수하였다. 즉, 실시협약상 추정교통량은 청구법인이 임의로 정한 것 이 아닌 OOO광역시가 제시한 예측교통량에 근거한 것으로 충분히 신뢰 할 수 있는 자료였기에 청구법인은 추정교통량의 100%를 달성한다면 다 음 <표9>와 같이 차입금의 원리금 및 운영비용을 제외하고도 충분 히 수익을 얻을 수 있다는 경영상 판단하에 사업권 양수를 위해 쟁점차 입금을 차입하였다. <표9> 실시협약상 추정통행료 실현비율에 따른 현금흐름분석 비교표 구분 사례1(처분청) 사례2(청구법인) 실시협약 대비 통행료 수입 85% 100% 운영기간 현금흐름 주1) OOO OOO 물가상승률 반영 미반영 반영-연 3% 주2) 차입금 원리금 지급 시기 2007년 변경 계약서 2003년/2004년 최초 계약서 (단위: 백만원) 주1) 차입금 원리금 상환후 순잉여현금흐름 주2) 출처: 통계청 경제통계국 물가동향과 소비자물가지수 통계자료(2001년 12월～2009년 12월) 청구법인의 예상수입금액은 실시협약상 추정교통량의 85～115% 였으며, 위에서 본 바와 같이 일정 수준의 통행량(100%)이 달성된다 면 쟁점차입금의 원금 및 이자를 상환하고도 이익을 실현할 수 있는 투 자 의사결정이었으므로 청구법인의 수입금액을 추정통행량의 85%로 한 정하여 청구법인의 재무계획이 경제적으로 합리적이지 않다는 처분청의 주장은 타당하지 않다. (다) 쟁점차입금 이자율은 제3자 채권 이자율과 비교하여도 경제적으로 합리적인 이자율이다. 이자율은 채무자의 신용정도, 재무상태와 담보제공 여부 등에 따 라 결정되므로 이자율의 비교가능성을 판단하려면 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증여부, 채무자의 신용 정도, 기타 독립기업 간 이자 결정에 영향을 미치는 요소를 고려하여야 한다(심사법인 2005-0116, 2005.11.10., 국제조세조정에 관한 법률 시행령제6조,국제조세조정에 관한 법률 기본통칙 5-0-2). 다음 <표10>과 같이 분석과정에서는 선순위차입금과 후순위차입 금의 변제조건이 다르므로 쟁점후순위차입금 이자율의 시가를 산정하 기 위해 기준이자율인 제3자 선순위차입금 이자율과 쟁점후순위차입금 이자율과의 지급순위 차이에 대한 조정(선순위에 비해 후순위가 담보 부재, 변제순위 등 차입 조건이 열위에 있으므로 이자율 결정에 이러 한 차이가 반영되어야 함) 및 만기 차이에 대한 조정(채권에 대한 보유기간이 길어질수록 유동성 위험이 높아지며 이로 인해 채권의 대한 이자율도 높아짐)을 수행하였다. <표10>
(1) 지급순위 차이 조정 ․선순위에 비해 후순위가 담보부재, 변제순위 등 차입 조건이 열위에 있으므 로 이자율 결정에 이러한 차이가 반영되어야 함. -비교대상 거래: 신용도 BBB의 사모 ABS로 선정
• 선정이유: 사모ABS가 향후 자산의 현금흐름 및 채권회수 가능성의 위험성 을 통해 가치가 결정되고, 지급순위에 있어 선순위, 후순위 채권으로 발행되며, 발행주체에 있어서도 민자사업자와 유사한 특성을 보인다는 점과 사모와 공 모발행이 구분되어 분석의 비교가능성 및 신뢰성을 확보할 수 있기 때문임. <표>비교가능 거래 검색조건 구분 적요 대상채권 사모 ABS 채무액 쟁점차입금 원금의 +-50% 내외 거래만 선정 만기 만기차이 조정에서 설명 보증여부 무보증 조건으로 발행된 거래만 선정 신용도 BBB등급의 ABS거래 기타 쟁점차입금과 발행시기가 유사한 기간에 발행된 사모 ABS거래 주)청구법인은 제3자인 OOO은행으로부터 2003.1.30. 변동금리 조건(3년 만기 AA-+ 1.8%)에 선순위차입을 하였는데, 차입일 현재 3년만기 회사채 이자율이 5.07%이 며 OOO은행이 판단한 위험 프리미엄 1.8%를 가산하면 선순위 차입시점의 이자율은 2004년 청구법인의 감사보고서에서 확인할 수 있는 바와 같이 7.25%수준임. 그런 데, 7.25%는 선순위 차입일자의 신용등급별 3년만기 회사채 수익률 기준표상 BBB +～BBB수준의 신용등급에 해당하고 BBB신용등급의 회사채 수익률에 더 가까 운 바, 청구법인의 신용도를 BBB수준으로 보고 BBB등급의 ABS거래를 비교가능대상 거래로 선정하였음. ․위와 같은 비교대상 거래 선정을 통해 청구법인의 쟁점차입금 거래와 경제적 실질이 동일 또는 유사한 거래와의 비교가능성을 높여 자의적인 조정요소가 개입될 여지를 줄였음.
(2) 만기 차이 조정 ․만기차이에 대한 조정은 BBB-부터 BBB+까지의 B등급의 채권 기준수익률의 로그함수를 활용하였음. 만기차이 조정과정에서 특정 연도의 예외적인 채권 시장 상황이 분석결과를 왜곡시킬 가능성을 고려하여 쟁점차입금 거래가 발 생한 연도와 직전 2개년의 다중연도 기준수익률 자료를 이용하였음. ․위와 같이 비교가능성이 높은 거래를 통해 검토한 결과 아래 표와 같이 쟁점 차입금 이자율들은 차입조건에 따른 경제적 실질이 반영되어 합리적으로 결 정된 이자율임이 확인됨(OOO회계법인의 정상이자율 산정 보고서). 구분 항목 이자율 ㉠ 사모선순위 ABS의 정상이자율 범위 산정 5.2～8.5% ㉡ 신용도 차이로 인한 Spread 3.3～3.7 ㉢ 만기 차이로 인한 Spread 0.7～1.0% ㉣ 선순위 차입 거래의 정상이자율 범위(㉠+㉡+㉢) 9.3～13.2% [쟁점선순위차입금 이자율 비교 검토결과] [쟁점후순위차입금 이자율 비교 검토결과] 구분 항목 이자율 ㉠ 제3자 선순위 차입 이자율(내부 비교가능 제3자 거래) 7.25% ㉡ 선후순위 지급순위 차이로 인한 Spread 7.3～16.2% ㉢ 만기 차이로 인한 Spread 0.7～1.0% ㉣ 후순위 차입 거래의 정상이자율 범위(㉠+㉡+㉢) 15.2～24.5% 구분 항목 이자율 ㉠ 제3자 선순위 차입 이자율(내부 비교가능 제3자 거래) 7.25% ㉡ 선후순위 지급순위 차이로 인한 Spread 1.9～11.2% ㉢ 만기 차이로 인한 Spread 0.4～0.8% ㉣ 운영자금 후순위 차입거래의 정상이자율 범위(㉠+㉡+㉢) 9.6～19.3% [쟁점운영자금차입금 이자율 비교 검토결과] 청구법인의 쟁점차입금 이자율 분석내용
(2) 처분청의 2005～2008사업연도 법인세 부과처분은 중복조사금지원칙을 위반한 부당한 것이다. 2004～2008사업연도에 발생한 쟁점후순위차입금 이자율(20%)의 적정여부에 대하여 OOO지방국세청장은 2009.6.29.부터 2009.7.31.까지 쟁점후순위차입금 이자율과 관련한 장부 및 서류 일체를 제출받아 세 무조사를 실시하였으나, 쟁점후순위차입금 이자율이 경제적 합리성 이 있으므로법인세법제52조의 부당행위계산부인 대상이 아니라고 판 단하고 세무조사를 종결한 사실이 있다. 그러므로, 이미 세무조사가 종결된 2005～2008사 업연도에 대하여 다시 조사를 하고 법인세를 부과한 처분은국세기본법상 중복조사 금 지 원칙에 위배되는 위법한 처분이므로 당연히 취소되어야 한다. 과세관청에 의한 자의적인 세무조사 남용을 방지하고 법적 안정성 을 도모하고자 하는 중복세무조사금지원칙의 입법취지에 비추어 볼 때 중복세무조사 예외사유를 규정하고 있는국세기본법제81조의4 제2 항 각 호의 사유는 엄격하게 해석되어야 하며,국세기본법제81조의4 제2항 제3호의 “2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우”란 “2 이상의 사업연도와 관련하여 발생한 잘못이 불가분의 일체를 이루 고 있어 한 사업연도에 대한 세무조정이 다른 사업연도에 대한 세무조정 에 영향을 미치는 경우”를 의미하는 것으로 해석되어야 한다(서울행정법 원 2008.12.18.선고 2007구합47169 판결 등). 따라서, 단일한 쟁점후순위차입금 차입계약의 이자율에 대한 세무 조정은 각 사업연도별로 시가를 산정한 후 분리되어 이루어져야 하는 바, 청구법인의 2005～2008사업연도에 대한 후순위차입금의 이자율에 대 해서는 이미 OOO지방국세청장의 세무조사 결과 시가로 인정되었으므로, 처분청이 아무런 근거없이 2009사업연도 세무조사 결과를 적용 하여 처분한 2005～2008사업연도에 대한 과세처분은국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 규정한 예외사유에 해당하지 않으므로 중 복조사의 금지 규정을 위반한 위법한 처분이다.
(1) 청구법인은 특수관계자로부터의 차입금에 대한 이자율이법인 세법상 당좌대출이자율보다 높게 결정되었더라도 당해 이자율이 경 제적 합리성을 갖는다면 이는 부당행위계산부인 대상이 아님을 주 장하면서 OOO광역시의 제2순환도로 1구간OOO 민간투자사업 재협상 수정제안 등의 정책변화를 통한 사업위험, MRG를 기준으로 한 통행료 부족, 물가상승률 미반영 등 위험요인을 이자율에 반영한 것이고, 2000.12.29.자 OOO광역시와 OOO도로관리가 체결한 OOO제2순 환 도로 1구간OOO 민간투자사업 실시협약서 제38조의 사업 수 익률 9.34%는 세후 실질사업수익률로서 OOO순환도로 민간투자사 업 이전에 발생되었던 타 구간 공사비를 감안하여 맺은 수익률이라고 주장하나, 민자사업은 각 사업마다 제반 경제상황이 다르고 각 사업의 보장 기준통행량 수입이 달라 이를 청구법인의 사업과 견주어 적정 이자율 의 근거로 삼는 것은 불합리하며, 차입금 이자율은 별도의 위험성이 높 은 사업 추진을 위해 적정이자율보다 높게 약정한 것이라기 보다는 OO O에게 투자수익을 이자형태로 조기에 지급할 목적으로 이자율을 적 정이자율보다 높게 약정한 것으로 판단된다. 청구법인은 이익추구를 목표로 하는상법상 주식회사로 이의 달성을 위한 합리적인 거래행태에서 이탈하는 행위를 하였을 경우 이 를 부당행위로 볼 수 있는 바, 청구법인이 관리운영권 반환시점까지 취할 수 있는 보수적 관점의 영업수익은 실시협약상 보장기준통행료수입 이 므로 청구법인은 영업수익으로 현금 거래가 수반된 영업비용과 영 업외 비용의 지급이 가능하도록 재무적 계획을 설계하여 거래하는 것이 경 제적으로 합리적이라 할 것(대법원 2001.11.27 선고 99두10131 판 결)이다. 2010.12.23.자 과세사실판단자문위원회 의결 결과(OOO세무서 납세 자보호담당관-2186), 청구법인은상법상 주식회사로서 이익추구를 위한 합리적인 거래행태에서 이탈하는 행위를 하였을 경우 부당행위 로 볼 수 있는 바, 청구법인이 취할 수 있는 영업수익인 통행료 수입으 로 영업비용과 영업외비용의 지급이 가능하도록 재무적 계획을 설계하여 거래하는 것이 경제적으로 합리적이라 할 수 있고, 매년 통행료 및 무상사용기간의 조정이 가능하도록 협약되어 있음에도 사업의 위험성 때문에 고율의 이자를 지급하기로 하였다는 주장은 설득력이 없는 것 으로 보이는 바, 결과적으로 청구법인이 OOO와 맺은 차입거래로 인해 세부담이 부당하게 감소된 것으로 판단되므로 부당행위계산부인 규정을 적용함이 타당하다. 청구법인이 보장기준통행료수입 범위 내에서 위탁도로관리비용, 급여 등의 현금거래가 수반된 영업비용과 차입금이자를 지급할 경우 선순위차입금 만기시 차입금 원금과 이자의 상환 불가로 경영위험 상황이 발생되는 사실이 ‘보장통행료 수입과 차입금지급내역 분석’ 으로 검증되는 바, 이는 특수관계자인 OOO가법인세법상 납세의무자인 청구법인의 영업수익과 경영성과를 전혀 고려치 않고 투자원금과 이익 회수를 위한 페이퍼컴퍼니로서 청구법인을 인식하였음이 명백히 드러나 100% 주주이면서 쟁점차입금의 대출자인 특수관계자 OOO와 약정한 차입거래는 정상적인 사인 간의 거래, 건전한 사회통념을 기준으로 볼 때, 부당한 행위에 해당된다. 또한, 청구법인의 2005～2009사업연도의 손익계산서상 법인세비용차감전 순손실이 다음 <표11>과 같이 OOO백만원에 달하여 청구 법인이 OOO와 맺은 경제적 합리성이 결여된 쟁점차입금의 이자율 에 의하여 부당한 차입거래로 인하여 실제 법인세 부담이 부당하게 감소되었음이 확인되므로법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제3항에 따라 부당행위계산의 부인을 적용함이 타당하다고 판단된다. OOOOOOOOOOO OOOOO OOOOOO OOOOOOOOOOO O OO (OO: OOO)
(2) 청구법인은 OOO지방국세청장이 2009.6.29.～2009.7.31. 청구법인 의 2004～2008사업연도에 대한 세무조사를 이미 실시하였으므로 청구 법인의 2005～2008사업연도에 대한 과세처분은 중복조사금지원칙에 위반된 위법한 처분이며, 당연히 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 이는 세무조사가 아닌 과세자료 처리에 의한 단순 경정사항이며, 국세기본법 시행령제63조의2 제2호의 각종 과세자료의 처리를 위 한 재조사 등을 하는 경우에는 중복조사금지 예외규정에 해당하므로 청 구법인이 주장하는 중복조사에 해당되지 않아 당초 처분은 정당하다.
① 쟁점차입금과 관련, 청구법인이 특수관계자인 OOO에게 당좌대출이자율을 초과하여 지급한 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분의 당부
② 청구법인의 2005～2008사업연도에 대한 과세처분은 중복조사금지원칙을 위반한 것이라는 청구주장의 당부
(1) 청구법인이 제출한 자료에 대하여 본다. (가) OOO제2순환도로 1구간(OOO순환도로) 민간투자사업 실시협약 서(2000.12.29.)의 주요내용은 다음 <표12>와 같다. <표12> 실시협약서의 주요내용 당사자 OOO광역시, OOO제2순환도로 주식회사(OOO도로관리) 개요 OOO광역시와 OOO도로관리는 OOO제2순환도로 1구간OOO 민간투자사업을 시행함에 있어 1997.2.28. 체결한 OOO순환도로 민자유치사업 최초협약을 1999.4.1.자로 발효된 민간투자법 부칙 제2조 및 제4조에 따라 2000.12.29. 변경협약함. 제2조 정의
28. 운영기간: OOO광역시의 준공확인필증 교부일 또는 이 도로 준공전가사용승인일로부터 운영개시일까지의 기간과 이 협약 제4조에 의한 무상사용기간을 합한 기간을 의미함.
30. 관리운영권: 이 사업에 대하여 OOO광역시가 민간투자법 및 이 협약에 따라 사업시행자에게 설정하는 사회간접자본시설 관리운영권을 의미함.
47. 보장기준통행료수입: 별첨4에 명시되어 있는 특정사업연도 추정통행료수입의 85%를 의미함.
48. 환수기준통행료수입: 별첨4에 명시되어 있는 특정사업연도 추정통행료수입의 115%를 의미함. 제3조 사업시행자의 지정 OOO광역시는 민간투자법 및 이 협약에 따라 OOO도로관리를 이 사업에 대한 사업시행자로 지정하고 관리운영권을 설정하며, 사업시행자에게 다음 각 호와 같은 행위를 할 수 있는 자격과 권리를 지정, 승인, 설정 및 부여함.
1. 실시계획 및 이 협약에 따른 이 도로 및 그 유지, 보수, 관리, 운영을 위한 시설의 설계와 건설
2. 공사기간 및 운영기간 동안의 이 사업 부지의 무상사용
3. 제1호에 따라 건설된 이 사업 시설의 민간투자법에 따른 무상사용
4. 관리운영권에 의한 제3호 시설의 유지, 보수, 관리, 운영과 통행료의 부과, 징수 제4조 무상사용기간
① 민간투자법 등 관련규정과 이 협약에서 달리 규정한 경우를 제외하고는 제3조 제3호에 의한 무상사용기간은 운영개시일 (2001.1.1.)로부터 28년간으로 하고 동 기간 동안 제3조 제4호 에 의한 관리운영권이 사업시행자에게 존속하는 것으로 함. 제5조 제반시설의 귀속 이 협약 제31조에 의한 시설의 소유권은 민간투자법 제4조 제1호 및 이 협약에 따라 OOO광역시에 귀속되며, 운영기간 종료후 사업시행자는 이 협약에 따른 무상사용권 및 관리운영권을 OOO광역시에 이양하여야 함. 제10조 총민간사업비 총민간사업비는 2000.12.31. 기준 OOO억원으로 확정함. 제31조 유지관리 대상시설물의 범위 사업시행자가 이 협약에 따라 유지관리할 시설물의 범위는 다음 과 같음.
1. 이 도로(본선 및 램프)
2. 요금징수시설, 각종 교통안내표지판 및 교통정보시설물
4. 이 사업시행과 관련된 이 사업구간 내 기타시설 제38조 수익률 이 사업에 적용할 사업수익률은 세후 실질사업수익률로서 9.34%로 함. 제39조 통행료 구간별 통행료는 별첨7과 같음. 제40조 통행료의 징수
① 사업시행자는 이 협약에 따라 운영기간 동안 이 도로 구간을 통행하는 차량들로부터 통행료를 징수함. 제41조 최초통행료
① 최초통행료는 민간투자사업기본계획상의 수익률 및 사용료 결 정을 위한 함수관계식 및 제38조의 사업수익률에 따라 산출된 소형승용차 기준 OOO원(2000.12.31. 불변가 기준)으로 함.
② OO광역시는 최초통행료 적용시 제1항에서 명시된 산출통행 료와 징수통행료의 차액(OOO원 이상)이 발생한 경우 해당금액을 별도 의 계정으로 적립하여 재정지원금으로 충당함.
③ 최초통행료는 OOO원으로 하고 징수통행료는 OOO원으로 함. 제42조 통행료의 정기적 조정
① 통행료는 무상사용기간 중 원칙적으로 연 1회에 한하여 조정 할 수 있음.
③ 사업시행자는 매 사업연도에 대한 연도별 통행료를 전년도 소비자물가변동의 범위 내에서 대체도로의 상황 등을 감안 하여 결정한 후 광주광역시장에게 신고하여야 함. 제43조 통행료의 부정기적 조정
① 다음 각 호의 사유발생시 이 협약에 정한 원칙과 방식에 따라 통행료를 조정함.
1. 불가항력사유 및 이와 동일시 취급되는 사유로 인하여 사업 시행자에게 손실 또는 비용 등이 발생한 경우
2. 직전연도 실제통행료수입이 보장기준통행료수입에 미달된 경우 3.유료도로법제8조 제1항 단서에 의하지 아니하고 OOO광역시장의 요구에 의해 통행료의 면제 내지는 감면이 요구되는 경우
4. 기타 이 협약에서 인정하는 경우 제44조 통행료 수입보장 및 환수
① 추정통행료수입은 추정교통량에 통행료를 곱한 금액을 의미함.
② OOO광역시는 민간투자사업기본계획이 정한 바에 따라 이 사 업기간 동안 보장기준통행료수입을 보장하기로 함.
④ 환수기준통행료수입을 초과하는 통행료수입은 다음 각 호의 순서에 의거 처리할 수 있음.
1. 본 협약에 의거 OOO광역시가 재정지원하여야 할 금액이 지급되지 않는 경우 그 금액에 충당
2. 통행료수준을 적정수준으로 유지 또는 인하할 필요가 있는 경 우 통행료 인하 또는 무상사용기간 단축
제60조 양도
① 민간투자법 또는 이 협약에 달리 규정된 경우를 제외하고는 사업시행자는 광주광역시의 사전승인 없이 이 협약상 의무를 양도하거나 이전할 수 없음.
② 이 사업의 설계, 건설, 운영, 유지, 보수 등과 관련한 자금을 조달하기 위하여 사업시행자는 대주단에게 이 협약의 이행 과정에서 취득한 각종 재산권을 양도하거나 이에 대하여 담보권을 설정할 수 있음. 제69조 협약의 변경
① 본협약은 협약당사자가 서명(또는 기명날인)한 서명 약정에 의하여만 변경되거나 보완될 수 있음.
② 협약당사자는 본 협약 체결후 제반사정의 변경으로 인하여 본협약을 변경할 필요가 있다고 판단하는 경우 상대방에게 본협약의 변경을 제안할 수 있고, 이 경우 협약당사자는 본협약의 변경여부에 관하여 성실하게 합의하여야 함. 제72조 관리운영권에 대한 근저당권 설정 OOO광역시는 사업시행자가 이 협약에 따라 관리운영권을 설정 받는 즉시 대주단이 관리운영권에 대하여 근저당권을 설정하고 자 할 경우 이에 협조함. 별첨1 OOO순환도로 출자회사 및 지분율: 주식회사 OOO(29%), OOO 건설 주식회사(22%), OOO건설 주식회사(20%), OOO건설 주식회 사(19%), 주식회사 OOO(10%) 별첨4 <추정통행료수입> 연도 금액(백만원) 2001년 OOO 2002년 OOO 2003년 OOO 2004년 OOO 2005년 OOO 2006년 OOO 2007년 OOO 2008년 OOO 2009년 OOO (중략) 2027년 OOO 2028년 OOO 계 OOO 별첨7 <통행료> 유형 본선 지선 산출통행료 징수통행료 산출통행료 징수통행료 소형 OOO원 OOO원 OOO원 OOO원 중형 OOO원 OOO원 OOO원 OOO원 대형 OOO원 OOO원 OOO원 OOO원 (나) OOO의 국세청에 대한 질의문 및 이에 대한 국세청의 답변 에 따르면, OOO는 2008.10.13. 국세청에 민간투자법상 사업시행법인이 특수관계자에게 지급하는 후순위차입금 이자율이법인세법상 당좌 대출이자율보다 높을 경우 당해 사업시행법인에게법인세법상 부 당 행위계산부인 규정이 적용될 수 있는지 여부에 관하여 질의를 하였 고, 국세청 회신문(법인세과-3977, 2008.12.15.)에는 내국법인이 특수관계 자로부터의 차입금에 대한 이자율이 시가보다 높은 경우에는 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것으로, 귀 질의의 후순위차입금에 대한 이자율이 시가보다 높은 경우 부당행위계산 부인의 대상이 되는지 여 부는 후순위차입금 변제조건 및 이에 따른 위험도, 후순위차입금의 이자율 결정과정 등 제반사항을 감안하여 사실판단할 사항이라고 기재되어 있다. (다) OOO광역시장이 2007.4.26. 청구법인에게 송부한 ‘제2순환도로 1구간OOO 민간투자사업 재협상 수정 제안’에 따르면, OOO광역시장은 실시협약서에 따른 보장기준통행료수입과 관련하여 청구 법인에게 ‘85% 28년의 수입보장조건→80% 20년의 수입보장조건’으로 변경할 것을 요청하고, 동 조건의 수용이 어려울 경우 OOO광역시에 O O순환도로의 관리운영권을 매도할 것을 제안한 것으로 나타난다. (라) OOO광역시장이 2011.1.4. 청구법인에게 송부한 ‘제2순환도로 협약변경을 위한 의견 등 관련자료 제출 요청’에 따르면, OOO광역시 장은 청구법인에게 OOO순환도로와 관련하여 법인세율 인하(25%→20%), 하이패스 설치사업 이행, 관리구간(OOOOOOOOO) OOOOOO, OOO OOO OO OOOO, OOO OO OO OOOO OOOOO(OOOOO OOOOOOOO OOO)O OOOOO OOOO OOOOO OO O, OO OO OO O OOOO OO OOO OO OOOOO, OO O OOO OO OO OOOOO OO OOO OO OOO OOOO OOOOOOO OOOO OOOO OOOOO OOO OOOOO OOOO OOO (O) OOOOOOO OOOOO OOOOOO OOOO OOOOOOOOOOO OOO OOOO OOOOO OO OOOOOOOOOOOO OOO OOOOOOOOOOO OOO OOOO (O) OOOOOOOOOO OOOOOO OOO OOOOOO OO OOO OOOOO OOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO OO OO OOOOOOOOOOOOO OOOO OO OOOOO OOOO(OOOO OO OO)O OO OOO OOOOO (O) OOO OOOOO OOOO OOOOOOO, OOOOO OOO OO 간의 쟁점차입금에 대한 대출계약서, 처분청이 청구법인에게 송부한 2005～2009사업연도 법인세 과세표준 등 결정(경정)통지서, OOO회계법인이 청구법인에게 작성하여 제출한 ‘특수관계자간 선후순위 차입거래에 대한 세무상 정상이자율 검토보고서’(2011년 3월) 등을 제출 하였다.
(2) 처분청이 제출한 자료에 대하여 본다. (가) 처분청 소속 세무공무원이 작성한 청구법인에 대한 조사종결보고서(2010.12.27.)의 주요내용은 다음 <표14>와 같다. OOOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOOOO OOOO (나) 과세사실판단자문위원회 의결결과통보서(2010.12.23.)에 따르 면, 처분청은 청구법인과 OOO가 맺은 쟁점차입금 거래가법인세법제52조의 부당행위계산의 부인대상에 해당되는지 여부에 대하여 2010.12.10. 과세사실판단자문위원회에 문의한 바, 과세사실판단자문 위 원회는 청구법인이상법상 주식회사로서 이익추구를 위한 합리 적인 거래행태에서 이탈하는 행위를 하였을 경우 부당행위로 볼 수 있는 바, 청구법인이 취할 수 있는 영업수익인 통행료수입으로 영업비용과 영업외 비용이 지급가능하도록 재무적 계획을 설계하여 거래하는 것이 경제적으로 합리적이다 할 수 있고, 매년 통행료 및 무상사용기간의 조정이 가능하도록 협약이 되어 있음에도 사업의 위험성 때문에 고율의 이자를 지급하기로 하였다는 주장은 설득력이 없는 것으로 보이는 바, 결과적으로 납세자가 투자회사와 맺은 차입거래로 인해 세부담이 부 당하게 감소된 것으로 판단되므로 부당행위계산의 부인규정을 적용함이 타당하다고 기재되어 있다. (다) 그밖에 처분청은 청구법인의 2005～2009사업연도 법인세 과세 표준 및 세액 결정(경정)결의서, 보장통행료수입과 차입금지급내역 분 석자료 등을 제출하였다.
(3) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 특수관계자에 대한 쟁점차입금 이자율이법인세법상 당좌대출이자율보다 높다 하더라도 당해 이자율이 경제적 합리성을 갖는다면 부당행위계산부인대상에 해당하지 않고, 동 차입금의 이자 율의 적정 여부는 차입금 변제조건 및 그에 따른 위험도와 이자율 결 정 과정 등을 고려하여야 하는 바, 쟁점차입금 거래는 민자사업의 특수성 과 위험, 각 차입금의 변제조건․위험도․이자율 결정과정 등을 고려할 때, 경제적 합리성이 있는 거래로서 부당성이 없다고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 통행료 수입으로 영업비용 및 영업외비용의 지급이 가능하도록 재무적 계획을 설계하여 거래하는 것이 경제적 으로 합리적이고, 실시협약상 매년 통행료 및 무상사용기간의 조정이 가능하도록 되어 있으며, 보장기준통행료수입 범위 내에서 영업비용 과 차입금이자를 지급할 경우 선순위차입금 만기시 차입금 원금과 이자 의 상환이 불가하다는 사실이 확인됨에도, 민자사업의 위험성 등으로 인해 OOO에게 적정이자율(당좌대출이자율) 이상의 이자를 지급 하기로 한 거래는 정상적인 사인 간의 거래, 건전한 사회통념을 기준으로 볼 때 부당한 행위에 해당된다는 의견이다. (나)법인세법의 부당행위계산 부인이란 경제인의 입장에서 볼 때, 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려 하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제 적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하는 바(대법원 2006.5.11.선고, 2004두7993판결, 참조), 쟁점차입금에 대한 이자율의 적정 여부는 동 차입금의 발행주체, 상환기간․방법 등 변제조건 및 그에 따른 위험도와 이자율 결정과정 등이 고려되어야 하고, 특히 사회기반시설에 대한 민자사업과 관련된 차입금의 이자율은 민자사업의 수익성, 발전정도 및 위험 등을 감안하여야 한다 하겠다. 청구법인이 OOO순환도로의 관리운영권 등을 인수하기 위하여 2003.1.30. OOO은행으로부터 선순위차입금 OOO억원을 차입하고, 2003.3.21.과 2003.3.28.에 OOO로부터 후순위차입금을 차입하였으며, OOO은행 선순위차입금에 대한 이자율을 ‘3년 만기 AA-회사채 유통 수익률+1.8%’(2004년 청구법인의 감사보고서상 7.25%임)의 변동금리 로 약정하였고, 국민은행으로부터 차입한 선순위차입계약서에는 선순위 원리금 상환을 위한 예금적립, 일정 현금비율 유지, 일정 부채비율 유 지 등이 규정되었으며, OOO로부터 차입한 후순위차입금에 대해서는 지급제한조건이 규정되는 등의 제반 조치가 마련되었고, 이후 2004.10.24. OOO은행의 선순위차입금을 OOO의 쟁점선순위차입금으로 대체하면서 이에 대한 이자율을 10%의 고정금리로 하였으며, 선순위원리금 상환을 위한 예금적립, 일정 현금비율 유지, 일정 부채비율 유지 등의 규정을 삭제하였는 바, 청구법인과 OOO은행은 특수관계에 있지 아니하므로, 기존의 국민은행 선순위차입금에 대한 이자율을 시가로 볼 수 있으며, OOO은행 선순위차입금을 쟁점선순위차입금으로 대체하면서 이자율이 변동금리에서 고정금리로 변경되었고, 선순위원리금 상환을 위한 각종 후순위 대출원리금 지급제한조건이 삭제되었으며, OOO은행 선순위차입금을 쟁점선순위차입금으로 대체할 당시(2004년 10월) 이미 실시협약에 따 라 지급되어야 할 통행료수입 부족액이 수차례에 걸쳐 지연지급되었는바(<표6> 참조), 위와 같은 사정을 감안한다면, 비록, 쟁점선순위차입금의 이자율 10%가 당좌대출이자율(2005～2008사업연도: 9%, 2009사업연도: 8.5%)보다 높다하더라도 이를 근거로 하여 쟁점선순위차입금의 이자율이 적정이자율을 초과하였다고 단정할 수는 없다고 보이는 점, 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금의 경우 쟁점선순위차입 금과 비교하여 원리금의 지급 등에 있어 상환순위가 열위에 있고, 2008년부터 10년간 분할상환하는 쟁점선순위차입금과 달리 만기일시상환 (쟁점운영자금차입금은 조건부로 만기이전 상환가능함)하는 등 상환방법에도 차이가 있으며, 쟁점선순위차입금 원리금의 안정적 상환을 위해 원리금 상환에 제한이 있고, 대출금채권 확보를 위한 담보 또는 지급보증이 설정되지 않는 등 변제에 있어 불리한 조건에 있으므로 이에 대한 프리미엄을 반영하여 쟁점선순위차입금보다는 높은 이자율 을 적용하는 것이 타당한 점, 일반적으로 사회기반시설에 대한 민자사업은 그 기한이 한시적이 고, 실시협약상의 민자사업만이 수익사업으로 그 수익원이 한정적이며, 프로젝트 제안 및 선정, 건설, 완공 후 시설운영 등 여러 단계에 걸쳐 장기간 지속되는 사업으로서 완공 이후 시설운영기간 동안 운영수입 감소 및 운영비용 증가위험, 운영 초기 낮은 수준의 통행량에 따른 수입제한, 정부정책의 변화 및 법규 개정 위험 등 해당 사업기간 동 안 여러 가지 위험에 노출되는바, 실제, 이 건 OOO순환도로의 경우 실시협약상 매년 물가상승률을 반영하여 인상되어야 할 통행료가 상당부분 인상되지 않았고(<표8> 참조), OOO광역시는 두 차례(2007.4.26. 및 2011.1.4.)에 걸쳐 청구법인 에 게 MRG 수준을 낮추자는 제의(2007년의 경우 28년간 85%의 MRG 를 20년간 80%로 감소 제의, 2011년의 경우 보장수익률을 현행 85%에서 76%수준으로 감소 제의)를 하면서 청구법인이 이에 응하지 않을 경 우 OO순환도로의 관리운영권을 OOO광역시에 매도하거나 자체적인 재 정보전 경감대책을 수립하겠다고 통보한 사실이 있는 등 OOO순환도로 관리․운영에는 상당한 위험이 존재하고 있는 것으로 판단되므로, 실 시협약상 매년 통행료 및 무상사용기간의 조정이 가능하도록 규정 되어 있어 이 건 사업의 위험성 때문에 고율의 이자를 지급하기로 하 였다는 청구주장이 일응 설득력이 있는 것으로 보이는 점, OO순환도로 관리․운영과 관련, 실시협약에 따라 청구법인은 O O 광역시로부터 추정통행료수입의 85%에 해당하는 보장기준통행료수입 을 최소운영수입(MRG)으로 보장받을 수는 있으나(추정통행료수입의 115%를 초과하는 금액은 환수됨), 보장기준통행료수입이 최소수입임에도 불구하고, 청구법인이 OOO도로관리로부터 OOO순환도로의 관리운영권을 양수할 당시 최소수입을 기준으로 쟁점차입금 차입․상환 등을 감안하여 미래의 현금흐름을 추정했어야 한다는 처분청 의견(보장기준 통행료수입 범위 내에서 영업비용과 차입금이자를 지급할 경우 선순 위 차입금 만기시 차입금 원금과 이자의 상환이 불가함)이 일정부분 무 리한 측면이 있는 점 등을 종합하여 감안할 때, 처분청으로 하여금 쟁점차입금의 이자율이 적정한지 여부 를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경 정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(4) 쟁점②에 대하여 본다. (가)국세기본법제81조의4(세무조사권 남용 금지) 및 같은 법 시행령 제63조의2(중복조사의 금지)에서 세무공무원은 조세탈루의 혐 의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필 요한 경우, 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우, 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확 인 조사를 하는 경우 등을 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대 하여 재조사를 할 수 없다고 규정되어 있다. (나) 세무조사란 세무공무원이 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따 라 질문을 하고 또 관계서류․장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하며(법인세법제122조,소득세법제170조 등 참조), 한편국세기본법제81조의4 제2항은 특별한 예외적 사유가 없는 한 중복조사를 할 수 없도록 하고 있는 바, 이는 반복적인 세무조사에 의한 납세자의 영업의 자유 등 권익 침해와 과세관청의 자의적인 권 한남용을 방지하고자 하는 것이므로, 위 규정에서 금지한 중복조사에 기한 조세의 부과처분은 위법하다고 할 것(대법원 2006.6.2.선고 2004두12070판결 등 참조)이다. (다) 청구법인은 2009년 OOO지방국세청장이 청구법인의 2004～2008사업연도에 대해 세무조사를 실시하였음에도 불구하고, 2010년 처분청이 청구법인의 2009사업연도에 대한 세무조사를 실시한 후 그 결과를 토대로 청구법인에게 2009사업연도와 함께 2005～2008사업연 도에 대하여 법인세를 부과한 것은국세기본법상 중복조사의 금지 규정 을 위반한 위법한 처분이라고 주장하고 있다. (라) 살피건대, OOO지방국세청장은 2009.6.29.부터 2009.7.31.까지 청구법인의 2004～2008사업연도를 대상기간으로 하여 법인제세 통합조사(제1차 세무조사)를 실시하였고, 이후 처분청은 2010.11.22.부터 2010.12.7.까지 청구법인의 2009사업연도를 대상으로 법인세 부분조사 (제2차 세무조사)를 실시하였으며, 그 결과 2009사업연도에 청구법인 의 OOO에 대한 쟁점차입금 이자율이 적정이자율인 당좌대출이자율을 초과한다는 사실을 확인하고, 이러한 사유가 2005～2008사업연도에도 동일하게 존재한다 하여 청구법인에게 2009사업연도와 함께 2005～2008사업연도에 대해서도 법인세 부과처분을 하였는 바, 처분청이 청구법인에 대한 2차 세무조사 당시 2005～2008사업연도 에 대하여 추가적으로 세무조사 대상기간을 확대하였다거나 추가적으로 자료의 제출을 요구하였다는 등의 사실이 확인되지 아니하여 제2차 세무조사가 2005～2008사업연도를 대상으로 한 중복조사라고 보기는 어려운 측면이 있고, 설령, 제2차 세무조사시 2005～2008사업연도가 세무조사 대상기간 에 포함되었다 하더라도, 쟁점차입금의 이자율은 2003년 3월 차입 당시 및 2004년 10월 차환 당시 결정된 것이고, 그 약정이자율에 따라 2003년부터 매년 동일한 이자율에 따른 이자가 지급되었는 바, 이는 처분청의 제2차 세무조사의 당초 대상기간인 2009사업연도에만 관련 된 것이라 할 수 없으므로, 쟁점차입금의 이자율이 적정이자율의 범위 내에 속하는 것인지에 대한 문제는국세기본법제81조의4 제2항에 서 중복조사 사유로 인정한 “2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있 는 경우”에 해당한다고 봄이 상당하다(서울고등법원 2010.12.9.선고 2009누39126판결 참조)하겠다. 따라서, 청구법인의 2005～2008사업연도에 대한 처분청의 부과처 분이국세기본법제81조의4에 따른 중복조사금지원칙을 위배한 위법한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.