조세심판원 심판청구 조세특례

주무부장관의 자본재 도입물품명세확인서를 통관후에 발급받아 관세 등을 감면신청한 경우, 조세특례제한법과 외국인투자촉진법에서 정한 관세 등의 면제요건을 갖추었다고 볼 수 있는지 여부

사건번호 조심 2012관0137 선고일 2012-11-15 조세심판원

[요지] 관세법에 따라 과세가격 누락 등의 사유로 관세를 징수하는 때에도 관세감면신청을 할 수는 있다고 보이나 이 경우에도 조특법 등에 따른 감면요건을 충족하여야 한다고 할 것이므로 처분청이 도입물품명세확인서를 통관 이후에 발급된 부적법한 도입물품명세확인서로 보아 관세 등에 대한 면세신청의 승인을 거부한 것은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2009.1.29. 영국 소재 OOO 1세트(이하 “쟁점①물품”이라 한다)를 도입하면서 수입신고번호 OOO로 전자서류에 의한 수입신고(이하 “P/L수입신고”라 한다)를 하였고, 처분청은 2009.2.2. 이를 수리하였다. 또한, 2009.3.25. 중국 소재 OOO를 도입하면서 수입신고번호 OOO로 P/L수입신고하였고, 처분청은 2009.3.26. 이를 수리하였다. 한편, 청구법인은 2011.1.18. 독일 소재 OOOOOOOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOOOOOO(OOOOO) 1세트(이하 “쟁점③물품”이라 하고, 쟁점①물품 및 쟁점②물품과 합쳐 “쟁점물품”이라 한다)를 도입하면서 수입신고번호 OOO로 일반서류로 수입신고함과 동시에 관세법 제95조 제1항에 의한 공장자동화 관세감면을 신청하였고, 처분청은 2011.1.20. 수입신고수리 전에 감면신청의 적정성 여부를 심사하여 감면승인 및 수입신고를 수리하였다.
  • 나. 청구법인은 2009.1.14. 기획재정부장관으로부터 “조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의한 고도기술수반사업을 영위하는 경우로 같은 법 시행령 제116조의2의 규정에 의한 조세감면의 기준을 충족한다”라는 조세감면 결정통보를 받았으나, 조세특례제한법 제121조의3 제1항 및 동법 시행령 제116조의5 제1항에 따르면, 고도기술사업에 필요한 자본재를 위 투자신고일로부터 3년(현행법에 의하면 5년) 이내에 그 신고된 내용에 따라 도입하면 관세가 면제되게 되는데, 청구법인은 쟁점물품인 동 자본재를 위 기간(2008.10.15.~ 2011.10.14., 이하 “자본재도입 관세면제기간”이라 한다) 내에 수입하고도 통관지세관에 조세특례제한법에 의한 관세면제신청을 하지 아니하고 수입통관을 완료하였다.
  • 다. 처분청은 2012.1.30.부터 2012.2.10.까지 청구법인에 대하여 수입신고한 세액의 정확성 등을 포함한 수출입 통관 행위 전반에 걸친 적법성에 대한 기업심사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점물품을 수입하면서 ‘장비개조비 등’ 실제지급금액을 누락한 사실을 적발한 후, 2012.2.27. 청구법인에게 쟁점물품에 대한 관세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 부가가치세 OOO, 가산세 OOO, 합계 OOO을 경정·고지하였다.
  • 라. 청구법인은 쟁점물품에 대하여 세액경정통지서(납부고지서)를 받은 날로부터 5일내인 2012.3.5. 조세특례제한법 제121조3 제3항과관세법시행령 제112조 제2항 제1호의 규정에 의거 쟁점물품에 대하여관세OOO,OOO,OOOO,부가가치세 OOO,합계 OOO에 대한“관세 및 부가가치세 면제신청”(이하 ‘감면신청’이라 한다)을 하였고,처분청은 청구법인의 조세특례제한법 감면신청을 검토한 결과, 감면신청서 첨부서류인 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항의 규정에 의한 확인을 받은 자본재의 도입물품명세확인서(이하 ‘도입물품명세 확인서’라고 한다)가 쟁점물품 수입통관(수리) 후인 2012.2.28.에 발급되어, 조세특례제한법 등에서 정한 감면요건을 갖추지 못하고 감면신청을 하였다는 이유 등으로 2012.4.19. 이를 거부하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 외국인투자가 등(이하 ‘외투기업’이라 한다)이 외국인투자촉진법에서 정하는 자본재를 도입하면서 관세 등의 면제를 받기 위해서는, ① 해당 자본재가 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호의 ‘고도의 기술을 수반하는 사업’에 직접 사용될 것 ② 외투기업이 외국투자가로부터 출자 받은 대외지급수단 또는 내국지급수단으로 그 범위 내에서 도입할 것 ③ 외국인투자촉진법 제5조(신주 등의 취득에 의한 외국인투자)의 규정에 의한 신고를 한 날로부터 3년 이내에 수입신고가 완료된 것일 것의 실체적인 요건을 갖추어야 하는 바, 청구법인은 외투기업으로서 기획재정부로부터 2009.1.14. 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호의 고도기술업체로 조세감면결정을 받는 등 감면법령 등에서 정한 실체적인 요건을 모두 갖추어, 관세법 시행령 제112조(관세감면신청) 제1항 및 조세특례제한법 시행규칙 제51조의5(관세 등의 면제신청)의 규정에 따라 감면신청을 하였음에도, 처분청이 청구법인이 감면신청 시 첨부서류로 제출한 ‘도입물품 명세확인서’가 통관 후에 발급됨으로써, 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항 “자본재 등을 도입하려는 자는 ~중략~ 도입물품명세서를 작성하여 통관 전에 주무부장관에게 그에 관한 검토·확인을 신청하여야 한다”라는 규정(이하 ‘쟁점조항’이라 한다)을 위반하였다는 이유로 청구법인의 관세감면 신청권리를 제한하는 것은 부당하다. (2)이 사건 쟁점조항은 ‘도입물품 명세확인서’를 신청하는데 있어 절차를 정하기 위한 임의적 내지는 행정편의적인 규정에 불과할 뿐으로, 발급된 ‘도입물품 명세확인서’에 대한 어떠한 실체적인 효력을 결정할 수 있는 조항은 아니다. 특히, 외국인투자촉진법 시행령제38조 제2항의 “통관 전”이라는 규정은관세법, 조세특례제한법, 외국인투자촉진법 등 이 사건 관련 법률 어디에서도 위임한 바가 없는 것으로, 단순히 집행에 필요한 절차나 형식을 정하는 것에 불과하여 청구법인의 권리를 제한하는 규정으로 해석할 수 없으므로 처분청이 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항의 “통관 전”이라는 규정을 근거로 청구인의 관세감면 신청권리를 제한하는 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인 스스로의 태만에 기인하여 수입통관 시 조세특례제한법에 의한 감면신청 기회를 상실하고서, 사후에 쟁점조항에 대한 해석을 달리하여 관세 등을 면제받고자 하는 부당한 주장임이 명백하다. ‘수입신고수리 전에 관계서류를 갖추어 관세감면신청을 하여야 한다’는 절차규정은 관세법 제정 이래 줄곧 지켜져 온 관세감면신청 기본원칙으로서 엄격한 강행규정이다. 따라서 이 사건 쟁점조항에 대한 해석도 ‘권리위에 잠자는 자의 법익은 보호받지 못한다’는 법언 대로 법적인 안전성을 도모하고, “조세법률주의 원칙상 ~중략~ 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2002두9537, 2003.1.24. 외 다수)”는 조세법 엄격해석 원칙에 맞도록 해석함이 마땅하다.

(2) 청구법인의 감면신청을 거부한 가장 핵심적인 이유는 “외국투자가 또는 외국인투자기업이 조세특례제한법에 의한 관세를 면제받으려면 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 하고, 기획재정부령은 면제신청을 하고자 하는 자는 면제신청서에 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항의 규정에 의한 확인을 받은 자본재의 도입물품명세확인서 사본 1부 등을 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다”는 강행규정의 요건을 이행하지 못하였다. 즉, 청구법인이 제출한 자본재의 도입물품명세확인서가 외국인투자촉진법 시행령 제38조제2항의 규정(~자본재 등의 수량ㆍ규격ㆍ가격 및 제작자 등을 명시한 도입물품명세서를 작성하여 통관 전에 주무부장관에게 그에 관한 검토ㆍ확인을 신청하여야 한다)을 위반하였으므로, 청구법인은 이 사건 쟁점 물품에 관하여 조세특례제한법과 외국인투자촉진법에서 정한 관세 등의 면제요건을 갖추지 못한 것이다. 이미 답변서에서 거증한 동일·유사 판례OOO에서도 수입통관 이후에 발급된 ‘도입물품명세확인서’를 제출하여 사후에 관세감면 신청한 경우에는 조세특례제한법과 외국인투자촉진법에서 정한 관세 등의 감면요건을 갖추지 못한 것으로 판시하고 있다.

(3) 따라서 처분청이 조세특례제한법외국인투자촉진법에서 정한 관세 등의 감면요건을 갖추지 못한 청구법인의 감면신청을 거부한 것은 적법·정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 주무부장관의 ‘자본재 도입물품명세확인서’를 통관(수입신고수리)후에 발급받아 관세 등을 감면 신청한 경우에 조세특례제한법외국인투자촉진법에서 정한 관세 등의 면제요건을 갖추었다고 볼 수 있는 지 여부
  • 나. 관련법령 등 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령은 아래와 같다.

(1) 관세법 제16조(과세물건 확정의 시기)관세는 수입신고(입항전수입신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 때의 물품의 성질과 그 수량에 따라 부과한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대하여는 각 해당 호에 규정된 때의 물품의 성질과 그 수량에 따라 부과한다. 제17조(적용 법령)관세는 수입신고 당시의 법령에 따라 부과한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대하여는 각 해당 호에 규정된 날에 시행되는 법령에 따라 부과한다. 제38조(신고납부)① 물품(제39조에 따라 세관장이 부과고지하는 물품은 제외한다)을 수입하려는 자는 수입신고를 할 때에 세관장에게 관세의 납부에 관한 신고(이하 "납세신고"라 한다)를 하여야 한다.

② 세관장은 납세신고를 받으면 수입신고서에 기재된 사항과 이 법에 따른 확인사항 등을 심사하되, 신고한 세액에 대하여는 수입신고를 수리한 후에 심사한다. 다만, 신고한 세액에 대하여 관세채권을 확보하기가 곤란하거나, 수입신고를 수리한 후 세액심사를 하는 것이 적당하지 아니하다고 인정하여 기획재정부령으로 정하는 물품의 경우에는 수입신고를 수리하기 전에 이를 심사한다. 제38조의3(수정 및 경정)③ 세관장은 납세의무자가 신고납부한 세액, 납세신고한 세액 또는 제2항에 따라 경정청구한 세액을 심사한 결과 과부족하다는 것을 알게 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 세액을 경정하여야 한다. 제39조(부과고지) ② 세관장은 과세표준, 세율, 관세의 감면 등에 관한 규정의 적용 착오 또는 그 밖의 사유로 이미 징수한 금액이 부족한 것을 알게 되었을 때에는 그 부족액을 징수한다. 제95조(환경오염방지물품 등에 대한 감면세)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품으로서 국내에서 제작하기 곤란한 물품이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다.

3. 기계·전자기술 또는 정보처리기술을 응용한 공장 자동화 기계·기구·설비(그 구성기기를 포함한다) 및 그 핵심부분품으로서 기획재정부령으로 정하는 것 제108조(담보 제공 및 사후관리)② 이 법이나 그 밖의 법률·조약·협정 등에 따라 용도세율을 적용받거나 관세의 감면 또는 분할납부를 승인받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 조건의 이행 여부를 확인하는 데에 필요한 서류를 세관장에게 제출하여야 한다. 제109조(다른 법령 등에 따른 감면물품의 관세징수)① 이 법 외의 법령이나 조약·협정 등에 따라 관세가 감면된 물품을 그 수입신고 수리일부터 3년 내에 해당 법령이나 조약·협정 등에 규정된 용도 외의 다른 용도로 사용하거나 양도하려는 경우에는 세관장의 확인을 받아야 한다. 다만, 해당 법령이나 조약·협정 등에 다른 용도로 사용하거나 양도한 경우에 해당 관세의 징수를 면제하는 규정이 있을 때에는 그러하지 아니하다.

(2) 관세법 시행령 제32조(납세신고)① 법 제38조 제1항의 규정에 의하여 납세신고를 하고자 하는 자는 제246조의 규정에 의한 수입신고서에 동조 각호의 사항외에 다음 각호의 사항을 기재하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 당해 물품의 관세율표상의 품목분류·세율과 품목분류마다 납부하여야 할 세액 및 그 합계액

2. 법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 의하여 관세의 감면을 받는 경우에는 그 감면액과 법적 근거 제112조(관세감면신청)①법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 의하여 관세의 감면을 받고자 하는 자는 당해 물품의 수입신고수리전(법 제39조 제2항의 규정에 의하여 관세를 징수하는 때에는 당해 납부고지를 받은 날부터 5일 이내)에 다음 각호의 사항을 기재한 신청서를 세관장에게 제출하여야 한다. 다만, 관세청장이 정하는 경우에는 감면신청을 간이한 방법으로 하게 할 수 있다.

1. 감면을 받고자 하는 자의 주소·성명 및 상호

2. 사업의 종류(업종에 따라 감면하는 경우에는 구체적으로 기재하여야 한다)

3. 품명·규격·수량·가격·용도와 설치 및 사용장소

4. 감면의 법적 근거

5. 기타 참고사항

② 제1항의 규정에 의한 신청서에 첨부하여야 하는 서류와 그 기재사항은 기획재정부령이 정하는 바에 의한다. 제129조(관세감면 및 분할납부 승인물품의 반입 및 변경신고)①법 제83조·법 제89조 제1항 제2호·법제90조·법 제91조·법 제93조·법 제95조, 법 제98조 및 법 제107조의 규정에 의하여 용도세율의 적용, 관세의 감면 또는 분할납부의 승인을 얻은 자는 설치 또는 사용할 장소에 당해 물품을 수입신고수리일부터 1월내에 반입하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 설치 또는 사용할 장소에 물품을 반입한 자는 당해 장소에 다음 각호의 사항을 기재한 장부를 비치하여야 한다.

1. 당해 물품의 품명·규격 및 수량

2. 당해 물품의 가격과 용도세율의 적용, 관세의 감면 또는 분할납부에 관한 사항

3. 당해 물품의 수입신고번호·수입신고수리 연월일과 통관지세관명

4. 설치 또는 사용장소에 반입한 연월일과 사용개시 연월일

5. 설치 또는 사용장소와 사용상황 (이하 생략) 제132조(감면 등의 조건이행의 확인)① 세관장은 용도세율의 적용, 관세의 감면 또는 분할납부의 승인을 받은 물품에 대하여 관세청장이 정하는 바에 따라 당해 조건의 이행을 확인하기 위하여 필요한 조치를 할 수 있다.

② 법 제108조 제2항에 규정하는 서류는 관세청장이 정하는 바에 따라 통관세관장 또는 관할지세관장에게 제출하여야 한다. 제134조(다른 법령·조약 등에 의한 감면물품의 용도외 사용 등의 확인신청)법 제109조 제1항의 규정에 의한 확인을 받고자 하는 자는 제120조 제1항에 정하는 사항과 당해 물품의 관세감면의 근거가 되는 법령·조약 또는 협정 및 그 조항을 기재한 확인신청서에 동 법령·조약 또는 협정의 규정에 의하여 당해 물품의 용도외 사용 또는 양도에 필요한 요건을 갖춘 것임을 증빙하는 서류를 첨부하여 관할지 세관장에게 제출하여야 한다.

(3) 조세특례제한법 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업 제121조의3(관세 등의 면제)① 제121조의2 제1항 제1호 및 제2호의 사업에 필요한 다음 각 호의 자본재(외국인투자촉진법 제2조제1항 제9호에 따른 "자본재"를 말한다. 이하 이 장에서 같다) 중 대통령령으로 정하는 자본재가 외국인투자촉진법 제5조 제1항에 따라 신고된 내용에 따라 도입되는 경우에는 관세·개별소비세 및 부가가치세를 면제한다.

1. 외국인투자기업이 외국투자가로부터 출자받은 대외지급수단 또는 내국지급수단으로 도입하는 자본재

2. 외국투자가가 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제8호에 해당하는 출자목적물(이하 이 장에서 "출자목적물"이라 한다)로 도입하는 자본재

③ 외국투자가 또는 외국인투자기업은 제1항에 따라 관세·개별소비세 및 부가가치세를 면제받거나 제2항에 따라관세를 면제받으려면 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다. 제121조의5(외국인투자에 대한 감면세액의 추징)② 세관장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의3에 따라 면제된 관세·개별소비세 및 부가가치세를 추징한다.

2. 출자목적물이 신고된 목적 외의 목적에 사용되거나 처분된 경우

(4) 조세특례제한법 시행령 제116조의8(관세 등의 추징)① 법 제121조의5 제2항에 따른 관세·개별소비세 및 부가가치세의 추징은 다음 각 호의 기준에 의한다.

2. 법 제121조의5 제2항 제2호의 경우: 관세법에 의한 수입신고수리일부터 3년(개별소비세 및 부가가치세의 경우에는 5년)이내에 신고된 목적외에 사용하거나 처분하는 자본재에 대하여 감면된 세액 추징

(5) 조세특례제한법 시행규칙 제51조의5(관세 등의 면제신청)법 제121조의3 제3항의 규정에 의하여 관세ㆍ특별소비세 및 부가가치세의 면제신청을 하고자 하는 자는 관세ㆍ특별소비세ㆍ부가가치세 면제신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 당해사업이 법 제121조의2 제1항의 규정에 의한 법인세등의 감면대상이 되는 사업임을 증명하는 서류 사본 1부

2. 당해자본재가 법 제121조의3 제1항 각호의 1에 해당하는 것임을 증명하는 서류 사본 1부

3. 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항의 규정에 의한 확인을 받은 자본재의 도입물품명세확인서 사본 1부

(6) 외국인투자 촉진법 제5조(신주 등의 취득에 의한 외국인투자)① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액, 외국인투자비율(외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유 주식등의 비율을 말한다. 이하 같다) 등 대통령령으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 제21조(외국인투자의 사후 관리)① 외국투자가 또는 외국인투자기업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우(증자로 인하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우를 포함한다)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 외국인투자기업의 등록을 하여야 한다.

1. 출자목적물의 납입을 마친 경우 제29조(도입자본재 등의 검토·확인)① 외국투자가 또는 외국인투자기업은 이 법에 따라 도입되는 조세감면 대상 자본재 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자본재 또는 제2조 제1항 제4호 다목 및 라목에 해당하는 외국인투자를 하기 위하여 도입하는 자본재가 아닌 물품(이하 이 조에서 "자본재 등"이라 한다)을 도입하는 경우에는 주무부장관의 검토·확인을 받을 수 있다.

② 제1항에 따라 주무부장관의 검토·확인을 받은 자본재 등은 대외무역법에 따른 수입승인을 받은 것으로 본다.

(7) 외국인투자촉진법 시행령 제38조(도입자본재 등의 검토ㆍ확인)① 법 제29조 제1항에서 "이 법에 따라 도입되는 조세감면 대상 자본재 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자본재"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 조세특례제한법 제121조의3 제1항에 따라 관세ㆍ개별소비세 및 부가가치세의 면제 대상이 되는 자본재

2. 외국투자가가 출자(출연을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 목적물로 도입하는 자본재

② 제1항 각 호의 자본재 및 법 제2조 제1항 제4호 다목 및 라목에 해당하는 외국인투자를 하기 위하여 도입하는 자본재가 아닌 물품(이하 이 항에서 "자본재 등"이라 한다)을 도입하려는 자는 자본재 등의 수량ㆍ규격ㆍ가격 및 제작자 등을 명시한 도입물품명세서를 작성하여 통관 전에 주무부장관에게 그에 관한 검토ㆍ확인을 신청하여야 한다. 제40조(권한의 위임ㆍ위탁)③ 주무부장관은 제38조 제2항에 따른 검토ㆍ확인에 관한 업무를 외국환은행의 장 및 대한무역투자진흥공사의 장에게 위탁한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①물품에 대한 처리경위에 대하여 살펴보면, (가) 쟁점①물품은2009.1.29. 청구법인은 쟁점①물품을 정인합동관세사무소OOO를 통하여 수입신고하면서, 거래품명 OOOOOOOOOO OOOO OOOOOOO, OOOO OOOOOOO-OOOO, 관세율 0%로 수입신고하였고, 처분청은 2009.2.2. 수입신고된 내용대로 즉시 수리하였다. (나) 2009.6.30. 청구법인은 쟁점①물품에 대한 세액산출의 기초가되는 품목분류에 오류가 있는 것을 알고서 수입·납세신고(세번부호) 정정 및 해당 세액을 보정하여 줄 것을 신청하였고, 처분청은 같은 날 동 보정신청을 아래의 <표>와 같이 승인하였다. OOOO(OO)OO(OOOOOOOOOO) (다) 2012.130.부터 2012.2.10.까지 처분청은 청구법인에 대한 통관적법성 사후심사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점①물품에 부가적으로설치된 바코드스캐너 설치비용OOO을 과세가격 신고 시 누락한 것을 적발하여, 2012.2.27. 아래의 <표>와 같이 세액경정(추징)하였다. OOOOO OOOO(OO) OO(OOOOOOOOOO) (라) 청구법인은 위 세액경정(추징)액에 대한 납부고지서를 수령한 날로부터 5일 이내인 2012.3.5. 관세법시행령 제112조 제2항 제1호 및 조세특례제한법 제121조3 제3항 규정에 의거, 동 쟁점①물품에 대하여 아래의 <표>와 같이 관세·부가가치세 면제신청을 하였다. OOOOO O OOOOO(OOOOO)

(2) 쟁점②물품에 대한 처리경위에 대하여 살펴보면, (가) 2009.3.25. 청구법인은 쟁점②물품을 OOO사무소OOO를 통하여 수입신고하면서, 거래품명 OOO, 관세율 8%로 수입신고하였고, 처분청은 2009.3.26. 수입신고된 내용대로 즉시 수리하였다. (나) 처분청은 2012.130.부터 2012.2.10.까지 청구법인에 대한 통관적법성 사후심사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점②물품의 장비개조비용 OOO을 과세가격 신고시 누락한 것을 적발하여, 2012.2.27. 아래의 <표>와 같이 세액경정(추징)하였다. OOOO(OO) OO(OOOOO) (다) 청구법인은 위 세액경정(추징)액에 대한 납부고지서를 수령한 날로부터 5일 이내인 2012.3.5. 관세법시행령 제112조 제2항 제1호 및 조세특례제한법 제121조3 제3항 규정에 의거, 동 쟁점②물품에 대하여 아래의 <표>와 같이 관세·부가가치세 면제신청을 하였다. OOOOO O OOOOO(OOOOO) (3)쟁점③물품에 대한 처리경위에 대하여 살펴보면, (가) 2011.1.18. 청구법인은 쟁점③물품을 관세법인OOO을 통하여 수입신고하면서, 거래품명 OOO, 관세율 8%로 수입신고함과 동시에 관세법 제95조 제1항에 의한 공장자동화 관세감면 신청을 하였고, 처분청은 수입신고수리 전에 감면신청의 적정성 여부를 심사한 후, 2011.1.20. 관세 OOO을 감면승인하여 수입신고를 수리하였다. (나) 처분청은2012.130.부터 2012.2.10.까 청구법인에 대한 통관적법성 사후심사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점③물품의 포장·운송비용 OOO를 수입후 설치비용에 포함시켜 공제금액을 과다하게 책정 신고함으로써 과세가격을 과소 신고한 것을 적발하여, 2012.2.27. 아래의 <표>와 같이 세액경정(추징)하였다. OOOOO OOOO(OO) OO(OOOOOOOOOO) (다) 청구법인은 위 세액경정(추징)액에 대한 납부고지서를 수령한 날로부터 5일 이내인 2012.3.5. 관세법시행령 제112조 제2항 제1호 및 조세특례제한법 제121조3 제3항 규정에 의거, 동 쟁점③물품에 대하여 아래의 <표>와 같이 관세·부가가치세 면제신청을 하였다. OOOOO O OOOOO(OOOOO) O OOOOOOOO OO OO O OOOO OO O, O OOOOO OOOOOOOO(OO,OOO,OOOO)O OO OOO

(4) 2009.1.14. 청구법인은 기획재정부장관으로부터 “조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의한 고도기술수반사업을 영위하는 경우로 같은 법 시행령 제116조의2의 규정에 의한 조세감면의 기준을 충족한다”라는 조세감면 결정통보를 받았다. 그러나 조세특례제한법 제121조의3 제1항 및 동법 시행령 제116조의5 제1항에 따르면, 고도기술사업에 필요한 자본재를 위 투자신고일로부터 3년(현행법에 의하면 5년) 이내에 그 신고된 내용에 따라 도입하면 관세가 면제되게 되는데, 청구법인은 위 자본재를 자본재도입 관세면제기간(2008.10.15.~2011.10.14.) 안에 수입하고도 세관에 조세특례제한법에 의한 관세면제신청을 하지 아니하고 수입통관을 완료하였다.

(5) 처분청은쟁점①물품과 쟁점②물품의 경우는청구법인이 수입신고할 당시 관세법 또는 타법령(조세특례제한법 등)에 의한 어떠한 관세감면신청을 하지 아니하고 수입신고 수리하였으나, 쟁점③물품의 경우는 청구법인이 당초 수입신고 시 관세법 제95조 제1항 제4호에 의한 공장자동화 관세감면 신청을 하였고, 처분청은 동 쟁점③물품이 동법 제8조 제1항에서 정하는 수입신고수리전 세액심사 대상물품에 해당하여, 수입신고수리 전에 관세감면 신청의 적정 여부에 대하여 심사를 한 후 수입신고를 수리하였으며, 동 쟁점③물품은 수입신고가 수리된 후, 동 물품의 설치장소(경북 경주 강동 왕신 1056번지)를 관할하는 포항세관이 6개월간 사후관리를 실시하였고, 2011.7.20. 사후관리가 종결되었다.

(6) 2012.2.27. 처분청은 통관적법성 사후심사결과 청구법인이 자본재도입 면제기간이내에 수입통관한 쟁점물품에 대하여 아래의 <표>와 같이 과세가격누락을 이유로 관세 등을 추징하면서 청구법인에 대하여 쟁점물품에 대한 세액경정통지서OOO와 납부고지서OOO를 발급(송달)하였다. OOOOOOOOO OOOO OOO OOOOO OO

(7) 2012.2.28. 청구법인은 자본재도입명세서 검토·확인업무 수탁기관인 OOO에서 ‘도입물품명세확인서OOO’를 발급받았다.

(8) 2012.3.5. 청구법인은 처분청에 조세감면결정서 사본, 외국인투자신고수리서 사본과 도입물품명세확인서를 첨부하여 관세 및 부가가치세 감면신청을 하였다.

(9) 2012.4.19. 처분청은 관세 및 부가가치세 감면신청을 거부하고, 청구법인에게 이를 통보OOO” 하였고, 처분청의 거부처분 사유및쟁점물품별 “관세 등 면제신청” 거부처분 금액은아래와 같다. <처분청의 거부처분 사유> 처분청은 청구법인이 면세신청한 3건에 대하여 2012.4.19. 조세특례제한법 제121조의3 제3항에 규정에 의하여 관세 등의 면제를 신청하고자 하는 자는 동법 시행규칙 제51조의5 및 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항의 규정에 의한 확인을 받은 자본재 도입물품명세확인서 사본을 제출하도록 되어 있고, 동 확인서는 자본재 등의 수량, 가격 및 제작자 등을 명시한 도입물품명세서를 작성하여 통관 전에 주무부장관의 검토·확인을 신청하여야 한다고 규정하고 있으나, 청구법인이 처분청에 제출한 도입물품명세확인서는 통관 이후인 2012.2.22. 주무부장관에게 확인신청하고 2012.2.28. 발급되어 조세특례제한법에서 정한 감면요건을 갖추지 못하였다”라는 이유로 청구법인의 면세신청에 대하여 승인을 거부하였다. OOOOOOOOO OOO O OOOOO OOOO OOOOOO

(10) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 쟁점에 대하여살펴본다. (가) 조세특례제한법 제121조의3 제3항, 같은 법 시행규칙 제51조의5 및 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항의 규정에 의하면, 관세 등의 면제를 신청하고자 하는 자는 자본재 도입물품명세확인서 사본을 제출하도록 되어 있고, 동 확인서는 자본재 등의 수량, 가격 및 제작자 등을 명시한 도입물품명세서를 작성하여 통관 전에 주무부장관의 검토·확인을 신청하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 또한, 관세법 시행령 제112조 제1항에 의하면, 처분청이 관세법 제39조 제2항의 규정에 의거 운임 등 과세가격 누락 등의 사유로 관세를 징수하는 때에는 납세자는 당해 납부고지를 받은 날부터 5일 이내에 관세감면신청을 할 수 있도록 규정하고 있다. (다) 따라서, 처분청이 관세법 제39조 제2항의 규정에 의거 운임 등 과세가격 누락 등의 사유로 관세를 징수하는 때에도 관세감면신청을 할 수는 있다고 보이나, 이 경우에도 조세특례제한법 제121조의3 제3항, 같은 법 시행규칙 제51조의5 및 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항에서 규정하는 감면요건은 충족하여야 한다고 할 것이므로 처분청이 이 건 도입물품명세확인서를 통관 이후에 발급된 부적법한 도입물품명세확인서로 보아 이 건 관세 등에 대한 면세신청의 승인을 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 관세법 제131조와 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)