기업부설연구소에 사용할 목적으로 건축중인 토지를 기업부설연구소용에 직접 사용하는 토지로 보아 재산세를 감면할 수 있는지 여부

[주 문] OOO이 2011.9.8. 청구법인에게 한 재산세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 청구법인이 2011년 재산세 과세기준일 현재 소유하고 있는 OOO 1필지 토지 1,758.4㎡에 대하여 당초 청구법인이 취득신고를 하면서 기업부설연구소용으로 사용한다고 감면신청을 한 비율에 해당하는 면적과 관련한 재산세 및 지방교육세를 면제한 세액으로 이를 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2011년 재산세 과세기준일(6.1) 현재 청구법인이 보유하고 있는 OOO 1필지 토지 1,758.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 기업부설연구소용 토지에 해당되지 아니하고 건축중인 토지이므로 별도합산과세대상으로, OOO 토지상의 OOO 중 701호의 부속토지 48.4㎡에 대하여는 분리과세대상으로, 702호 및 703호의 부속토지 133.2㎡는 기업부설연구소용 토지로서 면제대상으로 각각 분류하여 2011.9.8. 청구법인에게 2011년 정기분 재산세 OOO, 교육세 OOO, 합계 OOO을 결정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 쟁점토지가 기업부설연구소를 건축중인 토지이므로 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소용으로 직접 사용하는 토지에 해당되지 아니하기 때문에 재산세 감면대상에 해당되지 아니한다는 의견이나, 청구법인은 기업부설연구소를 신축할 목적으로 쟁점토지를 취득한 후 2011.3.10. OOO으로부터 이전승인을 받았으며, 토지 취득시에도 기업부설연구소로 사용할 계획이라는 사용계획서를 제출하였고, 2011.5.20. 건축물 신축공사에 착공하여 2011년 재산세 과세기준일 현재 건축공사가 진행중인 바, 지방세특례제한법 시행령제23조의 감면요건은 건축물 건축 당시 관련기관의 인정을 받을 것을 요구하는 것이 아니라 건축후 4년 이내에 인정을 받으면 족하다 할 것이고OOO, 다른 판례에서는 지방세면제대상인 연구소로 인정을 받아 연구활동을 하여 오던 기존의 기업부설연구소를 이전하는 경우에는 면세규정의 입법취지에 비추어 볼 때 다시 OOO의 면세대상 연구소로 인정을 받아야 할 필요가 없다고 판결OOO하고 있고, 질의회신사례OOO에서도 “기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위하여 건축중인 토지에 대하여 재산세 면제대상에 해당된다.”고 해석하고 있으며,지방세특례제한법 시행령제45조에서 “직접 사용의 범위에는 감면대상업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.”고 규정하고 있는 점에 비추어, 처분청이 쟁점토지상에 건축물 건축공사가 진행중이라는 사유로 기업부설연구소용에 직접 사용하는 토지에 해당되지 아니한다고 보아 이를 별도합산과세대상으로 분류하여 토지분 재산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점토지를 기업부설연구소용으로 취득하면서 취득세를 감면받았으며, 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제23조의 규정에 의하여 기업부설연구소는 건축물 건축 당시 관련기관의 인정을 받을 것을 요구하지 아니하고 건축 후 4년 이내에 인정을 받으면 족하다고 주장하나 당해 규정은 취득세에 국한된다 할 것이며, 또한, 청구법인은 지특법 제45조에서 “법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축중인 경우를 포함한다.”고 규정하고 있고, 청구법인의 경우에도 쟁점토지상에 기업부설연구소를 건축중이므로 재산세 감면대상에 해당된다고 주장하나, 질의회신사례에서 “재산세 과세기준일 현재 다른 지역으로 이전하기 위하여 건축중인 경우는 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 해당되지 아니한다고”고 해석OOO하고 있으며, 경기도에서 발행한 실무해설자료에서도 “직접 사용의 범위에 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축중인 경우를 포함하되, 개별적인 감면요건을 확인하여야 한다고 해설하면서 예시로 건축중인 기업부설연구소용의 부속토지를 언급하고 있는 점에 비추어, 청구법인이 기업부설연구소 이전을 목적으로 쟁점토지를 취득하여 취득세를 감면받았다 하더라도 재산세 감면대상에는 해당되지 아니한다 할 것이므로 이 건 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 종전의 기업부설연구소를 이전할 목적으로 토지를 취득하여 재산세 과세기준일 현재 건축물을 신축 중에 있으므로 당해 토지는 기업부설연구소용으로 직접 사용하는 토지로서 재산세 감면대상에 해당된다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 지방세특례제한법 제46조【연구개발 지원을 위한 감면】① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(2) 구 지방세특례제한법 시행령(2011.6.24. 대통령령 제22396호로 개정되기 전의 것) 제23조【기업부설연구소】① 법 제46조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법제7조제1항제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제15조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

② 법 제46조제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서”란 기술개발촉진법 시행령 제15조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 기업부설연구소 또는 기업의 연구개발전담부서를 말한다. 제45조【직접 사용의 범위】법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011.5.6. 쟁점토지를 취득한 후 2011년 6월에 취득신고와 함께 감면신청을 하여 쟁점토지 중 51.276%에 해당하는 면적은 기업부설연구소용으로 사용할 계획이라는 사용계획서를 제출하여 취득세 등을 감면받은 것으로 취득신고서 및 지방세 감면신청서에 나타난다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2011.5.9. 건축연면적을 4,465.92㎡로, 건축물의 용도를 공장(도시형공장)/교육연구시설(연구소)로 하여 건축허가를 받아 2011.5.20. 착공신고를 하고 건축공사에 착공하여 2011.12.19. 임시사용승인을 받은 사실이 건축허가서, 착공신고서 및 임시사용승인통보 공문OOO에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 2006.10.11. OOO 내지 703호에 대하여 기업부설연구소로 신고를 하여 2006.11.1.부터 사단법인 OOO으로부터 기업부설연구소인정서를 교부받은 것으로 나타난다.

(4) 이에 대하여 처분청은 기업부설연구소를 이전할 목적으로 토지를 취득하여 건축중인 경우에는 재산세 감면대상에 해당되지 아니한다는 의견이고, 청구법인은 지특법 시행령 제45조에서 ‘직접 사용의 범위’에 건축 중인 경우를 포함한다고 규정하고 있으므로 건축중인 기업부설연구소용 건축물의 부속토지는 재산세 감면대상에 해당된다고 주장하므로 이를 살펴보면, (가)지방세특례제한법제46조제1항에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령제45조에서토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다고 규정하고 있는 바, (나) 청구법인의 경우 종전에 기업부설연구소로 인정서를 교부받아 기업부설연구소를 설치·운영하다가 당해 기업부설연구소를 이전할 목적으로 쟁점토지를 취득한 사실이 인정되고, 종전에 연구소를 운영하다가 이를 이전하기 위하여 2011년 재산세 과세기준일 현재 쟁점토지상에 공장과 연구소 용도의 건축물을 신축 중에 있었던 사실이 확인되고 있으므로 쟁점토지 중 기업부설연구소용 건축물의 부속토지에 해당되는부분은지방세특례제한법 시행령제45조의 문언상 재산세 감면대상에 해당된다고 보여지고, 처분청의 의견과 같이 기업부설연구소용으로 이전할 목적으로 토지를 취득하여 건축중에 있는 경우에는 직접 사용의 범위에서 제외된다고 볼 수 있는 아무런 합리적인 근거를 찾을 수 없다 하겠으므로, 처분청이 쟁점토지에 대하여 기업부설연구소용 건축물을 신축중에 있는 경우에는 재산세 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 이 건 재산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.