대도시 외의 법인이 대도시내로 본점을 사실상 전입하였다고 보아 쟁점건축물에 대하여 등록세를 중과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2008.8.6. 취득한 OOO OOO OOO OOO OOO-OO외 1필지 토지 459㎡와 2009.5.14. 그 지상에 신축한 근린생활시설용 건축물 640.84㎡(그 부속토지를 포함하여 이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여 각각 소유권이전등기와 소유권보존등기를 하고지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항 제3호 및 제4호에서 규정한 표준세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 이 건 건축물 중 청구법인이 사장실, 회의실 등으로 사용하는 152.21㎡(부속토지 52.9㎡를 포함하여 이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대한 등기는 대도시 외 법인이 대도시 내로 본점 전입에따른부동산 등기로 보아 이 건 건축물의 취득가액 OOO을 쟁점건축물의 면적 비율로 안분한 OOO(토지 OOO / 건물 OOO)을 과세표준으로 하고지방세법제138조 제1항 제3호에서 규정한 등록세 중과세율(1,000분의 60)을 적용하여 산출한세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 OOO, 지방교육세O,OOO,OOOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2011.9.12. 청구법인에게부과 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 2010.7.27. 이 건 건축물의 사용현황을 확인한 후, 이 건 건축물 외벽에 청구법인의 로고가 설치되어 있고, 이 건 건축물 내 쟁점건축물에 청구법인의 사장실, 회의실 및 임직원의 책상이 있다는사유로 쟁점건축물에 대한 등기를 대도시외 법인인 청구법인이 대도시내로 본점 이전에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세하였으나,청구법인은 이 건 건축물을 신축한 후 쟁점건축물을 포함한 이 건 건축물 전부를 관계회사인 주식회사 OOO 유한책임회사에 임대하였으며, 청구법인의 영업부 등에서 이 건 건축물의 일부를 업무공간으로 종종 사용한 사실만 있지만 본점으로는 사용한 사실이없음에도 처분청이 쟁점건축물에 대한 등기를 대도시 내로 본점 전입에따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법령에서 지점 등이라 함은지방세법 시행규칙(2010.12.23. 행정안전부령 제176호로 개정되기 전의 것) 제55조의2에 의한 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 지칭하고 있는바, 그 업무의 내용과 수행범위, 의사결정 및 참여 수준에 따라사실상 본점의 업무를 수행하고 있는 것이 확인된 경우에는 이를 사실상의 본점으로 보는 것이 대도시 내에서 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하여 인구팽창과 산업집중을방지하고자 규정한지방세법제112조 제3항의 입법 취지에 부합한다고 할 것이므로, 전라북도 군산시에 본점이 있는 청구법인이 대도시내인 경기도 성남시에 이 건 건축물을 신축한 후 쟁점건축물에 사장실, 회의실 등을 설치하고 청구법인의 본점 업무를 수행하여 온 사실이 확인되었는바, 쟁점건축물에 대한 등기는 청구법인이 대도시 내로 본점을 전입함에 따른부동산 등기에 해당된다고 할 것이므로 처분청이 쟁점건축물에 대하여등록세를 중과세한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시 외 법인이 대도시 내로 본점을 사실상 전입하였다고 보아 본점으로 사용하는 건축물에 대하여 등록세를 중과세 한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 1995.2.22. 본점소재지를 대도시 내인 OOOOOOOOO OOO OOO로 하고, 목적사업을 스텐레스 파이프 도·소매업등으로 하여 설립한 후, 2002.4.24. 같은 대도시 내인 OOO OOOOOO OOO OOO-O(이하 “종전 본점”이라 한다)로 본점을 이전하였다. (나) 청구법인은 2006.2.22. 본점을 대도시 외인OOO로 이전한 후, 2006.3.14. 종전 본점 소재지에 지점인OOO사무소를 설치하고 영업부 등의 임직원들을 근무하도록 하였다. (다) 한편 청구법인은 2008.8.6. 이 건 건축물의 부속토지를 취득한 후2009.4.24. 이 건 건축물을 신축하고 2009.2.26. 이 건 건축물 소재지로 OOO사무소를 이전하였으며, 그 후 2010.6.1. OOO사무소에 근무하는임직원을 모두 군산 본사로 발령하고, OOO사무소는 2010.6.21. 폐쇄하고 그 지점 등기도 말소하였다. 청구법인은 2009.2.14.(이 건 건축물의 사용승인 전이다) 청구법인의주식 28.24%를 소유하고 있는 관계회사인 주식회사 OOO과 이 건건축물 중 2층 120㎡(부속토지를 포함한다)를 2009.2.14.부터 2011.2.14.까지 보증금 OOO에임대하기로 하는 부동산 임대차계약을 체결하였으며, 2009.8.26.에는 OOO와 이 건 건축물 중 3층233.66㎡(부속토지를 포함한다)에 대하여그임대기간을 2009.8.27.부터2010.8.27.까지로 하고, 보증금 및 임대료를각각 OOO과 월 OOO으로 하는 부동산 임대차계약을 체결하였다. (라) 처분청 세무담당공무원은 2010.7.27. 이 건 건축물에 출장하여청구법인이 주식회사 OOO에게 임대한 부분의 일부인 쟁점건축물을 사장실, 회의실 등으로 사용하는 사실을확인하고 청구법인이 대도시 내에 본점용 부동산을 신축한 것으로 보아취득세 중과세율(1,000분의 60, 표준세율의 3배)을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 등OOO을 2010.8.10. 청구법인에게 부과 고지하였으며,청구법인은 쟁점건축물의 취득세 중과세 처분에 대하여 불복청구를 하지 않고 전부 납부하였다. 다만 처분청은 쟁점건축물에 대한 등기가 대도시 내 법인의 부동산 등기에 해당되는지 여부에 관계없이 등록세는 중과세를 하지 않았다. (마) 그 후 처분청은 청구법인의 사장실 등이 소재하는 쟁점건축물의등기는 대도시 외 법인인 청구법인이 그 본점을 대도시내인 쟁점건축물로이전하면서 취득한부동산의 등기에 해당된다고 보아쟁점건축물의 취득가액OOO,OOO,OOOO에 등록세 중과세율(1,000분의 60, 표준세율의 3배)을적용하여산출한 세액에서 청구법인이 이미 납부한 세액을 차감한등록세 등 OOO을 2011.9.9. 청구법인에게 부과 고지하였다.

(2) 쟁점에 대하여 살펴본다. (가)지방세법제138조 제1항 본문과 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기와 그 전입 이후의 부동산 등기를 하는때에는 그 세율을 표준세율의 100분의 300으로 한다고규정하고 있고,같은 법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기”라 함은당해 법인 또는 지점 등이 그 전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 여기에서 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산 등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 본점 용도로 사용하고자 취득한 부동산에 대한 등기도 포함되어야 할 것이다OOO (나) 청구법인은 이 건 건축물 전부를 주식회사 스틸라인 등에 임대한 후, 청구법인의 영업부 등에서 이 건 건축물의 일부를 종종 사용한사실만 있지만 사실상 본점으로 사용한 사실이 없음에도 처분청이 쟁점건축물에 대한 등기를 대도시 내로 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인의 법인 등기부상 본점은 2006.2.22. OOO로 이전한 후 현재까지 변경이 없으나 청구법인은 2009.5.14. 이 건 건축물을 신축한 후 이 건 건축물의 2층과 3층의 일부인 쟁점건축물을 회사의중추적인 역할을 하는 대표이사의 집무실, 임직원 회의실 등으로 사용하고 있는 점, 청구법인으로부터 이 건 건축물을 임차한 주식회사 스틸라인 등은 청구법인의 관계회사로서 대표이사가 동일하거나 주요 거래처에 해당하는 회사로서 청구법인의 입장에서는이 건 건축물을 임대하였다고 하더라도 필요에 따라 대표이사의 집무실 등으로 사용이 가능하다고 보이는 점, 청구법인도 쟁점건축물을 사실상 본점용으로 사용하고 있다고 인정하고 있고 대도시 내 본점용 부동산의 신축에 따른 취득세중과세 처분에 대하여 불복청구를 하지 않고 전액 납부한 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 건축물에 청구법인이 서울사무소를 설치하고 지점 등기를 하였다고 하더라도 청구법인이 대표이사의 집무실 등으로 사용하는 쟁점건축물은 청구법인의 본점용 부동산에 해당한다고 할 것이므로 처분청이 쟁점건축물의 등기에 대하여 대도시 외 법인의 대도시 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세한 처분은 달리 잘못이없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.