대도시 외(전라북도 군산시)의 법인이 대도시 내(경기도 성남시)로 사실상 본점을 전입한 것으로 보아 그로부터 5년 이내에 한 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분의 당부

[주 문] 처분청이 2011.9.10. 청구법인에게 한 등록세 OOO원, 지방교육세OOO원, 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2010.6.30. OOO 258-16토지 1,276㎡와 그 지상 건축물 759.06㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를취득한 후, 그 취득가액 OOO원에지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항 제3호에서 규정한 표준세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하고 청구법인명의로 소유권이전등기(이하 “이 건 부동산 등기”라 한다)를 하였다.
• 나. 그 후 처분청은 이 건 부동산 등기의 경우 대도시외 법인이 대도시 내로 본점 등을 사실상 전입한 날부터 5년 이내에 한 부동산 등기에 해당된다고 보아 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제138조 제1항 제3호에서 규정한 등록세 중과세율(1,000분의 60)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 2011.9.10. 청구법인에게 부과 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2010.6.21. OOO 435-43에 소재하던 OOO사무소를 폐쇄(지점말소등기일 2010.6.29.)하고, OOO사무소에근무하던 임직원은 2010.6.28.부터 본사인 OOO시내 사업장으로 옮겨근무하도록 한 후 임대 등을 통한 수익을 얻고자 이 건 부동산을 취득하고 이 건 부동산 등기를 하였으므로 이 건 부동산 등기는 대도시 외법인이 대도시 내 인적·물적 설비를 두고 영업행위 등을 하고 있지 않은 상태에서 한 등기에 해당되어 등록세 중과세 대상이아님에도 처분청이 등록세 등을 중과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2009.2.26. OOO435-43 소재부동산(이하 “OOO 부동산”이라 한다)에 지점(OOO사무소)등기를 하였으나, 실제로는 OOO동 소재 부동산에 사장실, 회의실 등을 설치한 후 본점 업무를 수행하였고, 2010.6.29. 위 OOO사무소를 폐쇄한 후에도OO동 부동산에서 본점 업무를 계속 수행하고 있다고 할 것인바,비록 청구법인이 OOO사무소를 폐쇄한 후 이 건 부동산을 취득하였고,이 건 부동산에 인적·물적 설비를 설치하지 않고 임대용에 제공하고 있다고 하더라도 이 건 부동산 등기는 대도시 내 본점 전입 후 5년 이내에 한 일체의 부동산 등기에 해당되므로 처분청이 이 건 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시 외 법인이 대도시 내로 본점을 사실상 전입하였다고 보아 그 날부터 5년 이내에 한 대도시 내 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세 한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 1995.2.22. 본점소재지를 대도시 내인 OOOOOOOOO OOO 321로 하고, 목적사업을 스텐레스 파이프 도·소매업등으로 하여 설립한 후, 2002.4.24. 같은 대도시 내인 OOO OOOOOO OOO 341-7로 본점을 이전하였다. (나) 청구법인은 2006.2.22. 본점을 대도시 외인 OOOO OOO OOO 1594로 이전한 후, 2006.3.14. 종전 본점이 소재하던 OOO OOOOOO OOO 341-7에 지점인 OOO사무소를 설치하고 영업부 등의 임직원들을 근무하도록 하였다. (다) 한편 청구법인은 2008.8.6. OOO동 부동산이 소재하는 토지459㎡를취득한 후 2009.4.24. 그 지상에 건축물 640.84㎡를 신축하고, 2009.2.26.OOO동 부동산으로 청구법인의 OOO사무소를 이전하였으며,2009.2.14.OO동 부동산의 2층120㎡(부속토지를 포함한다, 이하 같다)를주식회사OOOO에 2009.2.14.부터 2011.2.14.까지임대하기로 하는 임대차계약을,2009.8.26.에는 OOOOO 유한책임회사와 OOO동 부동산의 3층233.66㎡를2009.8.27.부터2010.8.27.까지 임대하기로 하는 계약을 각각 체결하였다. (라) 청구법인은2010.6.1. OOO사무소에 근무하는임직원을 2010.6.28.자로 OOO본사 근무로 발령OOO하고, 2010.6.21. OOO사무소를 폐쇄한 후,2010.6.29. 그 지점 등기도 말소하였다. (마) 청구법인은 OOO사무소를 말소 등기한 다음 날인 2010.6.30.에 이 건 부동산을 취득한 후, 표준세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 처분청에 신고 납부하고 소유권이전 등기를 하였다. (바) 청구법인이 제출한 이 건 부동산 부동산 매매계약서를 보면, 청구법인이 취득할 당시 이 건 부동산의 임대 현황은 아래와 같다. 청구법인이 취득한 후, 이 건 부동산의 임대 현황은 아래와 같다. 이 건 부동산의 임대차계약서와 청구법인이 임대료를 수령하고 발행한 세금계산서상의 사업장 주소지는 OOO 1594로되어 있고, 심판청구일 현재까지 청구법인은 이 건 부동산 전부를 임대하고 있으며, 청구법인이 이 건 부동산 소재지에 인적·물적 설비를 갖춘 사무소 등을 설치한 사실은 없는 것으로 확인된다. (사) 처분청 세무담당공무원OOO이 2011.5.30. OO동 부동산에 출장한 후 작성한 출장복명서에는 “OOO동 부동산 2층은주식회사 OOO에게 전체를 임대했으나, 청구법인의 본점(연락사무소)으로일부를 사용하며 경영지원부 이사 1명이 근무하고 있고(품질기술사 신OOO),3층은 OOO유한책임회사에 전체를 임대하였으나 3층 입구에는 청구법인의 간판이 있고 여직원 1명이 근무하고 있으며, 본점(회의실, 사장실, 회장실)으로 일부를 사용하고 있고 회의실 내부에 청구법인을 홍보하는 사진 등이 부착되어 있는 사실로 보아 실질적으로 청구법인의 회의실이라고 사료됨. 청구법인은 OOO동 부동산을 사실상 2009.4.29.부터 본점으로 사용하고 있어 OOO구에서 본점 사용분에 대한 중과세를 추징하였고,지방세법제13조 규정에 의거 대도시내에서 5년내에 취득하는일체의 부동산은 중과세 대상이 되므로 2010년 6월 취득한 이 건 부동산(OOO OOO OOO-OO)은 중과세 대상이 됨을 확인함”이라고 기재되어있다. 그러나 처분청 세무담당공무원이 이 건 부동산에 출장하여 그 사용현황 등을 조사하였는지 여부는 알 수 없다. 한편 OOO동 부동산을 관할하는 OOO 세무담당공무원은 2010.7.27. OOO동 부동산에 출장하여 청구법인이 주식회사OOOO과 OOO 유한책임회사에게 임대한 부분의 일부를 사장실, 회장실, 회의실 등으로 사용하는 사실을 확인하고, 이를 청구법인이 대도시내에 본점용 부동산을 신축한 것으로 보아 취득세 중과세율(1,000분의60, 표준세율의 3배)을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 이미 납부한세액을 차감한 취득세 등 OOO원을 2010.8.10. 청구법인에게 부과고지하였으며, 그 후 OOO동 부동산 중 청구법인의 사장실 등이 소재하는 부분의 등기는 대도시 외 법인인 청구법인이 그 본점을 대도시 내인 OOO동 부동산으로 이전하면서 취득한 부동산의 등기에 해당된다고 보아 그 부분에 대하여 중과세율로 산출한 등록세 OOO원을2011.9.9. 청구법인에게 부과 고지하였다.

(2) 쟁점에 대하여 살펴본다. (가)지방세법제138조 제1항 본문과 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의본점 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 표준세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정된 것, 이하 같다) 제102조 제2항에서 “그 설립·설치·전입 이후의부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 여기에서 등록세 중과대상이 되는 “일체의 부동산 등기”라 함은 당해법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 의미하는 것이므로, 그 부동산의 전부가 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등에 사용되어야 하는것은 아니라 하더라도다른 지점 등과 관계되어 취득한 부동산의 등기까지 포함하는 것은아니라고 할 것이다(대법원 2006.4.27. 선고 2003두7620 판결, 대법원 2009.4.9. 선고 2009두607 판결 등 참조). 또한, 실질적인 본점의 역할을 수행하려면 회사의 영업정책과 재무정책을 총괄하고 결정할 수 있는 회장실, 임원실, 회계부서, 총무부서 등의 사무실이 구비되어야 하고 그 해당 임직원이 상시 근무하며 그 역할을 하여야 하므로 단순히 연구개발업무를 위한 사무실로만 사용하는 부동산의 경우에는 대도시 내에 소재하고 있다고 하더라도 그사실만으로는 본점에 해당된다고 볼 수는 없다고 할 것이다(조심 2011지917, 2012.6.15., 같은 뜻). (나) 처분청은 청구법인이 2009.2.26. 대도시 내인 OOO동 부동산으로본점을 사실상 전입한 후, OOO동 부동산에서 본점 업무를 계속 수행 하면서 2010.6.30. 이 건 부동산 등기를 한 것이므로 이는 대도시 내로본점 전입 후 5년 이내에 한 일체의 부동산 등기에 해당된다는 입장이나, 이 건 부동산은 종전 소유자가 임대하던 것을 청구법인이 취득하여 그대로 다시 임대하거나 임차인만 변경한 것이고, 청구법인은 이 건부동산에 인적·물적 설비를 갖춘 사무소를 설치하거나 사업자등록을 한사실이 없으며, 청구법인은 2010.6.1. OOO사무소에 근무하던 임직원13명을 2010.6.28.부터 OOO사업장에서 근무하도록 발령한 후 2010.6.29.OOO사무소를 폐쇄(지점 말소등기)하고 이 건 부동산 등기를 한 사실 및 이 건 부동산의 임대차계약서와 임대료 관련세금계산서상에서 그 사업장 주소 등이 청구법인의 OOO사업장(등기부상본점소재지)으로 되어 있는 점과 처분청 세무담당공무원이 2011.5.30. OOO동 부동산에 출장하여 그사용현황을 확인하고 작성한 출장복명서에 의하면 처분청세무담당공무원은OO동 부동산을 청구법인의 본점과 연락사무소로 혼용하여 사용하고 있고 이곳에서 근무하는 임직원(2명)은 청구법인의 기획·인사·재무 등 법인의 경영 및 의사결정과 관련된 업무가 아니라 품질관리업무 등을 수행하고 있다고 기재하고 있는 점,또한 위 복명서에서처분청 세무담당공무원은OO동부동산 중청구법인이OOOOO 유한책임회사에 임대한 3층에 소재하는 사장실·회장실·회의실의 경우 그 실제 사용자가 임차인(OOO 유한책임회사)의 임직원인지 아니면 청구법인의 임직원인지 여부와 청구법인이 회의실 등을 어떤 용도에 얼마나 자주 사용하였는지에 대하여는 구체적으로 확인하지 않은 점 등을 종합하여 볼 때, 비록 OOO동 부동산이 처분청의 의견과 같이 청구법인의 사실상 “본점 등”1)에 해당되고, 법인이 대도시 내에 본점 등을 설치한 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기의 경우에는 당해 법인이 본점 등으로 직접 사용하는 부동산에 대하여만 등록세를 중과세하는 것은 아니라 하더라도 청구법인이 2010.6.29. 대도시 내 지점인 OOO사무소를 폐쇄하고 2010.6.30. 제3자에게 임대하고자 취득한 이 건 부동산의 등기는 OOO동 부동산에 소재하는 청구법인의 “본점 등”과 관계가 있다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 청구법인이 2009.4.29. OOO동 부동산으로 본점을 이전한 후, 그 부동산을사실상 본점 용도로 사용하였는지 여부와 2010.6.29.OO사무소를 폐쇄한 후에도 OOO동 부동산을 청구법인의 “본점 등”으로계속사용하였는지 여부에 불구하고청구법인이 임대용으로 사용하고자 취득한 이 건 부동산의 등기는청구법인의 OOO사업장에서 주로 수행하고있는 부동산 임대업무와 관계되어 취득한 부동산의 등기로 보는 것이 타당하다고 할 것이므로 지방세법령에서 등록세 중과세 대상으로 규정한 대도시 내 법인의 부동산 등기에는 해당되지 않는다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.