농업협동조합이 중도매인에게 임대한 부동산에 대하여 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부

[주 문] 처분청이2011.8.10. 청구법인에게 한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO,합계 OOO의 부과처분은 청구법인이 중도매인에게임대한 건축물7,471.07㎡(부속토지를 포함한다)를 과세대상에서 제외하여그 세액을경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은2008.7.10. OOO 토지25,861.3㎡(이하 “제1토지”라 한다) 및 같은 리 803-1 토지8,956.7㎡(이하“제2토지”라 한다)를 취득하고, 2009.8.12. 제1토지상에 농산물공판장용건축물 11,808.46㎡(이하 “제1건축물”이라 한다)를, 제2토지상에 저온저장고용건축물 3,319.22㎡(이하 “제2건축물”이라 하고, 제1건축물과 함께 “이 건건축물”이라 한다)를 각각 신축하여 취득한데대하여지방세법(2010.3.31.법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하같다)제266조 제5항에서 규정하고 있는 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다. 나.그 후, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 청구법인이제1건축물 중 7,308.09㎡ 및 제2건축물 중 247.93㎡(이하 “쟁점건축물”이라하고, 부속토지를포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 유예기간 내에임대한 사실을 확인하고 쟁점부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 지방세법제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세OOO,OOO,OOOO,지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을2011.8.10. 청구법인에게 부과고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여2011.11.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 운영하는 OOO 농산물공판장(이하 “이 건 공판장”이라 한다)은 OOO에서 법적승인을 얻은 농산물공판장으로 경매장, 판매시설 외에도 저온저장고 외의 여러 부대시설을 설치하여 판매장 및 저온저장고에 대하여는 중도매인을 입점시켜 매장사용면적비례방식으로 시설사용료(회계처리상 임대료로 계상)를 징수하고 있으나, 이는 이 건 공판장 개설승인시의 OOO 업무규정과 사업계획서 및 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률에서 예정되어있는 것이고,청구법인의 정규직원 6명을상주시켜 공판장 전체시설을통합적으로유지관리하고 있으며, 중도매인으로부터 공판장의 유지·관리에필요한 최소한의 비용을 시설사용료로 징수하고 있음에도 처분청이 쟁점부동산을 감면대상에서 배제한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 경우를 보면 고유업무에 직접 사용하기 위하여 제1,2건축물을 신축하였으나, 유예기간 동안 직접 운영하지 않고 그 일부를중도매인과 식당운영자에게 임대하여 운영한 사실이 청구법인의 법인장부와 농산물 공판장 판매장 임대차계약서에서 확인이 되므로 지방세법제266조 제5항에서 OOO이 임대한 부동산은 감면대상에서 제외한다는 규정에 따라이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 OOOOOO이 중도매인에게 임대한 부동산에 대하여 취득세 등을추징한처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제280조(중소기업 등의 지원을 위한 감면)⑤ 대통령령이 정하는 유통단지안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는바에 의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

2. 유통사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 유통사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 유통사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. (2)지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22396호로 개정되기 전의 것) 제226조의2(유통단지 및 유통사업의 범위) ① 법 제280조 제5항 본문에서 "대통령령이 정하는 유통단지"라 함은 유통단지개발 촉진법 제5조의규정에 의한 유통단지를 말한다.

② 법 제280조 제5항 제2호에서 "유통사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 유통사업용 부동산"이라 함은 유통단지개발 촉진법 제2조 제2호각목의 유통시설을 설치하기 위하여 유통단지안에서 최초로 취득하는토지와 그 토지취득일부터 5년이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지취득일전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면) ⑤농업협동조합법에의하여 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다)및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. 제280조(중소기업 등의 지원을 위한 감면) ⑤ 대통령령이 정하는물류단지안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

2. 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의100분의 50을 경감한다. (4)지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22396호로 개정되기 전의 것) 제226조의2(물류단지 및 물류사업의 범위) ① 법 제280조 제5항각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 물류단지"란 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제22조에 따른 물류단지를 말한다.

② 법 제280조 제5항 제2호에서 "물류사업을 영위하고자 하는 자가취득하는 물류사업용 부동산"이란 물류시설의 개발 및 운영에 관한법률 제2조 제7호 각 목의 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지취득일전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)을 말한다.

(5) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. "물류단지"란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치·육성하기 위하여 제22조에 따라 지정·개발하는 일단(一團)의 토지를 말한다.

7. "물류단지시설"이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다.

• 바. 농업협동조합법·수산업협동조합법·산림조합법또는 중소기업협동조합법에 따른 조합 또는 그 중앙회가 설치하는구매사업 또는 판매사업 관련 시설 제22조(물류단지의 지정) ① 물류단지는 국토해양부장관이 지정한다. 다만, 대통령령으로 정하는 규모 이하의 물류단지는 관할 시·도지사가 지정한다.

(6) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 시행령 제13조(물류단지의 지정) ① 법 제22조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 규모"란 100만 제곱미터를 말한다

(7) 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 제42조(수수료 등의 징수제한) ① 도매시장 개설자, 도매시장법인,시장도매인, 중도매인 또는 대금정산조직은 해당 업무와 관련하여 징수대상자에게 다음 각 호의 금액 외에는 어떠한 명목으로도 금전을 징수하여서는 아니 된다.

1. 도매시장 개설자가 도매시장법인 또는 시장도매인으로부터도매시장의 유지·관리에 필요한 최소한의 비용으로 징수하는 도매시장의 사용료

2. 도매시장 개설자가 도매시장의 시설 중 농림수산식품부령으로정하는 시설에 대하여 사용자로부터 징수하는 시설 사용료

3. 도매시장법인이나 시장도매인이 농수산물의 판매를 위탁한 출하자로부터 징수하는 거래액의 일정 비율 또는 일정액에 해당하는 위탁수수료

4. 시장도매인 또는 중도매인이 농수산물의 매매를 중개한 경우에이를 매매한 자로부터 징수하는 거래액의 일정 비율에 해당하는 중개수수료

5. 거래대금을 정산하는 경우에 도매시장법인·시장도매인·중도매인·매매참가인 등이 대금정산조직에 납부하는 정산수수료 제45조(공판장의 운영 등) 공판장의 운영 및 거래방법 등에 관하여는 제31조부터 제34조까지, 제38조, 제39조, 제40조, 제41조제1항및 제42조를 준용한다. 다만, 공판장의 규모·거래물량 등에 비추어 이를준용하는 것이 적합하지 아니한 공판장의 경우에는 개설자가 합리적이라고 인정되는 범위에서 업무규정으로 정하는 바에 따라 운영 및 거래방법 등을 달리 정할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가)2007.12.31. OOO 일원 225,411.1㎡에 OOO 준공인가 공고OOO가 있었고, 청구법인은 2008.2.11. 처분청에 OOOOOOOO 건립사업 신청을 하였으며, 동 사업계획서에는 유통형태는 공판, 도매 및 직거래이고, 조직인원은6명(장장, 영업관리직 1, 인사·총무1, 경리1, 경매사1, 시설관리1) 등의 내용이 기재되어 있다. (나)또한, 처분청은2008.6.19. OOO에게OOOOOOOO내 시설 사업자를 처분청에서 청구법인으로 변경 요청하였고, 청구법인은 2008.7.10. OOO 사업시행자인 OOOOOO로부터 제1,2토지를 각각 취득한 후, 2009.8.12. 동 지상에 제1,2건축물을 신축취득하였다. (다)한편, 청구법인은2009.8.17.OOOOO로 부터이 건 공판장 개설승인을 받았고, 2011년도처분청 세무담당공무원이 이 건 부동산에대하여 현장 확인한 결과, 청구법인이 2009년도에 중도매인 OOO 외 43인에게 판매장 1,955평 및 저온창고 500평을 임대하였으며, 2010년도에는 중도매인 OOO 외 47인에게판매장 1,030평을 임대하였고, 2009년도와 2010년도에 OOO에게 식당용도로 25.7평을 임대한 것으로 조사되었다. (라)이 건 공판장업무취득준칙(업무규정) 중 제2장(중도매인) 제13조(허가조건)에는 개설자는 중도매업 허가시 시행규칙 제16조제6호의 규정에 의하여 최저거래금액, 시설사용계약, 보증금 등의허가조건을 정할 수 있다고 규정하고 있고, 제14조(중도매인 지정) 제1항에는 중도매인의 업무를 하고자 하는 자는 별지 제2호 서식의 중도매인지정신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 개설자에게 제출하여야 한다고규정하고 있으며, 제16조(최저거래금액) 제1항에는 중도매인의 년간 최저 거래금액은 농산물의 계절별 출하시기를 고려하여 판매장의 크기에 따라 기본형은 OOO 이상, 확장형은 OOO 이상으로 개설자가 정한 바에 따른다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에는중도매인이전항에서 정한 최저 거래금액 기준에 미달한 때에는 다음 각호에 따라주의, 경고, 업무정지 및 허가취소를 할 수있다고 규정하고 있다. (2)먼저, 쟁점부동산이농업협동조합법에의하여 설립된 조합이고유업무에 직접 사용하는부동산에 해당하는지에 대하여 본다. 지방세법제266조 제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는취득세와 등록세를 면제하되, 임대용 부동산은 면제대상인 고유업무에직접 사용하는 부동산에서제외하고 있고, 그 취득일부터 1년 내에 정당한사유없이고유업무에직접 사용하지 아니하는경우 또는그 사용일부터 2년 이상고유업무에 직접 사용하지 아니하고매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 바, 청구법인이농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 및 업무규정에 따라 중도매인 등에게 쟁점부동산을 사용토록 한것이라 하더라도위 사실관계에서 나타나는 바와 같이 임대용으로사용한 이상 쟁점부동산은 동 조항에서규정하고 있는 감면대상으로 볼 수는 없다 할 것이다.

(3) 다음으로, 쟁점부동산이물류사업에 직접사용하는 부동산에 해당하는지 여부에 대하여 본다. 지방세법 제280조 제5항 제2호에서 규정하고 있는 물류사업에직접 사용이라 함은 물류사업용으로 취득한 당해 부동산을 계속적이고고정적으로 그 목적 사업인 물류사업에 직접 사용되고 있는 지의 여부에따라 판단하여야 하고, 그 판단에 있어서는 당해 부동산의 취득목적, 그 실제사용관계 등을 따져 개별적으로 판단하여야 할 것인 바, 청구법인은지방세법 제280조 제5항 및 같은 법 시행령 제266조의2 제1항에서 규정하고 있는물류단지인OOOOOOOO 내에서 물류시설의 개발및 운영에 관한 법률 제2조 제7호 바목에서 규정하고 있는물류단지시설인 이 건 건축물을 신축하여, 농산물의 판매 및 보관 등에필요한시설을 갖추고 쟁점부동산〔식당용으로 임대한 부분(건축물 84.95㎡ 및 부속토지)은 제외한다. 이하 같다〕을청구법인이허가조건을 정하여 지정한중도매인에게 임대한 후, 중도매인이 최저거래 금액 기준에 미달한 때에는 주의, 경고, 업무정지 및 허가취소를 할 수있도록 하는 등 이 건공판장의 시설 및 중도매인을통합적으로 유지·관리하고 있는 사실을 이 건 공판장 업무취득준칙(업무규정)과 사업계획서등에서 알 수 있으므로 비록, 청구법인이 위 부동산을 직접 운영하고 있지는 아니하다 하더라도 중도매인에게 임대하는 형식으로운영하고 있어 물류사업의 용도에계속적이고 고정적으로 사용하고있다고 보는 것이 타당하다 할 것(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO, OO O)이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.