보육시설용 부동산의 취득자와 그 운영자가 서로 다른 경우 취득세 면제대상에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2011지0165 / 조심2010지0638 / 조심2011지0633

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2011.2.28. OOO 외 5필지 토지 2,918㎡(2011.3.7. 같은 동 64로 합병되었다. 이하 “이 건 토지”라 한다)상에 건축물 4,927.22㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축 취득한 후 2011.4.22. 이 건 토지의 지목변경과 이 건 건축물의 신축 취득에 대하여 그 과세표준을 각각 OOO과 OOO으로 하고 이에 지방세법 제11조 제1항을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 2011.8.22. 처분청에 이 건 부동산은 영유아보육시설을 설치․운영하기 위하여 취득한 부동산이므로, 지방세특례제한법 제19조의 규정에 의한 취득세 감면대상에 해당된다는 취지의 경정청구를 하였지만, 처분청은 부동산 취득자와 보육시설의 운영자가 일치하지 아니하므로 부동산 취득자가 보육시설을 직접 사용한다고 볼 수 없어 이 건 부동산은 위 지방세특례제한법에서 정하고 있는 취득세 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 2011.8.23. 청구법인의 위 경정청구를 거부하는 내용의 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 이 건 부동산에서 운영중에 있는 OOO(이하 “이 건 어린이집”이라 한다) 관련 보육시설 인가증상의 운영자(대표자)는 취득자인 청구법인이 아닌 조합 OOO이므로 청구법인이 영유아보육시설을 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다고 하면서 이 건 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부하였는데, 청구법인은 2003년 3월경 당초 OOO 등 3개사가 공동 직장보육시설의 운영을 위해 자금을 출자하여 설립한 조합 OOO에 2004.8.12. OOO과 함께 출자금을 납입하고 공동 직장보육시설의 회원사(조합원)로 참여한 법인이고, 조합 OOO(업무집행 조합원은 사무국장 OOO임)은 각 회원사들이 공동 직장보육시설 운영과 관련하여 대표사업주로 선정한 단체로서, 공동 직장보육시설인 OOO을 전담 운영(2003년 9월 OOO 개원, 2004년 6월 OOO 개원, 2004년 6월 OOO 개원)하여 왔는바, 영유아보육법 제14조 제1항에 따라 2인 이상의 사업주가 공동으로 직장보육시설을 설치․운영하는 경우에는 보육시설 인가증 발급 뿐만 아니라 설치비용의 융자 및 지원 등을 받기 위해서도 대표사업주를 선정하여야 하고, 더구나 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 따라 직장보육시설을 설치․운영하기 위하여 2인 이상의 사업주가 조합, 협의회 등 별도의 단체를 구성하고 조합을 그 대표사업주로 하여 공동으로 직장보육시설을 설치․운영하는 경우에도 보육시설 인가증에는 해당 조합과 조합의 업무집행 조합원이 운영자 및 대표자로 기재될 뿐 해당 조합원인 참여사업주는 운영자로 기재되지 아니하는 사실에 비추어 볼 때, 공동 직장보육시설의 운영자는 실제 보육시설을 설치․운영하는 참여사업주 모두가 해당된다고 보아야 하는 것이지 단순히 보육시설 인가증상의 운영자(대표사업주)만으로 한정함은 전혀 타당성이 없고, 특히 조합을 대표로 하는 경우 보육시설 인가증상의 운영자는 민법상 법인격 없는 당해 조합이 되는 것이나 실제 운영자는 해당 조합원(참여사업주)이라 하겠으므로, 이 건의 경우에도 조합 OOO은 민법상 법인격 없는 단체로서 명의상 신고 및 설치한 자에 불과하고, 공동 직장보육시설인 이 건 어린이집은 실질적으로 청구법인을 포함한 6개의 해당 조합원이 설치․운영하고 이에 관한 책임을 지니고 있다고 보아야 할 것이며, 만약, 공동 직장보육시설의 취득세 감면대상 해당여부를 사업주가 단독으로 직장보육시설을 설치․운영하는 경우만을 상정하고 있는 과거 심판결정례와 행정안전부 예규 등과 같이 보육시설 인가증상 운영자와 부동산 소유자의 일치여부만을 기준으로 판단하는 경우 영유아보육법상 공동 직장보육시설은 사업장별로 설치되어야 하는데, 예를 들어 A, B, C 3개사가 각 사업장에 있는 부동산에 보육시설을 설치할 것을 가정하면 현행 규정상으로는 보육시설 인가증상 1개의 사업주만 대표사업주로 기재되어야 하므로 위 3개사 중 보육시설 인가증상 명의자로 등재된 1개사만 취득세 감면혜택을 받게 되지만 나머지 2개사는 이러한 혜택을 받지 못하게 되는 모순된 결과를 가져올 수 있다 할 것이어서 공동 직장보육시설을 설치․운영하는 경우 당해 보육시설의 직접 사용여부는 대표사업주 선정동의서, 공동운영협약서, 참여사업장 소속 근로자 자녀의 공동 직장보육시설 실제 보육 아동수 등을 기초로 실제 공동 직장보육시설을 설치․운영하는 참여사업주를 확인한 후 이를 판단하여야 하고, 정부의 직장보육시설 정책과 관련하여 고용노동부가 직장보육시설 설치비를 지원함에 있어서도 단독으로 직장보육시설을 설치하는 경우에는 시설전환비로 OOO을 한도로 지원하나 공동으로 직장보육시설을 설치하는 경우에는 OOO을 한도로 하여 지원하는 등 단독 직장보육시설 지원금의 약 2.5배를 추가 지원함으로써 공동 직장보육시설의 설치․운영을 더 장려하고 있음에 비추어 볼 때, 위와 같이 해석하는 것이 국가 등이 설치․운영해야 할 보육시설 등의 일부를 민간에게 위탁하여 운영하게 할 목적으로 그 비용의 일부 또는 전부를 지원하면서까지 동 시설을 확충하기 위한 조세정책적 목적에 따라 보육시설에 대하여 취득세 등을 면제하고자 하는 지방세특례제한법 제19조의 입법취지에 부합한다 할 것이다. 또한, 공동 직장보육시설의 하나인 “OOO”의 경우 보육시설 인가증상의 운영자(대표자)가 부동산의 소유자와 상호 일치하지 않지만, 해당 지방자치단체OOO는 공동 직장보육시설의 실제 운영자인 참여사업주를 기준으로 판단함으로써 보육시설의 사실상 운영자와 부동산 소유자가 동일하다고 보아 해당 영유아보육시설에 대하여 재산세 등을 면제하고 있고, 최근 심판례OOO에서도 영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치․운영하기 위하여 취득하는 부동산이 영유아보육시설 등에 ‘직접 사용’되는지 여부를 판단함에 있어 ‘반드시 그 부동산의 소유자가 대표자로 신고하여 운영하는 것만을 한정하는 것은 아니라 할 것’이라고 명시하고 있어 실질적인 공동 직장보육시설의 운영자를 기준으로 직접 사용여부를 판단함이 타당하다 하겠으므로 이 건 부동산은 보육시설의 사실상 운영자와 부동산 소유자가 일치한다고 보아야 한다. 한편, 단독 직장보육시설은 해당 사업장의 근로자 자녀가 보육아동 정원의 1/3 이상이어야 하고, 공동 직장보육시설은 해당 사업장의 근로자 자녀와 참여 회원사의 근로자 자녀를 합산하여 보육아동 정원의 1/3 이상이면 요건을 충족하는 것으로 보고 있는데, 이 건 부동산은 비록 청구법인의 단독 직장보육시설이 아닌 공동 직장보육시설로 신고되어 있지만, 동 직장보육시설의 보육아동 정원의 1/3이상인 약 52% 정도가 청구법인의 근로자의 자녀로서 영유아보육법상 청구법인만의 단독 직장보육시설의 요건도 동시에 충족하고 있음을 고려하여 볼 때, 보육시설의 사실상 운영자와 부동산 소유자가 일치하고 있는 것으로 볼 수 있는 이 건 부동산은 위 조세특례제한법상 취득세 감면대상에 해당된다 할 것이어서 이 건 취득세 등을 감면해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제19조에서는 영유아보육법에 따른 영유아보육시설을 설치․운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하면서, 같은 법 제94조에서는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기에서 “직접 사용”이란 부동산의 취득자가 영유아보육시설의 운영자로서 그 취득한 부동산을 보육시설에 사용한다는 의미이고, 또한, 영유아보육법 제13조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제5조 제1항의 규정에 따르면 보육시설을 설치․운영하는 자와 보육시설 종사자인 시설장으로 구분되는데, 운영자는 보육시설을 설치․운영하기 위하여 그 명의로 신청한 자(‘보육시설 인가증’의 대표자)로서 부동산의 취득자와 보육시설 인가증상 대표자가 일치하여야 취득세 등의 면제대상이라 할 것으로OOO, 청구법인은 이 건 건축물을 취득(신축)하였으나, 이 건 어린이집의 운영자는 OOO임이 보육시설 인가증에서 확인되고 있어 청구법인은 영유아보육시설인 이 건 어린이집을 설치․운영하는 자에 해당되지 아니한다고 보아야 하겠고, 그렇다면 이 건 부동산은지방세특례제한법 제19조에 의한 취득세 등의 면제대상으로 볼 수는 없다 할 것이어서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 공동 직장보육시설의 경우 보육시설용 부동산의 취득자와 그 보육시설 인가증상 운영자가 일치하지 않더라도 당해 부동산이 취득세 면제대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 지방세특례제한법 제19조 및 제94조에 의하면, 영유아보육법에 따른 영유아보육시설을 설치․운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각․중여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정되어 있고, 영유아보육법 제10조 제4호 및 제14조 제1항, 같은 법 시행령 제20조 제1항, 같은 법 시행규칙 제6조에 의하면, 직장어린이집이라 함은 사업주가 사업장의 근로자를 위하여 설치․운영하는 어린이집을 말하는데, 상시 여성근로자 300명 이상 또는 상시근로자 500명 이상을 고용하고 있는 사업장의 사업주는 직장어린이집을 설치하여야 하며, 단독으로 설치할 수 없을 때에는 사업주 공동으로 직장어린이집을 설치․운영할 수 있고, 사업주 공동으로 직장어린이집을 설치․운영할 때에는 어린이집의 설치․관리 및 운영에 관한 업무를 협의하기 위하여 조합 또는 협의체를 구성할 수 있다고 규정되어 있다.

(2) 이 건 어린이집과 관련한 보육시설 인가증에는 시설종별은 직장보육시설로, 보육정원은 300명으로, 운영자는 OOO으로, 대표자는 OOO으로 기재되어 있고, 2011.1.1. 공동 직장보육시설 설치 사업주인 청구법인, OOO 및 OOO 등 6개사가 이 건 어린이집의 설치․운영과 관련하여 당사자간 관계규정을 목적으로 작성한 협약서에는 대표사(대표사업주)는 OOO으로, 회원사(참여사업주)는 청구법인을 비롯한 위 6개사로, 대표사업주인 OOO은 어린이집 인가신청, 정부지원금 신청 및 수령 등 각 회원사를 대표하는 대표사업주 단체로서의 역할을 수행하는 것으로, 이 건 어린이집 설치․운영과 관련하여서는 청구법인이 어린이집 부지 및 건물(기본 시설물 포함)을 제공하고, 나머지 회원사는 유구비품(교구교재, 비품 등) 및 어린이집 개원에 소요되는 제반사항을 부담하는 것으로, 이 건 어린이집은 기존에 운영되고 있는 OOO 어린이집과 동일하게 운영됨을 원칙으로 하고, 어린이집 운영과 관련된 일반적인 사항은 대표사업주 단체인 OOO의 운영방침에 따르되, 다만 어린이집의 이용은 청구법인과 타 회원사가 각각 80%와 20%의 비율을 원칙으로 하며, 구체적인 회원사별 정원은 매년 원아모집 상황을 반영하여 별도 협의를 통해 결정하기로 하는 것으로 되어 있다.

(3) 청구법인이 2004.8.12.부터 회원사로 참여하고 있는 OOO(조합)의 규약(작성일 2003.3.4.)을 보면, 목적은 영유아보육법에 따라 직장보육시설을 설치 및 운영하고자 하는 조합원 상호간의 정보교환과 조사연구, 보육시설의 공동설치 등을 통하여 회원사 근로자의 복리후생 증진과 나아가 여성인력의 사회진출 적극 장려로 기업시민주의를 실천하고 국민경제발전에 기여하는 것으로, 사업은 직장보육시설의 공동설치 및 운영, 직장보육시설 설치 및 운영에 관한 자료수집 및 간행물 발간, 직장보육시설에 관한 설치 권장 및 홍보, 직장보육사업에 관한 조합원간 의견 수렴 및 정책건의, 조합원의 보육시설 설치(공동설치)에 관한 정보제공 및 관리 등으로, 출자금은 전액 직장보육시설의 설치 및 운영 등을 위해 사용하되, 조합원의 탈퇴 또는 조합의 해산시에는 조합은 조합원의 출자비율에 따라 총회가 정하는 금액을 반환하는 것으로, 업무집행은 위 규약에 달리 정함이 없는 한 전조합원을 대리하여 조합의 명의로 업무집행 조합원이 하는데, 업무집행 조합원은 조합의 업무집행을 위하여 규약, 규정 및 총회와 이사회에서 정하는 바에 따라 조합재산의 관리․처분 및 배분의 집행, 직장보육시설의 설치 및 운영에 관한 제반 행위, 회계장부 및 기타 회계에 관한 기록의 작성, 유지 및 보관 등 조합의 회계처리 등에 관한 행위를 하는 것으로, 조합재산은 조합원의 합유로 하는 것으로 되어 있다.

(4) OOO이 제공하는 공동 직장보육시설 설치가이드를 보면, 공동 직장보육시설은 사업주 2인 이상 또는 사업주 2인 이상으로 구성된 단체가 참여사업장 근로자를 위하여 사업장내 또는 그와 준하는 인근지역과 사원 주택 등 사업장 근로자 밀집 거주지역에 공동으로 설치․운영하는 직장보육시설을 말하고, 그 설치과정은 일반적인 직장보육시설 설치과정과 크게 다르지는 않지만 설치준비 단계에서 참여사업장 모집, 구성, 대표사업주 선정 및 공동운영협약 등의 절차가 필요하며, 공동으로 직장보육시설을 설치하고자 하는 2개 이상의 사업장에서 공동 직장보육시설 설치․운영하기 위하여 협의를 거쳐 대표로 선정된 사업주인 대표사업주는 참여사업주와 공동운영협약을 체결하고 직장보육시설 인가, 정부지원금 신청, 채권관리 등 공동 직장보육시설 설치 및 운영관리를 위한 제반사항에 대하여 보육시설의 대표자로서 권리 및 책임을 지니고, 대표사업주와 참여사업주는 사업주단체를 구성하는 사업주간 공동 직장보육시설에 대한 투자, 운영, 청산시의 권리 등이 포함된 약정을 체결하거나 단체의 시설운영규정, 정관 등에 참여사업주간 보육시설에 대한 투자, 운영, 청산시의 권리 등을 분명하게 명시하여야 하며, 대표사업주와 참여사업주는 협약체결과 이에 따른 제반사항을 논의하기 위한 사업주간 협의회(이사회 등)를 구성하여 운영할 수 있다고 되어 있고, 대표사업주 선정방법으로 참여사업주 중 1개사가 대표사업주가 되는 방법, 공동보육시설 설치․운영 관리를 위한 조합이나 단체를 구성하여 조합․단체의 장을 대표사업주로 선정하는 방법, 기업회원간 별도의 협의체가 대표사업주로 선정되는 방법(예: 산업단지, 농공단지 등) 등이 기재되어 있다.

(5) 한편, 조합 OOO이 제출한 2011년 9월말 현재 각 회원사별 이 건 어린이집의 이용자 현황에서 총 172명의 아동 중 청구법인 관련 근로자 자녀의 수는 100명임을 알 수 있다.

(6) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 한다는 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때, 지방세특례제한법 제19조 및 제94조의 영유아보육시설을 설치․운영하기 위하여 취득한 부동산을 해당 용도로 직접 사용한다고 함은 부동산의 취득자가 영유아보육시설의 운영자로서 취득한 당해 부동산을 영유아보육시설에 직접 사용하는 경우만을 의미하는 것이지 당해 부동산의 소유자와 영유아보육시설의 운영자가 다른 경우까지를 포함하는 것은 아니라 하겠으므로OOO, 부동산 취득자가 보육시설을 설치․운영하기 위하여 그 명의로 신청한 자(‘보육시설 인가증’의 대표자)에 해당되는 경우에만 당해 부동산은 위 규정에 의한 취득세 면제대상이 된다 하겠다. 청구법인의 경우 이 건 부동산에서 운영중에 있는 보육시설이 공동 직장보육시설이라고는 하나 청구법인은 부동산 취득자일 뿐 보육시설 운영자에 해당되지 아니한 사실이 보육시설 인가증에 의하여 확인되고 있는 점, 보육시설 인가증상 운영자인 OOO과 청구법인은 공동 직장보육시설의 설치․운영과 관련하여 대표사업주와 참여사업주로서 민법상 조합과 조합원 관계에 있다고 할 수 있지만, OOO은 직장보육시설 인가, 정부보조금 신청, 채권관리 등 공동 직장보육시설 설치 및 운영관리를 위한 제반사항에 대하여 보육시설의 대표자로서 권리 및 책임을 지니고 있는 점, OOO은 청구법인을 비롯한 참여사업주 6개사가 공동으로 설치한 이 건 어린이집을 포함한 4개의 공동 직장보육시설 뿐만 아니라 직장보육시설을 설치한 여러 사업장의 사업주로부터 당해 보육시설을 위탁받아 운영하고 있어 보육시설의 위탁 또는 임차경영주에 해당된다고 볼 수도 있는 점 등으로 보면, 공동 직장보육시설인 이 건 어린이집의 실제 운영자는 청구법인을 비롯한 6개사가 아니라 OOO으로 봄이 타당하다 하겠고, 그렇다면 부동산 취득자와 보육시설 운영자가 동일하다고 볼 수 없는 이 건 부동산은 위 지방세특례제한법상 취득세 감면대상에 해당된다고 인정하기는 어렵다 할 것이며, 청구법인의 주장과 같이 이 건 어린이집이 관련법령에서 정한 단독 직장보육시설 설치기준을 충족하고 있다고 하여 달리 볼 수도 없다 할 것이다. 따라서 이 건 취득세 등의 감면을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.