[요지] 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산 등기도 포함된다 할 것임.
[요지] 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산 등기도 포함된다 할 것임.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요 가.청구법인은 2009.5.15. OOO 토지 739㎡ 및건축물 3,147.27㎡ 중 890분의 556(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하고 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2009.5.21. 법률 제9685호로 개정되기 전의 것) 제131조(부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20 제138조(대도시 지역내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기
2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
4. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기
③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 工場의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. (2)지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조(대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
④ 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항 제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.
⑤ 법 제138조 제1항 제1호의 규정에 의한 법인의 등기로서 관계법령의 개정으로 인하여 면허 또는 등록의 최저기준을 충족시키기 위한 자본 또는 출자액을 증가하는 경우에는 최저기준을 충족시키기 위한 증가액에 한하여 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다. (2)지방세법 시행규칙(2009.9.21. 행정안전부령 제107호로 개정되기 전의 것) 제55조의2(사무소 등) 영 제102조 제2항 후단에서 "행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 법인세법ㆍ부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법ㆍ부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제6조의3에 따라 승인을 얻은 사업자단위과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로서 인적ㆍ물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.
1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소
2. 물품의 보관만을 하는 보관창고
3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 법인등기부등본에 의하면 청구법인은 1991.6.28. OOO를 본점소재지로 하고, 토목, 건축 계획조사, 토목측량, 설계용역 등을 목적사업으로 하여 설립되었으며, 지점등기에 관한 사항은 등기되어 있지 아니한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2009.5.15. OOO 토지 739㎡ 및 건축물 3,147.27㎡의 890분의 556을 취득하고, 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였다. (다) 처분청은 2010.12.27. 쟁점부동산의 사용현황을 조사한 후, 청구법인이 쟁점부동산의 7층은 조경부, 6층은 회장실·사장실·업무부·총무부, 5층은 수자원부·도시개발부, 4층은 플랜트 1부·도시개발부, 3층은 도시계획2부·전기부, 2층은 지반공학부·감리사업본부, 지하 1층은 사무실, 지하 2층은 회의실 및 식당으로 사용하고 있고, 쟁점부동산의 인포메이션에 위와 같이 사용 중인 사실이 안내되어 있으며, 쟁점부동산은 본점전입에 따른 부동산으로 등록세 중과세대상이라고 복명하였다. (라) 처분청은 2011.1.10. 청구법인이 대도시내로 본점 전입에 따른 부동산을 취득한 것으로 보아 쟁점부동산의 취득가격 OOO에 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 등을 부과고지하였다. (마) 청구법인은 2010.4.30. 지방소득세(법인세분) 신고서를 처분청에 제출하면서 쟁점부동산 2,655㎡를 청구법인이 사용하는 것으로 신고하였다. (바) 청구법인은 2006.7.31.부터 2009.5.11.까지 OOO 소재 건축물에 대한 재산할 사업소세(390㎡) 및 위 사무실에 근무하는 직원들의 주민세(특별징수분) 등을 신고납부하였고, 2009. 5.11.부터 현재까지의 쟁점부동산에 대한 재산세, 쟁점부동산에 근무하고 있는 직원들의 지방소득세(특별징수분, 종업원분) 등을 신고납부하였으며, 2006.7.30. 이전에 OOO내에 지방세를 신고납부한 실적이 없는 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 이 건 심판청구를 제기하면서 청구법인과 OOO간 2000.5.19. 체결된 OOO에 대한 임대차 계약서 및 임대료 납부세금계산서를 제출하였으며, 위 계약서 등에 의하면 청구법인은 2000년 6월부터 2006년 6월까지 이 빌딩의 32평을 월임대료 OOO에 임차한 것으로 되어 있다. (아) 청구법인과 OOO간 체결된 OOO 임대차 계약서 및 임대료 납부세금계산서에 의하면 청구법인은 2006년 7월부터 2009년 5월까지 이 빌딩의 648㎡를 월임대료 OOO에 임차한 것이 확인되고 있다.
(2) 쟁점에 대해 살펴본다. (가) 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에 의하면 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제2항의 규정에 의하면 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 OOO외의 지역에서 OOO내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하는 것으로 규정하고 있다. (나) 한편,대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법취지에 비추어 볼 때,등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것이다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO OO). (다) 살피건대, 청구법인의 법인등기부등본상 본점은 OOO에 소재하고 있었으나 청구법인은 2009.9.15. 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점부동산에 회장실, 사장실, 업무부, 도시개발부 등 본점기능을 수행하는 조직을 설치하고 그에 따른 직원들이 근무하고 있는 사실이 확인되므로 청구법인은 OOO내에 소재한 쟁점부동산으로 본점의 일부를 전입했다고 보는 것이 타당한 점, 청구법인은 2000.6.1. 본점의 일부 기능을 하는 서울사무소를 OOO에 설치하였고, 쟁점부동산은 OOO 설치 후 5년이 경과된 이후에 취득하였으므로 등록세 중과세대상에 해당되지 아니한다고 주장하며 청구법인과 OOO간 2000.5.19. 체결된 임대차계약서를 제출하였으나 청구법인은 OOO에 소재하는 사무실에서 근무하는 직원들의 주민세(특별징수분) 등을 신고납부한 사실이 없고, OOO 사무소가 존재하고 있었다는 입증서류 및 OOO 사무소가 본점기능을 했다는 입증서류를 제출하지 못하고 있으므로 청구법인이 2000.6.1. OOO으로 본점을 전입한 것으로 인정하기에는 어려움이 있는 점, 청구법인이 2006.7.31. OOO에 OOO를 설치하고 이 사무실에 근무하는 직원들의 주민세 등을 신고납부한 사실이 있으나 이 사무실에서 본점기능을 했는지에 대한 입증자료를 제출한 바 없고, 설사 청구법인이 2006.7.31. OOO내로 본점의 일부를 전입한 것으로 인정한다 하더라도 쟁점부동산은 본점전입 후 5년 이내에 취득하는 부동산으로 등록세 중과세 대상이 되는 점 등을 종합하여 보면, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점부동산에 본점의 일부를 전입한 것으로 보는 것이 타당하고, 쟁점부동산은 OOO내로 본점전입에 따른 부동산으로 등록세 중과세 대상으로 보는 것이 타당하다. 또한, 청구법인은 임대용으로 사용한 부분은 등록세 중과세대상이 아니라고 주장하고 있으나 청구법인은 OOO 소재 건물 3,147.27㎡ 중 890분의 556인 1,966.16㎡를 취득한 것으로 확인되고 있고, 청구법인은 2010.4.30. 처분청에 지방소득세 신고시 쟁점부동산 전체를 청구법인이 사용하고 있다고 신고한 바 있으므로 청구법인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점부동산을 대도시내로 본점전입에 따른 부동산으로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 부과고지한 것은 적법한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.