[주 문] 처분청이 2011.7.10. 청구법인에게 한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계OOO,OOO,OOOO(가산세 포함) 및 재산세 OOO, 공동시설세 OOO,지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은OOOO OOOOOO OOO OOO-O 외1필지 소재주건축물(부속토지를 포함한다)2층 9.28㎡ 및 3층 0.67㎡를 과세대상에서제외하여그 세액을경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2007.11.12. OOO 외1필지 토지 3,743㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고 이에대한 취득세 등을 처분청에 신고납부한 후, 2009.3.11. 처분청에 이 건토지가조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 규정하고 있는창업중소기업이 취득한 사업용 재산에 해당한다하여 2009.3.16. 기 신고납부한 세액을 환급받았고, 2009.2.23. 이 건 토지상에 공장용 건축물 5,664.99㎡(이하 “이 건건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 “이 건 부동산”이라 한다)를신축취득한 후, 이 건 건축물의 취득과 이 건 토지의 지목변경에 대하여처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다. 나.그 후, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사와 과세전적부심사를통하여 청구법인이이 건 건축물 중 2·3층 부분 3,131.16㎡(이하 “쟁점건축물”이라 하고,부속토지를 포함하여 “쟁점부동산”이라한다)를 고유 업무에 사용하지아니한다고 보아 쟁점부동산의 취득가액O,OOO,OOO,OOOO을과세표준으로 하고 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제112조 제1항 등의 세율을 적용하여산출한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계OOO,OOO,OOOO(가산세 포함) 및 2009년도 및 2010년도 재산세O,OOO,OOOO, 공동시설세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계OOO을 2011.7.10. 청구법인에게 부과고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2011.7.28.심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 (1)청구법인은 이 건 토지를 취득하여 그 중 231㎡는 도로로, 3,512㎡는공장용지로 변경하여 공장용지 중 1,915.33㎡에는 사무실과 공장건축물을 신축하고, 나머지 1,596.67㎡는 직원 및 방문객 등의 주차공간과 화물 적재장소, 화물 상·하차장 등으로 사용하고 있으며, 공장용건축물인 이 건 건축물은 3층으로 신축 되었으나, 2층과3층 일부 사용하는 부분(2층 식당: 108㎡, 3층 물탱크: 26.69㎡)을제외한 쟁점건축물은 비어 있는 상태이나, 청구법인은 이 건 토지를 취득하여 지상에 이 건 건축물을 신축하여제조업을 개시하였고, 최초 사용일부터 2년간 다른 목적으로사용하거나처분 또는 임대한 사실도 없으며, 쟁점건축물은 작업물량이 부족하여 일부 유휴공간으로 남아있는 것임에도 쟁점건축물을 직접 사용하지 아니하는 것으로 해석한 것은 법 조항을 확대해석하거나 축소해석한 것일 뿐 아니라, 또한, 청구법인은 사업을 개시한 후 선박제조회사로부터 수주를 하기위하여 꾸준히 영업활동을 하고 있으며 최선을 다하였으나, 선박제조업체의 대외 수주부진으로 수주물량이 부족하여 쟁점건축물을 활용하지못하고 있으나, 정당한 사유 없이 사용하지 않는다는 것은 해당 건축물을취득하여 방치하거나 다른 용도로 사용하기 위하여 이를 비워 두는경우를 뜻하는 것으로, 청구법인과같이 작업물량의 수주를 대기하면서일시적으로 비워져 있는 것은정당한 사유에 해당됨에도 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다. (2)설령, 이 건 부동산의 사용하는 부분과 사용하지 아니하는 부분을안분계산 하더라도이 건 토지 중 건축물이 정착되지 아니한 도로부분 231㎡와 화물적재 및 화물 상·하차와 직원 및 방문객 등의 주차장1,596.67㎡는그 전체가 창업목적에 따른 사업용에 직접 사용되고 있는것이 명백함에도 이 부분 까지도 건축물의 미사용 면적을 기준으로 안분 계산하는 것은 부당하므로 미사용 토지의 계산은 건축물이 정착되어 있는 부분만을 기준으로 건축물의 미사용 면적에 해당하는 비율을토지의 미사용으로 계산하여야 할 것이고, 이 건 건축물의 2층의계단실/승강기실/기계실70.07㎡와 3층의계단실/승강기실/기계실63.57㎡중 2층에 있는 세면장/탈의실/화장실과 식당으로의 출입은 2층 계단실을 이용하지 아니하면 출입이 불가능하고, 3층의 물탱크로의 진·출입 역시 2층과 3층계단실을 이용하지아니하면 출입이 불가능함에도 계단실 까지도미사용 공간으로 분류한것은 부당하므로, 2층 좌측계단실 21.83㎡와 우측계단실 23.23㎡ 및 3층의좌측계단실 21.83㎡와 우측계단실 23.23㎡, 합계 90.12㎡는 미사용 공간에서 차감되어야 한다.
- 나. 처분청 의견 (1)청구법인이 이 건 건축물을 신축한 후, 내부 경영상의 문제로인하여 쟁점건축물에 생산시설 등을 갖추지 아니한 공실상태로사용하고 있지 아니하는 사실이 확인되고 있고, 쟁점건축물을 해당사업에 사용하지 못하는 것은 청구법인의 경영상 문제로 다른 외부적인 사유가확인되지 않고 있고, 경영상의 문제는 감면받은납세자가 유예기간 내에해당사업에 사용하지 못한 정당한 사유에해당하지 아니하므로 쟁점부동산에 대하여 기 면제한 취득세 등을추징한 것은 잘못이 없다. (2)또한, 토지는 그 자체로서 당해 사업에 직접 사용되는 것이 아니라건축물이 신축되고 그 부속토지로서 사용여부가 판단되어야 하는것이기 때문에 건축물의 사용내역에 따라 그 토지의 추징여부가결정되어야 하는 것으로 건축물 사용면적에 비례해서 토지의 사용면적을 산출하여 미사용한 면적을 산출한 것은 잘못이 없다 할것이므로 처분청이쟁점부동산을 창업중소기업이 해당사업에 사용하지 아니하는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
1. 창업중소기업이 취득한 부동산을 유예기간 내에 당해 사업에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부
2. 직접 사용하지 못한 부동산의 면적안분의 적정 여부
- 나. 관련 법령 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제119조(등록세의 면제등) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접사용하지아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다.이하 이 항에서같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 제120조(취득세의 면제등) ③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
- 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가)청구법인은2007.11.12. 이 건 토지를 취득한 후, 2009.2.23 이 건 토지상에 이 건 건축물을 신축하였고, 처분청이 2011.4.20. 지방세 세무조사 결과를 통지하자 지방세과세전적부심을 청구하여 2011.6.8. OOOOOO로부터 이 건 건축물 중 2층 세면장, 탈의장, 화장실 105.31㎡,식당108㎡ 및 3층 물탱크 16.69㎡ 합계 230㎡에 해당하는 부동산은과세대상에서 제외하도록 하는 결정을 받았다. (나)이 건 부동산의 현황을 보면, 이 건 토지3,743㎡는 공장내 주차장및 도로(1,827.67㎡)와 건축물이 정착된 토지(1,915.33㎡)로 구성되어 있고,이 건 건축물5,664.99㎡는 주건물 5,082.24㎡와 부건물(사무실)582.75㎡로구성되어 있으며, 주건물 1층 1,721.08㎡은 공장 1,365.74㎡, 실험실 226.96㎡, 계단실/승강기/기계실 63.57㎡, 창고 30.6㎡, 화장실 24.31㎡ 및 펌프실 9.9㎡이고, 2층 1,680.58㎡은공장 1,478.2㎡, 세면장/탈의실/화장실 105.31㎡, 계단실/승강기/기계실 70.07㎡ 및 창고 27㎡이며, 3층 1,680.58㎡는공장 1,617.01㎡ 및 계단실/승강기 63.57㎡인사실이 이 건 건축물 건축물관리대장 등에 나타난다. (2)먼저,쟁점부동산을 해당 사업에 직접 사용하였는지 여부와 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지여부에 대하여 본다. 조세특례제한법 제119조 제3항 및 120조 제3항에서 규정하고 있는 사업용 재산의 “직접 사용”이라 함은 부동산의 경우 필요한 기계설비 등을갖추고 해당 사업에 직접 사용되는 것을 의미한다 할 것이고, “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는물론 고유업무에 사용하기 위한정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴내부적 사유를 포함한다 할 것(OOO OOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOO)인 바, 쟁점건축물은 유예기간이 경과하도록 기계설비를 갖추지아니한채공실상태로 방치되고 있었으므로 해당사업에 직접 사용되었다고 보기는어렵다 할 것이고, 청구법인이 쟁점부동산을 해당사업에 직접 사용하지못한데에법령상의제한과같은외부적 장애 사유는 없었던 것으로보이고선박제조업체의 대외 수주부진은 청구법인의 경영상의 문제에 해당하는 것으로 보이므로 이를 유예기간 내에 사용하지 못한정당한 사유에 해당한다고 보기도 어려우므로 이에 대한 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.
(3) 다음으로,사용면적과 미사용 면적의 안분이 적정한지 여부에 대하여 본다. 건축물의 부속토지는 토지의 이용현황으로 사용여부를 판단할 것이아니라 당해 건축물의 이용현황에 따라 사용여부를 판단하는 것이타당하므로이 건 토지 중 건축물이 정착되지 아니한 부분도 건축물의 이용비율에 따라 해당 부분의 사용여부를 판단함이 타당하다 할 것이므로이에대한 청구법인의 주장 또한 받아들이기 어렵다 할 것이다. 다만,처분청이 이 건 건축물의 주 건축물 2,3층 중230㎡(2층 세면장,탈의장, 화장실105.31㎡, 식당108㎡ 및 3층 물탱크 16.69㎡)를 직접 사용하는 면적으로 보았다면 해당 층의 공용사용 부분인2층계단실/승강기/기계실 70.07㎡ 및 3층계단실/승강기63.57㎡ 중위 직접 사용면적에해당하는 부분〔계단실 등의 부분을 제외한 2,3층 각 층의 전체면적에서위직접 사용 면적이차지하는 비율만큼 안분하여 산출한 면적(2층 9.28㎡, 3층 0.67㎡, 부속토지를 포함한다)〕도과세대상에서 제외하는것이타당함에도 이를 과세대상에서 제외하지 아니한것은잘못이 있다고할 것이다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.