청구법인의 이 건 부동산 등기를 본점 전입에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세한 처분의 당부

[주 문] 심

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2007.4.30. OOO1 외 1필지602.1㎡ 상의 업무시설용 건축물 2,930.75㎡(지하 3층, 지상 6층, 이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)를 취득하고 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하고 같은 날 등기를 완료하였다. 나.처분청은 청구법인이 2007.4.30. 쟁점부동산을 취득하여 2007.12.21. OOOOOO OOO OOO OOO-O에서 쟁점부동산으로 본점을 전입하여 2007.12.27. 등기를 경료하였으므로 쟁점부동산에 대한 이전등기는 법인의 본점전입에 따른 부동산등기라고 보아 그 취득가액OOO에 지방세법제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2011.3.10. 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2007.4.30. 쟁점부동산을 취득하고 2007.12.27. OOO에서 쟁점부동산으로 본점이전등기한 사실이 법인등기부등본에서 확인되지만 이는 형식적 본점 이전에 불과하고 청구법인은 쟁점부동산을 취득하기 5년 이전부터 이미 OOO에서 본점의 역할을 실질적으로 계속 수행하여 왔으므로 OOO로 본점이 사실상 이전한 지 5년을 경과한 후에 쟁점부동산을 취득한 것에 해당되므로 등록세 중과대상에서 제외되는 것임에도 처분청에서 쟁점부동산을 본점이전에 따른 등록세 중과대상으로 보아 부과고지한 이 건 처분은 부당한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 1973.8.22. OOO에서 설립되어 1996.7.2. OOO으로 본점을 이전한 후 2007.12.21. OOO로 본점을 이전하여 2007.12.27. 등기를 하기까지 OOO에 법인본점등기를 한 사실은 법인등기부등본에서 나타나지 않고, 제29기(2001.4.1.～2002.3.31.까지) 감사보고서에서 언급하는 2002.3.31. 현재 OOO에 소재하는 OOO에 대하여 본·지점 등기를 하였다거나 사업자등록을 한 사실도 없다. 청구법인의 조직도, 급여집계표, 근무자명단, 원천징수이행상황신고서 등에서 2001년 OOO의 근무인원은 OOO 등 총 27명이고, 2001년 ～ 2007년까지 평균 약 35명 내외의 인원이 근무하였으며 2002.1월 ～ 2007.12월까지 특별징수분 주민세를 OOO에, 1997년 ～ 2002년의 법인균등분 주민세는 OOO에서, 1998년 ~ 2007년의 법인세분 주민세는 OOO에 각각 납부한 사실이 확인되는 반면, 법인등기부상 본점소재지인 OOO에서도 본점의 중추적 역할을 수행하는 부서인 총무과 및 경리팀 등에서 관리직 인원이 2001년말 36명, 2001년 ～ 2007년까지 평균 약 33명 정도의 인원이 근무하였고, 2007년을 제외한 2006년말까지의 평균 근무인원은 35명인 사실이 확인되는 바, OOO에서 형식적 본점의 역할을 수행하였을 뿐이라는 청구법인의 주장은 인정할 수 없으며, 또한 청구법인은 당시 OOO가 OOO에 소재하였기 때문에 대표이사, 주요임원 및 직원 등의 주거지(주민등록지)가 출퇴근이 가능한 OOO내 또는 OOO 인근 위성도시에 대부분 거주하였음을 볼 때 본점업무를 수행한 직원이 OOO에 있었다는 사실이 입증된다고 주장하지만, OOO와 법인등기부상 본점소재지인 OOO까지의 거리는 35㎞ 정도로서 승용차로 40～45분 정도 소요되는 거리임을 감안할 때 본점소재지가 OOO이든 OOO든 출퇴근이 모두 가능한 지역이므로 OOO에서도 얼마든지 OOO의 본점사무실로 출퇴근을 할 수 있어 청구법인이 주장과 같이 OOO의 근무 직원이 출퇴근하기 위하여 OOO내에 반드시 주소를 두었다고 단정할 수도 없다. 일반적으로 모든 법인은 본점명의로 사업을 수행하며, 청구법인의 OOO에서 영업과 무역업무 수행을 위한 연락사무소의 역할을 일부 수행하고 지점사무실에도 본점업무의 연장선에서 대표이사 사무실 및 경리부와 자금부 그리고 영업부의 사무실을 설치하여 본점기능의 일부를 수행할 수는 있지만 이는 본점의 모든 요소를 OOO로 이전하여 영업을 하는 것과는 다르며, 청구법인의 경우 2001년말 조직도에서 OOO에 자금팀, 영업팀, 무역팀, 기획팀, 전산팀이 있지만, 본점소재지인 OOO에서도 본점기능의 중추적 역할을 하는 총무과, 경리팀이 있었고, 업무/자재과, 생산관리팀, 생산팀, 기술운영팀, 연구개발부, 품질관리부가 있었던 점을 고려하여 볼 때 OOO가 실질적 본점의 역할을 다 수행하였다는 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이쟁점부동산 취득등기일(2007.4.30.)을기준으로5년 이전부터 OOO에서 실질적으로 법인 본점을 역할을 수행함에 따라 등록세 중과제외대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 지방세법(2007.7.20. 법률 제8540호로 개정되기 전의 것) 제138조 (대도시 지역내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. (이하생략)

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 제150조의 2 (신고 및 납부)② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. 제151조 (부족세액의 추징 및 가산세)등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다. 1.제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세 2.제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

(2) 지방세법시행령(2007.7.23. 대통령령 제20183호로 개정되기 전의 것) 제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. 제104조의2 (신고 및 납부기한 등)② 법 제150조의2제2항에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 다음 각호의 날을 말한다. 1.다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날 다.대도시외에서 법인의 본점 또는 지점을 대도시안으로 이전하는 경우 (3)지방세법시행규칙(2008.1.22.행정자치부령 제421호로 개정되기 전의 것) 제55조의2 (사무소 등)영 제102조제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다. 1.영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소 2.물품의 보관만을 하는 보관창고 3.물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가)청구법인은 각종 철강제품의 생산 및 판매, 부동산 임대, 매매 및 개발업을 목적사업으로 하여 OOO에 소재하는 OOO을 인수하여 1973.8.22. 설립된 법인으로서2007.4.30. OOO 사옥용 건물을 매입하고, 2007.12.21.OOO OOO OOO OOO-O에서 OOO로OOO으로 본점소재지를 이전하고 2007.12.27. 이전등기를 하였으며, 2007.12.21. 기존OOO에 지점을 설치하여 2008.1.4. 등기를 하고 2008.5.30. OOO을 매각하여 폐쇄, 2009.3.27. OOO지점을 폐지하고 2009.4.10. 등기를 하였다. (나)청구법인은 2007.4.30. 쟁점부동산을 OOO에 취득하고 그 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고·납부하고 같은 날 소유권이전등기를 완료하였다. (다) 처분청은 청구법인의 쟁점부동산의 취득·등기가 지방세법제138조 제1항제3호 법인의 본점전입에 따른 부동산 등기에 해당된다고 보아 이 건 부동산의 취득가액OOO에 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을2010.11.10. 과세예고하자 청구법인이 2010.12.3. OOO에게 과세전적부심사청구를 하여 OOO이 2011.2.18. 청구법인에게 불채택결정통보(제2011-14호) 함에 따라2011.3.10. 이 건 부과처분을 하였다. (라) 처분청에서 이 건 부과처분외의 지방세 부과처분에 대한 현황을 보면 다음과 같다. < 종업원할 사업소세 부과내역OOO > < OOO 사업소세 대장 등재내역OOO > < 재산할 사업소세 부과내역OOO > < 주민세(균등할) 부과내역 >

• 1997～2002년까지 OOO에 납부OOO

• 1997～2000년까지 OOO에 납부OOO

• 2004～2006년까지 OOO에 납부OOO

• 2007～2009년까지 OOO에 납부OOO < 주민세(법인세할) 부과내역 >

• 1998～2007년까지 OOO에 납부OOO

• 2008～2009년까지 OOO에 납부OOO < 주민세(특별징수) 부과내역 >

• 2000.4～9월까지 OOO에 납부OOO

• 2002.1～2007.12월까지 OOO에 납부OOO

• 2008.1～2009.12월까지OOO에 납부OOO (2)청구법인은 2007.4.30. 쟁점부동산을 취득하고 2007.12.27. OOO에서 쟁점부동산으로 본점이전등기를 하였으나 이는 형식적 본점 이전에 불과하고, 청구법인은 쟁점부동산을 취득하기 5년 이전부터 이미 OOO 소재 OOO에서 본점의 역할을 실질적으로 계속 수행하여 왔으므로 OOO로 본점이 사실상 이전한 지 5년을 경과한 후에 쟁점부동산을 취득한 것에 해당되는 것이어서 등록세 중과대상에서 제외된다고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 지방세법제138조 제1항 제3호에서 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여는 등록세 표준세율의 100분의 300을 적용하도록 규정하면서, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 OOO외의 지역에서 OOO내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 1973.8.22. OOO에서 설립되어 1996.7.2. OOO으로 본점을 이전한 후 2007.12.21. OOO로 본점을 이전하여 2007.12.27. 등기를 하기까지 OOO에 법인본점을 등기한 사실이 법인등기부등본에서 나타나지 않고 청구법인이 제시하는 제29기(2001.4.1.～2002.3.31.까지) 감사보고서에서 언급하고 있는 2002.3.31. 현재 OOO에 소재하는 OOO에 대하여 본·지점 등기를 하였다거나 사업자등록을 한 사실이 없는 점,청구법인이 제시하는 조직도, 급여집계표, 근무자명단, 원천징수이행상황신고서 등 자료만으로는 OOO에서도 본점역할을 충분히 수행할 수 있는 것이어서 OOO를 반드시 본점으로 사용하였다고 단정짓기는 어려운 점, OOO를 법인본점으로 사용하였다면 본점사용 당시 등록세 중과세 납세의무가 성립되는 데 등록세 납세의무를 이행하였다는 객관적 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때 법인등기부등본이나 제출된 자료만으로는 청구법인이 OOO에서 사실상으로 본점기능을 수행하였다는 사실을 입증하는 자료로서는 불충분하므로 OOO로 본점을 이전한 후 5년이 경과되어 쟁점부동산을 등기하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다. 따라서, 처분청에서 청구법인이 쟁점부동산을 본점의 전입에 따라 취득하는 부동산의 등기로 보아 중과세율을 적용하여 등록세를 부과고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.