(1) 종전토지의 가액과 환지가액의 차액에 대하여 취득세를 부과한 처분의 당부 (2) 환지처분 이전에 취득한 부동산에 대하여 환지처분 확정 이후에 등기부상 표제부가 수정된 경우 등록세율 적용 적법 여부

[주 문] OOO이 2011.4.12. 청구인에게 한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO의 부과처분은 등록세율을 (구)지방세법(2010.3.31. 전문개정 전) 제131조 제1항 제8호에 따른 등록세율(매1건당 OOO)로 하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2002.11.6. 토지구획정리사업이 시행중이던 OOO 71블럭 1-3롯트 환지예정지[(구지번) OOO, 이하 “종전토지”라 한다]를 매매로 취득한 후, 매매대금 OOO을 과세표준으로 하여 2002.12.3. 취득세OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO을 신고납부하였고, 이후 OOO 토지구획정리사업이 완료되어 2006.8.21. 종전토지가 OOO 대 228.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)로 환지처분 공고되자, 2007.8.17. 등록세 OOO, 지방교육세 OOO을 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 사업시행인가 이후 환지 이전에 종전토지를 승계취득하였고, 환지계획등에 의하여 취득한 쟁점토지의 가액이 종전토지의 취득가액을 초과한다 하여, 2011.4.12. 청구인에게 (구)지방세법 시행령 제79조의3 제3항에 의해 산출된 초과액 OOO을 과세표준으로 하여 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 부과고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 환지처분 공고 후 부동산등기부 표제부에 “토지구획정리사업에 의한 환지”라고 등기된 것(이하 “쟁점등기”라 한다)은 토지의 “표시변경등기”이므로, 그 등록세 세액 산정에는 (구)지방세법 제131조 제1항 제8호에 따른 ‘기타등기’의 등록세율(매 1건당 OOO)이 적용되어야 한다. 그런데, 처분청은 쟁점등기를 (구)지방세법 제131조 제1항 제3호의 “유상 소유권취득에 따른 등기”로 보아 그에 해당하는 등록세율(과세표준액의 1,000분의 20)을 적용하여 세액을 산정하였으므로 이 건 등록세 등 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 사업시행자의 촉탁으로 신지번의 등기를 하였다 하더라도, 당해 부동산의 가액이 환지처분으로 인하여 당초의 신고취득가액보다 상승하였다면 (구)지방세법 제109조 제3항 제2호에 따른 취득세 납세의무가 있는 환지예정지의 취득자이므로 등록세를 신고납부할 의무가 있고, 그 등기는 승계에 따른 이전등기의 완성이라 할 것이므로 처분청이 등록세율을 과세표준액의 1,000분의 20에 해당하는 세율을 적용하여 이 건 등록세를 부과고지한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 환지예정지 취득‧등기 후 해당 부동산의 가액 증가에 따른 등록세를 신고납부하는 경우, 그 세액 산정에 기타 등록세율(OOO/건)을 적용해야 한다는 청구인 주장이 정당한지 여부
• 나. 관련법령

(1) (구)지방세법(2010.3.31. 전문개정전) 제29조【납세의무의 성립시기】① 지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다. 2.등록세: 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 제109조【토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세】③ 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시및주거환경정비법등 관계 법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계 취득한 자에 한한다)

④ 제3항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다. 제124조【납세의무자】등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제127조의2【대체취득등기에 대한 비과세】② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 제130조【과세표준】① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다. 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상속으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 3

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 8

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20

4. 소유권의 보존 부동산가액의 1,000분의 8

5. 공유·합유 및 총유물의 분할 분할로 인하여 받은 부동산가액의 1,000분의 3

6. 소유권 이외의 물권과 임차권의 설정 및 이전

(1) 지상권 부동산가액의 1,000분의 2

(2) 저당권 채권금액의 1,000분의 2

(3) 지역권 요역지가액의 1,000분의 2

(4) 전세권 전세금액의 1,000분의 2

(5) 임차권 월 임대차금액의 1,000분의 2

7. 경매신청·가압류·가처분 및 가등기

(1) 경매신청·가압류·가처분 채권금액의 1,000분의 2 (2)가등기 부동산가액의 1,000분의 2

8. 제1호 내지 제7호 이외의 등기 매1건당 OOO

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 전문개정 전) 제79조의3【수용시의 초과액 산정기준】③ 법 제109조 제3항 제2호의 규정에 의한 초과액은 환지계획 등에 의한 취득부동산의 과세표준액(사실상 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상 취득가액을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준액(승계취득할 당시의 취득세 과세표준액을 말한다)을 공제한 금액으로 한다.

(3) 도시개발법(2008.3.21. 전문개정 전) 제41조【환지처분의 효과】① 환지계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분의 공고가 있은 날의 다음 날부터 종전의 토지로 보며, 환지계획에서 환지를 정하지 아니하는 종전의 토지에 존재하던 권리는 그 환지처분의 공고가 있은 날이 종료하는 때에 소멸한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) OOO 공고 제2006-670호 OOO 토지구획정리사업 환지처분 공고(2006.8.21.)에는 다음과 같은 내용이 공고되어 있다.

1. OOO(OOO 토지구획정리사업)으로 결정 및 고시【인고 제1993-130호(1993.9.28.)】되고, OOO(OOO 토지구획정리사업)으로 사업시행인가【인고 제1994-367호(1994.12.28.)】되었으며, OOO 공고 제2006-605호(2006.8.3.)로 공사완료공고된 OOO토지구획정리사업에 대하여 토지구획정리사업법 제61조 제4항의 규정에 의거 환지처분공고함.

2. 사업명: OOO 토지구획정리사업

3. 위치: OOO 일원

4. 시행자: OOO

5. 시행기간: 1994.12.28.~2006.8.27.

6. 환지처분면적: 663,302.9㎡

7. 환지처분내용: 각 필지별 신지번, 지목, 면적, 지적도면 확정 및 청산금 결정 등

8. 기타사항: 환지처분공고로 종전토지 공부상의 지번, 지목, 지적은 환지처분내용으로 변경되었음 (나)OOO 토지구획정리사업 환지확정처분조서에는 다음과 같은 환지확정처분 내용이 기재되어 있다. (다) 쟁점토지의 등기부등본에는 “표제부”에 2007.8.20. 토지구획정리사업에 의한 환지를 등기원인으로 구 지번이 말소되고 신 지번이 등재된 사실과, “갑구”에 청구인이 사업시행인가 이후 환지 이전인 2002.12.3. 매매(2002.11.6.)를 원인으로 하여 청구인 명의로 소유권이전등기를 경료한 사실이 각각 아래와 같이 나타난다.

(2) 청구인은, 쟁점등기가 토지의 “표시변경등기”이므로, 그 등록세 세액 산정에는 “기타등기”의 등록세율인 “매 1건당 OOO”이 적용되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(3) (구)지방세법 제124조에 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정되어 있고, 같은 법 제131조 제1항 제3호, 제8호에는 상속 및 무상 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득에 따라 부동산 등기를 받을 때에는 부동산가액의 1,000분의 20의 세율(농지인 경우 1,000분의 3)을, 기타등기(위 같은 법 제131조 제1항 제1호 내지 제7호 이외의 등기)에 대하여는 매1건당 OOO의 세율을 적용하여 등록세를 납부하도록 규정되어 있다. 그런데 쟁점토지의 등기부등본 갑구(소유권에 관한 사항)에는 청구인이 종전토지를 2002.11.6. 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기를 경료한 사실이 나타날 뿐, 종전토지가 환지처분됨에 따라 기재내용이 변경되거나 새로운 내용이 추가된 사실은 나타나지 않는다. 다만, 등기부등본 표제부를 보면 토지구획정리사업에 의한 환지를 등기원인으로 하여 종전토지의 소재지번과 지목, 면적이 변경되어 등기된 사실을 알 수 있는데, 이는 환지처분공고로 인하여 종전토지의 소재, 지번, 지목, 면적 등 토지의 표시사항이 변경됨에 따라 사업시행자가 이를 변경코자 관할 등기관서에 등기신청을 하여 이루어진 촉탁등기에 해당한다 할 것이고, 이러한 환지처분에 따른 부동산 등기행위는 환지처분 후 등기부의 정리로서 전체적으로 단순 표시변경이며, 환지로 인한 갑구 또는 을구의 변경 등기가 없으므로, 청구인들의 경우를 소유권 유상취득에 대한 등기와 동일하게 보아 등록세율 1,000분의 20을 적용하는 것은 타당하지 않다고 판단된다. 또한 등록세 과세대상은 소유권 등 재산권의 존재를 공부상에 등재하는 행위, 즉 등기행위에 담세력을 인정하여 과세하는 지방세이므로OOO, 이 건과 같이 환지처분으로 토지가액이 증가되어 취득세가 과세되는 경우라 하더라도 그와 관련하여 소유권 등 권리의 변경에 대한 등기행위가 없다면 (구)지방세법 제131조 제1항 제8호의 규정에 의한 세율을 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.