법인이 토지거래허가구역 내의 이 건 토지에 대한 잔금을 지급한 이후에 당해 법인의 과점주주 주식비율이 증가하였고, 그 후 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우 이 건 토지가액을 과세표준에 포함하여 과점주주 취득세를 부과한 처분의 당부

[참조결정] 조심2009지1108

[주 문] 처분청이 2011.3.17. 청구인에게 한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO의 부과처분은 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 제외하는 것으로 하여 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구인과 청구인의 배우자인 OOO가 OOO(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 발행주식 60,000주의 77%인 46,200주를소유하고 있는 상태에서 청구인이 2008.1.8. OOO와 OOO으로부터 이 건 법인의 주식 58,200주를 취득하여 청구인과 특수관계에 있는 자들(이하 “청구인 등”이라 한다)의 주식소유비율이 97%로 20% 증가하였음에도 과점주주 취득세 등을 신고납부하지 아니한 사실을확인하고, 2011.3.17. 과점주주 취득세 납세의무 성립일 현재 이 건 법인이소유하고 OOO 외 18필지 토지 22,821㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)의 장부가액 OOO에 청구인 등의소유주식 증가비율인 20%를 곱하여 산정한 가액인 OOO을 과세표준으로 하고, 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO(가산세 포함)을 부과고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 아파트 건설 시행사인 이 건 법인은 2006.4.18.부터 2008.1.17까지 토지거래허가구역내에 있는 이 건 토지에 대한 대금을 지급하였고, 2009.1.30. 이 건 토지는 토지거래허가구역에서 해제되었으며, 이 건법인은 2009.5.4. 이 건 토지 취득에 대한 취득세 등을 납부하였다. 이 건 법인과 이 건 법인의 세무대리인은 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고납부하기 위해 토지거래허가구역내 토지의 취득시기에 대해 구 OOO, 처분청 등에 문의를 한 바 있고, 구 OOO 담당자 등은 인터넷 지방세 상담과 전화통화에서 토지거래허가를 받기 전에 거래대금을 완납하였다 하더라도 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 해제일이 취득일이 된다고 답변하였으며, OOO 담당자 등은 구 OOO 지침에 따라 토지거래허가전에 잔금을 지급한 경우 토지거래허가를 받은 후에 신고납부해야 한다고 안내하면서 구 OOO이 OOO에게 보낸 내부 공문OOO 등을 팩스로 보내주면서 믿고 신고하라고 안내함에 따라 이 건 법인은 OOO 등의 공적인 예규 등을 신뢰하여 이 건 토지를 2009.1.30.에 취득한 것으로 판단하였고, 청구인 등이 과점주주 취득세 납세의무 성립시점인 2008.1.8.에는 이 건 법인은 취득세 과세대상 물건의 장부가액이 없는 것으로 판단하여 과점주주 취득세 등을 신고납부하지 아니한 것이며, 세법의 해석 또는 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위는 정당한 것으로 인정되고, 새로운 해석이나 관행에 의해 소급해서 과세되는 것은 부당하므로 토지거래허가구역내 토지의 취득시기에 대하여 새로운 해석이 있다 하더라도 새로운 예규의 적용시기는 예규변경일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용되어야 하므로 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 구 OOO 심사청구 결정OOO 및 OOO에 의하면 2007년도 및 2009년도에 잔금지급일을 취득시기로 하여 취득세 등을 부과고지한 사례가 있었고, 대법원 판례OOO에 의하면 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 잔금을 지급한 다음 허가를 받은 경우에, 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 된다고 판시하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 제시하는 구 OOO의 질의회신 등 만으로는 토지거래허가구역 내의 토지는 토지거래허가일(또는 토지거래허가구역 해제일)을 취득시기로 하여 취득세 등을 부과하겠다는 관행이 일반적으로 납세의무자에게 받아들여진 상태로 볼 수 없다 할 것이므로 이 건 취득세 등의 과세처분이 소급과세 금지의 원칙에 위배되어 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 또한, 국세기본법 제15조의 규정에 따라 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인 바, 유권해석 사례 등의 팩스 송·수신 등을 통한 공무원의 안내는 일반적인 상담행위에 불과하여 이를 과세관청의 공식적인 견해표명으로 보기는 어렵다 할 것이므로 이 건 부과처분이 신의성실원칙에 위배되어 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 법인이 토지거래허가구역 내의 이 건 토지에 대한 잔금을 지급한 이후에 당해 법인의 과점주주 주식비율이 증가하였고, 그 후 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우 이 건 토지가액을 과세표준에 포함하여 과점주주 취득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제22조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을한국증권선물거래소법제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 제104조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다. 8.취득: 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축,개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다. 제105조(납세의무자 등) ② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법·광업법·수산업법·선박법·산림법·건설기계관리법·자동차관리법또는항공법등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다.

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박 등을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다. 제111조(과세표준)④ 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한 과세표준은 그 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 김액을 과세표준액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부등에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여, 기부, 기타 무상취득 및소득세법제101조 제1항 또는법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 제120조(신고납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다 제121조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납세의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세 (2)지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제73조(취득의 시기 등) ① 유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 제78조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 제82조의2(취득가격의 입증 등) ① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문ㆍ법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부: 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서 제82조의3(취득가격의 범위)① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제118조(토지거래계약에 관한 허가) ① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권ㆍ지상권(소유권ㆍ지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 이 건 법인은 2006.4.18.부터 2008.2.25.까지의 기간 중에 이 건 토지의 종전 소유자들에게 이 건 토지에 대한 잔금을 지급하였고, 2009.1.30. 이 건 토지의 소재 지역이 토지거래허가구역에서 해제되었으며, 이 건 법인은 2009.5.6. 이 건 토지의 취득일을 2009.5.4.로 하여 처분청에 취득세 등을 신고하고, 2009.6.3. 이를 납부하였다. (나)이 건 법인의 주식등변동상황명세서에 의하면 청구인은 2008.1.8.이 건 법인의 주식 60,000주의 97%인 58,200주를 취득하여 청구인 등의 과점주주비율이 20% 증가된 것으로 기재되어 있다. (다) 처분청은 2011.3.17. 청구인이 2008.1.8. 이 건 법인의 주식을 취득하여 과점주주비율이 증가하였음에도 과점주주 취득세 등을 납부하지 아니한 것을 확인하고, 2008.1.8. 현재 이 건 법인이 이 건 토지를 취득한 것으로 보아 이 건 토지의 장부상가액 OOO에 소유주식증가비율(20%)을 곱하여 산정한 OOO을 과세표준으로 하여 <표 1>과 같이 취득세 등을 부과고지하였다. <표 1> 과점주주 취득세 세부과세 내용(단위: 원) (라) 청구인은 이 건 심판청구를 제기하면서 토지거래허가구역내 토지의 취득시기와 관련하여 이 건 법인이 2007.1.1. 구 OOO에 질의한 답변서와 OOO 세정과로부터 2007.1.2. 팩스로 수신한 구 OOO 공문 및 동일내용의 다른 납세자에게 답변한 구 OOO 공문 2부를 제출하고 있는데, 인터넷 질의 답변서에는 당해 토지의 취득일은 토지거래 허가를 받은 날 또는 토지거래허가구역 지정이 해제되는 날이므로 그날부터 30일 이내에 취득세를 납부하여야 한다고 기재되어 있고, 이 건 법인이 OOO 세정과로부터 받은 2부의 공문서에도 취득시기가 인터넷 질의 답변서와 동일하게 기재되어 있다.

(2) 쟁점사항에 대해 살펴본다. (가) 구 지방세법 제105조 제5항의 규정에 의하면 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 보되, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 구 지방세법 제111조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제73조 제1항의 규정에 의하면 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 보되, 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 보도록 규정하고 있다. (나) 한편, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상 토지거래허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 잔금을 지급한 경우에는 재화의 이전이라고 하는 사실자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하여 부과하는 취득세의 성질상 일단 잔금을 지급한 때가 곧 취득시기라고 할 것이다OOO. (다) 살피건대, 청구인은 2008.1.8. 이 건 법인의 주식을 취득하여 과점주주 주식소유비율이 증가된 점, 이 건 법인은 청구인의 과점주주 취득세 납세의무 성립일 현재 토지거래허가구역내의 이 건 토지에 대해 토지거래허가를 받지 아니하였지만 잔금을 지급하였던 사실이 확인되는 점, 토지거래허가구역내의 토지에 대한 매매계약을 체결하고 토지거래허가를 받지 아니한 상태에서 잔금을 지급한 경우 그 잔금지급일에 당해 토지를 취득하였다고 보는 것이 타당한 점, 청구인의 과점주주 취득세 납세의무 성립일인 2008.1.8.경 토지거래허가구역내의 토지의 취득시기에 대해 잔금지급일을 기준으로 취득세 등을 신고납부하여야 한다고 결정된 사례 등이 있어 토지거래허가구역내의 토지는 토지거래허가구역 해제일(또는 허가일)을 기준으로 취득세 등을 과세하겠다는 과세관행이 성립되었다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 청구인의 과점주주 취득세 납세의무성립일 현재 이 건 법인이 이 건 토지를 취득한 것으로 보고, 이 건 법인의 장부가액을 기준으로 청구인에게 과점주주 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단되고, 소급과세금지원칙을 위배하였다는 청구인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. 다만, 청구인이 과점주주 취득세 납세의무 성립일인 2008.1.8. 기준으로 과점주주 취득세 등을 신고납부하지 못한 것은 구 OOO 및 OOO 세정과 담당자가 이 건 법인에게 토지거래허가구역내의 토지의 취득시기를 토지거래허가구역해제일(허가일)로 안내함에 따른 것이고, 청구인 등은 구 OOO 및 OOO 담당자 등의 안내를 믿을 수 밖에 없었을 것으로 보이며, 이 건 법인의 이 건 토지의 취득시기를 구 OOO 담당자 등의 안내에 따라 2009.1.30. 토지거래허가구역해제일로 보는 경우 청구인의 과점주주 취득세 납세의무성립일 현재 이 건 법인은 취득세 과세대상 물건을 보유하고 있지 아니한 상태가 되므로 청구인 등이 과점주주 소유주식비율이 증가되었다 하더라도 과점주주가 취득한 것으로 의제할 부동산등이 없어 청구인은 과점주주 취득세 등을 신고납부할 의무가 존재하지아니하였던 상황이었던 바, 청구인이 과점주주 취득세 등을 신고납부하지 아니한 사정이 이와 같다면, 청구인에게 과점주주 취득세 등의 신고납부의무의 이행을 기대하는 것이 무리라는 사정이 있고, 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단되므로 이 건 부과처분 중 신고불성실가산세와 납부불성실가산세 부과는 부당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 청구인이 과점주주 취득세 등을 신고납부하지 아니한 것으로 보아 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 일부 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.