[요지] 사업양수도방법에 따라 개인사업자가 법인으로 전환하는 경우 소멸하는 사업장의 중소기업자가 취득하는 주식(지분)의 가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상인 경우에는 취득세 등을 면제하는 것인바, 청구법인의 정관, 주식배당표 및 감사보고서 등에 의하면 개입사업자 정갑출이 출자한 금액이 소멸하는 사업장의 순자산가액에 미달하는 사실이 확인되는 이상 감면요건을 충족하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이고, 그 후, 세무서장에게 고충민원을 제기하여 주주명부 등을 수정하였다고 하더라도 이를 달리 볼 수는 없음.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 이전의 것) 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가사업용고정자산을 현물출자하거나대통령령이 정하는 사업양수도방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.
② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. 제119조(등록세의 면제 등) ④제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다.다만, 등기일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. 제120조(취득세의 면제 등) ⑤제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 이전의 것) 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조 제1항에서“대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항에 따른 금액이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.
④ 법 제32조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합”이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.
2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것 (3)조세특례제한법 시행규칙 제15조(이월과세 적용대상자산 취득가액) ① 영 제28조 및 영 제29조에 따른 이월과세를 적용함에 있어서 이월과세적용대상자산의 취득가액은 당해자산 취득당시의 실지거래가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 실지거래가액이 불분명한 때에는 통합일·법인전환일 또는 현물출자일 현재의 당해자산에 대하여 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액을소득세법 시행령제176조의2 제2항 제2호의 규정을 준용하여 환산한 가액으로 한다. 1.부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법 제38조·동법 제37조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액
(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 개인사업체인 OOO의 대표자인 OOO과 그의 아들인 OOO 등이 발기인이 되어 설립한 법인으로, 2010.2.8. 청구법인 설립당시 OOO은 총발행주식의 10%인 1,500주, OOO은 70%인 10,500주를 각각 인수하였다(2010.2.8. 작성된 청구법인의 정관 및 주식배당표, 2010.2.8. 청구법인의 감사 OOO이 작성한 조사보고서). (나) OOO은 2010.1.31. 자신이 운영하던 개인사업체인 OOO를 폐업하고, 2010.2.8. OOO의 사업용 재산을 청구법인에게 포괄적으로양도하는 내용의 사업양수도계약을 청구법인과 체결한 후, 2010.3.12. 청구법인의 명의로 쟁점부동산에 대한 소유권이전 등기를 경료하였다.(2010.3.11. OOO장이 작성한 폐업사실증명서, 2010.2.8. 청구법인과 OOO이 작성한 사업양도양수본계약서, 쟁점부동산에 대한 등기부등본). (다) 청구법인은 2010.3.12. 쟁점부동산 취득에 대한 취득세‧등록세신고를 하면서 쟁점부동산이조세특례제한법제119조 제4항 및제120조 제5항에 따른 사업양수도방법으로 취득하는 사업용 재산이라 하여 취득세 등의 감면을 신청하고, 취득세 등을 면제받았다(취득세 및 등록세 신고서, 지방세감면신청서). (라) OOO이 2010.7.12. OOO에게 쟁점부동산의 양도에 따른 양도소득세 OOO원을 부과하였으나, 청구법인은 2010.7.23. OOO장에게 OOO이 OOO원을 출자한 것으로 기재된 당초 주주명부는 잘못 제출된 것이므로 새롭게 작성된 주주명부로 수정하여야 한다는 내용의 고충민원을 제기하였고, 2010.9.6. OOO장이 청구법인의 고충민원을 받아들여 OOO이 OOO원을 출자한 것으로주주명부를 수정함에 따라 OOO은 청구법인이 쟁점부동산을취득한 것을 사업용 고정자산을 취득한 것으로 보고 이월과세를 인정하여, 2010.9.27. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 부과처분을 취소하였다(양도소득세 결정결의서, 고충민원에 대한 납세자보호위원회 심의결과). (마) 2010.6.21.부터 2010.6.29.까지의 OOO 컨설팅 종합감사 결과, 처분청은 주주명부상 청구법인 설립당시 OOO이 출자한 금액이 OOO원으로 OOO이 청구법인에 양도한 사업장의 순자산가액인OOO,OOO,OOO원에 미달하는 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 것은 (구)조세특례제한법제32조 및 같은 법 시행령 제29조에따른 사업양수도방식에 의한 법인전환요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 등록세 OOO원,지방교육세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과고지하였다.
(2) 청구법인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세가 부과된 이후 고충민원에 따른 주주명부 수정으로 법인전환 양도소득세 이월과세가 인정되어 양도소득세 부과가 취소되었으므로, 취득세 및 등록세의 경우에도쟁점 부동산을 “조세특례제한법 제32조에 따른 사업양수‧양도에 따라 취득‧등기하는 사업용 재산”으로 보아 면제되어야 한다고 주장한다.
(3) 살피건대, 2010.2.8. 작성된 청구법인의 정관 및 주식배당표, 청구법인의 감사 OOO이 작성한 조사보고서 등에는 청구법인 설립당시OOO의 인수주식수는 1,500주로 총발행주식의 10%, OOO의 인수주식수는 10,500주로 전체 발행주식의 70%인 것으로 기록되어 있어 당초 성·제출된 주주명부에 명백한 착오가 있었다고 보기 어려운 점,비록, 세무관서에서 청구법인의 고충민원을 받아들이기는 하였다 하더라도 고충민원 심의내용에 당초 신고된 주주명부가 명백한 착오로 작성·제출되었다는 점을 인정할 만한 구체적인 검토내용이나 객관적인 입증자료 등이나타나지 아니하는 점, 청구법인도 심판청구서에서 대표이사의 업무수행에 따른 주주총회결의 필요성 등으로 법인 설립당시 다수의 주식 지분을 OOO이 인수하는 것으로 하여 주주명부를 작성하였다고 스스로 인정한 사실이 있는 점, OOO이 법인설립 당시부터 총발행주식의 70%에 대한 실질적인 소유자임을 인정하고 있는 점 등을 모아볼 때, 청구법인 설립 당시 OOO이 출자한 금액OOO이 청구법인에 양도한 사업장의순자산가액OOO에 미달하는 이 건의 경우, 쟁점부동산의 취득을 (구)조세특례제한법제32조 및 같은 법시행령 제29조에 따른 사업 양수도 방식에 의한 법인전환으로 보지 아니하고 청구법인이 면제받은취득세 및 등록세를 추징하여 부과고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.