청구법인이 대도시 내로 전입하기 이전에 취득한 이 건 부동산 등기의 경우 청구법인이 본점용으로 직접 사용한 부분에 대하여만 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부

[참조결정] 조심2010지0723 / 조심2008지0626

[주 문] 처분청이 2011.2.10. 청구법인에게 한

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2007.8.7. OOO외 1필지 토지 및 그 지상건축물(토지 660.9㎡, 건축물 854.22㎡ 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득하고 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것,이하 같다) 제131조 제1항 제3호 (1)에서 규정한 세율(20/1,000)을적용하여 산출한 등록세 등 OOO을 신고 납부하였다.
• 나. 청구법인은 2007.10.5. 본점소재지를 종전 OOOOO OOO OOOOOO-OO OOOOOOO OOOO(산업단지 내로서 대도시 내 법인의 등기에 대한 중과세 대상 지역에 해당되지 아니함)에서 이 건 부동산 소재지로 이전하고 본점 등기를 하였다.
• 다. 처분청은 청구법인이 2007.10.5. 대도시 외인OOOOO OOO OOOOOO-OO OOOOOOO OOOO에서 대도시 내인 이 건 부동산으로 본점을 이전하였으므로 이 건 부동산 등기는 대도시 내 법인의 본점 전입에 따른 부동산 등기로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 지방세법 138조 제1항 제3호에서 규정한 세율(60/1,000, 표준세율의 3배)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2011.2.10. 청구법인에게 부과 고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 대도시 내 산업단지에서 대도시 내로 본점을 이전하는 것은 같은 대도시 내에서 본점을 이전한 것으로 보는 것이 입법취지에 부합한다고 할 것인바, 2002.3.23. 설립 이래 산업단지 여부에 관계없이 계속하여 서울특별시 내에 본점을 두고 있는 청구법인이 서울특별시내 본점을 설치한 날부터 5년이 경과한 후 등기한 이 건 부동산 등기는 등록세 중과세 대상에 해당되지 않는다.

(2) 대도시 내 산업단지 내에서 대도시 내로 본점을 이전한 것이대도시 내 본점전입에 해당된다고 하더라도 청구법인은 이 건 부동산에형식적인 본점만을 두고 있을 뿐 전부 제3자에게 임대하여 실제로는 본점으로 사용하지 않고 있는바, 청구법인이 한 이 건 부동산 등기는 지방세법 제138조 제1항에서 규정한 등록세 중과세 대상인 대도시 내 법인의 부동산 등기에 해당되지 않는다.

(3) 이 건 부동산 등기가 대도시 내 법인의 부동산등기에 해당된다고하더라도 그 중과 대상은 이 건 부동산 중 청구법인이 본점으로 직접 사용한 3층일부에 한정되어야 할 것이므로 이 건부동산 중청구법인이 임대한 부분에 대한 등록세 중과세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 지방세법 제138조 제1항 단서에서 수도권정비계획법 제6조 제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시)에 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다고 규정하고 있으므로 대도시내 산업단지에서 대도시내로 본점을 이전하는 것은 대도시 내로 본점을 전입한 경우에 해당된다.

(2) 청구법인은 2007년도 귀속 법인세 OOO, 2008년도 귀속 법인세 OOO 및 2007년 9월부터 2008년 12월까지 9회에 걸쳐 청구법인의 직원 54명(월 평균 6명)에 대한 소득세 OOO을 이 건 부동산 소재지를 관할하는 세무서장에게 신고 납부하였고, 청구법인의 법인세와 원천징수한 소득세에 대한 주민세를 처분청에 신고 납부한 이상 청구법인은 이 건 부동산을 본점으로 하여 사실상 사무를 계속하였다고 할 것이다.

(3) 설령 이 건 부동산에 청구법인의 독립된 사무실이 없었다 하더라도 청구법인으로부터 이 건 부동산의 3층을 임차하여 사용한 OOO의 대표이사OOO와 청구법인의 대표이사가 동일인인 것으로 보아 청구법인은 OOO의 사무실을 공동 사용하였다고 봄이 상당하므로 처분청이 이 건 부동산에 대한 등기를 청구법인의 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 이 건 부동산 전부에 대하여 등록세를 중과세 한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

(1) 대도시 내에 소재하는 산업단지에서 대도시 내로 본점을 이전 한 것을 대도시 내 본점 전입으로 볼 수 있는지 여부

(2) 이 건 부동산에 대한 등기가 청구법인의 대도시 내 본점 전입에따른 부동산 등기에 해당되는지 여부

(3) 청구법인이 대도시 내로 전입하기 이전에 취득한 이 건 부동산등기의 경우 청구법인이 본점용으로 직접 사용한 부분에 대하여만등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2007.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제138조【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법 시행령 (2007.12.31. 대통령령 제20517호로 개정되기 전의 것) 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 시행규칙(2008.1.22. 행정자치부령 제421호로 개정되기 전의 것) 제55조의2【사무소등】영 제102조 제2항 후단에서 “행정자치부령이정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은법인세법·부가가치세법또는소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법또는소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

• 가) 청구법인은 2002.3.23. 대도시 내인 OOOOO OOO OOOOOOOO-OO 409호를 본점소재지로 하고, 철근콘크리트 공사업, 토공, 실내건축공사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 후, 2005.6.20. 국가산업단지인 OOO로 본점을 이전하였다.
• 나) 청구법인은 2007.8.7. 이 건 부동산을 OOO에 취득하고표준세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부한 후, 2007.10.5.국가산업단지인 OOO에서 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하고, 2007년도 귀속 법인세O,OOO,OOOO과 2008년도 귀속 법인세 OOO을 이 건 부동산을 관할하는 OOO에게 납부하였으며,2007년 9월부터 2008년12월까지종업원의 수를 평균 4명으로 하여 근로소득세(원천징수)는 OOO에게, 소득세할 주민세(특별징수)는 처분청에 아래와 같이 신고 납부하였다. < 청구법인 직원의 소득세 및 주민세 신고납부 내역 >
• 다) 청구법인과 이 건 부동산의 임차인들이 체결한 부동산 임대차계약서에서 청구법인의 주소지는 이 건 부동산의 3층으로 되어 있으며,청구법인의 제출한 자료에 의하면 이 건 부동산의 임대차 현황은아래와 같다. < 이 건 부동산 임대차 현황 >
• 라) 이 건 부동산의 301호(토지 111.41.㎡, 건축물 144㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2007년 10월부터 2007년 12월까지 임차한 OOO는 OOO를 본점 소재지로 하고 건물 임대 및 종합관리업, 시설물 유지관리업, 공동주택 건설 및부동산 관리, 임대, 분양업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 그대표이사OOO가 청구법인과 동일하다. 청구법인의 사실상 관계회사인 OOO가 쟁점부동산을 청구법인으로부터 임차하여 사용할 때, 청구법인의 대표이사가 쟁점부동산에 근무하면서 이 건 부동산 임대에 따른 세금계산서 등을 발행하고 청구법인의 일부 업무를 OOO 직원들이 대행하였다는 점은청구법인도 인정하고 있다.

(2) 먼저 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

• 가) 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 대도시외의 법인이대도시내로의 본점의 전입에 따른 등기를 하는 경우와 대도시내에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산의 등기를 하는 경우에는 등록세를 중과세한다고 규정하고 있다. 여기에서 “대도시”라 함은 지방세법 제138조 제1항 단서에서 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 규정된 과밀억제권역을 의미한다고 하면서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다고 규정하고 있으므로 산업단지가 과밀억제권역 내에 있다고 하더라도 산업단지 자체는 지방세법상 “대도시”에 해당되지 않는다고 봄이 타당하다OOO.
• 나) 따라서 청구법인이 2007.8.7. 경료한 이 건 부동산 등기는 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 규정한 대도시내로의 전입에 따른 부동산등기에 해당된다고 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

• 가) 지방세법 시행령 제102조 제2항에서 대도시 내 법인의 “지점 등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제55조의2에서 “행정자치부령이정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법 등의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.
• 나) 청구법인은 이 건 부동산을 청구법인의 본점으로 사용한 사실이없으므로 대도시 내로 본점 전입 등에 해당되지 않는다고 주장하고 있으나,
• 다) 청구법인의 경우 2007.10.5. 이 건 부동산을 소재지로 하여 본점등기를 한 점, 2007년도 귀속 법인세O,OOO,OOOO과 2008년도 귀속법인세 OOO을 이 건 부동산을 관할하는 OOO에게 납부하였으며,2007년 9월부터 2008년12월까지종업원의 수를 평균 4명으로하여 근로소득세(원천징수) OOO을 OOO에게, 소득세할주민세(특별징수) OOO을 처분청에 신고 납부한 점, 이 건 부동산임대와 관련한 임대차계약서 및 세금계산서에 청구법인의 본점이이 건 부동산 소재지로 기재되어 있는 점, 청구법인의 대표이사가 OOOOOOOO가 청구법인으로부터 임차한 쟁점부동산에 근무하면서 청구법인의 일반 업무를 수행하였다는 사실을 청구법인도 인정하고 있는 점등을 종합하여 볼 때, 라)청구법인은 이 건 부동산을 임대 및 관리하기 위하여 쟁점부동산에 인적·물적 설비를 갖추고사실상 본점으로 사용하였다고 봄이 타당하다고 할 것인바, 이 건 부동산을 사실상 본점으로 사용하지 않았다는청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4) 쟁점 (3)에 대하여 살펴본다.

• 가) 지방세법 시행령 제102조 제2항에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 “일체의 부동산 등기”를 말한다고 규정하고 있으며, 여기에서 말하는 “일체의 부동산 등기”라 함은 당해 법인 또는 그 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는 것이므로 그 설립·설치·전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것이다OOO.
• 나) 또한,대도시내 법인의 사무소로 직접 사용되지않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되는 문제를 해소하기 위하여,대도시내에 법인·지점 또는 분사무소가 설립 또는 설치되거나 대도시내로 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소가 전입될 때 하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 대상을 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기 로 명확하게 하고자 2009.5.21. 대통령령 제21498호로 지방세법 시행령제102조 제2항을 개정하였음을 볼 때, 다)이 건의 경우와 같이 청구법인이 대도시 내로 본점을 전입하기이전에 본점 전입과 관계없이 제3자에게 임대를 하기 위하여 취득하는부동산의 등기까지 등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있다고 할 것이다OOO.
• 라) 따라서 청구법인이 대도시 내로 본점을 전입하기 이전에 취득한 이 건부동산 중 청구법인이 본점 용도로 직접 사용한 쟁점부동산(301호,토지 111.41.㎡, 건축물 144㎡)에 대한 등기는 대도시 내 법인의부동산 등기로 보아등록세 중과세 대상이라 할 것이나, 나머지 임대용부동산에 대한 등기는 등록세 중과세 대상에 해당되지 않는다고 할것이므로 처분청이 이 건 부동산 중 임대용 부동산에 대하여 등록세를중과세한처분은 잘못이라 할 것이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.