[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
- 가. 처분청은 청구법인이 2007.1.23. 취득(신축)한 OOO에 소재하는 공장용 건축물 1,368㎡(지상 2층, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항의 규정에따라 산업단지 내에서 산업용 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득하는부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으며, 청구법인은 취득세등의 면제에 따른 농어촌특별세 3,920,000원을 2007.2.15. 신고 납부하였다.
- 나. 그 후 청구법인은 이 건 건축물의 경우 조세특례제한법(2007.12.31.법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 규정한 창업중소기업이 그 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당되므로 취득세와 등록세 뿐 만 아니라 농어촌특별세도 면제된다는 사실을 확인하고 처분청에 이미 납부한농어촌특별세의 환부 신청을 하였으며, 처분청은 2008.9.26. 청구법인이납부한 농어촌특별세 4,212,820원(환부이자 포함)을 환부하였다.
- 다. 한편 처분청은 청구법인이 이 건 건축물 중 1,032㎡를 2010.10.1.부터 주식회사 OOO에 임대하고, 이 건 건축물 내 청구법인의사업장을 폐쇄한 사실을 확인하고 청구법인이 정당한 사유없이 이 건건축물을 최초 사용일부터 2년 이상 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용한 것으로 보아 그 취득가액 7억원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 20,273,400원, 농어촌특별세 2,027,340원, 등록세 8,109,360원, 지방교육세 1,509,870원, 합계 31,919,970원을 2011.3.10. 청구법인에게 부과 고지하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인의 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인의 주장 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 후 지방세법 제276조 제1항의 규정에 따라 취득세 등의 면제 신청을 하였을 뿐, 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 따른 취득세 등의 감면 신청(경정청구)을 하지 않았으므로 이 건 건축물은 산업단지 내에서 신축한 공장용 건축물로서 중소기업자에게 임대하였더라도 면제된 취득세 등이 추징되지 아니함에도 처분청이 조세특례제한법 제119조 제3항및 제120조 제3항의 규정한 창업중소기업에 대한 감면 규정을 적용하여 이미 납부한 농어촌특별세를환부한 후, 청구법인이 이 건 건축물을 정당한 사유없이 그 최초 사업일부터 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도에 사용하였다고 보아 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다. 또한, 조세감면이 중복될 경우 납세자에게 유리한 감면을 적용하는 원칙에 의거 추징사유가 발생한 경우에도 납세자에게 유리한 규정을 적용하여야 하므로 처분청은 이 건 건축물을 산업단지 내 신축한 산업용 건축물로 보아 취득세 등을 면제하고 취득세 등의 감면에 따른 농어촌특별세만을 부과하는 것이 타당하다.
- 나. 처분청의 의견 조세감면의 유형 변경은 경정청구 대상이 아니며 청구법인의 경우 산업단지 내에 이 건 건축물을 신축하고 농어촌특별세를 납부한 후, 이 건 건축물이 창업중소기업의 사업용 재산에 해당된다고 보아 이미 납부한 농어촌특별세에 대하여 처분청에 환부청구를 하였고 이는 청구법인이 처분청에 산업단지 내 건축물에 대한 취득세 등의 감면 신청을 취소하고 창업중소기업에 대한 취득세 등의 감면 신청을 하여 처분청이 농어촌특별세도 면제한 것이므로, 그 사후관리에 관한 규정또한 창업중소기업에 대한 감면 규정을 적용하여야 할 것으로서 처분청이이 건 건축물에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 것은 잘못이 없다. 한편 청구법인이 창업중소기업의 사업용 재산으로 보아 취득세 등을 면제받은 이 건 건축물을 중소기업자에게 임대하고자 하였다면 임대한 날부터 30일 이내에 처분청에 임대한 사실을 신고하고 면제받은 농어촌특별세를 신고 납부하여야 하였으나, 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 취득세 등의 과세예고를 받은 후 조세감면 변경 신청을 하였으므로 산업단지 내에 신축한 공장용 건축물에 대한 감면 규정을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장 또한 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 창업중소기업에 대한 감면 규정을 적용하여 취득세 등을 면제한 이 건건축물을 청구법인이 최초 사용일부터 2년 이내에 중소기업자에게 임대한 경우 산업단지 내 공장용 건축물의 신축에 따른 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부
(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것) 제276조【산업단지 등에 대한 감면】①산업입지 및 개발에 관한법률에 의하여 지정된 산업단지와산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역,산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지 및벤처기업육성에 관한 특별조치법제17조의2에 따라 지정된 신기술창업집적지역에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이조에서 “산업용 건축물”이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만,그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에직접사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용건축물 등의 용도로 직접사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다. 제292조【감면신청】이 장의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세 감면신청을 하여야 한다. 다만, 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다. 제294조【중복감면의 배제】동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다.
(2) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제119조【등록세의 면제 등】③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일로부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
1. 창업중소기업 및 창업 벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기 제120조【취득세의 면제 등】③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 4년 이내 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초사용일로부터 2년간 당해사업에 직접사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
- 가) 청구법인은 2006.12.16. 이 건 건축물의 소재지를본점소재지로,제관, 배관, 전선부품의 제조 판매 등을 목적사업으로 하여 설립된 창업중소기업이며, 이 건 건축물이 소재한 OOO일대는OOO로 지정되어 있다. 또한 청구법인으로부터 이 건 건축물의 일부를 임대한 주식회사 OOO는 2008.10.28. 이 건 건축물을 본점 소재지로, 자동차부품사업을목적사업으로 설립된 법인으로서 종업원은 20명이고, 자본금은 2억원인중소기업이다.
- 나) 청구법인은 2007.1.23. 이 건 건축물을 신축한 후, 처분청으로부터 지방세법 제276조 제1항의 규정을 적용하여 취득세와 등록세를 면제받고 취득세 등의 면제에 따른 농어촌특별세 3,920,000원을 신고 납부 하였다. 그 후 청구법인은 이 건 건축물이 창업중소기업이 창업일부터 4년이내 취득하는 사업용 재산에 해당된다고 보아 청구법인의 인감이 날인된세입과오납금환부신청서를 처분청에 제출하고 이미 납부한 농어촌특별세의 환부를 신청하였으며, 처분청은 2008.9.26. 환부이자를 포함하여 농어촌특별세 4,212,820원을 청구법인에 환부하였다.
- 다) 청구법인은 2008.9.30. 주식회사 OOO와 이 건 건축물 중1,032㎡를 임대차기간을 2008.10.1.부터 2010.5.30.까지로 하고, 보증금과월 임대료는 각각 1천만원과 1백만원으로 하는 부동산 임대차계약을 체결하였으며, 2008.10.20. OOO에게 이 건 건축물 중 일부 임대 및 공장등록변경(폐업)신고를 하고 같은 날 전라북도지사는 청구법인의 공장 임대 및 폐업신고를 수리하였다. 청구법인은 이 건 건축물을 최초 사용한 날부터 2년 이내인 2008.10.24. 사업부진 등의 사정으로 이 건 건축물 내 청구법인 사업장을 폐쇄하였고 그 사용일부터 3년 이내에 2009.11.6. 주식회사 OOO에게 이 건 건축물을 매각하였다.
(2) 쟁점에 대하여 살펴본다.
- 가) 지방세법 제276조 제1항에서 산업단지에서 산업용 건축물 등을신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가취득하는 부동산에 대하여는 취득세와등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법제292조는 지방세의 감면을받고자하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세 감면신청을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항은 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여 등록세와취득세를 면제한다고 규정하면서 그 단서에서 등기일(또는 취득일)부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.
- 나) 지방세법제292조에서 지방세를 감면 받고자하는 자에게 지방세 감면신청을 하도록 한 취지는 납세의무자로 하여금 지방세 감면에 필요한 증빙서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로(대법원 1993.5.25. 선고 92누17273 판결, 같은 뜻),납세의무자가신청한 감면 규정보다 납세의무자에게 더 유리한 감면규정이 있는 경우에는 처분청은 직권으로 더 납세의무자에게 유리한 규정을 적용하여 지방세를 감면을 하여야 할 것인바, 이 건 건축물과 같이 지방세법 제276조 제1항에서 규정한 산업단지내 건축물에 대한 감면 규정과 조세특례제한법 제119조 등에서 규정한창업중소기업에 대한감면 규정이 동시 적용되는 경우에는그 중 감면율이 더 높은 창업중소기업에 대한 감면 규정을 적용하는 것이타당하다고 할 것이나,
- 다) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지아니하며, 특히 감면요건 규정에서 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는것은 엄격하게 해석하여야 할 것이므로(대법원2003.1.24.선고, 2002두9537 판결), 청구법인이 조세특례제한법상의 창업중소기업에 해당된다고 보아 이미 납부한 농어촌특별세의 환부를 신청하여 처분청이 이를환부한 이상, 청구법인은 당초 산업단지에 대한 감면 신청을 취소하고 창업중소기업에 대한 취득세 등의 감면 신청을 한 것으로 보아야 하는 점,지방세법 제294조에서동일한 과세대상에 대하여 2 이상의 감면규정이적용되는 경우 그 중 감면율이 높은 것하나만을 적용한다고 규정하고있으므로 추후 처분청이 감면한 지방세를 추징하는 경우에도당초 지방세 감면의 근거가 된 조항의 추징 규정을따르는 것이 조세공평에 부합된다고 보이는 점 등을 종합하여 볼 때,
- 라) 비록 지방세법 제276조 제1항에서 산업단지 내에서 중소기업자에게 임대하고자 신축하는 공장용 건축물에 대하여 취득세 등을 면제하는 취지가 산업단지 내에서 공장용 건축물의 신축을 촉진하여 산업단지를 활성화 시키고자 하는데 있고, 산업단지 내로서 공장용 건축물을 신축한 자가 당해 건축물을 일정기간 사용하다가 중소기업자에게임대한 경우에도 취득세 등이 면제된다고 하더라도, 처분청은 이 건 건축물에 대하여 지방세법 제276조 제1항의 규정을 적용하여 취득세 등을 면제한 것이 아니라 조세특례제한법 제119조 및 제120조의 규정에 따라 취득세 등을 면제하였고, 그 단서 조항에최초 사용일부터 2년 이내에 다른 용도(임대 포함)하는 경우 또는 3년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 면제한 취득세 등을 추징한다고 규정되어 있는 이상,
- 마) 청구법인은 이 건 건축물을 최초로 사용한 날(2007.1.23.)부터 2년이내인2008.10.1.에 그 일부인1,032㎡를 주식회사 OOO에 임대하였고, 나머지 부분은 2년 이상 공장용도에 직접 사용하지 아니하다가 최초 사용일부터 3년 이내인 2009.11.6. 매각하였으므로 처분청이 조세특례제한법 제119조 및 제120조의 단서 규정을 적용하여 이 건 건축물에대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.