[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
- 가. 처분청은 청구법인이 2009.4.10. 취득한 OOOO OOO OOO OOO OOO외 1필지 토지 1,834.9㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 청구법인이 그 고유업무에 직접 사용하고자 취득한 부동산으로 보아 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제5항의 규정에 따라 취득세와 등록세를 면제하였다.
- 나. 그 후 청구법인은 이 건 토지를 그 사용가능일인 2009.7.30.부터 유예기간내에 청구법인의 고유업무에 직접 사용하지 못함에 따라 그 취득가액 5,296,749,560원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호 (2)에서 규정한 세율을적용하여 산출한 취득세 105,934,980원, 농어촌특별세 10,593,490원, 등록세 105,934,980원, 지방교육세 21,186,990원, 합계 243,650,440원을 2010.8.30. 처분청에 신고 납부하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.11.11. 이의신청을 거쳐 2011.4.11. 심판청구를 제기하였음.
2. 청구법인의 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인이 토지 및 건축물을 취득하고자 하면 OOOOOOO에 따라 OOOOOOOOO(OO OOOOOOOOO OO)의 심사 및 심의를 거쳐야만 하므로그 준비기간에 상당한 시간이 필요할 뿐 아니라 이 건 토지를 취득한 후, 이 건 토지에 건축물을 신축하기 위하여 설계용역 발주계획수립 및 설계용역 계약을 체결하는 등 정상적인 노력을 다하여왔으므로 이는 유예기간 내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한사유에 해당된다고 할 것이므로 이 건 토지에 대한 취득세 등은 취소되어야 한다.
- 나. 처분청 의견 청구법인이 이 건 토지에 건축물을 신축하기 위한 의사결정 및OOOOO의 심의 및 심사를 받는 과정에서 상당한시간을 소비하여 유예기간을 경과하였다고 하더라도 청구법인의의사결정 과정 등이 법령의 제한이나 행정관청의 귀책과 같은외부적 사유에 해당된다고 볼 수는 없으며, 또한 청구법인이 이 건토지를 취득한 후 유예기간 내에 OOOOO의 심의 및 심사를 받고 설계를 의뢰하였다는 사실만으로 청구법인이 이 건토지를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적이고 진지한노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어유예기간을 넘긴 내부적 사유에 해당한다고 보기에도 무리가 있으므로 청구법인이 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고 납부한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내 고유업무에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
- 나. 관련법령
(1) 지방세법 (2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것) 제266조【농어민관련사업 등에 대한 감면】⑤농업협동조합법에 의하여 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
(1) 사실관계에 대하여 살펴 본다. 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
- 가) 청구법인은 2009.4.10. 이 건 토지를 OOOOOOOO로부터 5,296,749,560원(0.6㎡증가에 따른 2,610,260원을 포함한다)에취득하고 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다. 이 건 토지는 OOOOOOOO가 개발하여 공급하는 토지로서OOOO택지개발지구 내 일반상업용지이며, 그 사용시기는 청구법인이 잔금을 지급한 이후인 2009.7.30.이고, 청구법인은 이 건 토지에 대한 소유권보존등기가 끝난 2010.3.16. 소유권이전등기를 하였다.
- 나) 청구법인은 이 건 토지 상에 본점용 건축물을 신축하기위하여 OOOOO에 본점 신축고정투자 심의를 신청하여 2009.6.25.OOOOO로부터그 심의결과를 통보받은 후, 2009.11.23.임시총회를 개최하여 이 건 토지에 OOOO(본점 등이 입주하는 복합사무실로서 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하는 계획(안)을승인하였다. 청구법인은 이 건 건축물을 신축하기 위하여 2009.12.28. 건축물설계용역 공모 및 현장 설명회를 개최하여 2010.2.23. 설계용역 업체를 주식회사 OOOOOOO종합건축사무소 외 1개사로 결정하고 2010.3.24. 5억5천만원(부가가치세 별도)을 계약금액으로 하여설계용역계약을 체결하였다. 이 건 건축물의 설계용역을 맡은 OOOOOOO종합건축사무소가 2010.4.20. 제출한 이 건 건축물의 기본 설계에 대하여OOOOO는 기술검토를 하여 2010.5.7. 청구법인에게 이 건 건축물의설계변경을 요구하였다. OOOOOOO종합건축사무소는 이 건 토지의 유예기간이경과한 2010.9.2. 이 건 건축물의 기본 설계변경(안)을 청구법인에게제출하여 2010.9.14. OOOOO의 기술검토를 통과하였으며, 기본 설계에 기초한 실시설계(안)은 2010.12.16. 청구법인에게 제출되어 2011.1.10. OOOOO의 기술 검토를 통과하였다.
- 다) 청구법인은 2011.2.28. 처분청으로부터 건축허가를 받아 2011.7.19. 착공신고를 하고 현재 이 건 건축물을 신축중이다.
(2) 쟁점에 대하여 살펴 본다. 가)지방세법제266조 제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 그 취득일부터 1년 내에정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고규정하고 있다. 위 규정에서 말하는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 같은 뜻)이다.
- 나) 청구법인은 이 건 토지에 건축물을 신축하고자 하면 OOOOO의 심의를 받는 등그준비에 상당한시일이 소요될 뿐 아니라,이 건 건축물을 신축하기위하여 설계용역 발주계획수립 및 설계용역 계약을 체결하는 등 정상적인 노력을 다하여왔으므로 이는 유예기간 내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한사유에 해당된다고 주장하고 있으나 다)이 건 토지의 경우 OOOO택지개발사업지구 내 일반상업용지로서 청구법인이 취득한 이후부터 건축물을 신축하는데 법령 또는 행정관청의 제한 등이 없었다고 보이는 점,이 건 토지에 건축물을 신축하기 위하여 내부 의사결정과 OOOOO의심의는 청구법인의 정관 또는 내부 운영규정에 있는 것으로 이를 법령에 의한 강행 규정으로 보기는 어려운 점,청구법인의 경우이 건 토지에 건축물을 신축하기 위해서는 내부의사결정 및 심의 과정에상당한 시일이 소요된다는 사실을 이 건 토지를 취득하기 전부터 알고 있었다고 할것임에도 내부의사결정 및심의과정을 단축하고자하는노력은거의 없었다고 보이는 점,사실상 청구법인의 귀책으로 그 기본 설계를변경하였고 그에 따라유예기간이경과하였다고 보이는 점, 청구법인이 이 건 토지에 대하여면제되었던세액을 자진 신고 납부할 때까지도 처분청에 건축물 신축을위한 건축허가를 신청하지 아니한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인에게 이 건 토지를 유예기간 내에 그 고유업무에 사용하지 못할 만한정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이다.
- 라) 따라서, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 못하였다고 보아 처분청으로부터 면제받은 취득세 등을 신고 납부한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.