[요지] 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 하는 과정에서 매입한 국민주택채권 매각손실금액은 이 건 토지를 취득한 후 등기하는 과정에서 발생된 비용으로서 이 건 토지의 취득세 및 등록세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이고, 청구법인이 이 건 토지를 취득하는 과정에서 청구법인이 대리납부한 부가가치세 또한 취득세 등의 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 할 것임.
[요지] 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 하는 과정에서 매입한 국민주택채권 매각손실금액은 이 건 토지를 취득한 후 등기하는 과정에서 발생된 비용으로서 이 건 토지의 취득세 및 등록세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이고, 청구법인이 이 건 토지를 취득하는 과정에서 청구법인이 대리납부한 부가가치세 또한 취득세 등의 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 할 것임.
[주 문] 처분청이 2010.11.15. 청구법인에게 한 취득세 OOO, 농어촌특별세OOO,OOOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO원의 부과처분은 과세표준에 포함된 토지의 부동산 등기시 매입한 국민주택채권 처분손실금액 및 대리납부한 부가가치세액을 취득세 및 등록세 등의 과세표준에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 토지의 취득과 관련하여 외국법인으로부터 용역을 제공받고 해당 부가가치세를 징수하여 청구법인이 대리납부한 부가가치세액은 취득세 과세표준에 포함되지 아니함에도 취득세 및 등록세 과세표준에 산입한 이 건 취득세 등의 부과처분은 위법하다.
(2) 청구법인이 이 건 토지 및 건축물을 취득하고 등기 등을 하는 과정에서 주택법 제69조 및 같은 법 시행령 제91조에 의거하여 국민주택채권을 매입한 후, 해당 국민주택채권을 처분함에 따라 채권처분손실이 발생하였으며, 처분청이 채권처분손실액을 이 건 토지 및 건축물의 취득세 등의 과세표준에 산입하여 취득세 등을 과세한 처분은 부당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.
3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.
③ 제111조 제5항 및 제6항에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 제111조 제5항 및 제6항에 따른 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다.다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.
⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2)지방세법 시행령(2009.5.6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것) 제82조의3(취득가격의 범위) ① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. 제99조의 2(과세표준액의 적용) ① 법 제130조 제3항 단서 규정에 의하여 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 변경된 가액을 과세표준액으로 할 경우에는 등기·등록일 현재의 법인장부 또는 결산서 등에 의하여 입증되는 가액을 과세표준액으로 한다.
(3) 구 부가가치세법(2009.4.1. 법률 제9617호로 개정되기 전의 것) 제34조(대리납부) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 용역의 공급을 받는 자(공급받은 당해 용역을 과세사업에 공하는 경우를 제외한다)는 그 대가를 지급하는 때에 부가가치세를 징수하고 제18조 제4항 및 제19조 제2항의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 또는 주소지 관할세무서장에게 납부하여야 한다.
1. 소득세법 제120조 또는 법인세법 제94조의 규정에 의한 국내사업장(이하 이 조에서 "국내사업장"이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인
2. 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인 (비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련없이 용역을 제공하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에 한한다)
② 제1항의 경우에 용역의 공급을 받은 자가 동항의 규정에 의하여 부가가치세를 사업장 또는 주소지 관할세무서장에게 납부하지 아니한 때에는 사업장 또는 주소지 관할세무서장은 그 납부하지 아니한 세액에 그 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산하여 국세징수의 예에 의하여 징수한다.
(4) 구 부가가치세법 시행령(2009.5.8. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것) 제85조(대리납부) ① 법 제34조 제1항에 따라 징수한 부가가치세는 다음 각 호의 사항을 기재한 부가가치세대리납부신고서와 함께 이를 징수한 사업장 또는 주소지 관할세무서장에게 납부하거나 국세징수법에 의한 납부서에 부가가치세대리납부신고서를 첨부하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.
1. 용역공급자의 상호·주소·성명
2. 대리납부하는 사업자의 인적사항
3. 공급가액 및 부가가치세액
4. 기타 참고사항
(5) 주택법(2009.1.30 법률 제9366호로 개정되기 전의 것) 제67조 (국민주택채권의 발행 등) ① 정부는 국민주택사업에 필요한 자금을 조달하기 위하여 국민주택기금의 부담으로 국민주택채권을 발행할 수 있다.
② 제1항의 국민주택채권은 국토해양부장관의 요청에 의하여 기획재정부장관이 발행한다.
③ 국민주택채권에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 국채법을 적용한다.
④ 국민주택채권의 종류·이율, 발행의 방법·절차 및 상환과 발행사무취급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제68조 (국민주택채권의 매입) ① 다음 각호의 1에 해당하는 자중 대통령령이 정하는 자는 국민주택채권을 매입하여야 한다.
1. 국가 또는 지방자치단체로부터 면허·허가·인가를 받거나 등기·등록을 신청하는 자
2. 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관 관리기본법 제2조의규정에 의한 정부투자기관과 건설공사의 도급계약을 체결하는 자
3. 이 법에 의하여 건설·공급하는 주택을 공급받는 자
② 제1항의 규정에 의하여 국민주택채권을 매입하는 자의 매입금액과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(6) 주택법시행령(2009.2.3. 대통령령 제21290호 개정되기 전의 것) 제95조(국민주택채권의 매입) ① 법 제68조의 규정에 의하여 제1종 국민주택채권을 매입하여야 하는 자와 그 매입기준은 별표 12와 같다.
② 국가 또는 지방자치단체의 장이 별표 12에 규정된 면허·허가 또는 인가를 하거나 등기 또는 등록을 하게 하는 경우 및 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관이 건설공사의 도급계약을 체결하는 때에는 그 상대방에게 제1종 국민주택채권을 매입하게 하여야 한다. 이 경우 국토해양부령이 정하는 바에 의하여 매입의무자의 매입사실을 확인하여야 한다.
③ 제1종 국민주택채권의 매입에 관하여 필요한 사항은 이 영에 규정된 것외에는 국토해양부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정한다.
④ 법 제68조의 규정에 의하여 국토해양부장관은 주거전용면적이 85제곱미터를 초과하는 분양가상한제 적용주택을 공급받고자 하는 자에 대하여 제2 종국민주택채권을 매입하도록 할 수 있다. 이 경우 제2항 후단의 규정은 제2종 국민주택채권의 매입사실 확인에 관하여 이를 준용하며, 제2종 국민주택채권의 매입기준·매입절차 및 매입의 효력 등에 관하여는 국토해양부령으로 정한다. 주택법시행령 [별표 12]국민주택채권매입대상 및 금액표 (단위: 원) 매입대상 매입금액
7. 건축허가
19. 부동산등기
(1) 주택 시가표준액의 13/1,000～31/1,000
(2) 토지 시가표준액의 25/1,000～45/1,000
(3) 주택 및 토지외의 부동산 시가표준액의 8/1,000～20/1,000
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2008.12.30. OOO 등 토지 83,165.8㎡를 OOO으로부터 취득한 후 취득세 등 OOO을 신고납부하였고, 2008.12.30. 위의 토지를 청구법인 명의로 등기하였다. (나) 청구법인은 2009.1.22. OOO 소재 주상복합건축물 531,670.28㎡를 취득하고, 취득세 등을 신고납부하였다. (다) 처분청은 청구법인이 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 신고납부하면서 채권처분손실비용 등 OOO을 취득세 등의 과세표준에서 누락한 사실과 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고납부하면서 감정평가수수료, 채권처분손실비용 등 OOO을 취득세 등의 과세표준에서 누락한 사실을 확인하고 2010.11.15. 이 건 취득세 등을 부과고지 하였다. <표 1> 취득세 등의 과세표준 누락내용 (라) 처분청은 청구법인이 매입한 채권은 국민주택채권으로 건축물분은 이 건 건축물의 건축허가시 매입하였고, 토지분은 이 건 토지의 부동산 등기시 매입한 것을 확인하였다. (마) 청구법인이 2008.4.25. OOO에게 신고한 부가가치세대리납부신고서에 의하면 청구법인은 외국법인으로부터 용역을 제공받고 부가가치세 OOO을 대리납부 신고한 것으로 되어 있다.
(2) 쟁점사항에 대해 살펴본다. (가) 구 지방세법 제111조 제5항의 규정에 의하면 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제130조 제3항의 규정에 의하면 제111조 제5항 및 제6항에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 제111조 제5항 및 제6항에 따른 사실상의 취득가액을 등록세 과세표준으로 하되, 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항의 규정에 의하면 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)]을 포함토록 규정하고 있다. (나) 살피건대, 처분청은 이 건 토지 취득과 관련하여 청구법인의 장부에 토지매입 부대비용 대리납부세액 OOO이 기장되어 있음에 따라 이 금액도 이 건 토지의 취득세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 취득세 등을 과세하였으나, 청구법인이 2008.4.25. OOO에게 신고한 부가가치세대리납부신고서에 의하면 청구법인은 외국법인으로부터 용역을 제공받고, 구 부가가치세법(2009.4.1. 법률 제9617호로 개정되기 전의 것) 제34조 제1항의 규정에 따라 외국법인이 납부하여야 할 부가가치세 OOO을 징수하여 세무서에 신고하였음이 확인되므로 이 금액은 청구법인이 외국법인으로부터 용역을 제공받고 지급한 대가에 대한 부가가치세에 해당하여 구 지방세법 시행령 제82조의3 제1항의 규정에 따라 취득세 등의 과세표준에서 제외되는 것이 타당함에도, 처분청은 사실관계를 오인하여 이 금액을 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준에 포함하여 취득세 등을 과세한 잘못이 있는 것으로 판단된다. 또한, 처분청이 제출한 취득세 등의 과세내용에 의하면 청구법인이 이 건 건축물의 건축허가시 매입한 국민주택채권 매각손실금액 및 이 건 토지의 등기시 매입한 국민주택채권 매각손실금액이 취득세 등의 과세표준에 포함되어 있음이 확인되고 있으나, 이 건 건축물의 건축허가시 매입한 국민주택채권 매각손실금액은 이 건 건축물의 취득시기 이전에 이 건 건축물의 취득을 위하여 소요되는 금액에 해당하므로 이 건 건축물의 취득세 등의 과세표준에 포함되는 것이 타당하고, 이 건 토지 등기시 매입한 국민주택채권 매각손실금액은 이 건 토지를 취득한 후 등기하는 과정에서 발생된 비용인 이상, 이 건 토지의 취득세 및 등록세 과세표준에 포함되지 않는 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서, 처분청이 대리납부 부가가치세액과 토지 등기시 매입한 국민주택채권 매각손실금액을 취득세 등의 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 일부 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호·3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.