(1) 대도시내 법인의 등록세 중과 규정과 주택거래에 대한 경감규정이 동시에 적용되는 경우 신고납부할 등록세의 산출방법(경정)

[주 문] 처분청이 2010.10.6. 청구법인에게 한 등록세 40,749,070원, 지방교육세 8,149,810원, 농어촌특별세 1,629,960원, 합계 50,528,840원의 부과처분(신고 납부)은 등록세 과세표준에 지방세법 제138조 제1항에서 규정한세율(6%)을 적용하여 세액을 산출한 후, 그 세액에 주택거래에 대한 경감률(100분의50)을 적용하여 산출한 금액을 납부하여야 할 등록세액으로 하여 각각 그 세액을경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2010.10.4. OOOOO OOO OOO OOO-OO OO OOOO(OO OOOO, OOO OOOOOOO, OO OO O OOOOOO OO)을취득하고 소유권이전등기를 하면서 그 등기를 대도시 내 법인의 부동산등기로 보아 그 취득가격 814,981,420원을 과세표준으로 하고 지방세법(2010.3.31. 법률 10221호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항의 세율(1,000분의60, 일반세율의 3배)적용하여 세액을 산출한 후,그 세액에서 같은 법 제273조의2의 규정에 따라 표준세율(1,000분의 20)의100분의50을 경감하여 산출한 세액을 차감한 등록세 40,749,070원,지방교육세8,149,810원, 농어촌특별세 1,629,960원 합계 50,528,840원을 2010.10.6. 신고 납부하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 대도시 내에 설립된 법인으로서 법인 설립일부터 5년 이내에이 건 부동산을 소유권이전등기(이하 “이 건 등기”라 한다)하였으므로 이 건 등기는 지방세법 제138조 제1항에서 규정한 대도시내법인의 부동산 등기로 등록세 중과 대상에 해당되나, 이 건 부동산의 취득은 지방세법 제273조의2에서 경감 대상으로 규정한 주택거래에해당되어 그 산출세액의 100분의 50을 감면하여야 하는바, 청구법인은당초 등록세 중과세율(1,000분의 60)을 적용하여 산출한 세액에서 100분의 50을 감면한 산출한 세액(과세표준액의 1,000분의30)을 등록세로 신고 납부하면 되는 것이나, 처분청이 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 등록세 표준세율의 1,000분의 50을 경감한 세율(1,000분의 10)로 산출한 세액만을 차감하여 등록세를 신고 납부하도록 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제131조 제1항 제3호 (2)의 규정에서 부동산 등기의 세율은1,000분의 20으로 규정하고 있고, 같은 법 제273조의2에서 제131조 제1항제3호 (2)의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 등록세액의 100분의50을 경감한다고 규정하고 있으므로 주택거래에 대한 경감율은1,000분의 20에서 100분의 50을 경감한 1,000분의 10이라고 할 것인 바,청구법인이 당초 중과세율 1000분의 60에서 1,000분의 10을 감면한1,000분의 50을 세율로 하여 산출한 등록세를 신고 납부한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 대도시 내 법인의 등록세 중과세 규정과 같은 법 제273조의2의 주택 거래 경감 규정이 동시에 적용되는 경우 신고 납부할 등록세의 산출 방법
• 나. 관계법령 (1)지방세법 (2010.3.31. 법률 10221호로 전문개정되기 전의 것) 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한당해 세율의 100분의 300으로 한다. (이하 생략)

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 제273조의2【주택거래에 대한 감면】유상거래를 원인으로 취득ㆍ등기하는 주택에 대한 취득세는 제112조제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감하고, 등록세는 제131조 제1항 제3호(2)목의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 대도시 내 법인의 등록세 중과세 규정과 주택 거래에 대한 경감 규정이 동시에 적용되는 경우 등록세 중과세율을 적용하여등록세를 산출한 후, 그 세액에 주택거래에 대한 경감율(1,000분의 50)을적용하여 산출한 세액을 등록세로 납부하여야 한다고 주장하므로 이에대하여 살펴 본다.

(1) 청구법인은 2010.5.6.OOOOO OOO OOO OOO-O OOOOOO OOOOO를 본점으로 하고 종합건설업, 전문직별 공사업, 조경건설업등을 목적으로 하여 설립하였다. 청구법인은 2010.10.4. 이 건 부동산을 취득하고 취득가격814,981,420원을과세표준으로 등록세 중과세율(1,000분의 60)과 등록세 표준세율(1,000분의 20)에 주택의 유상거래에 따른 경감율(100분의 50)을 적용하여산출한 등록세 등50,528,840원을 2010.10.6. 신고 납부하였으며,이 건 등기가 대도시 내 법인의 부동산 등기로서 등록세 중과세대상이라는 점에서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼은 없다.

(2) 청구법인과 처분청의 등록세 산출방식을 비교하면 아래와 같다. 청구법인 주장 처분청 주장 과세표준 814,981,420 과세표준 814,981,420 등록세율 × 0.06 등록세율 × 0.06 등록세산출총액 = 48,898,880 등록세산출총액 = 48,898,880 주택감면세액 (과표×6%×50%) (-)24,449,440 주택감면세액 (과표×2%×50%) (-) 8,149,810 총납부세액 24,449,440 총납부세액 40,749,070 지방교육세 4,889,880 지방교육세 8,149,810 농어촌특별세 4,889,880 농어촌특별세 1,629,960 합 계 34,229,200 합 계 50,528,840

(3) 지방세법제131조 제1항 제3호 (2)목에서 등록세의 표준세율은부동산 가액의1,000분의 20이라고 규정하고 같은 법 제138조 제1항에서대도시 내 법인이 설립된 이후의 부동산 등기에 대한등록세는 위 표준세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제273조의2에서 유상거래를 원인으로 취득ㆍ등기하는 주택에대한 등록세는 제131조 제1항 제3호(2)의 규정에 의한 세율을 적용하여산출한 세액의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

(4) 지방세법 제273조의2에서 규정한 주택거래에 대한 경감규정은등록세의 세율 인하가 아닌 산출세액의 100분의 50을 경감하는 것이라할 것이므로 대도시 내 법인의 등록세 중과세 규정과 주택거래에 대한경감 규정이 동시에 적용되는 경우 그 등록세는 과세표준에 지방세법제131조 제1항 제3호 (2)에서 규정한 표준세율(1,000분의 20)에 같은 법제138조 제1항의 중과세율(100분의 300)을 곱하여 산출한 세액에서같은 법 제273조의2에서 규정한 주택거래에 대한 경감율(100분의 50)을적용하여 산출한 세액이라고 할 것이다(OO O O OOOOO OOOOOO-OOOO, OOOOOOOOOO). 따라서 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 신고 납부한 등록세는 그 산출 방법에 일부 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 조세심판관회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.