[요지] 청구법인이 이 건 부동산을 취득·등기하면서?조세특례제한법? 제119조 제4항의 규정에 따라 중과세율 적용대상 등록세를 면제받은 이상, 청구법인이 면제받은 등록세의 면제세액에 대하여 이 건 농어촌특별세를 신고납부한 것은 적법함.
[요지] 청구법인이 이 건 부동산을 취득·등기하면서?조세특례제한법? 제119조 제4항의 규정에 따라 중과세율 적용대상 등록세를 면제받은 이상, 청구법인이 면제받은 등록세의 면제세액에 대하여 이 건 농어촌특별세를 신고납부한 것은 적법함.
[참조결정] 조심2011지0251
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은부동산의 투자, 매매 및 임대업을 사업목적으로 하고 본점소재지를 과밀억제권역인 OOO로 하여 2010.8.10. 설립된 유한회사로서 2010.8.16. OOO 외 1필지 토지 760.4㎡ 및 그 지상건축물 1,598.05㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 사업양수도계약을 체결하고 2010.9.28. 양수도대금(OOO,OOO,OOOO)을 지급하여쟁점부동산을 취득하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
1. 대도시에서 법인의 설립[설립 후 또는 대통령령으로 정하는 휴면법인(이하 이 항에서 "휴면법인"이라 한다)을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 2.대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.
3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
(2) 지방세법 시행령(2010.12.30. 개정전) 제101조(대도시내 법인 중과세의 예외) ① 법 제138조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.
12. 개인이 영위하던 제조업(소득세법제19조 제1항 제4호의 규정에 의한 제조업을 말한다). 다만, 행정안전부령이 정하는 바에 의하여 법인으로 전환하는 기업에 한하되 법인전환에 따라 취득한 부동산의 가액(법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다)이 법인전환전의 부동산가액을 초과하는 경우에 그 초과부분과 법인으로 전환한 날이후에 취득한 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다. 제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ②법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
(3) 지방세법 시행규칙(2010.11.22. 개정전) 제54조의4(법인전환기업) 영 제101조 제1항 제12호에서 "행정안전부령이 정하는 바에 의하여 법인으로 전환하는 기업"이라 함은 법 제138조제1항의 규정에 의한 대도시안에서부가가치세법또는소득세법에 의한 사업자등록을 하고 5년 이상 제조업을 영위한 개인기업이 당해 대도시안에서 법인으로 전환하는 경우의 당해 기업을 말한다.
(4) 조세특례제한법 (2010.12.27. 개정전) 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 제119조(등록세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제(제13호 및 제28호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우지방세법제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
④ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수·양도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대해서는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.
⑦ 투자회사, 선박투자회사, 기업구조조정투자회사, 부동산투자회사(부동산투자회사법에 따른 자기관리부동산투자회사는 제외한다), 임대주택법 제17조제1항제2호에 따른 특수목적법인, 프로젝트금융투자회사, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 사모투자전문회사 및 투자목적회사 또는 문화산업진흥 기본법에 따른 문화산업전문회사가 2012년 12월 31일까지 설립등기(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하는 경우 그 등기에 대해서는 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
(5) 농어촌특별세법(2010.12.30. 개정전) 제5조 (과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 2 조세특례제한법ㆍ관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 조세특례제한법에 의하여 감면받은 이자ㆍ배당소득에대한 소득세의 감면세액 100분의 20 100분의 10
(1) 처분청이 제출한 자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 부동산의 투자, 매매 및 임대업을 사업목적으로 하고 본점소재지를 OOO로 하여 2010.8.10. 설립된 유한회사로서 임원은 대표이사 OOO, 이사 OOO 및 OOO으로 각각 구성되어 있는 사실이 제출된 등기부등본에서 나타난다. (나) 청구법인은 법인설립(2010.8.10.)이후인 2010.8.16. OOO과 OOO로부터 쟁점부동산(OOOOO OOO OOO O-OO 외 1필지 토지 760.4㎡ 및 그 지상건축물 1,598.05㎡)을포함한 임대업 등 관련 사업전부를 OOO에 양수하는 사업양수도계약을 체결하였고, 사업양수도계약서 제3조 제3항에서 정하고 있는 “양수대금은 2010.8.16.로부터 1개월이내 전액을 양도인한테 지급한다”는 계약내용에 따라 2010.9.28. 양수도대금을 지급함으로써 쟁점부동산을 취득하였다. (다) 청구법인은 쟁점부동산이 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 규정한 “법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기”에 해당되고, 사업양수도 방법에 의한 취득이므로조세특례제한법 제119조 제4항에 의거 등록세 면제대상이라고 보아, 쟁점부동산의 사업양수도가액OOO에 중과세율(표준세율의 3배)을 적용하여 산출한 등록세 OOO을 감면받고, 감면받은 등록세액OOO의 20%에 해당하는 농어촌특별세 OOO을 2010.10.11. 신고납부하고같은 날청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료하였다. (라) 청구법인은 2010.8.11. 본점을 OOO에서 OOO로 이전하여 2010.12.16. 등기를 하였으며, OOO상의 건축물1,598.05㎡을 철거하여 2010.10.27. 건축물대장을 말소하였고, 2010.4.13. OOO에 쟁점부동산에서 OOO복합공연장 신축공사 설계용역계약을 체결하고 2010.12.3. 문화 및 집회시설(공연장, 미술관 등, 지상 6층, 지하 5층, 연면적 3,848.28㎡) 건축(신축)허가를 받아 건축중(2012년 9월 준공예정)이며 청구법인이 2010.11.30. 발급받은 부동산개발업 비등록대상확인서에서 토지 760.04㎡ 및 신축건축물 3,848.28㎡를 판매, 임대목적이 아닌 직접 사용하는 조건으로 인허가받은 사실이 확인되고 있다.
(2) 청구법인은 쟁점부동산은 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 부동산으로서 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이 아니므로 등록세 중과세대상에 해당하지 아니하고, 조세특례제한법제119조 제4항의 규정은 정책적 목적으로 조세감면 혜택을 부여하는 규정이므로 등록세 중과세라는 규제조항을 적용하는 것은 정책적으로 감면하여 지원하는 입법취지에 부합되지 아니하므로 처분청에서 중과세율을 적용하여 산출한 등록세액이 아니라 일반세율을 적용하여 산출한 등록세액을 감면세액으로 보고, 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 부과하여야 한다고 주장한다.
(3) 살피건대, 먼저 쟁점부동산에 대한 등기가 등록세 중과세 대상인지에 대하여 살펴 보면, 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 대도시에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 표준세율의 100분의 300을 적용하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제102조 제3항에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다)이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 부동산의 투자, 매매 및 임대업을 사업목적으로 하고 과밀억제권역인 쟁점부동산 소재지를 본점으로 하여 2010.8.10. 설립된 유한회사로서2010.8.16. 사업양수도계약을 체결하고 2010.9.28. 양수도대금(OOO,OOO,OOOO)을 지급하고 법인등기부등본상 목적사업인공연장 등 문화 및 집회시설로 2010.12.3. 건축허가를 받아 건축중인 쟁점부동산을 취득한 사실이 제출된 관련자료에서 입증되는 이상, 쟁점부동산에 대한 등기는 법인설립후 5년이내에 취득한 일체의 부동산등기에 해당되고, 동 규정에서일체의 부동산등기에는 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입과 아무런관련 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것(OOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOO OO, OOOOOOOOOOOO OOOOOOO OO)이나 청구법인의 경우 법인등기부등본상 목적사업인 공연장 운영을 위하여 신축중인 부동산을 사업양수도 방식으로 취득한 것이므로 법인설립이나 지점설치와 직접 관련되는 부동산을 취득하여 등기하는 경우에 해당되며, 지방세법 시행령 제101조 제1항 제12호에 의하면 제조업을 영위한 개인사업자가 법인으로 전환하는 경우에는 등록세 중과세 대상에서 제외되지만 제조업을 5년 미만 영위하거나 제조업 이외의 사업을 영위한 경우에는 등록세 중과세 대상에 해당되는 바, 청구법인은 임대업을 영위하고 있으므로 중과제외 업종에도 해당하지 않으므로 청구법인이 취득한 쟁점부동산에 대한 등기는 등록세 중과세 대상에 해당된다고 하겠다. 다음으로 조세특례제한법 제119조 제4항의 규정에 의한 등록세 면제대상에 해당되고, 등록세 감면세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과고지하는 경우 등록세 감면세액은 중과세율을 적용하여 산출한 세액인지 아니면 일반세율을 적용하여 산출한 세액인지에 대하여 보면, 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호에서 농어촌특별세는 조세특례제한법에 의하여 감면을 받는 등록세의 감면세액을 과세표준으로 하여 100분의 20의 세율을 적용한 금액으로 하도록 규정하고 있고, 청구법인의 경우 쟁점부동산에 대한 등기는 법인설립후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기이므로 중과세 대상에 해당되고, 조세특례제한법 제119조 제4항에서 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다는 별도의 규정이 없는 이상, 농어촌특별세 과세표준인 등록세 감면세액은 중과세율을 적용하여 산출한 세액이 적용되는 것OOO이라 하겠다. 따라서, 처분청에서 청구법인이 한 쟁점부동산에 관한 등기는 등록세 중과세 대상에 해당되나 조세특례제한법상 감면대상이므로 중과세율을 적용하여 산출한 세액을 감면세액으로 하여 산출한 농어촌특별세를 부과고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.