종교단체가 취득한 부동산을 고유업무에 사용하지 아니하고 임대한 경우 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분의 당부 (기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구인은 2008.5.15. OOO 소재주거용 건축물1,165.56㎡ 및 부속토지 394.50㎡(이하 “이 건 부동산”이라한다)를 청구인의 담임목사인 OOO(이하 “증여인”이라 한다)으로부터 증여를 원인으로 취득한데대하여 종교용에 직접 사용하기위하여 취득하는 부동산으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 비과세받았다. 나.처분청은 2009.5.19.이 건 부동산을현지 출장하여 확인한결과,청구인이 이 건 부동산의 일부 424.28㎡(2층 및 3층, 부속토지를포함하여“쟁점부동산”이라 한다)를 종교용에 직접 사용하지 아니하고 임대한사실을 확인하고 쟁점부동산의 시가표준액 470,700,936원을 과세표준으로하고지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세13,194,670원, 농어촌특별세705,880원, 등록세 5,277,860원, 지방교육세980,250원, 합계20,158,660원(가산세 포함)을 2010.5.3. 청구인에게 부과고지하였다. 다.청구인은이에 불복하여 2010.7.16.이의신청을 거쳐 2010.11.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 등 의견

• 가. 청구인 주장 이 건 부동산은 이 건 취득세 등의 부과처분 당시 지방세법제107조 및 제127조에서 규정하고 있는3년의 유예기간이 경과되지아니하였고, 이 건 부동산의 2층의 경우전 소유자인 증여인으로부터청구인에게로 이 건 부동산의 소유권이 이전될 당시 임차인인OOO가형편상동 부동산을급하게 비워 줄 수 없다고 사정을 하여 임대차연장계약을 한 것이며, 연장계약을 하면서도 건물주가 요구시 이유를막론하고 임대차를 종료하겠다는 조건하에 계약을 하였음에도 처분청이 이러한 사정을 고려하지 아니하고 3년의 유예기간이 경과하기도전에 청구인에게 이 건취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 이 건 부동산을 취득한 직후인 2008.5.15 임차인인OOO와 체결한 부동산임대차계약서를 보면, 부동산 명도일은2008.5.30.로 하고, 월세기간은 부동산 명도일부터 36개월로 새로이 기산하고 있는 점, 청구인이 제출한 2005.11.3. 이 건 부동산의 종전 소유자인 증여인과 OOO가 체결한 부동산임대차계약서상 임대기간이 12개월로 기재되어 있는 점을 종합하여 볼 때, 청구인과 OOO는 이 건 부동산의 소유자가 변경됨에따라잔존 임대차기간 내에서 계약서상 단순히 임대인 명의만을 변경한것이아니라,새로이 장기의 임대기간을 정하는 등 계약내용을 변경한것이라보여지며, 임차인의 형편과 같은 내부적인 사정은 정당한 사유가될 수없고,지방세법제107조 및 제127조 제1항의 단서규정에서 수익사업에 사용하는 경우에는 유예기간이 적용되지 아니하고 정당한사유의 유무를 묻지 아니하므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교단체가 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 임대한경우비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 (2)지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 제79조(비영리사업자의 범위)①법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제78조의2(수익사업의 범위)① 법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다. 제136조(수익사업의 범위 등) ② 법 제186조 제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조 규정에 의한 비영리사업자를말한다.

(3) 법인세법 제3조(과세소득의 범위) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 1.제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실을알 수 있다. (가)청구인은2008.5.15. 청구인의 담임목사인 증여인으로부터 이 건부동산을 증여로 취득한 후,처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받았고, 2008.5.30. 임차인 OOO와 임대기간을 36개월로 하여 이 건 부동산중 지상 2층 부분에 대한 임대차계약을 체결하였으며, 동 임대차계약서에는 계약기일은 상호협의 하에 언제든지 조정하도록 한다는 특약사항이 기재되어 있고, OOO는 당해 부동산을 공장(상호: OOO)으로 사용하고 있음이 사업자등록증OOO에서 확인된다. (나)한편, 증여인은 2008.12.3. 임차인 OOO과이 건 부동산 중 3층302호임대차 계약(2001.3.26. 동 주소지로 주민등록전입)을 체결하였고,2008.12.23.이 건 부동산 3층 301호에 대하여 OOO가 확정일자OOO를 받았으며,2009.6.26.이 건 부동산 3층 303호에 대하여 OOO이 확정일자OOO를 받았다. (다)또한, 처분청 담당공무원이 이 건 부동산에 현지 출장하여 촬영한사진(2010.3.30.)에는 지하1층 및 지상1층은 예배당 및 교회사무실로, 지상2층은 공장(유상임대)으로, 지상3층은 주택(유상임대)으로, 지상4층은 담임목사 사택으로 각각 사용하고 있는 것으로 나타난다. (2)지방세법 제107조 및 제127조 제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 대통령령이정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년이내에정당한사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는취득·등록세를 부과한다고 규정하고 있으므로, 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 소정의 수익사업에 사용하는 경우에는 유예기간 3년이 경과하기 전이라 하더라도비과세한 취득세 등을 부과할 수 있다 할 것인바,청구인의 경우 종교용으로 사용하기 위하여 이 건 부동산을 취득하였으나 이 건 부동산의 일부인 쟁점부동산을 수익사업인 임대용으로 사용한 이상 유예기간인 3년이 경과하지 아니하였다 하더라도 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 판단되므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.