임대용 부분은 중과세 대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부(취소)

[참조결정] 조심2009지0708

[주 문] 처분청이 2010.11.10. 청구법인에게 한 등록세 155,742,010원, 지방교육세 28,997,840원 합계 184,739,850원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 인터넷 및 무선이동통신 관련 서비스업, 프로그램제작 및 홈페이지 개설사업 등을 목적사업으로 하여 2000.2.26. 설립된 법인으로서 2008.7.3. 산업단지 내인 OOO에서 산업단지 외인 OOO 외 1필지 토지 및 건물 지상 6층, 지하 1층 1,109.52㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)로 본점을 이전하였다.
• 나. 처분청은 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점을 이전한 경우에 해당한다고 보아, 이 건 부동산 중 청구법인이 본점용 및 기업부설연구소로 사용한 면적을 제외한 임대 및 공실 면적 518.71㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항제3호 및 같은 법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조의 규정에 따라 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 155,742,010원, 지방교육세 28,997,840원, 합계 184,739,850원을 2010.11.10. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 부동산을 취득하여 본점 사무실과 기업부설연구소로 사용하고 일부는 임대하고 있는바, 쟁점부동산은 본점 전입과 무관하게 취득한 부동산 등기에 해당하므로 지방세법 시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 대도시내 본점 전입에 따른 일체의 부동산등기에 해당되지 아니하고, 또한, OOO에서도 본점 전입 이전에 취득하는 부동산등기에 대하여 본점 전입과 무관하게 취득한 부동산은 중과대상에 포함하지 아니하도록 하였고, 이와 관련하여 2009.5.21. 지방세법 시행령 제102조제2항이 개정되면서 법인의 본점 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기만을 중과대상으로 하고 있으므로 2010.8.9. 과세예고하여 현재까지 과세처분이 이루어지지 아니하였다면 개정된 법령에 따라 직접 사용하는 부분만 중과대상이 되고 임대부분은 중과대상에서 제외하여야 하므로 이 건 등록세 등 중과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 주장은 현행 지방세법 및 같은 법 시행령을 기준으로 판단하면 어느 정도 일리 있는 주장일 수 있으나, 2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전 지방세법 제138조제1항제3호 규정 및 2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전 지방세법 시행령 제102조제2항 규정과 이 건 부동산 및 쟁점부동산이 등록세 중과세 요건이 성립된 시점인 2008.7.3. 기준으로 상기 법령을 적용한다면 청구법인의 쟁점부동산은 대도시내로의 본점 전입에 따른 부동산에 해당된다고 판단되므로 쟁점부동산의 등록세 중과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 본점용 및 기업부설연구소로 사용한 면적을 제외한 임대용 부분은 중과세 대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법 시행령(2009.5.21 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조(대도시 내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2000.2.26. 본점 소재지를 OOO로, 상호를 OOO으로, 목적사업을 인터넷 및 무선이동통신 관련 서비스업, 프로그램 제작 및 홈페이지개설사업 등으로 하여 법인을 설립하고 그 등기를 마쳤다. (나) 이후 청구법인은 2005.2.21. 산업단지인 OOO로 본점을 이전하였다. (다) 청구법인은 2008.5.16. 이 건 부동산을 매매금액 5,750,000,000원에 취득하고 취득세 등을 일반세율로 신고납부한 후, 기업부설연구소에 해당하는 면적(226.2㎡)은 지방세법 제282조에 의한 감면규정에 따라 2008.6.11. 감면신청하여 감면받았다. (라) 이후 청구법인은 2008.7.1. 이 건 부동산으로 본점을 이전하고 2008.7.3. 그 이전등기를 마쳤는바, 이 건 부동산중 임대 및 공실부분이 지하1층 217.12㎡, 1층 23.12㎡, 2층 120.46㎡, 3층 158㎡로서 총 518.7㎡인 것으로 나타나고 있고, 그 나머지는 청구법인의 본점 및 부설연구소로 사용하고 있다.

(2) 쟁점에 대하여 본다. (가) 지방세법 제138조제1항에서는 대도시내로의 법인 본점의 전입에 따른 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제102조제2항에서는 법 제138조제1항제3호에서 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인이 그 전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하면서, 그 후단에서 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함한다고 규정하고 있다. (나) 살피건대, 지방세법 시행령 제102조제2항에서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 그 지점 등이 그 설립․설치․전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는 것이므로 그 설립․설치․전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것이고OOO, 또한 지방세법 시행령 제102조제2항을 개정(2009.5.21. 대통령령 제21498호) 하면서 그 개정이유를“대도시내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되는 문제를 해소하기 위하여, 대도시내에 법인․지점 또는 분사무소가 설립 또는 설치되거나 대도시내로 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소가 전입될 때 하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 대상을 ‘법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기’로 명확하게 정함”이라고 한 사실을 보아도, 이 건 부동산 중 법인의 본점용 및 기업부설연구소가 아닌 임대를 목적으로 취득한 부분에 대한 부동산 등기까지 등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있다 할 것이어서, 청구법인이 본점 전입 이전에 취득한 쟁점부동산을 등록세 중과세 대상으로 한 이 건 부과처분은 이를 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세기본법 제123조제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.