가공매입으로 손금불산입하고 대표자상여처분한 쟁점금액 중 쟁점부외매입금액을 상여처분에서 제외할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 의약품 제조업을 영위하는 법인으로서, ① 2007년 3월 동원EMSC에게 거래 물품을 확정하지 않고 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급하고 매입세금계산서를 수취하여 개발비로 계상한 후, 다시 쟁점금액을 회수하면서 쟁점금액 중 OOO원을 대표이사 가수금으로 청구법인에 입금하였다가 대표이사에게 반제한 것으로 처리하였고, 나머지 OOO원은 대표이사의 개인 비용으로 사용하였으며, 이후 별도의 부외자금으로 동원OOO로부터 OOO원(이하 “쟁점부외매입금액”이라 한다)의 연구기자재 등을 부외매입하였고, ② 2006년 5월 코스닥 상장회사인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 통해 우회상장시 발생한 주식교환 관련 비용 OOO원 중 OOO원을 2008년에 청구법인이 OOO로부터 가공세금계산서를 교부받아 자문수수료로 계상하였고, OOO원은 청구법인의 모회사인 주식회사 OOO가 OOO로부터 가공세금계산서를 교부받아 지급수수료로 계상하여 손금처리하였다.
• 나. 처분청은 ① OOO로부터 과다 수취한 쟁점금액을 가공매입금액으로 보아 개발비 손금불산입 및 가공매입 재료비 익금불산입하여 법인세 경정한 후, 쟁점금액을 대표이사 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지하였고, ② 우회상장시 발생한 자문수수료와 지급수수료 OOO원(이하 “쟁점수수료”라 한다)의 가공매입세금계산서에 대해서는 손금불산입하여 법인세 경정하고, 동 금액을 청구법인의 주주의 주식교환과 관련된 비용으로 보아 주주에 대한 배당(상여)으로 소득처분하여 2010.11.25. 청구법인에게 소득금액 변동통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구법인이 OOO로부터 물품을 공급받지 않고 세금계산서를 교부받은 것은 사실이나, 당시 청구법인은 대형 국가연구개발 실용화사업인 뇌질환 치매치료제 개발사업을 수행하면서 2006년분 국고보조금을 2007년에 뒤늦게 지급받아 2007.3.31.까지 사용하지 않으면 미사용금액을 반납하여야 하는 상황에서 연구비 조기집행 형식으로 쟁점금액을 선지급하였고, 나중에 OOO로부터 쟁점금액을 회수하고 대부분의 금액을 연구기자재 및 시약품 등의 대금으로 다시 OOO에 지급하는 등 업무집행에 사용하였던바, 비록 선지급한 물품대금을 반환받아 일시적으로 사적으로 사용했다 하더라도 쟁점금액 중 얼마 후 다시 거래처에 물품대금으로 실지 지급한 사실이 확인되는 쟁점부외매입금액은 외부로 유출되거나 특정인에게 귀속되지 아니하였으므로 상여처분에서 제외되어야 한다.

(2) 쟁점수수료는 청구법인을 우회 상장시키기 위하여 OOO 임원과 협상에 필요한 업무추진비 성격의 12억원과 회계 및 법률자문비 성격의 OOO원으로서 청구법인의 지속적인 연구개발을 위한 경영전략에 의하여 불가피하게 지출한 비용이며, 특히 업무추진비 성격의 자문료는 OOO 임원들에게 보상차원에서 지출되었으므로 굳이 따진다면 귀속자는 청구법인의 주주가 아닌 OOO 임원이다. 세법상 주식의 포괄적 교환은 합병 특례규정을 적용받고, 합병을 위하여 지출한 자문비용은 손금에 산입되므로 쟁점수수료는 손금에 산입되어야 하며, 경영에 영향을 미치지 못한 소액주주를 포함한 주주 200여명에게 지분비율에 따라 안분시키게 되는 과세처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 OOO로부터 회수한 쟁점금액은 모두 타인 계좌 또는 수표로 회수하였고, 이 중 청구법인이 가수금 계정으로 계상한 금액이 OOO원이고 나머지 OOO원은 대표이사가 업무추진비, 채무상환비용으로 사용하였으며, 대표이사 가수금 계정으로 입금된 금액도 대표이사에게 변제할 채무로서 그 시점에 대표이사에게 유출된 것과 동일할 뿐만 아니라 다시 대표이사에게 가수금 반제되었음이 담당 실무자인 이OOO의 문답서와 대표이사의 가수금 계정에 의하여 확인되므로, 청구법인이 OOO에게 선지급하였다가 다시 회수한 쟁점금액 중에서 쟁점부외매입금액을 지급하였다는 청구주장은 쟁점금액과 쟁점부외매입금액에 대한 자금흐름에 비추어 직접 연관성이 없고, 일부 대표이사 가수금 명목으로 법인에 입금되었다 하더라도 대표이사에게 변제하여야 할 채무로 법인계좌에 입금된 금액 또한 가수금 반제를 통해 다시 대표이사에게 귀속되었다. 거래처인 OOO의 대표 이병환의 계좌에 입금한 자는 청구법인의 대표이사가 아닌 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, OOO의 등의 법인이나 개인이고, 이 자금이 해당 법인에 유입된 경로에 대하여 청구법인이 구체적으로 소명하지 못하므로 당초 가공매입거래를 통하여 불법적으로 유출한 자금에 대하여 대표자 상여로 처분하는 것은 정당하며, 특히 가공매입대금 회수액인 쟁점금액은 쟁점부외매입금액과 직접 연결될 수 없는 별개의 부외자금인데도 마치 두 자금이 법인내에 존재하는 동일한 자금인 것처럼 인식하는 것은 이유 없다. 따라서 청구법인의 대표이사는 OOO와의 가공매입 관련 매입대금으로 지급처리하였다가 다시 회수한 쟁점금액을 대표이사 가수금으로 법인계좌에 입금한 후 반제받거나 본인의 개인 차입금 비용 등에 모두 사용하였으므로, 당초 가공매입거래를 통하여 대금을 회수한 시점에 쟁점금액 전체가 사외에 유출되었다고 보아 대표이사에게 상여처분하고, 쟁점부외매입금액에 대하여는 부외차입금으로 보아 법인세를 경정한 처분은 정당하다.

(2) 비록 청구법인이 구주매출을 통해 사실상 코스닥 상장법인으로 우회상장하였다 하더라도 실질적으로 주식을 양도한 주체는 청구법인의 주주로서 주식양도(사실상 우회상장)와 관련된 비용은 구 주주가 부담해야 할 비용이므로 청구법인이 손금산입한 쟁점수수료를 손금불산입하고 구 주주에 대한 배당(상여)으로 소득처분하여 소득금액변동 통지한 처분은 정당하다..

• 가. 쟁점

① 가공매입으로 손금불산입하고 대표자 상여처분한 쟁점금액OOO 중 청구주장 부외매입금액OOO을 상여처분에서 제외할 수 있는지 여부

② 코스닥 우회상장시 발생한 비용을 주주의 주식교환비용으로 보아 배당으로 소득처분하여 소득금액 변동통지한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 제67조 【소득 처분】 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 법인세법 제19조 제1항 및 제27조에 의하면 손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하되, 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 또는 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액은 손금에 산입하지 않으며, 같은 법 제67조에 의하면 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당 등으로 처분한다고 규정되어 있다. (나) 처분청 조사결과에 의하면 청구법인이 가공매입거래를 통해 회수한 자금은 <표1>과 같이 모두 타인 계좌 또는 수표로 회수하였고, 가수금 계정에 OOO원, 대표이사가 업무추진비, 채무상환비용으로 OOO원이 사용되었으며, 청구법인은 2007년 중에 대표이사로부터 OOO원을 차입하거나 대여금을 회수하고, OOO원을 대표이사에게 대여하거나 차입금을 상환하였던바, 가공매입거래를 통하여 회수한 금액이 대표이사 가수금에 포함되었다가 대표이사에게 반제되었으며, 쟁점부외매입금액이 입금된 OOO 대표 이OOO 계좌의 입금자는 <표2>와 같이 청구법인 대표이사 곽OOO가 아닌 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, OOO의 등이다. (다) 청구법인은 한국보건산업진흥원장, 청구법인 및 청구법인의 대표이사 곽OOO가 협약당사자이고 연구개발비 OOO원의 대형국가연구개발사업 뇌질환치매치료제 OOO실용화사업과 관련된 ‘연구개발과제 협약서(2006년 6월)’, 청구법인에게 최종보고서를 2007.5.23.까지 제출하라는 ‘대형국가연구개발 실용화사업 최종보고서 제출요청서OOO를 제출하였다. (라) 청구법인은 쟁점금액 중 쟁점부외매입금액을 물품대금으로 사용하여 외부로 유출되지 않았으므로 상여처분금액에서 제외하여야 한다고 주장하나, OOO로부터 회수한 쟁점금액 중 가수금 계정으로 OOO원이 계상되고, 대표이사 업무추진비 등으로 OOO원이 사용되었던바, 가수금 OOO원도 변제할 의무가 있는 채무로서 반제를 통해 대표이사에게 반환되었고, 쟁점부외매입금액의 자금원천은 대표이사가 아닌 주식회사 OOO 등이고 동 자금의 유입경로는 소명되지 않고 있으며, 쟁점금액은 쟁점부외매입금액과 직접 관련된 자금으로 보기 어려우므로 처분청이 가공매입금액인 쟁점금액 전액을 사외유출로 보아 대표자 상여로 소득처분하고 소득금액 변동통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 에 의하면 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우로서 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로, 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 처분한다고 규정되었다. (나) 중부지방국세청장은 쟁점수수료가 청구법인을 우회상장하기 위한 비용으로서 구 주주가 부담해야 할 비용으로 보아 이를 임원(7명) 및 주주(198명) 205명에 대한 상여 및 배당으로 소득처분하여 소득금액 변동통지한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점수수료를 OOO 임원진에게 지급한 OOO원과 회계 및 법률 자문비 OOO원이라고 주장하며, 청구법인의 대표이사가 OOO의 최대주주로 되고, 경영권을 적법하게 이전하며, 청구법인은 경영 프레미엄으로 OOO원을 OOO 임원진에게 지급한다는 ‘공동사업 및 경영 추진을 위한 MOU(2006.3.16.)’를 제출하였다. (라) 청구법인은 쟁점수수료가 OOO 임원진에게 귀속되거나 합병을 위한 자문비용이므로 손금산입되어야 한다고 주장하나, 실질적으로 주식을 우회상장한 주체는 청구법인의 주주로서 주식의 교환(코스닥 우회상장) 비용은 구 주주가 부담하여야 할 비용이므로 청구법인의 손금으로 처리할 수 없고, 이를 법인이 손비 처리한 경우에는 손급불산입하고 배당․상여 등으로 소득처분하는 것이므로, 처분청이 쟁점수수료를 손금불산입하고, 구 주주들의 배당(상여)으로 소득처분하여 소득금액 변동통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.