기성 청구하였으나 세금계산서를 발행하지 않은 선급금부분을 제외한 금액에 대한 과세처분은 잘못이 있으므로 재조사하여야 함

OO세무서장이 2011.8.16. 청구법인에게 한 2010년 제1기 부가가치세 OOO,OOO,원으로 하여 이를 경정하고, 2011.8.5. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세OOO의 부과처분은 처분의 원인이 된 건설공사의 계약금액, 작업진행률 등을 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로, 청구법인과 (주)OO OOO 도로개설공사 (이하 “쟁점공사”라 한다)와 관련하여 공동이행방식에 의한 공동도급계약 (공동수급체 대표자는 OOO맺고 2002.10.21. 공사를 착공(공사기간 2002.10.21.～2014.12.31.)하였다.
• 나. 2010.3.30. OOOOO 에게 세금계산서를 교부하였으나, 청구법인은 선급금 중 청구법인의 출자비율(40%)에 해당하는 금액OOO공급대가, 이하 “쟁점선급금”이라 한다)을 OOO로부터 지급받지 못하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 쟁점선급금에 대한 부가가치세 공급시기가 2010.3.30.이라고 하여 OOOO을 경정고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)부가가치세법제9조, 동법 시행령 제22조, 동법 집행기준 9-22-1, 국세청 예규 서면3팀-792에서 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우 용역의 공급시기를 그 대가의 각 부분을 받기로 하는 때로 규정하고 있고, 집행기준에서 기성부분에 대한 공급시기는 기성청구 후 대가의 지급이 확정되어 그 대가를 실제로 받은 날로 규정하고 있으므로, 당초 쟁점선급금에 대하여 삼호로부터 통보받은 바가 없고, 또한 쟁점선급금을 수령받지 못하였으므로, 기성청구도 되지 않은 쟁점선급금에 대하여 세금계산서를 발행할 이유가 없으며 쟁점선급금에 대하여 공급시기가 도래하지 않았다.

(2) 건설용역에 따른 손익의 귀속은 법인세법 시행령제69조에 따라 도급금액에 작업진행률을 반영하는 것으로, 청구법인은 2010 사업연도에 000시장에게 기성청구한,OOO,OOOO을 이미 2010사업연도 법인세 신고시 수입금액에 기 반영하였으므로, 손익귀속시기가 도래하지 않은 쟁점선급금에 대하여 과세한 당초 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 당초 쟁점선급금에 대하여OOO로부터 통보받은 바가 없고 쟁점선급금을 수령받지 못하였으므로 기성청구도 되지 않은 쟁점선급금에 대하여 세금계산서를 발행할 이유가 없으며 공급시기가 도래하지 않았다고 주장하나, 2010년도 제24회 및 제25회 기성청구서의 선급금정산액 등으로 선급금이 정산되었고, 2010년 제1기분 과세기간 미지급된 선급금에 대하여 OOO에 2010년 제2기분 과세기간 세금계산서를 발행하여 지급을 요구하여 000시장은OOO에 대하여 인지하고 있었고, 따라서, 공동대표사인OOO시청에게 선급금에 대하여 기성청구 하였고 공사대금을 지급받았으므로 이 시기에 청구법인은 지분 4 0%에 대하여OOO에게 세금계산서를 교부하고 공사대금을 청구하여야 할 것이므로 용역의 공급시기는 쟁점선급금을 지급받은 2010년 제1기분이라 할 것이다.

(2) 청구법인은 기성청구액의 진행률을 반영하여 2010년 수입금액에 기 반영하였으므로 손익귀속시기가 도래하지 않은 선급금에 대하여 부당하다고 주장하나, 당초 법인세 신고서상 작업진행률에 의해 수입금액 계산하지 않았으며 2010년 매출누락한 선급금 O,OOO,OOO 에 대해 당초 매출액에 반영하지 않았으므로 수입금액 누락으로 익금산입되어야 할 것이다.

• 가. 쟁점

① 청구법인이 OOO 에게 지급한 선급금 중 청구 법인의 공동도급지분율(40%)에 해당하는 금액에 대하여 청구법인이 지급받지 못하여 세금계산서를 교부하지 아니한 데 대하여 이 시기를 공급시기로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 상기 청구법인의 공동도급지분율(40%)에 해당하는 선급금을 공사수입금액으로 보아 동 금액에서 당해 사업연도에 기성청구된 금액을 제외한 나머지 금액을 수입금액 신고누락액으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제9조 (거래시기)

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다. (2) 부가가치세법 시행령 제22조 (용역의 공급시기) 법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (3) 법인세법 제40조 (손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (4) 법인세법 시행령 제69조 (용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)

① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. (5) 법인세법 시행규칙 제34조 (작업진행률의 계산등) ① 영 제69조제2항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 작업진행률 = 해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액/총공사예정비

2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로

③ 영 제69조제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

당해사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조제2항 단서에서 "기획재정부령이 정하는 경우"라 함은 법인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다. (6) 지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 제29조 (공동계약)

① 지방자치단체의 장 또는 계약담당자는 필요하다고 인정하면 계약상대자를 2명 이상으로 하는 공동계약을 체결할 수 있다.

② 지역 간의 균형 있는 발전과 건설공사 등의 효율적인 수행을 위하여 제1항에 따른 공동계약 중 대기업과 중소기업 간 또는 중소기업 간의 공동계약에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항에 따라 공동계약을 체결하는 경우에는 해당 지방자치단체의 장 또는 계약담당자와 계약상대자 모두가 계약서에 기명·날인하거나 서명함으로써 계약이 확정된다. (7) 지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제88조 (공동계약)

① 법 제29조에 따른 공동계약의 체결방법, 공동도급의 유형, 공동수급체 구성원 상호간의 시공상 책임한계 등 공동계약에 필요한 사항은 행정안전부장관이 정한다.

② 지방자치단체의 장 또는 계약담당자가 입찰에 의하여 계약을 체결하려는 경우에는 계약의 목적과 성질상 공동계약으로 하는 것이 부적절하다고 인정되는 경우를 제외하고는 가능하면 공동계약으로 할 수 있다.

③ 지방자치단체의 장 또는 계약담당자는 법 제29조제2항에 따른 공동계약이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공사현장을 관할하는 시·도에 주된 영업소가 있는 자 중에서 1인 이상을 공동수급체의 구성원으로 하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면, 2011.3.17. 청구법인과 000시장간에 아래《표 1》과 같이 쟁점공사와 관련하여 공사도급변경계약을 맺은 것으로 나타난다.

(2) 청구법인 및 처분청의 심리자료에 의하면, 쟁점공사와 관련하여 2010사업연도의 대금지급 내역, 기성청구 현황, 세금계산서 교부 및 법인세 신고현황 등은 아래와 같다. (가) OOOO에게 세금계산서를 교부하였으며, OOOOO을 지급하지 아니하여 청구법인은 쟁점선급금에 대하여 2010년 제1기 과세기간에 세금계산서를 교부하지 아니하였으며, 처분청은 쟁점선급금의 부가가치세 공급시기가 2010.3.30.이라고 하여OOO(쟁점선급금의 공급가액 상당액)을 2010년 제1기 부가가치세 과세표준 신고누락액으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였다. (나) 2010사업연도 중에 OOO에 공사진척도에 따른 제24회, 제25회 기성금을 청구(2010년 4월 제24회 기성청구, 2010년 6월 제25회 기성청구)하였고, 그 청구내역은 아래《표 2, 3》과 같이 당해 횟차 기성금액(기성수급액, 제24회)을 수령(제24회 2010년 4월 제24회 기성청구, 2010.4.27. 제24회 기성금 지급, 2010년 6월 제25회 기성청구, 2010.6.25. 제25회 기성금 지급)한 것으로 나타나고, 상기 제24회, 제25회의 기성청구와 관련하여 청구법인은 2010.4.27.OOOO에게 세금계산서를 교부하였다. (다) 청구법인은 2010사업연도에 대한 법인세 신고시 쟁점공사와 관련하여서는 제24회 및 제24회 청구법인의 기성수급액(제24회 OOO을 수입금액으로 신고하였다고 주장하나, 동 금액이 청구법인이 2010사업연도 법인세 신고시 공사수입금액 으로 신고한OOO에 포함되어 있는지, 쟁점공사와 관련하여 법인세법 시행령제69조 제2항에 의한 작업진행율을 어떻게 산정하여 익금액을 계산하였는지 등에 대한 근거자료는 심리일 현재까지 제시하지 아니하고 있고, 처분청은 OOOOO 에서 청구법인이 상기《표 2, 3》 에서 OOOO원을 공사수입금액 신고누락액으로 보아 이 건 법인세를 과세하였다. (3) 쟁점①에 대하여 보면, 처분청에서는 쟁점공사와 관련하여 발주처인 OOO원이 2010년도 선급금으로 지급되었고 청구법인이 이 금액 중 청구법인 출자비율에 해당하는 OOO로부터 수령하지 못하였다고 하더라도 선급금 지급사실을 알고 있었고, 제24회․제25회 기성청구시 선급금에 해당하는 금액을 포함하여 기성금을 청구하였으므로 2010.3.30.이 OOO,OO 에 대한 세금계산서를 교부하여야 한다는 의견이나, 부가가치세법제9조 제3항에서 사업자가 공급시기가 도래하기 전에 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 특례 공급시기로 보는 것이나, 이 건의 경우 청구법인이 OOO로부터 청구법인 출자비율에 해당 하는 쟁점선급금을 수령한 사실이 없고, 또한 이 때 이에 대한 세금 계산서를 교부한 사실도 없어 2010.3.30.을 쟁점선급금 상당액에 대한 용역의 공급시기로 볼 수 없어 이 때를 공급시기로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 하지만, 쟁점공사의 경우 부가가치세법 시행령제22조 제2호의 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우에 해당하고, 그러하다면 기성부분에 대한 공급시기는 기성청구 후 대가의 지급이 확정되어 그 대가를 받기로 한 때라 할 수 있는 데 청구법인의 경우 제24회 및 제25회 기성청구의 경우 그 공급시기가 기성대가를 지급받은 날인 2010.4.27.과 2010.6.25.로서 그 부가가치세 과세기간이 2010년 제1기이므로 기성청구금액(OOOO O,OOOO)에 대하여는 공급시기가 도래하였음에도 세금계산서를 발행하지 아니한 것으로 판단된다. 결국, 처분청에서 2010년 제1기 부가가치세 과세표준 신고누락액 으로 본 OOO,OOOO(공급가액)에 대한 부가가치세 과세처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 보면, 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 계약기간이 1년 이상인 쟁점공사의 경우에는 법인세법 시행령제69조에 의거 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익을 각각 해당사업연도의 익금에 산입하는 것이고, 그 건설등을 완료한 정도 및 각 사업연도의 익금에 산입하는 금액은 법인세법 시행규칙제34조에 의하여야 하는 바, 처분청에서는 쟁점선급금의 공급가액 상당액 중 제24회 및 제25회 기성청구시 선급금정산액에 해당하는 금액을 제외한 나머지 금액을 쟁점공사와 관련한 2010사업연도 법인세 수입금액 신고누락액으로 계산하였지만 동 계산방법은 법인세법 시행규칙제34조 제3항에서 정한 방법으로 보기 어려워 그 계산에 잘못이 있다고 보이나, 청구법인도 2010사업연도 법인세 신고시 쟁점공사와 관련하여 법인세 신고한 내역에 대한 구체적인 근거자료를 제시하지 못하고 있으므로 처분청에서 쟁점공사와 관련한 2010사업연도의 작업진행률, 계약금액 등을 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 의하여 주문과 같이 결정한다.