사업용토지에 해당하지 않으므로 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1984.1.24. OOO OOO OOO OO OOO-O, OOO-O,OOO-O 대지 173.76㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2010.12.15.박OOO, 2010.12.24. 최OOO에게 각각 양도하고 쟁점토지를 사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 2011.1.10. 처분청에 자산양도차익 예정신고 및 자진납부를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점토지 보유기간 중에 실제 경작한 사실이 없고, 기타 사업용 토지로 인정할 만한 입증이 없다 하여 장기보유특별공제를 부인하고 2011.10.12. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1984년에 쟁점토지를 취득하였고 쟁점토지를 포함하여 토지 8,909㎡에 대하여 정OOO(당초 토지형질변경 신청인)가 주택부지조성을 목적으로 토지형질변경을 신청하고 1986.1.10.도시계획법제4조 제1항의 규정에 의한 허가를 취득하였으나, 취득 후 준공검사를 받지 못한 상태에서 정태수가 월북으로 행방불명되어 청구인은 개발행위허가변경절차 등에 대한 법원판결(2007가합187)을 받고 신청인을변경하여 2007.12.7. 군청으로부터 개발행위허가를 받아 2009.5.15.개발행위준공검사필증을 교부받았으며, 쟁점토지소재지와 동일한 군 소재지의 토지 대부분이 쟁점토지와 마찬가지로 1986년에 개발행위허가를 받았으나 신청인의 행방불명 등으로 2005년에 여주군청의 “하리도시개발사업환지계획공고” 및 “하리도시개발사업 환지계획(재)공고”에 의하여 사업추진 및 환지처분되었으며, 쟁점토지는 도시개발사업에 의한 환지면적기준을 초과한다 하여 2005년에 환지예정지에서는 제외되고 해당 군에서 추후에 사업을 시행하기로 하였으나 연기되어 토지소유자들이 기부채납 등을 하면서 개발행위허가를 받아 준공을 마무리하였는 바, 쟁점토지는 사업용토지에 해당되므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지에 대한 비사업용토지 여부를 판단함에 있어서 구도시계획법(국토의 계획 및 이용에 관한 법률)에 따른 토지형질변경허가를 득한 토지가 소득세법 시행령제168조의14 제1항 및 같은 법 시행규칙 제83조의5에서 규정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용토지로 보지 아니하는 토지인지 여부는 법령상 사용이 금지 또는 제한된 경우에 사업용으로 사용한 것으로 간주하는 것이나, 소득세법 시행령제168조의 14 제1항 및 같은 법 시행규칙 제83조의5에 따른 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지일지라도 경작 등 토지 본래의 용도로 사용이 제한되지 아니하는 경우에는 동 규정이 적용되지 아니한다. 이 건의 경우 해당 사업과 관련된 개발행위허가, 공사 진행과정, 관련 법령상 금지사항, 농지의 현황 등을 종합적으로 검토한 바, 당해 토지는 지목이 답으로서 법령이 정한 부득이한 사유에 해당되지 아니하며, 환지로 지정된 토지는 환지지정일부터 건축가능하게 된 날 이후 2년까지는 사업용으로 보나, 환지로 지정되지 않은 쟁점토지는 각 지목별로 사업용기간을 계산하여 판단하는 것으로 청구인은 1984.1.24. 농지(답)를 취득하였고, 쟁점토지가 2009.5.26. 대지로 지목이 변경된 경우로서, 지목이 변경될 때까지 재촌 및 자경사실이 없어 총 보유기간(26년 11개월) 중 80% 이상, 직전 3년 중 2년 또는 직전 5년 중 3년 이상을 사업용으로 사용하였다고 볼 수 없으므로 쟁점토지는 법령이 정한 부득이한 사유에 해당되지 아니하며 경작 등 토지 본래의 용도로 사용이 제한되지 않아 취득 후 실제 경작에 사용된 농지로 볼 수 없으므로 장기보유특별공제를 부인하고 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 경작이 금지 또는 제한되지 않은 토지로 보고, 비사업용토지로 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목은 비사업용 토지를 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지로 규정하면서 단서에서 농지법그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제168조의8 제3항 제5호에서는 대통령령이 정하는 경우라 함은 농지법제6조 제2항 제9호 마목 내지 사목의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지로 규정하고 있고, 제168조의6은 법 제104조의3 제1항 각호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”에 대하여 제1호에서 토지의 보유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각목의 모두에 해당하는 기간을 규정하면서 가목에서는 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 나목은 3년 중 1년을 초과하는 기간, 다목에서는 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간을 규정하고 있다. 또한 같은 법 시행규칙 제83조의 5에서 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준에 대하여 제1호에서는 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간, 제8호에서는 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지는 건축이 가능한 날부터 2년을 규정하고 있다.

(2) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 쟁점토지가 사업용토지에 해당하는 것으로 보고 장기보유특별공제액 OOO원을 공제하여 2011.1.10. 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부하였으며, 토지대장 및 등기부등본에 의하면, 쟁점토지 중 365-7, 365-9는 2009.5.21. 지목이 답에서 대지로, 366-2는 2009.5.26. 지목이 답에서 대지로 변경된 것으로 기재되어 있고, 주민등록표에 의하면 청구인의 주소지가 1974.6.24.~1989.5.31.까지는 OOO, 1989.5.31.부터 심판청구일 현재까지는 OOO에서 거주하는 것으로 되어 있는 바, 처분청은 청구인이 쟁점토지 보유기간동안 실제로 경작한 사실이 없는 것으로 보고, 기타 사업용으로 사용한 기간을 인정할 만한 입증도 없는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 것으로 기재되어 있다. (3)청구인은 1986.1.10.도시계획법제4조 제1항에 의한 토지형질변경허가일 이후 준공검사를 받아야 하나, 당초 신청인 정OOO가 월북으로 행방불명되어 법원판결(2007가합187)에 의하여 신청인을 변경하고 2007.12.7. 개발행위허가를 받아 2009.5.15. 개발행위준공검사필증을 교부받았으므로 쟁점토지는 사업용토지에 해당한다고 주장하면서, 토지형질변경허가증(OOO군수),판결문, 환지예정지지정 통보내역 등을 제출하므로 이에 대하여 살펴본다. (가)OO군수의 1986.1.10.자주택부지조성에 대한 허가증에 의하면, 수허가자는 OOO에 거주하는 정OOO(1939.1.26.생)이고, 허가대상 토지는OOO OOO OOO OO OOO-O, OOO-O, OOO, OOO, OOO-O, OOO-O, 합계 8,909㎡이며,허가목적은 주택부지조성, 착공일은 허가일로부터 1월 이내, 준공일은 착공일로부터 3개월 이내로 확인된다. (나)청구인은 정OOO가 월북으로 행방불명되어 법원판결에 의하여 신청인을 변경하고 개발행위허가를 받아 2009.5.15. 개발행위준공검사필증을 교부받았음을 주장하면서 아래 <표1>과 같이법원판결문을 제출하고 있다. (다) 청구인은 쟁점토지가2005.11.28. 환지예정지로 지정통보되었음을 주장하면서 아래 <표2>와 같이 OOO군수의 공문OOO을 제출하였다. (라)OO군수의 2009.5.15.자 개발행위준공검사필증에 의하면, 아래 <표3>과 같이 당초 신청인 정OOO이 2007.12.7.자로 제출한 개발행위 준공검사 신청에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제62조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제11조의 규정에 의하여 준공필증을 교부한 것으로 나타난다.

(4) 한편,청구인은 2011.4.11. 쟁점토지의 사업용토지 해당 여부에 대하여 국세청에 서면질의를 하였으며, 국세청장은 아래 <표4>와 같이 쟁점토지가 비자경농지에 해당하는 경우, 도시개발계획에 의한 사용제한·금지 등에 관계없이 비사업용토지에 해당한다고 회신하였다. <표4> 국세청장 회신내용 -국세청 부동산거래관리과-357(2011.4.28.) 부득이한 사유가 있어 비사업용토지로 보지 아니하는 토지인지 여부는 해당사업과 관련된 개발행위허가, 공사진행과정, 관련법령상 금지사항, 농지의 현황 등을 종합적으로 검토하여 사실판단할 사항이며, 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지일지라도 경작 등 토지 본래의 용도로의 사용이 제한되지 아니한 경우에는 동 규정이 적용되지 아니한다.

(5) 살피건대,청구인은 1984년에 쟁점토지를 취득하였고 당초 신청인 정OOO가 도시계획법에 의한 허가를 취득하였으나, 개발행위 준공검사를 받지 못한 상태에서 월북으로 행방불명되어 법원판결(2007가합187)에 따라 신청인을변경하여 2009.5.15.개발행위준공검사필증을 교부받았는 바, 쟁점토지는 사업용토지에 해당되므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 1984.1.24. 쟁점토지를 취득하여2009.5.15. OOO군수로부터 개발행위허가를 받아개발행위준공검사필증을 교부받기까지 쟁점토지의 지목은 답으로 되어 있었고, 소득세법 시행규칙제83조의 5 등에 따른 부득이한 사유가 있어 사업용 토지에 해당하더라도 토지 본래 용도(농지)로의 사용이 제한되지 아니한 경우에는 동 규정이 적용되지 아니하는 점, 환지로 지정된 토지는 환지지정일이후 건축가능하게된 날부터 2년까지는 비사업용 토지에서 제외되나, 쟁점토지와 같이 환지예정지로 지정되지 아니한 토지는 각 지목별로 사업용 기간을 판단하여야 하는 바, 쟁점토지 취득일인 1984.1.24.부터 개발행위준공검사필증을 교부받은 날까지 지목이 답이고, 청구인의 주소지가 1974.6.24.~1989.5.31.까지는 OOO, 1989.5.31.부터 현재까지는 OOO으로 농지소재지와 원거리인 점 등으로 볼 때, 쟁점토지를 자경농지로 인정하기는 어려운 것으로 보인다. 따라서 청구인이 쟁점토지의총보유기간(26년 11개월) 중 80% 이상 또는 직전 3년 중 2년 또는 직전 5년 중 3년 이상을 사업용으로 사용하였다고 볼 수도 없으므로 처분청이쟁점토지를 비사업용 토지로 보고 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.