비영리법인이 당초 신고시 누락한 이자소득을 경정청구를 통하여 포함시킬수 없으므로 경정청구 거부한 당초 처분은 정당함(기각)

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1999.9.30. 설립된 이자소득만 있는 비영리법인으로 2010년도분 법인세 과세표준을 신고하면서 이자소득금액 OOO원을 수입금액에 산입하면서 동시에 동 금액에 대한 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하고 원천징수세액 OOO을 환급신고하여 2011.4.19. 환급을 받았으나, OOO 주식회사(이하 “OOO증권”이라 한다) 및 OOO 주식회사(이하 “OOO생명”이라 한다)로부터 2010년도에 수령한 이자소득 OOO원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 신고누락하였음을 확인하고, 2011.5.3. 동 이자소득 OOO 수입금액 및 고유목적사업준비금으로 손금 산입하면서 원천징수된 기납부세액 OOO 환급하여 줄 것을 경정청구 하였다.
• 나. 처분청은 비영리내국법인에 해당하는 청구법인의 과세표준 신고시 누락된 쟁점이자소득은 수정신고 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없는 것으로 보아 2011.5.27. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.31. 이의신청을 거쳐 2011.9.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1999.9.30. 설립된 비영리법인으로 전 세계 100개국에 OOO명의 선교사를 파송하여 교회, 학교, 병원설립 및 복지사업을 통한 국위선양과 더불어 수교하지 못한 나라에까지 종교를 전파하며 민간외교를 담당해 오고 있으며, 청구법인은 2010연도 법인세 신고후 주거래은행이 아닌 OOO에서 발생한 이자소득이 신고누락된 것을 확인한 후 2011.5.3. 경정청구 하였으며, 당초 신고시 누락한 것은 OOO에서 발생한 이자는 매년 발생하던 수익이 아니었으며, 업무담당자의 교체로 인한 업무미숙으로 신고누락된 쟁점이자소득이 법인세 신고대상에 포함되는지 알지 못하여 발생한 것으로 법령의 규정이 그러하더라도 이자소득이 수입의 대부분을 차지하는 비영리법인의 특성상 원천징수세액의 환급거부로 엄청난 재정적인 압박이 가해지고 있음에도 국가는 이러한 법에 대하여 충분한 안내가 미비한 실정이며, 결과적으로 세금을 징수하는 방법에 무리가 있는 것이다. 청구법인이 신고누락한 쟁점이자소득은 특별히 선교사들이 후원금 중 일부를 퇴직 후를 위하여 적립해 놓은 금액에서 발생한 수익으로 후원금 외에는 노후를 대비할 수 없는 선교사들의 유일한 노후대책이나 마찬가지인 귀한 기금이므로 큰 고충을 겪고있는 선교사들의 사기진작과 청구법인의 어려운 운영형편을 감안하여 법령상 경정청구를 할 수 없다고 하여도 비영리법인의 고유목적 사업의 원할한 추진을 위하여 이 건 원천징수된 세액을 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 비영리내국법인의 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 경정청구 등에 의하여 과세표준에 포함 시킬 수 없는 것으로 규정되어 있고, 청구법인의 고유목적사업준비금은 결산확정에 의하여 손금에 계상하여야만 손금으로 인정하는 결산조정항목으로서 장부에 반영하지 않은 고유목적사업준비금은 손금산입할 수 없으며, 청구법인이 쟁점이자소득을 신고하지 아니한 것은 분리과세를 선택한 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 비영리내국법인이 당초 법인세 과세표준신고시 누락한 이자소득을 경정청구에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조【비영리내국법인의 과세표준 신고 특례】① 비영리내국법인은 제3조 제3항 제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제11호 의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2010년도 법인세 신고내용 및 경정청구내역은 아래 <표1>과 같은 것으로 심리자료에 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OOO OO O OOOO OO (OO: OO)

(2) 청구법인의 경정청구서에는 이자소득 원천납부세액의 내용이 아래 <표2>와 같은 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOO OOOOOO OO (OO: O)

(3) 청구법인의 경정청구에 대하여 처분청은법인세법제62조 제1항 및 법인세법 시행령제99조 제1항 내지 제2항의 규정에 따라 과세표준 신고시 누락된 이자소득은 수정신고 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없으므로 경정청구를 거부한다고 청구법인에게 통지하였음이 OOO세무서 법인세과-3723(2011.5.27)호 공문에 나타난다.

(4) 살피건대, 청구법인은 당초 신고시 누락한 OOO에서 발생한 이자는 매년 발생하던 수익이 아니었으며, 업무담당자의 교체로 인한 업무미숙으로 신고누락된 쟁점이자소득이 법인세 신고대상에 포함되는지 알지 못하여 발생한 것으로 청구법인과 같은 비영리법인의 고유목적 사업의 원할한 추진을 위하여 이 건 원천징수된 세액을 환급하여야 한다고 주장하나,법인세법제62조 제1항에서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 법인세 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있는 것으로 규정하면서 같은 법 시행령 제99조 제2항은 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로 규정하고 있는 바, 청구법인이 2010사업연도 법인세 신고를 하면서 OOO으로부터 2010년도에 수령한 쟁점이자소득 OOO원을 수입금액 및 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하지 아니한 이상 동 이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다 할 것이고, 법인세 신고기한이 지난 이후인 2011.5.3. 경정청구로서 동 이자소득을 수입금액 및 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 없다고 보여진다(조심 2010서851, 2011.4.14.외 다수가 같은 뜻임). 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.