거래사실이 확인되는 영세율 세금계산서에 대하여 세금계산서 기재불성실가산세를 부과한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2011.5.4. 청구법인에게 한 2011년 제1기 예정 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 OOO수지(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 대하여 공급가액 OOO원을 영세율 매출로 하여 세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부하였고, 2011년 제1기 예정 부가가치세 신고시 부가가치세 OOO원의 영세율 조기환급신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점거래처에 교부한 쟁점세금계산서는 관련 구매확인서가 공급시기 이후에 발급된 것이므로, 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되는 것으로 보아 세금계산서 기재불성실가산세 OOO원을 적용하여 환급세액에서 차감하고, 부가가치세 OOO원을 환급․결정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.13. 이의신청을 거쳐 2011.9.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법 시행령 제59조 제4호 에서 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종류 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우, 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고, 비고란에 내국신용장개설일을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부의표시를 하여 교부한다고 규정하고 있는 바, 원칙적으로는 일반세금계산서를 교부하였다가 이를 없었던 것으로 하는 부의세금계산서를 교부하고 다시 영세율 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 신고하여야 하나, 영세율 세금계산서만을 교부하고 이에 근거하여 부가가치세를 신고한 것은 일부절차를 생략한 것에 불과하고 또한 동 영세율세금계산서는 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에 해당하지 아니하고, 같은 법 시행령 제70조의3 제2항의 규정에 따라 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나, 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당된다 할 것(조심 2011중138, 2011.2.15., 같은 뜻임)이므로, 쟁점세금계산서에 대하여 세금계산서 기재불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 구매확인서가 발급되지 않은 상태에서 물품을 공급하며 처음부터 영세율세금계산서를 발행하더라도 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급되었으므로 일부의 과정을 생략했더라도 세금계산서 발행에는 문제가 없다면서 조심 2011중138(2011.2.15)의 결정을 그 근거로 들고 있으나, 심판결정문의 납세의무자는 최초 일반(과세)세금계산서를 발행한 부분이 인정되기 때문에 가산세를 면할 수 있었던 것이므로 청구법인과 같이 처음부터 영세율 세금계산서를 발행한 경우와는 다른 점이 있고, 구매확인서를 개설하기 전에 재화를 공급할 경우 그 거래시기에 일반세금계산서를 교부하지 아니하고 처음부터 영세율세금계산서를 교부하게 되면 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 가산세를 부과하는 것이므로 세금계산서 기재불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 최초 거래시 영세율 세금계산서를 발행하였으나, 구매확인서는 공급시기가 속하는 날의 다음달 10일을 경과하여 과세기간내에 발급된 것에 대하여 영세율 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제22조【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제54조 【세금계산서의 발급특례】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하여 그 기간의 종료일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

1. 거래 당사자간의 계약서 약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것

2. 대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것

3. 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것 제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다. 제70조의3【가산세】② 법 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정된 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 이의신청 결정서, 2011년 제1기 예정 부가가치세 경정결의서 등 심리자료에 의하면, 청구법인은 쟁점거래처로부터 구매확인서를 받지 않았음에도 추후에 구매확인서를 발행해 준다는 쟁점거래처 대표의 말을 믿고, 처음부터 영세율의 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 나타난다.

(2) 전자세금계산서와 OOO은행 OOO동지점장이 발행한 외화획득용원료구매승인신청서 3매에 나타나는 청구법인과 쟁점거래처의 거래내역은 아래의 〈표〉와 같다.

(3) 처분청은 청구법인이 2011년 제1기 예정 신고기간 중 쟁점거래처에 재화를 공급한 시기에 일반세금계산서를 교부하고, 쟁점거래처의 구매확인서가 2011.4.20. 발급됨에 따라 일반세금계산서를 대체하는 영세율의 수정세금계산서를 교부하였어야 함에도, 청구법인이 최초 거래시부터 영세율의 쟁점세금계산서만을 교부한 것은 사실과 다른 세금계산서에 해당되므로 세금계산서 기재불성실가산세 부과대상이라는 의견인바, 이에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제16조 에서 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있도록 규정하고 있고, 이 건의 경우와 같이 구매확인서가 개설되기 전에 재화를 공급하고 공급시기 또는 부가가치세법 시행령 제54조 제1항 에서 규정하는 월합계 세금계산서의 특례교부시기에 과세분으로 세금계산서를 교부하였다가 당해 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 개설된 경우에는 그 작성일자는 당초 세금계산서의 작성일자를 기재하고 비고란에 구매확인서의 발급일을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부의 표시를 하여 세금계산서를 교부하도록 부가가치세법 시행령 제59조 제4호 에서 규정하고 있다. (나) 부가가치세법 시행령 제70조의3 제1항 에서는 ‘법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나, 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정하는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.’라고 규정하고 있다. (다) 위의 관련법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 쟁점거래처가 발급한 구매확인서는 재화가 공급된 과세기간의 종료 후 20일 이내에 발급되어 부가가치세법 시행규칙제9조의2의 규정에 의해 영세율이 인정되는 적법한 구매확인서에 해당되고, 동 구매확인서에 근거하여 교부한 이 건 월합계 쟁점세금계산서는 거래의 실질에 부합하는 적법한 영세율세금계산서에 해당되는 것인 바, 비록 청구법인이 부가가치세법 시행령 제59조 제4호 의 규정에 따라 당초에 일반세금계산서를 교부한 후 구매확인서 발급시 이를 없었던 것으로 하는 부의 세금계산서를 교부하고, 다시 월합계 영세율세금계산서를 교부하여 부가가치세를 신고하고 세금계산서합계표를 제출하여야하는 절차를 거치지 아니하고, 월합계 영세율세금계산서만을 교부하고 이에 근거하여 부가가치세를 신고하고 세금계산서합계표를 제출한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하고, 동 영세율의 쟁점세금계산서는 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있는 것이므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 아니하는 것(조심 2009중4136, 2010.6.29., 조심 2011중138, 2011.2.15., 같은 뜻임)으로 보인다. 설혹, 청구법인이 부가가치세법 시행령 제59조 제4호 의 절차를 준수하지 아니하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본다 할지라도, 쟁점세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 것인 바, 쟁점세금계산서의 기재사항으로 거래사실이 확인되는 이 건에 대하여 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세법제22조 제2항의 규정에 의한 세금계산서 기재불성실가산세를 부과한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.