공장용지와 도로부지의 지분을 정산ㆍ확정할 필요성이 있다 판단되므로, 당초 계약서상의 취득가액 전부를 취득가액으로 보는 것이 타당함

OOO세무서장이 2011.2.17. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2009.9.11. OOO 공장용지 4,481㎡, 같은 리 75-19 임야 398㎡의 80/398지분, 같은 리 75-21 도로 679㎡의 917/3141지분, 같은 리 75-32 도로 744㎡의 917/3141지분(총 환산면적 4,976㎡, 이하 각 “75-10 토지”, “75-19 토지”, “75-21 토지”, “75-32 토지”라 하고, 전부 합하여 “양도토지”라 한다)를 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)에 양도한 후, 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 2009.11.27. 2009년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 취득가액 OOO원에는 양도토지와 함께 취득하였다가 2004.11.9. 먼저 양도한 OOO 공장용지 1,718㎡의 917/3141지분(이하 “75-11 토지”이라 한다)의 취득가액이 포함되어 있다고 보고 이를 제외한 OOO원을 양도토지의 취득가액으로 하여 2011.2.17. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.16. 이의신청을 거쳐 2011.9.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2003.12.26. 공장단지로 개발중이던 토지 약 1,503평을 평당 OOO원으로 계산하여 OOO원에 매수하기로 하고 이에 따라 소유권이전등기를 한 후, 관할관청으로부터 공장단지 개발에 필요한 인허가를 받을 수 있도록 공장단지 내 공장용지를 취득한 사람들끼리 협의하여 공장단지 내 도로의 위치를 당초 설계와 다르게 변경하고, 변경된 설계내용에 따라 각 공장용지 취득자가 취득할 토지를 정산하는 과정에서 청구인이 2004.11.9. 당초 설계시에는 도로예정지였다가 공장용지로 설계변경된 75-11 토지를 이OOO 외 1인에게 이전해주고 당초 취득계약에서 취득하기로 정한 토지의 면적을 채우기 위해 2004.11.17. 김OOO으로부터 당초 설계시 공장용지였다가 도로로 설계변경된 75-19 토지를 이전받았는바, 이는 양도토지가 소재한 공장단지 내 공장용지와 그 도로 총 1,503평을 취득하기로 한 당초 취득계약에서 정한 바에 따라 청구인이 취득할 토지를 확정한 것이므로 당초 취득계약상의 취득가액 전부를 양도토지의 취득가액으로 보는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 2003.12.26. 75-11 토지를 포함한 5,398㎡의 토지를 매수하고 그 중 75-11 토지는 양도토지보다 먼저 2004.11.9. 매도한 것으로 소유권이전등기가 되어 있는바, 부동산에 관한 등기부에 소유권이전등기가 경료되어 있는 이상 일응 그 절차 및 원인이 정당한 것이라는 추정을 받게 될 뿐 아니라(대법원 2008.3.27. 선고 2007다 91756 판결 등), 75-11 토지의 공유자 전원이 2004.11.9. 동 토지를 양도한 것으로 2004.12.31. 양도소득세를 신고하고 납부한 반면, 청구인은 2004.11.9. 75-11 토지를 유상양도한 것이 아니라고 주장만 할 뿐 객관적인 증빙에 의하여 이를 입증하지 못하고 있으므로, 청구인이 2003.12.26. 취득한 토지 중 2004.11.9. 양도한 75-11 토지의 취득가액을 제외한 나머지만을 양도토지의 취득가액이라고 보고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 양도토지의 취득가액이 매매계약서상의 OOO원인지, 아니면 75-11 토지의 가액을 제외한 OOO원인지
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 양도토지를 취득하여 양도한 경위는 다음과 같다. (가) 청구인이 양도토지를 취득할 당시 작성한 부동산매매계약서에는 청구인이 2003.6.21. 임OOO으로부터 75-10 토지(공장용지 4,481㎡) 및 75-11 토지 (임야 3,141㎡의 917/3141 지분) 약 1,503평을 OOO원에 매수하기로 하되, 평당 매매가격은 OOO원으로 하여 잔금지급시 정산하고, OOO공인중개사가 공장용지로 변경하는 토목공사를 준공하며, 사후에 설계변경을 할 수 있다는 취지로 특약을 한 것으로 기재되어 있다. (나) 위 계약서 작성 후 2003.10.13. 75-11 토지가 75-11 공장용지 1,718㎡와 75-21 도로 1,423㎡로 분할되어 청구인은 75-10 토지, 75-11 토지(501㎡≒ 1,718㎡ × 917 / 3141지분), 75-21 토지 (415㎡≒1,423㎡ × 917 / 3141지분)에 대하여 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기를 하였다. (다) 2004.11.9. 75-11 토지(공장용지)는 청구인에게서 이OOO 외 1인에게로 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기가 되었고, 2004.11.7. 75-19 토지(임야 398㎡)가 김OOO에게서 청구인(청구인 지분 80㎡ ≒ 398㎡ × 80/398지분) 외 14명에게로 매매를 원인으로 소유권이전등기가 되었다. (라) 그 후 2005.10.24. 75-21 토지는 다시 75-21 도로 679㎡와 75-32 임야 744㎡로 분할되었으며, 2009.9.11. 양도토지(75-10 토지, 75-21 토지, 75-32 토지)는 청구인에게서 OOO에게로 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기가 되었다. (마) 이 건 공장단지내 위 토지들은 2002.2.8. 김OOO, 이OOO, 임OOO 외 8명의 공유등기가 되어 있다가, 2002.11.7. 임OOO 등에게로 공유물분할등기를 거쳐 청구인 등 매수인에게 이전된 것이며, 위 토지의 등기부등본을 보면 위에서 적시한 소유권이전등기 이외에도 위 공유자사이에 공유물분할, 증여, 매매 등을 원인으로 하여 소유권이전등기가 수회 반복되다가, 실제 이용현황이 공장용지인 토지에 대하여는 대부분 1명이 소유권을 갖는 것으로, 실제 이용현황인 도로인 토지에 대하여는 위 공유자들이 공유하는 것으로 등기가 된 것으로 나타난다.

(2) 설계도면, 토지이용계획확인서, 항공사진(네이버)에 의하면, 양도토지가 소재한 공장단지의 주출입로가 최초 설계시에는 75-11 토지에 개설되는 것으로 계획되었으나 실제로는 75-19 토지에 개설되었고, 75-11 토지는 공장용지로 된 사실, 75-21 토지 및 75-32 토지에는 청구인이 OOO에 양도한 공장용지인 75-10 토지의 진입을 위해 필요한 도로가 개설되어, 75-19 토지에 개설된 도로와 더불어 위 공장단지의 주도로를 이루고 있는 사실이 나타난다.

(3) 박OOO가 작성한 확인서는 2003년경 OOO에서 부동산 중개업을 하면서 임OOO의 토지 일대의 임야를 공장용지로 개발하여 주는 조건으로 청구인 등에게 임OOO의 토지를 매수하도록 중개하였으나, 매매계약 당시 토목공사가 진행 중이고 도로 개설 문제가 해결되지 않은 상태라 공장 단지의 최초 설계도면 상 청구인의 지분 1,503평을 기준으로 매매가액을 정하였다는 취지이다.

(4) 김OOO이 작성한 확인서는 2003년경 청구인과 함께 대건부동산을 통하여 양도토지 일대의 공장용지를 취득하여 그 곳에 공장을 신축하였으며, 대건부동산이 공장단지 개발 업무에 미숙하여 동 공장단지 내 공장용지를 취득한 본인이 직접 공장단지 개발 업무를 수행하였고, 공장단지 내 공장용지 매수인들에게 최종적으로 귀속될 토지의 등기정리를 조속히 진행하기 위하여 매수인들의 동의 하에 매매의 형식으로 이전등기를 마치고(상호간에 대가를 지급한 사실은 없었음) 필요한 양도소득세 신고 등을 세무사를 통해 하였다는 취지이다.

(5) 이와 같은 사정을 종합하여 보건대, 청구인은 양도토지 중 공장용지인 75-10 토지와 동 공장용지 이용을 위해 필요한 도로예정지의 공유지분을 합하여 약1,503평을 평당 OOO원에 매수하기로 하고 이에 따라 소유권이전등기를 한 후, 양도토지가 소재한 공장단지의 설계상 도로위치가 변경되어 청구인이 도로 예정지로 알고 취득한 75-11 토지는 별도의 공장용지가 되고, 동 공장단지 내 공장용지 예정지이던 김OOO 명의의 75-19 토지는 청구인이 취득한 공장용지인 75-10 토지의 진입에 필요한 도로예정지가 되자, 청구인이 공장용지로 변경된 75-11 토지를 이OOO외 1인에게 이전하여 주고, 도로예정지로 변경된 75-19 토지를 김OOO으로부터 취득하는 것으로 등기를 마친 사실이 있으나, 이는 당초 취득계약에서 예정한 공장단지 설계변경에 따라 공장단지 내 공장용지를 취득한 사람들끼리 협의하여 당사자들이 취득할 공장용지와 그 이용에 필요한 도로부지의 지분을 정산·확정한 것으로 청구인의 경우 양도토지가 소재한 공장단지 내 공장용지와 그 도로 총 1,503평을 취득하기로 한 당초 취득계약에서 정한 바에 따라 청구인이 취득할 토지를 확정한 것 이라는 청구주장에 일리가 있어 보이므로 당초 취득계약상의 취득가액 전부를 양도토지의 취득가액으로 보는 것이 타당하다.

(6) 그렇다면, 양도토지의 취득가액은 OOO원이 되는 것이므로, 처분청이 OOO원에서 75-11 토지의 가액을 차감하고 양도토지의 취득가액을 산출하여 양도토지에 대한 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.