청구법인과 수탁법인은 특수관계이나 수탁법인은 재무제표에 수탁법인 소유 재산이 계상되어 있고, 주주총회 등에 의한 의사결정절차를 따르고 있으며, 정관이 작성되어 있는 점 등 청구법인과 수탁법인간의 거래는 독립된 법인간의 정상적인 거래로 보이므로 인력개발비를 세액공제 대상에 해당함
청구법인과 수탁법인은 특수관계이나 수탁법인은 재무제표에 수탁법인 소유 재산이 계상되어 있고, 주주총회 등에 의한 의사결정절차를 따르고 있으며, 정관이 작성되어 있는 점 등 청구법인과 수탁법인간의 거래는 독립된 법인간의 정상적인 거래로 보이므로 인력개발비를 세액공제 대상에 해당함
○○세무서장이 2011.6.30. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 및 2010사업연도 법인세의 경정청구 거부처분은, 청구법인이 주식회사 ○○○에게 지급한 위탁개발비 2009사업연도 208,366,570원, 2010사업연도 796,779,960원을 조세특례제한법제10조 및 같은 법 시행령 별표6에 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아 그 세액을 경정한다.
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.
③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 “대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비”라 함은 별표 6의 제1호 나목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발을 위탁함에 따른 비용을 말한다.
3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 (5) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 (2009.2.4., 대통령령 제21307호로 개정된 것)
③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 “대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비”라 함은 별표 6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발·교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다.
3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 (6) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 (2010.2.18., 대통령령 제22037호로 개정된 것)
③ 법 제10조 제1항 제2호에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/4)*(해당 과세연도의 개월 수/12)
④ 제3항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 eh는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다. 【별표 6】연구·인력개발비세액공제를 적용받은 비용 구분 비용
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자 의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시 약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나 목 ①에 규정된 기관의 연구·시험용시설의 이용에 필요한 비용
① 다음의 기관에게 연구개발용역등을 위탁함에 따른 비용 및 이 들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한 한다) 또는 전담부서
(1) 쟁점위탁개발비 및 청구법인의 사내 디자인연구소에서 발생한 디자이너 인건비 등은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점위탁개발비 등 내역 (단위: 천원) 구분 2008사업연도 2009사업연도 2010사업연도 계 매출액 19,038,830 22,505,407 23,993,017 65,537,254 위탁개발비 (쟁점위탁개발비) 441,388 (208,366) 1,200,000 (796,780) 1,641,388 (1,005,146) 자체개발비 466,220 238,827 86,487 791,534 세액공제위탁개발비＊ (디자이너 인건비) 466,220 471,849 (233,022) 489,707 (403,220) 1,427,776 (636,242) * 처분청은 자체개발비와 수탁법인에게 지급된 위탁개발비 중 수탁법인의 디자이너 인건비를 세액공제대상 위탁개발비로 보았음
(2) 제시된 심리자료에 의하면, 수탁법인의 설립, 지분, 매출내역, 직원 등의 현황은 아래와 같다. (가) 이사회 회의록(2008.12.15.)을 보면, 청구법인은 디자인 연구소를 전문회사로 독자운영하여 디자인 용역사업을 활성화하고, 독자적으로 성장하는 방안과 청구법인이 100% 지분투자하여 독립법인화하기로 의결한 것으로 나타난다. (나) 주식등변동상황명세서를 보면, 청구법인은 2010.12.31. 현재 수탁법인의 주식을 100% 소유하고 있는 것으로 나타난다. (다) 수탁법인의 사업장 소재지는 ○○시 ○○구 ○○가 ○○-○○로서 청구법인의 지점 소재지와 같다. (라) 2009년 귀속 갑종근로소득지급명세서를 보면, 수탁법인의 직원 24명 중 대부분인 17명은 청구법인의 직원이었던 것으로 나타난다. (마) 청구법인 대표이사(정구법인 지분 12.44% 보유)는 수탁법인의 사업개시일인 2009.1.1.~2010.2.18. 까지 수탁법인의 사내이사로 재직한 것으로 나타나고, 수탁법인의 감사 ○○○은 청구법인의 이사(청구법인 지분 17.4% 보유), 감사 ○○○는 청구법인의 감사인 것으로 나타난다. (바) 수탁법인의 매출원장을 보면, 2009사업연도 총매출 1,044,779천원 중 청구법인에 대한 매출액은 1,041,378천원(용역), ○○○ 681천원(카드), ○○○(카드) 2,709천원이며, 2010사업연도 총매출 1,125,869천원 중 청구법인에 대한 매출액은 1,105,056천원(용역), ○○○ 20,813천원(용역)이고, 2011사업연도(1.1.~10.31) 총매출 1,130,046천원 중 청구법인에 대한 매출액은 1,000,002천원(용역), ○○○ 127,269천원(용역), ○○○(제품이미지) 2,775천원으로 나타난다. (사) 수탁법인의 재무제표 등을 보면, 수탁법인의 2009.12.31. 현재 비유동자산 160,192천원 중 유형자산은 90,192천원(차량운반구 15,636천원, 기타 74,555천원), 기타 비유동자산은 보증금 70,000천원이며, 2010.12.31. 현재 비유동자산 179,993천원 중 유형자산은 80,529천원(차량운반구 8,584천원, 기타 71,945천원), 기타 비유동자산은 보증금 70,000천원으로 나타난다. (아) 발기이농회의사록(의장 발기인 청구법인)을 보면, 2008.12.24. 주주총수 1명, 출석주주수 1명이 참석하여 정관승인, 이사(○○○)·감사(○○○) 선임 등을 하고, 임시주주총회의사록을 보면, 주주총수 1명, 출석주주수 1명이 참석하여 2009.9.30. 사내이사(청구법인 대표이사 ○○○) 선임, 2009.9.22. 신주발행 등을 의결한 것으로 나타난다. (자) 청구법인은 수탁회사의 관리업무 등은 원가절감 차원에서 대부분 모회사인 청구법인이 수행하고 있는 것으로 답변하였으며, 수탁법인의 유선전화번호(02-2278-****)는 청구법인 관리팀 직원의 명함에서 확인되는 유선전화번호와 동일한 것으로 처분청에서 조사되었고, 수탁법인 계좌에서 직원 급여 등이 지급되고 있으며, 수탁법인은 자체적인 정관에 의해 운영되고 있다.
(3) 청구법인과 수탁법인이 체결한 디자인 개발 용역 계약서를 보면, 청구법인은 수탁법인의 디자인 개발에 필요한 대금 및 요청사항에 대하여 지원하고, 수탁법인은 기업 및 주문카드, 해외 관련 카드, 상업적 목적의 편집 디자인 등에 의한 디자인 개발사업을 수행하며, 수탁법인이 청구법인에게 납품한 모든 용역결과물, 개발효과 및 권리, 지적재산권 및 저작권 등은 청구법인이 소유하는 등의 내용으로 되어 있고, 용역계약금액의 산정내역을 보면, 2009년에는 1월부터 6월까지는 수탁법인에게 실제 발생한 비용(단, 월 1억원을 초과할 수 없음), 7월부터 12월까지는 매월 1억원을 지급하는 것으로, 2010년에는 수탁법인이 수행한 개발에 관한 건에 대한 청구법인 매출액의 5.5%로 하며, 대금지급은 매월 1억원씩 지급하고 12월에 1차 정산하여 세금계산서를 발행하고, 청구법인의 12월 매출 마감이 완료되는 시점인 다음해 1월초에 최종정산하는 것으로 되어 있으며, 청구법인 내부품의 서류(2008.12.13., 2009.12.15.) 등을 보면, ○○○에서 발간한 2005디자인산업현황조사에 다른 매출액 대비 디자인 관련 연구투자비율 중 아웃소싱이 발생하는 경우 5.6%라는 비율을 감안하여 용역계약금액을 산정하는 내용이 나타난다.
(4) 살피건대, 처분청은 수탁법인이 실질적으로는 청구법인의 디자인 부서를 특화한 것으로 보이며, 일반상거래상 위·수탁법인간 발생하는 사항에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 용역개발비의 적정성을 확인할 수 없는 등 쟁점위탁개발비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 실질과세의 원칙상 단순히 당해 계약서 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 할 것이고(대법원 1992.11.24. 선고 92누3786, 같은 뜻임), 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이며(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963, 같은 뜻임), 실질과세 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 명백하고 구체적인 과세근거를 제시하여야 할 것인바(조심2009서3639, 2010.10.25, 같은 뜻임), 수탁법인 설립관련 청구법인 이사회회의록에 디자인 연구소를 전문회사로 독자운영하여 디자인 용역사업을 활성화하기 위하여 수탁법인을 설립한 것으로 되어있고, 청구법인 이외의 매출처에 대한 수탁법인의 매출액이 증가하고 있으며, 재무제표에 수탁법인 소유 재산이 계상되어 있고, 주주총회 등에 의한 의사결정절차를 따르고 있으며, 수탁법인 계좌에서 직원 급여 등이 지급되고 있고, 정관이 작성되어 있는 점 등으로 보아 청구법인과 수탁법인간의 거래는 독립된 법인간의 정상적인 거래로 보이고, 조세특례제한법 시행령 별표6 제1호 사목 “고유디자인의 개발을 위한 비용”에는 자체고용 디자이너에 대한 인건비, 디자인 위탁개발용역비, 디자인설계기기의 임차료, 디자인설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료 구입비 등을 포함하는 것(조세특례제한법 기본통칙10-9…1 같은 뜻임)이므로 쟁점위탁개발비는 조세특례제한법제10조에 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당한다 할 것이다. 따라서 청구법인이 경정청구한 위탁개발비 중 디자이너 인건비를 제외한 쟁점위탁개발비가 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아니라 하여 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.