주거지역에 편입된 지 3년이 경과한 쟁점토지에 대한 양도세 감면(8년자경) 부인은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1984.2.7. 취득한 OOO 155-1 전 1,501㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2010.7.12. OOO원에 양도하고, 2010.9.30. 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 쟁점토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 OOO원에 대한 감면신청을 하였다가, 2010.11.8. 쟁점토지가 2007.3.19. 주거지역에 편입되었다 하여 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대해서만 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 감면세액을 OOO원으로 감액하는 수정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 2007.3.19. 제1종 일반주거지역으로 편입되었고, 청구인은 동 편입일로부터 3년이 경과한 2010.7.12. 양도하였으므로 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2011.7.18. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.8.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1984.2.7. 쟁점토지를 취득하여 채소류 등 농작물을 경작하다가 쟁점토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 2007.3.19. 주거지역에 편입되었으나, 개발행위허가 제한구역으로 지정되어 농작물을 직접 경작하여 오던 중 갑자기 건강이 좋지 않게되어 부득이 26년간 경작해오던 쟁점토지를 2010.7.12. 양도하게 된 것이다. 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제69조의 제1항 본문 규정의 양도소득세 감면대상이 되는 농지는 조세특례제한법 시행령(이하 “영”이라 한다) 제66조 제4항 제1호 본문 및 제2호에 해당하지 아니한 농지인 ⓛ ‘주거지역 등에 편입되지 아니한 농지’는 물론, ② ‘주거지역등에 편입된 날로부터 3년이 지나지 아니한 농지’ 등 법 제69조 제1항 본문의 “대통령령이 정하는 토지”에서 제외되는 농지가 아닌 것과 영 제66조 제4항 제1호 단서에 의해 “주거지역 등에 편입된 지 3년이 지난 농지”에서 제외되는 ③ ‘주거지역 등에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 경우’(영 제66조 제4항 제1호 가목), ④ ‘주거지역 등에 편입된 농지로서 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우’(영 제66조 제4항 제1호 나목)가 이에 해당한다 할 것이고, 제69조의 제1항 본문 규정의 양도소득세 감면대상이 되지 아니하는 농지는 “대통령령으로 정하는 토지”에서 제외되는 ⓛ ‘주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지난 토지로서 영 제66조 제4항 제1호 단서에 의해 “주거지역 등에 편입된 지 3년이 지난 농지”에서 제외되는 위 ③ 또는 ④에 해당되지 아니한 경우’(영 제44조 제4항 제1호)와 ‘환지예정지 지정일로부터 3년이 지난 농지’(영 제66조 제4항 제2호)라 할 수 있는바, 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 법 제69조 제1항 본문의 규정에 의하여 양도소득세 감면이 되는 “대통령령이 정하는 토지”에 해당하지 아니한다는 것이지, 법 제69조 제1항 단서의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 “주거지역 등에 편입된 농지”에 해당하지 아니한다는 뜻은 아니고, 법 제69조 제1항 단서에서 “주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득”에 대해서만 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있으므로 주거지역 등에 편입된 농지 중 양도소득세가 감면되는 대통령령으로 정하는 토지에 해당하지 아니하는 것은 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서는 양도소득세를 감면해야 할 것이고[국세청의 예규(재산-2345, 2008.8.20. 주거지역 편입농지를 상속받아 양도한 경우 양도소득세 감면)도 주거지역에 편입된 8년 이상 자경농지를 3년이 지난 후 양도한 경우의 양도소득세 감면여부를 묻는 질의에 대해 국세청은 당해 토지가 2002.1.1.이후 주거지역 등에 편입된 경우에는 양도소득금액 중 영 제66조 제7항의 규정에 의하여 계산된 금액에 한하여 양도소득세를 감면(100%)하는 것이므로 편입일 이후 발생한 양도소득에 대해서는 양도소득세를 과세하는 것으로 해석하고 있음], 영 제66조 제4항 제1호 가목에 해당하는 것(농지가 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지났다 하더라도 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지난 경우)은 법 제69조 제1항 본문의 “대통령령이 정하는 토지”에 해당한다는 것이므로 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 양도소득에 대해서만 양도소득세를 감면할 것이 아니라 양도일까지 발생한 양도소득 전액에 대하여 양도소득세를 감면하여야 할 것이다. 만약, 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대하여 법 제69조 제1항 단서를 적용할 수 없다면, 동 단서 규정은 양도소득세가 감면되는 자경농지가 없다고 할 것이어서 사문화된 규정이라 할 것이므로 영 제66조 제4항 제1호 각목에 해당하는 경우를 제외한 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지를 양도하는 경우에는 법 제69조 제1항 단서 및 영 제66조 제7항의 산식에 의하여 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득을 계산하여 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 양도소득에 대한 양도소득세 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 영 제66조 제4항에서는 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지라 하더라도 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 경과한 농지는 자경농지에 의한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 광역시의 군 지역, 도농복합시의 읍․면지역, 대규모 개발사업 지연지역 등에 대해서만 농지취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대하여 제한적으로 자경농지에 의한 양도소득세 감면을 인정하고 있다. 청구인이 청구이유에서 제시한 국세청 예규 재산-2345(2008.8.20.)의 경우는 양도농지가 도농복합형도시의 면지역에 소재하는 경우이나, 쟁점토지는 2007.3.19. 주거지역으로 편입되어 3년이 경과한 2010.7.13. 양도되었고, 시 지역에 소재하고 있으므로 법 제69조 및 영 제66조에서 규정하는 감면 대상 농지에 해당하지 아니하므로 쟁점토지를 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주거지역에 편입된지 3년이 경과한 쟁점토지에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세·감면 및 소액부징수(少額不徵收) 대상을 포함한다]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조제4항 의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가-취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가). 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다.

⑬ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제7항 제1호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다. 3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고서에 의하면, 2010.9.30. 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 양도가액 OOO원에서 취득가액 OOO원 및 각종 공제금액을 차감하여 계산한 양도소득금액을 OOO원으로 하고 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다가, 2010.11.8. 감면소득금액을 당초 OOO원에서 OOO원으로, 감면세액을 당초 OOO원으로 하여 수정신고한 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 2010년 귀속 양도소득세 경정결의서에 의하면, 청구인이 쟁점토지의 양도에 대하여 감면세액을 OOO원으로 신고한 것에 대하여 감면세액을 0으로 하고, 이에 납부불성실가산세와 예정신고납부세액공제등을 가감하여 추가고지세액을 OOO원으로 경정한 것으로 나타난다.

(3) 처분청이 제출한 OOO에 의하면, OOO는 2007.3.19. OOO 개발제한구역 집단취락 해제와 관련하여 OOO 165번지 일원 166,430㎡(쟁점토지 포함)를 개발제한구역(자연녹지지역) 해제취락에 대하여 제1종일반주거지역으로 용도지역 변경하는 것으로 고시하였다.

(4) OOO시장의 고시 제2010-19호(2010.3.26.)에 의하면, OOO시장은 OOO 165번지 일원 166,430㎡에 대해 OOO 개발제한구역 해제지역에서 무분별한 개발행위로 인해 기반시설부족이 예상됨에 따라 효율적인 도시관리 및 기반시설 확보를 위하여 도시개발사업계획 수립기간 동안 개발행위허가 제한기간을 당초 2007.3.26.～2010.3.25.(3년간)에서 2010.3.26.～2012.3.25.으로 2년 연장한 것으로 나타난다.

(5) 매도인인 청구인과 매수인 추OOO는 매매대금 OOO만원에 쟁점토지를 매매하기로 계약하였음이 쟁점토지의 부동산 매매계약서에 나타난다.

(6) 청구인의 주민등록등본에 의하면, 청구인의 주민등록상 주소지는 1996.11.18. 전입하여 2010.7.8. 등본발급일 현재까지 OOO 155-1인 것으로 확인된다.

(7) 쟁점토지는 지목이 “전”이고, 면적이 1,501㎡이며, 청구인이 매매를 원인으로 1984.2.7. 소유권을 취득하였다가, 2010.7.13. 매매를 원인으로 추OOO에게 소유권이 이전되었음이 쟁점토지의 등기부등본에 의해 확인된다.

(8) 최초작성일이 1991.2.25.로 되어 있는 쟁점토지의 농지원부에 의하면, 쟁점토지는 지목은 “전”이고, 농업인은 청구인으로 되어 있으며, 경작구분란과 경작현황란에는 전 1,501㎡을 자경하는 것으로 기재되어 있다.

(9) OOO지점이 발급한 2005.1.1.～ 2011.6.21. 기간의 거래자별 상품별 매출집계 자료에 의하면, 동 조합의 조합원인 청구인은 비료, 농약등을 계속적으로 구매한 것으로 나타난다.

(10) 청구인은 쟁점토지를 취득한 날로부터 매도한 날까지 농사를 지었음을 OOO1동 농지위원장 안OOO 및 영농회장 이OOO가 확인하고 있다.

(11) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항의 규정에 의하면, 8년 이상 거주하면서 농지를 경작한 자가 농지를 양도한 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받을 수 있으나, 양도일 현재 특별시․광역시․시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 없으며, 다만 이 경우에도 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연 등 농지소유자의 귀책사유가 없는 경우에는 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 이들 지역에 편입된 날까지 발생한 양도소득세를 감면받을 수 있도록 규정하고 있는바, 쟁점토지의 경우 주거지역에 편입된 지 3년이 경과하였음이 확인되고, 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 편입된지 3년이 경과된 것인지 또는 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유가 있는 것으로는 확인되지 아니하므로 처분청이 청구인의 양도소득세 감면신청을 부인하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.