최저한세 대상 공제감면과 최저한세 배제 공제감면이 중복될 경우 적용순서는 최저 한세 대상 공제감면을 우선 적용함

심판청구를 기각한다.

• 가. 외국인투자기업인 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 고용증대특별세액공제액 OOO원과 임시투자세액공제액 OOO원을 신청하였고, 2008사업연도 법인세 신고시 임시투자세액공제액 OOO원을 신청하였으나, 2006사업연도~2008사업연도에 결손금 및 이월결손금 공제로 인하여 법인세 과세소득이 발생하지 아니함에 따라 세액공제 신청한 고용증대특별세액공제액 및 임시투자세액공제액은 2009사업연도까지 이월되었으며, 2009사업연도 법인세 신고시 과세소득이 발생하여 외국인투자기업 법인세 감면 OOO원을 산출세액에서 공제하고, 2006사업연도부터 이월된 고용증대특별세액공제액, 임시투자세액공제액은 2009사업연도에 공제받지 못하고 계속 이월하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 법인세 납부세액 계산시 최저한세가 적용되는 세액공제(고용증대특별세액공제, 임시투자세액공제)와 최저한세가 적용되지 않는 세액감면(외국인투자기업 법인세 감면)이 중복되는 경우에는 최저한세가 적용되는 세액공제를 우선 적용하여야 한다고 판단하였고, 처분청은 청구법인의 2009사업연도 법인세 신고 내용에서 외국인투자기업 법인세 감면 OOO원을 감소시키고, 이전 사업연도에서 이월된 고용증대특별세액 OOO원과 임시투자세액 OOO원을 산출세액에서 공제하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 2011.5.20. 청구법인에게 농어촌특별세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2006사업연도 및 2008사업연도의 임시투자세액공제와 2006사업연도 고용증대특별세액공제는 신청만 하고, 실제로 공제받지 않았으므로 공제신청을 철회하고 적용을 포기한 것으로 보아야 한다. 임시투자세액공제 등을 신청한 목적은 외국인투자기업 감면이 배제되는 경우에 대비하기 위한 것이며, 임시투자세액공제는 자산을 취득한 사업연도에 세액공제 신청을 하지 않았다고 하더라도 이월공제기한 내에 신청서를 제출하여 경정 청구할 수 있으므로(서면인터넷방문상담2팀-589, 2007.4.3.), 당초 법정신고기한 내의 세액공제신청은 세액공제를 적용하기 위한 필수조건이 아니며, 법정신고기한 내에 세액공제신청을 하였다 하더라도 실제로 공제하지 않았다면 세액공제 신청의 효력은 발생하지 않은 것이다. 조세특례제한법 제132조 제1항 은 최저한세 적용대상 감면과 최저한세 적용대상이 아닌 감면의 적용순서를 정한 것이 아니며, 법인세법 시행규칙 제82조 및 별지 제3호 서식 등이 그 작성요령에서 최저한세 적용대상 공제액을 적용대상이 아닌 공제에 앞서 적용하도록 규정하였다고 하더라도, 이는 행정편의를 위한 절차 규정으로서 과세관청이나 일반 국민을 기속하는 것이 아님은 물론, 법인세법 제59조 제1항 의 세액감면․공제 순서의 예외 규정이라고 볼 수 없으며, 또한 2010.1.1. 개정된 조세특례제한법 제132조 제3항 의 감면순서 규정은 이미 시행되고 있었던 사항을 규정화한 확인적 규정이 아니라 감면순서에 대한 새로운 규정이다. 따라서 최저한세 적용대상이 아닌 외국인투자기업 법인세 감면을 최저한세 적용대상인 고용증대특별세액공제 및 임시투자세액공제보다 우선 적용해야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 고용증대특별세액공제 및 임시투자세액공제를 신청하였고, 2008사업연도 법인세 신고시 임시투자세액공제를 신청하였으며, 그 후 처분청이 법인세 과세표준 및 세액을 경정하기 전에 이미 신청한 세액공제를 철회 또는 포기한 사실이 없다. 법인세 세액공제 및 세액감면은 당해 사업연도 또는 이후 사업연도의 법인세 납부할 세액을 감소시키는 결과를 가져오는 것으로서, 그 세액공제 또는 세액감면을 신청한 사업자의 공제신청 목적에 따라 세액공제 또는 세액감면의 적용순서가 다르거나 법해석을 다르게 할 이유가 없다. 조세특례제한법 제26조 제5항 에서는 “내국인은 대통령이 정하는 바에 따라 세액공제를 신청하여야 한다.”라고 규정하고 있어 세액공제 신청의 효력발생을 위한 조건이나 요건은 없으며, 청구법인의 2006사업연도 ～ 2009사업연도의 법인세 신고서를 보면, 2006사업연도의 임시투자세액공제액과 고용증대특별세액공제액, 2008사업연도의 임시투자세액공제액을 조세특례제한법 제144조 의 규정에 따라 계속 이월하였고, 또한 이월한 세액공제액은 이후 사업연도의 법인세 산출세액에서 공제할 수 있는 이월공제기한이 종료되는 사업연도까지 유지되므로, 실제로 공제하지 않아 세액공제 신청의 효력이 발행하지 않았다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 최저한세가 적용되는 고용증대특별세액공제 및 임시투자세액공제와 최저한세가 적용되지 않는 외국인투자기업 법인세 감면이 중복되는 경우 우선 적용 순서
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것)제26조【임시투자세액공제】

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제30조의4【고용증대특별세액공제】

① 제136조제1항의 규정에 의한 소비성서비스업 및 청소년유해업종 등 대통령령이 정하는 업종 이외의 업종을 영위하는 내국인이 2005년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 당해 과세연도의 상시근로자수가 직전 과세연도의 상시근로자수를 초과하는 경우에는 초과하는 인원수에 100만원을 곱한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 당해 과세연도에 신규로 채용한 상시근로자가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다. 제121조의2【외국 인 투자에 대한 법인세등의 감면】

① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

2. 외국인투자촉진법 제18조제1항제2호 의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

② 외국인투자촉진법 제2조제1항제6호 의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항제2호의2·제2호의3·제2호의4 내지 제2호의7 및 제3호의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대하여는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간중에 내국법인(감면기간중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다. 제132조【최저한세】

① 내국법인(제72조제1항의 규정을 적용받는 조합법인등을 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조제1항 의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2 의 규정에 의한 토지등 양도소득에 대한 법인세·법인세법 제96조 의 규정에 의한 법인세에 추가하여 납부하는 세액·가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에 규정된 감면등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 15(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 13, 중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면등을 하지 아니한다.

3. 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 당해 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조 내지 제26조, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조, 제104조의8, 제122조의2, 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법중개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액 제144조【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조 내지 제11조, 제12조제2항, 제24조 내지 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액중 당해 과세년도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세년도의 다음 과세년도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 각 과세년도에 이월하여 그 이월된 각 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. ⑵ 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제132조【최저한세】

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다. 부칙(2010.1.1. 법률 제9921호) 제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. (이하 생략) ⑶ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. ⑷ 법인세법 시행규칙 제82조 【서식】

① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각호와 같다. 이 경우 영 제97조제4항 본문의 규정에 의한 세무조정계산서 부속서류는 제4호 내지 제56호 및 제60호의 규정에 의한 서류중 당해법인과 관련된 서류로 한다.

3. 영 제97조제3항의 규정에 의한 별지 제3호서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 [별지 제3호 서식]: 법인세 과세표준 및 세액조정계산서

④ 납 부 할 세 액 계 산 󰒑󰒜󰒤 산 출 세 액 (󰒑󰒜󰒤 = 󰒑󰒛󰒭) 󰒑󰒜󰒥 공 제 감 면 세 액 (ㄱ) 17 󰒑󰒜󰒦 차 감 세 액 18 󰒑󰒜󰒧 공 제 감 면 세 액 (ㄴ) 19 󰒑󰒜󰒨 가 산 세 액 20 󰒑󰒜󰒩 가감계(󰒑󰒜󰒦 － 󰒑󰒜󰒧 ＋ 󰒑󰒜󰒨) 21 ※ 작성요령 󰒑󰒜󰒥 공제감면세액(ㄱ): 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별지 제8호 서식(갑)]의 󰒑󰒡󰒤 합계란의 금액(최저한세 적용대상 공제감면세액) 기재 󰒑󰒜󰒧 공제감면세액(ㄴ): 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별지 제8호 서식(갑)]의 󰒑󰒜󰒤 합계란의 금액(최저한세 적용대상 공제감면세액) 기재

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2002.11.28. OOO에서 설립되어 액정용 유리기판의 개발, 제조, 가공 및 판매업을 영위하는 법인으로서 OOO주식회사가 100% 지분을 소유하고 있는 외국인투자기업이다.

(2) 청구법인은 조세특례제한법 제26조 에 따른 임시투자세액공제액 OOO원을 2006사업연도에 신청하고, OOO원을 2008사업연도에 신청하였으며, 같은 법 제30조의4에 따른 고용증대특별세액공제액 OOO원을 2006사업연도에 신청하였으나, 이후 산출세액에서 위 세액공제를 차감하지 않았다.

(3) 청구법인은 2007.4.1.부터 조세특례제한법 제121조의2 의 외국인투자에 대한 법인세 등 감면(이하 “외투법인감면”이라 한다)에 따른 법인세 감면대상 외국인투자기업이 되었으나, 2007사업연도에 결손이 발생하여 2008사업연도에는 외투법인감면을 적용받지 못하였고, 2009사업연도에는 산출세액 OOO원 전액에 대하여 외투법인감면을 적용하여 OOO원의 법인세를 감면받았다.

(4) 처분청은 2009사업연도 법인세 신고시 최저한세가 적용되는 세액공제와 최저한세가 적용되지 않는 세액감면이 중복되는 경우에는 최저한세가 적용되는 세액공제를 우선 적용하는 것으로서, 이월된 고용증대특별세액공제액 OOO원과 임시투자세액공제액 OOO원을 선순위로 산출세액에서 공제하여야 한다고 보았고, 청구법인이 최저한세가 적용되지 않는 외투법인감면 OOO원을 산출세액에서 공제하였으므로 최저한세가 적용되고 농어촌특별세가 부과되지 않는 이월된 고용증대특별세액공제액 OOO원과 최저한세가 적용되고 농어촌특별세가 부과되는 임시투자세액공제액 OOO원을 우선 적용하여 2011.5.20. 청구법인에게 2009사업연도 농어촌특별세 OOO원을 결정․고지하였다. (5) 조세특례제한법 제132조 제1항 은 최저한세 계산의 기초가 되는 법인세를 최저한세 배제 공제감면을 적용하기 전의 법인세로 규정하고 있어 최저한세 대상 공제감면을 먼저 적용한다는 취지로 보이는바, 법인세 감면을 세액공제보다 우선 적용하도록 규정한 법인세법 제59조 (감면 및 세액공제액의 계산) 제1항과의 관계 등을 본다. (가) 청구법인은 외국인투자기업 법인세 감면은 외국인투자의 유치 및 외국인투자자의 고도기술 도입을 통하여 고용창출 및 국민경제발전을 증대하고자 하는 것이 입법목적이므로 다른 어떤 조세지원보다 우선 적용하여야 하고 이러한 취지에서 외국인투자기업 법인세 감면은 최저한세, 농어촌특별세 부과대상 등에서 제외된다고 주장하나, 조세특례제한법 제132조 (2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)는 조세감면의 한도를 제한하는 특별규정으로서 최저한세 적용대상 공제감면을 우선하여 적용하는 것이 최저한세의 입법취지에 적합한 것으로 보인다. (다) 법인세법 시행규칙 제82조 및 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)은, 󰒑󰒜󰒤 산출세액에서 󰒑󰒜󰒥 공제감면세액(ㄱ)을 차감하여 󰒑󰒜󰒦 차감세액을 구한 후, 󰒑󰒜󰒧 공제감면세액(ㄴ)을 차감하고 󰒑󰒜󰒨 가산세액을 더하여 󰒑󰒜󰒩 가감계를 구하도록 되어 있고, 󰒑󰒜󰒥 공제감면세액(ㄱ)과 󰒑󰒜󰒧 공제감면세액(ㄴ)에는 같은 시행규칙 별지 제8호 서식의 󰒑󰒜󰒤 법인세 등 공제감면세액의 합계액과 󰒑󰒡󰒤 조세특례제한법 공제감면세액 합계액을 각각 옮겨 적도록 되어 있는데, 󰒑󰒜󰒤 법인세 등 공제감면세액의 합계액은 최저한세 배제 공제감면세액의 합계액에 해당하며, 󰒑󰒡󰒤 조세특례제한법 공제감면세액 합계액은 최저한세 대상 공제감면세액의 합계액에 해당하는 점으로 볼 때, 법인세법 시행규칙 별지 제3호 서식에서도 최저한세 적용 공제감면을 먼저 적용하고 최저한세 배제 공제감면을 나중에 적용하도록 규정한 것으로 보인다. (다) 청구법인은 2010.1.1. 개정된 조세특례제한법 제132조 제3항 의 규정은 종전에 규정하지 않았던 창설적 규정이라고 주장하나, 기획재정부 2009년 개정세법 주요내용에서는 개정이유를 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화”한 것이라고 밝히고 있고, “명문화”의 의미는 문자로 명확하게 표기하는 것이므로, 2010.1.1. 개정된 조세특례제한법 제132조 제3항 은 명백히 문자화되어 있지 않았지만 이미 시행되고 있었던 사항을 명확히 한 확인적 규정으로 보인다. (라) 청구법인은 고용증대특별세액공제 등을 신청하였으나 실제로 적용하지 않았고, 신청 목적은 외투법인감면이 배제되는 경우에 대비하기 위한 것이며, 신청이 세액공제를 적용받기 위한 필수조건이 아니라는 주장이나, 청구법인은 신청한 세액공제를 철회 또는 포기한 사실이 없고, 세액공제 및 감면을 적용할 때에 사업자의 신청 목적에 따라 공제감면의 순서가 달라지지 않으며, 조세특례제한법 제26조 제5항 은 “내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.”라고 규정하고 있어 세액공제를 신청하면 효력이 발생하는 것으로서 별도의 효력 요건이 있는 것은 아니라고 보인다. (마) 이를 종합하여 보면, 조세특례제한법 제132조 의 규정은 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하는 것을 전제로 하는 규정으로서 법인세법 제59조 의 별도규정이라고 보는 것이 타당하다. 따라서 처분청이 최저한세 대상 공제감면인 고용증대특별세액공제 및 임시투자세액공제를 최저한세 배제 공제감면인 외국인투자기업 법인세 감면보다 우선 적용하여 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.