쟁점영농조합은 영세율 적용대상 농민에 해당된다고 볼 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1992.2.13. 개업하여 환경오염방지시설 건설업 등을 영위하는 법인으로, 2009년 2기에 OOO리 OOO 소재 OOO영농조합법인(이하 “쟁점영농조합”이라 한다)에 공급가액 OOO천원의 가축분뇨공동자원화시설(이하 “쟁점시설”이라 한다)을 공급(이하 “쟁점거래“라 한다)하면서조세특례제한법제105조 제1항 제5호 규정에 의하여 농민 등에게 공급하는 축산업용 기자재의 공급에 해당하는 것으로 보아 영세율을 적용하여 2010.1.25. 2009년 제2기분 부가가치세를 신고하였다.
• 나. OOO세무서장은 쟁점영농조합은 축산업을 직접 영위하지 아니 하므로 쟁점거래를 영세율 적용대상에 해당되지 아니 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 위 자료에 근거하여 영세율 적용을 부인하고, 2011.2.14. 청구법인에게 부가가치세 OOO원을 경정․고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.25. 이의신청을 거쳐 2011.7.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점영농조합은 2005.12.26. 개업하였으며 축산분뇨무해처리를 위하여 OOO군 소재 38명의 양돈업자가 OOO천원을 출자한 영농조합법인으로서, 출자자인 양돈업자에게만 가축분뇨를 처리해 주었고, 이를 유지하기 위한 최소한의 경비만을 수익자 부담 원칙에 따라 2009년 OOO천원, 2008년 OOO천원을 징수하였으며, 가축분뇨 처리시설은 규모의 방대함과 소요비용 문제 및가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률의 규정에 의하여 설치․운영할 수 있도록 되어 있으나, 영세한 양돈업자 개인이 각자의 가축분뇨 처리시설을 설치․운영한다는 것은 시설부지 확보 및 자금면에서 불가능하며, 가능하더라도 효율적인 면에서 볼 때, 양돈업자가 이 시설을 각자 소유할 필요가 없다고 주장하는 바, 청구법인은 쟁점거래에 대하여조세특례제한법제105조의 규정에 의한 농민으로 보아 영세율을 적용하였고, 쟁점영농조합은 수익사업의 목적이 아니라 출자자인 양돈업자만을 위한 형식적인 법인이므로 쟁점거래로 인한 혜택 및 해당시설의 실질적 권리는 양돈업자들에게 있으므로 쟁점영농조합은 영세율 적용대상 농민에 해당됨에도 처분청이 이를 부인하고, 이 건 부가가치세를 경정․고지함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점영농조합은 사업자등록상 주업종이 서비스/축산폐기물운반업이고, 2008년, 2009년 법인세 신고서상에도 서비스/축산물폐기물운반업으로 수입금액을 각각 OOO백만원, OOO백만원으로 신고하였고, 법인 정관상에도 농수축산업경영의 합리화 도모, 가축분뇨의 재활용, 사료생산, 공동구매 및 출하 등의 사업을 하는 것으로 기재되어 있어, 한국표준산업분류상 농업 중 작물재배업․축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 직접 종사하지 않는 것으로 확인되므로 조세특례제한법제105조에 규정하고 있는 영세율 적용대상 농민에 해당하지 아니하므로 청구법인에게 부가가치세를 경정․고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점영농조합이 영세율 적용대상 농민에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업 협동조합법ㆍ 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설 립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다) 하는 농 업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는 것

• 가. 비료관리법에 의한 비료로서 대통령령이 정하는 것
• 나. 농약관리법에 의한 농약으로서 대통령령이 정하는 것
• 다. 농촌인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성향상에 기여할 수 있는 농업용기계로서 대통령령이 정하는 것
• 라. 축산인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령이 정하는 것

② 관할세무서장은 제1항 제5호 각목외의 부분의 규정에 의한 농민에 해당하지 아니하는 자가 동호 라목 및 마목의 규정에 의한 축산업용기자재 및 사료(이하 이 항에서 "축산업용기자재등"이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용기자재등을 공급받은 자로부터 그 축산업용기자재등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다.

(2) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제2조【영세율 적용대상 농ㆍ어민등의 범위】①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 "한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "농민"이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.

2. 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법에 따라 설립된 영농조합법인 과 농업회사법인

3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기 준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상 을 다음 각목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 이 경우 사업연도중에 출자지분의 변경으로 다음 각목의 1에 해당하는 자 의 출자지분이 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되 는 경우에는 당해 출자지분변경일을 기준으로 한다. 가.농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인

• 나. 당해 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자

4. 농업협동조합법에 의한 조합 및 중앙회. 다만, 가축용사료를 공급받는 경우에 한한다. 다만, 가축용 사료를 공급받거나 농작업대행 또는 임대용으로 제3조 제3항에 따른 농업기계를 공급받는 경우만 해당한다.

5. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민에게 위탁하여 가축을 사육(이하 이 호에서 "위탁사육"이라 한다)하거나 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급하여 가축을 사육(이하 이 호에서 "계약사육"이라 한다)하는 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림수산식품부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 계열화사업자가 위탁사육 또는 계약사육에 사용하기 위하여 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다.

6. 축산법에 의하여 농림수산식품부장관이 지정한 비영리가축검 정기관. 다만, 가축검정용 사료를 공급받는 경우에 한한다.

7. 사립학교법에 따른 학교법인. 다만, 사립학교의 축산실습농장 에 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다.

② 축산업과 그 밖의 사업을 겸영하는 법인에 대하여 제1항 제3호 및 제5호의 규정을 적용함에 있어서 직전 사업연도의 축산업(자기가 직접 또는 위탁하여 사육한 가축과 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 농민이 사육한 가축을 단순히 가공하여 부가가치세가 면제되는 농산물 등으로 판매하는 사업을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 수입금액이 직전 사업연도의 총수입금액의 100분의 70 이상인 경우에는 축산업을 주업으로 영위하는 것으로 본다. 다만, 신규로 사업을 개시하는 사업자에 대하여는 최초사업 개시일 현재 축산업용 자산가액(장부가액에 의한다)의 합계액이 총자산가액의 100분의 70 이상인 경우에는 축산업을 주업으로 영위하는 것으로 본다. (3) 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 제10조 (가축분뇨처리의무) 가축을 사육하는 자 또는 가축분뇨를 수집·운반·처리하는 자는 적정하게 처리되지 아니한 가축분뇨가 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률제2조 제9호의 규정에 따른 공공수역(이하 “공공수역”이라 한다)에 유입되도록 하여서는 아니 된다. 제11조(배출시설에 대한 설치허가 등) ① 대통령령이 정하는 규모 이상의 배출시설을 설치하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 배출시설의 설치계획을 갖추어 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 한다.

② 제1항의 규정에 따라 허가를 받은 자가 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에는 변경허가를 받아야 하고, 그 밖의 사항을 변경하고자 하는 때에는 변경신고를 하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 따른 허가대상에 해당하지 아니하는 배출시설 중 대통령령이 정하는 규모 이상의 배출시설을 설치하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다. 제12조(처리시설의 설치의무 등) ① 제11조 제1항 또는 제2항의 규정에 따라 허가 또는 변경허가를 받거나 변경신고를 한 자와 동조 제3항의 규정에 따라 신고 또는 변경신고를 한 자(이하 “시설설치자”라 한다)는 처리시설을 설치 또는 변경하여야 하되, 당해 처리시설을 공동으로 설치 또는 변경할 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 바에 따라 가축분뇨를 전량 위탁하여 처리하는 경우에는 처리시설을 설치 또는 변경하지 아니할 수 있다.

② 시설설치자 중 액비를 만드는 자원화시설을 설치하는 자는 환경부장관이 농림수산식품부장관과 협의하여 정하는 환경부령에 따른 기준에 따라 액비의 살포에 필요한 초지 또는 농경지를 확보하여야 한다.

③ 시설설치자 중 정화시설을 설치하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 가축분뇨를 분과 요로 분리·저장할 수 있는 시설을 설치하여야 한다. 다만, 분뇨를 분리·저장하지 아니하여도 제13조의 규정에 따른 방류수수질기준(이하 “방류수수질기준”이라 한다)을 준수할 수 있는 경우 등 대통령령이 정하는 일정한 요건에 해당되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제28조(농어업 관련 조합법인 및 회사법인의 육성) 국가와 지방자치단체는 농어업의 생산성 향상과 농수산물의 출하·유통·가공·판매·수출 등의 효율화를 위하여 협업적 또는 기업적 농어업경영을 수행하는 영농조합법인 및 영어조합법인과 농업회사법인 및 어업회사법인의 육성에 필요한 정책을 수립·시행하여야 한다.

(5) 한국표준산업분류상의 농업 중 작업재배업․축산업 또는 작물재배 또는 축산복합농업의 축산업은 가축, 가금, 꿀벌, 누에 및 기타 육지동물을 각종 목적으로 사육․번식․증식하는 산업활동을 말한다. 다만, 운반․경기 등 특정 횔동을 수행하면서 그에 사용되는 동물을 사육하거나, 판매장에서 판매할 동물을 사육관리하는 경우는 제외된다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점영농조합은 1995.3.13. 구농어촌 발전 특별조치법(현재 농업․농촌 및 식품산업 기본법)에 의하여 설립되고, 2005.12.26. 서비스, 제조업 (축산폐기물운반, 액비비료․농축산유용미생물) 으로 개업한 영농조합법인으로서, 농축산업 경영의 합리화를 도모하고, 가축분뇨, 자연순환농업과 공동자원화 시설로 재활용하면서 양돈농가소득에 기여하여 조합원상호간의 친목도모, 가축분뇨 액비화 등의 재활용, 사료생산, 공동구입, 농․축산물에 대한 정보수집, 기술교류, 공동이용 시설의 설치 및 운용 등을 사업목적으로 하는 영농조합법인임을 법인등기부등본, 정관 및 사업자등록의 내용에 나타난다.

(2) 국세청 통합전산망 자료 및 2010년 12월 처분청 조사공무원의 과세자료 검토 보고서에 의 하면, OOO세무서장은 쟁점영농조합은 축산업을 직접 영위하지 아니 하여 영세율 적용대상 농민에 해당되지 아니 한다는 내용의 자료를 처분청에 통보한 사실이 나타나며, 청구법인이 2009년 제2기 쟁점시설의 공급과 관련하여 쟁점영농조합에 교부한 세금계산서 내역은 다음 <표>와 같다. OOO (3) 2009.10.30. 쟁점영농조합이 청구법인에게 OOO천원을 송금한 사 실이 쟁점영농조합 의 OOO계좌(175951-51-××××××)에 나타나며, 2009.12.28. 농업기술센터에서 청구법인에게 지원금 OOO천원을 입 금한 사실이 청구법인의 OOO계좌(143-17- ××× ×××)에 나타난다. (4)조세특례제한법제105조 제1항 제5호에서 농민에게 2011.12.31. 까지 공급하는 농 업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 축산인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령이 정하는 것은 부가가치세 영세율을 적용하도록 규정하고 있고,농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정제2조 제1항 제2호 및 제3호에서조세특례제한법제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란통계법제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서,농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법에 따라 설립된 영농조합법인과 농업회사법인, 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인 또는 당해 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자가 출자하고 있는 법인도 그 중의 1인으로 포함하고 있다.

(5) 살피건대, 쟁점영농조합은 출자자인 양돈업자만을 위한 형식적인 법인으로 쟁점거래로 인한 혜택 및 해당시설의 실질적 권리는 양돈업자들에게 있으므로 쟁점영농조합은 영세율 적용대상 농민에 해당된다고 주장하나, 청구법인이 용역을 직접 공급한 거래처는 쟁점영농조합을 구성하는 조합원(축산업자)이 아니라 쟁점영농조합이며, 쟁점영농조합은 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법에 따라 설립된 영농조합법인에 해당하기는 하나, 쟁점영농조합은 축산업을 영위하는 자가 아니라, 법인등기부등본, 법인정관, 사업자등록증 및 법인세 신고내용으로 볼 때, 축산물 폐기물처리업을 영위하는 사업자로서,조세특례제한법제105조 제1항 제5호에서 농민에 해당하지 아니하므로 쟁점거래에 대하여 부가가치세 영세율을 적용할 수 없어 청구법인에게 부가가치세를 경정․고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.