임시투자세액공제와 외투법인세액감면 중 최저한세 적용대상인 임시투자세액공제를 먼저 적용하여야 함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2004.4.1.~2005.3.31.사업연도(이하 “2005사업연도”라 한다)의 법인세 신고당시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제26조에서 규정하고 있는 임시투자세액공제와 같은 법 제121조의2에 서 규 정하고 있는 외국인투자에 대 한 법인세 등 감면(이하 “외국인 투자기업세액감면”이라 한다)이 발생하자 최저한세가 적용되지 아니하 는 외국인투 자기업세액감면OOO을 먼저 한 뒤에 농어촌특별세가 부과되는 임시투자세액공제OOO 등을 나중에 하여 공제․감면을 받 은 이후에 최저한세를 적용하여 임시투자세액공제를 하지 아니한 나머지 금액 OOO은 2006사업연도로 이월하였다(농어촌특별세OOO은 납부하였다).
• 나. 처분청은 최저한세가 적용이 되는 임시투자세액공제와 그러하지 아니하는 외국인투자기업세액감면이 동시에 적용되는 경우 납세자가 그 순서를 선택하는 것이 아니라 임시투자세액공제를 먼저 하고 외국인투자기업세액감면을 나중에 하여야 함에도 청구법인은 후자를 먼저 적용함에 따라 임시투자세액공제대상 OOO을 2006사업연도로 이월한 결과당해 금액에 상당하는 법인세를 과소신고한 것으로 보아 2010.12.14. 청구법인에게 2006사업연도 법인세OOO을 경정 ․고지(농어촌특별세 OOO은 환급)하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2011.3.4. 이의신청을 거쳐 2011.7.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 법인세법」제59조에는 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 ① 세액감면, ② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제, ③ 이월공제가 인정되는 세 액공제라고 규정하고 있으므로 청구법인이 법인세 신고당시 외국인투자기업세액감면을 먼저 적용하면서 이월공제가 인정되는 임시투자세 액공 제를 나중에 적용한 것은 잘못이 없다. 또한, 조특법 제132조(최저한세) 제1항에 다음 각 호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니하는 경우의 과세표준에 최저한세율(100분의 15)을 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우, 당해 미달하는 세액에 상당하는 부분은 감면 등을 하지 아니한다고만 규정하고 있을 뿐이며, 세액감면․공제의 적용순위나 최저한세의 대상이 아닌 세액감면․공제의 그것을 규정하고 있지 아니하므로 처분청이 최저한세의 규정을 모든 감면 등에 대한 특별규정으로 해석한 것은 잘못이다. 설령, 처분청의 의견처럼 조특법 제132조를 조세특례에 대한 특별규정으로 보아법인세법제59조 보다 우선하여 적용한다 하더라도, 조특법 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) 또한 마찬가지의 규정으로 해석하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 법인세 차감세액은 먼저 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등을 한도까지 적용하여야 하고 그러하지 아니하는 외국인투자기업세액감면은 나중 에 하여야 한다(조심 2009중2396, 2011.5.2. 외 다수 같은 뜻임). 법인세법제59조 제1항에 “이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제와 관련한 규정이 동시에 적용 되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다 음 각 호에 의한다.”라고 규정하고 있으므로 별도의 규정이 있는 때에는 이를 적용할 수 없음이 명백하고, 조특법 제132조의 최저한세 규정은 공제와 감면의 한도를 제한하는 것으로서 모든 감면 등에 대한 특별 규정이며, 최저한세가 적용되는 공제와 감면 등을 우선 적용하지 아 니하는 경우에는 그 제도의 입법취지인 국민개납주의를 달성할 수 없게 된다. 또한, 법인세법 시행규칙별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에도 최저한세의 대상인 공제감면세액을 먼저 적 용하고 그러하지 아니하는 공제감면세액을 나중에 적용하 도록 규정하고 있으므로 청구법인이 신고한 내용을 부인하고 과세한 처분은 적법하 다.

• 가. 쟁 점 최저한세 대상인 임시투자세액공제와 그러하지 아니한 외국인투자기업세액감면을 동시에 적용하는 경우 ‘세액공제’를 먼저 하고 ‘세액감면’을 나중에 하여 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있 는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(괄호 생략) 을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생 한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(괄호 생략)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정 에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. 제60조【과세표준 등의 신고】

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (2) 법인세법 시행령 제97조 【과세표준의 신고】

③ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 재정경제 부령이 정하는 법인 세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제82조 【서식 】① 법인세 및 법인세에 부 가 되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같

• 다. 이 경우 영 제97조 제4항 본문의 규정에 의한 세무조정계산서 부속서류는 제4호 내지 제56호 및 제60호의 규정에 의한 서류 중 당해 법 인과 관련된 서류로 한다.

3. 영 제97조 제3항의 규정에 의한 별지 제3호 서식의 법인세 과세표 준 및 세액조정계산서 <표> [별지 제3호 서식]: 법인세 과세표준 및 세액조정계산서

④ 납 부 할 세 액 계 산 <120>산 출 세 액(<120>-<119>) <121>공 제 감 면 세 액㈀ 17 <122>차 감 세 액 18 <123>공 제 감 면 세 액㈁ 19 <124>가 산 세 액 20 <125>가감계(<122>－<123>＋<124>) 21 ※ 작성요령 <121> 공제감면세액㈀: 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별 지 제8호 서식(갑)]의 <170>합계란의 금액(최저한세 적용대상 공 제감면세액) 기재 <123> 공제감면세액㈁: 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별 지 제8호 서식(갑)]의 <120>란의 금액(최저한세 적용제외 공제감 면세액) 기재 (4) 조세특례제한법 제121조의2 【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】

① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12 항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호 의 규정에 의한 외국인투자 기업(이하 이 장에서“외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또 는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로 써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업 에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날 이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년 이내에 종료하는 과세연 도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(괄호 생략)에 외국인투자비율(괄호 생략)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서“감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(괄호 생략)과 합병하여 당 해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업 의 외국인투자비율을 적용한다. 제132조(1998.12.28. 개정된 것)【최저한세 】① 내국법인(괄호 생 략)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(괄호 생략)를 계산함에 있어서 다음 각 호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득 공제 등을 하 지 아니한 경우의 과세표준(괄호 생략)에 100분의 15(중소기업의 경 우에는 100분의 12)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미 달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제4조, 제8조의2, 제9조, 제17조, 제28조, 제55조, 제55조의2 제1항, 제75조, 제104조의3，법률 제4806호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제11조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14 조, 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제22조 및 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조의 규정에 의하 여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금으로 산입하는 특별감 가상각비 및 준비금

2. 제13조, 제14조, 제49조，제55조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제63조의2 제5항，법률 제4666호 조세감면규제법 개 정법률 부칙 제15조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제3항의 규정에 의한 소득공제금액 ㆍ익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제7조의3, 제10조, 제11조，제12조 제2항, 제24조내지 제26조(임시투자세액공제), 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제62조，제94조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 최저한세의 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제132조(2010.1.1. 제목 및 개정된 것)【최저한세액에 미달하는 세 액에 대한 감면 등의 배제】

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 최저한세의 적용에 필요한 사항은 대통령 령으로 정한다. 제144조【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제7조의2, 제7조의3, 제10조, 제11조， 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조(임시투자세액공제), 제62조 제1항ㆍ제2항, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(괄호 생략) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (5) 조세특례제한법 시행령 제126조 【최저한세】

② 법 제132조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 세액공제 등”이라 함은 법인세 감면 중 동조 동항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제ㆍ세액면제 및 감면을 말한다.

④ 납세의무자가 신고(국세기본법에 의한 수정신고 및 경정 등의 청구를 포함한다)한 소득세액 또는 법인세액이 법 제132조의 규정에 의하여 계산한 세액에 미달하여 소득세 또는 법인세를 경정하는 경우에는 다음 각 호의 순서(동일한 호 안에서는 법 제132조 제1항 및 제2항 각호에 열거된 조문순서에 의한다)에 따라 다음 각 호의 감면을 배제하여 세액을 계산한다.1. 법 제132조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 특별감가상각비

2. 법 제132조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 준비금의 손금산입 2의2. 법 제132조 제1항 제2호의 규정에 의한 익금불산입

3. 법 제132조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 동일 조문에 의한 감면세액 중 이월된 공제세액이 있는 경우에는 나중에 발생한 것부터 적용을 배제한다.

4. 법 제132조 제1항 제4호 및 동조 제2항 제4호의 규정에 의한 법인 세 또는 소득세의 면제 및 감면

5. 법 제132조 제1항 제2호 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의한 소득공제 및 비과세 (6) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 처분청이 최저한세를 적용받지 아니하는 외국인투자기업세액감면을 먼저 적용하지 아니하고 법인세의 납부세액을 계산한 것은 위법․부당하며,법인세 법 시행규칙별지 제3호 서식은 세액감면․공제의 적용순위를 규정하는 것이 아니라 각 서식에서 계산한 금액을 법인세 납부세액에 반영하기 위한 용도에 불과하고, 조 특법 제132조 제3항이 2010.1.1.에 신설된 점 등을 감안하면, 별도로 관련된 규정이 없었던 2006사업연도의 법인세의 신고당시 청구법인이 이월된 임시투자세액공제를 적용한 것은 적법․타당하다고 주장하며 그에 대한 증빙자료로 관련 법규 및 예규, 기획재정부 개정세법 해설, 상호모순되어 삭제한 해석사례 및 조세뉴스 등을 제출하고 있다. (

2. 청구법인은 2006사업연도 법인세를 신고․납부함에 있어법인 세법제59조에 의 하여 외국인투자기업세액감면을 우선하고 이월공제 가 인정되는 임시투자세액을 나중에 차감하였으나, 처분청은 최저한세의 대상인 임시투자세액공제가 그러하지 아니한 외국인투자기업세액감면보다 우선 적용하여야 한다고 보고, 공제․감면세액을 경정하여 2006사업연도 법인세를 부과하고 농어촌특별세를 환급하였다.

(3) 조특법은 조세정책적 목적에서 준비금․특별상각․익금불산입 ․손금산입․소득공제․ 비과세․세액감면 및 세액공제 등의 조세지원을 하고 있으며, 납세자가 중복하여 조 세지원을 받게 되면 전혀 세금을 납부하지 아니하는 경우도 발생하여 과세형평과 국민개납주의에 배치되므로 감면 등의 종합한도인 최저한세규정을 두고 있으며, 같은 법 제132조 제1항에서는 최저한세 적용대상을 내국법인의 각 사업연도의 소 득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도 의 국내원천소득 으로 규정하고 있고, 최저한세는 조세특례 및 감면 등을 적용받은 후의 세액(감면 후의 세액)이 일정한 세액(최저한세)에 미달하는 경우에는 당해 미달하는 세액에 대하여는 조세특례 및 조세감면 등을 적용하지 아니하는 제도적 장치에 해당된다. (4)법인세법제59조에 세액공제 및 세액감면이 동시에 적용되는 경우 “그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다.”고 규정하고 있으므로 적용순위에 관하여 다른 규정이 있는 경우에는 이를 적용할 수 없다 할 것이고, 조특법 제132조(최저 한세)는 조세감면의 한도를 제한하는 특별규정이므로 최저한세가 적용 되는 세액 공제와 감면 등을 먼저 하여야 하고 그러하지 아니하는 경 우에는 입법취지인 국민개납주의를 달성할 수 없으며, 법인세법 시행 규칙제82조 및 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산 서) 에도 최저한세 대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고, 그러하지 아니 한 공제감면세액을 나중에 적용하도록 규정하고 있다.

(5) 조특법 제132조(최저한세) 제1항에 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 감면 등을 적용한 후의 세액 이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.”고 규 정하고 있는데, 여기에서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세’라 함은 같은 법 시행령 제126조(최저한세) 제2항의 규정에 의하여 최저한세 적용대상이 아닌 세액공제․세액면제 및 감면 등을 하지 아니한 것(별지 제3호 서식 122란의 차 감세액)을 말하므로 적용대상인 공제감면세액이 있는 경우 반드시 최저한세를 한도로 하여 산출세액에서 해당 세액을 공제하여 야 하는 것이며, 조특법 제144조(세액공제 액의 이월공제)에서 “당해 과세 연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적 용으로 공제받지 못한 부분에상당하는 금액은 이후의 사업연도에 이 월하여 공제한다.”고 규정하고 있기 때문에 법인세의 납부세액을 계산하는 때 최저한세의 대상인 공제감면세액은 이를 한도로 하여서 산출세액에서 적용받게 되고 나머지를 다음 사업연도에 이월공제 하여야 하는 것이므로 결과적으로 법인이 이 월공제세액을 임의로 조절한다는 것은 인정되지 아니하는 것으로 해석된다.

(6) 위와 같이, 조특법 제132조 제1항과 같은 법 시행령 제126조 제2항에서 최저한세 적용대상인 세액공제․세액감면 등을 하지 아니한 법인세가 이에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 적용하지 아니한다고 규 정하고 있어서 최저한세 의 대상인 공제감면세액을 먼저 적용한 후에 그러하지 아 니한 공제감면세액을 적용하는 것이 적법한 것으로 보인다.

(7) 한편, 청구법인은 2006사업연도 신고당시에는 조특법 제132조 제3항이 개정되지 아니하여 이월된 임시투자세액공제를 적용한 것은 적법하다고 주장하고 있으나, 기획재정부 2009년 개정세법 주요내용 에는 2010.1.1. 개정된 조특법 제132조 제3항의 개정이유를 “적용순서 에 대한 명확한 규정이 없어서 이를 명문화한다.”라고 해설하고 있는데, “명문화”는 문자화하여 명확하게 한다는 것이므로, 이는 이미 시행하 던 조항을 법률에서 분명하게 한다는 의미이고, 그렇다면 개정된 규정은 확인적 규정으로 판단된다(조심 2009중2396, 2011.5.2. 등 다수).

(8) 살피건대, 2010.1.1 조특법 제132조 제3항이 개정되기 이전부터 최저한세의 대 상인 공제감면세액을 배제대상인 공제감면세액보다 우 선하여서 적용하도록 규정되어 있는 법인세법 시행규칙별지 제3호의 서식이 시행된 점, 기획재정부의 2009년 개정세법 주요내용에는 2010. 1.1. 개정된 조특법 제132조 제3항을 개정한 이유를 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화”한 것이라고 해설하고 있는 바, 이 는 명백히 문자화되어 있지는 아니하지만 이미 시행이 되고 있던 사항에 대하여 법률에서 명확하게 한다는 취지의 확인적 규정으로 해석되는 점, 조특법 (2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제132조 제1항에 최저한세 계산의 기초가 되는 법인세를 최저한세의 배제대상인 공제감면을 적용하기 이전의 것으로 규정하고 있는 바, 이는 최저한세의 대상인 공제감면을 우선하여 적용하여야 한다는 취지로 해석되는 점 등을 고려할 때, 조특법(2003.12.30. 개정된 것) 제132조에 명문화하고 있지는 아니하지만, 최저한세의 대상인 공제감면을 배제대상인 공제감면보다 먼저 적용하는 것을 전제로 하고 있어법인세법제59조의 별도 규정으로 보는 것이 타당하므로(조심 2009중2396, 2011.5.2. 같은 뜻임), 처분청이‘최저한세 대상 공제 감면’인 임시투자세액공제 등을 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자기업세 액감면보다도 우선하여 적 용하고 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.