고시내용을 근거로 과세・면세 공통매입세액을 안분하여 매입세액을 공제한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2010.9.3. OOO 일대 47,370㎡에 대해 OOO시장으로부터도시 및 주거환경정비법에 따른 OOO생활권4구역 주택재개발정비사업조합 설립인가를 받아 주택재개발 정비사업을 하고 있는데, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 OOO외 18개업체로부터 공급가액 951,256천원의 매입세금계산서(이하 ‘쟁점매입세금계산서’라 한다)를 교부받아 2010년 제2기 부가가치세 확정신고시 그 매입세액을 과세․면세 비율로 안분계산하지 아니하고 매입세액 95,125천원을 전액 조기환급신청하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 부가가치세 확정신고에 대해 환급현장확인조사를 실시하고 쟁점매입세금계산서를 과세․면세 공통매입세금계산서로 보아 국민주택규모세대 면적비율(80%)로 안분계산하여 매입세액 76,193천원을 불공제하고 2011.5.19. 청구법인에게 2010년 제2기 부가가치세 11,322,070원(초과환급신고가산세 7,610,050원을 가산하여)을 환급결정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2010년 제2기 부가가치세 신고시에 쟁점매입세금계산서의 공통매입세액을 안분계산하지 않고 매입세액 전체를 공제 신청하였지만, 향후 사업계획승인신청을 위한 총회에서 설계면적비율을 논의한 후 첫 번째 부가가치세 확정신고 시점에부가가치세법제61조의 2 규정에 따라 공통매입세액의 정산을 실시할 예정인 바, 처분청이 객관적인 예정사용면적기준이 없음에도 불구하고 임의의 안분비율을 적용하여 매입세액을 불공제하고 가산세를 과세한 처분은 아래와 같은 이유로 부당하다. 부가가치세법 시행령제61조 제4항은 공통매입세액의 안분계산을 함에 있어 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없는 경우 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 의해 안분계산할 수 있도록 하고 있으며, 부가가치세법 시행령제61조의 2는 사업자가 같은 법 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 공통매입세액을 정산하도록 하고 있는 바, 처분청이 적용한 안분비율은 건축상가의 면적, 조합원청약주택규모 등을 반영하지 아니한 비율이고, OOO시장의 고시는 국민주택규모의 주택수를 정한 것이지 주택면적을 정한 기준이 아니며, 관련법령에도 주택수를 기준으로 안분비율을 적용하라는 규정이 없다. 또한, 청구법인의 의결기구인 대의원회나 총회에서 상가건설예정면적, 건설주택규모 등에 대하여 논의한 바 없고, 조합원들로부터도 청약예정평형을 조사한 바 없으며, 청구법인은 OOO시장에게 사업계획승인을 위한 신청에 관련된 총회를 조만간 개최할 것인 바, 그 총회에서 상가와 주택면적을 논의할 것이고 OOO시장으로부터 관리처분계획인가를 얻는 과정 에서 조합원의 분양분이 결정되면 면세 및 과세면적이 확정될 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2010.9.3. 조합설립인가가 완료되었고, 통상 정비구역지정에서 조합설립전까지 개략적인 사업개요 및 건설되는 건축물의 설계개요가 반드시 전제되는 것이며, 임시총회 사업추진 경과보고서에 조합설립 창립총회가 개최되었음이 확인되는 바, OOO지사가 고시한 ‘OOO생활권4구역 주택재개발조합이 건설하는 주택 전체 세대수가 80%이상을 국민주택규모 이하로 건설하여야 한다’라는 내용을 근거로 공통매입세액을 안분계산하여 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다. 관리처분인가전에도 조합설립창립총회 등 단계에서 예상사용면적을 알 수 있는 경우 안분계산이 가능한 것이고, 또한 초과환급신고가산세는 납세자가 세법에 따른 환급세액을 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고의무를 위반한 경우의 제재임으로 초과환급신고가산세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 건설하는 주택의 전체 세대수는 80% 이상을 국민주택규모 이하로 건설하여야 한다’ 는 OOO지사의 고시내용을 근거로 과세․면세 공통매입세액을 안분하여 매입세액을 공제한 처분의 당부

② 초과환급신고가산세를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 45조의 4【초과환급신고가산세】① 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고․납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고 하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3을 적용한다. 다만,부가가치세법제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니한다. 제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2) 부가가치세법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (3) 부가가치세법 시행령 제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고 기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공동매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조의2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항이 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비용에 의하여 안분계산하고 확정신고하는 때에 정산한다. (4) 도시 및 주거환경정비법 제48조【관리처분계획의 인가 등】① 사업시행자(주거환경개선사업을 제외한다)는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장‧군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분 계획을 변경‧중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같으며, 이 경우 조합은 제24조 제3항 제10호의 사항을 의결하기 위한 총회의 개최일부터 1개월 전에 제3호부터 제5호까지에 해당하는 사항을 각 조합원에게 문서로 통지하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장‧군수에게 신고하여야 한다.

3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액

4. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행인가 전에 제48조의2 제2항에 따라 철거된 건축물의 경우에는 시장‧군수에게 허가 받은 날을 기준으로 한 가격)

5. 정비사업비의 추산액(주택재건축사업의 경우에는재건축 초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금에 관한 사항을 포함한다) 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 부담시기

6. 분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세

7. 세입자별 손실보상을 위한 권리명세 및 그 평가액

8. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 대하여 대통령령이 정하는 사항

⑤ 주택재개발사업 또는 도시환경정비사업에서 제1항 제3호‧제4호 및 제7호에 따라 재산 또는 권리를 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 의한다. 1.부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가업자 중 시장‧군수가 선정‧계약한 감정평가업자 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다. 다만, 관리처분계획을 변경‧중지 또는 폐지하고자 하는 경우에는 분양예정 대상인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등 소유자 전원이 합의하여 이를 산정할 수 있다.

2. 제1항 제4호에 따라 조합원의 종전의 토지 또는 건축물의 가격산정시 조합원이 둔 세입자로 인하여 손실보상이 필요한 경우 조합의 정관으로 정하는 바에 따라 해당 조합원이 둔 세입자에 대한 손실보상액을 뺀 나머지 가격을 종전의 토지 또는 건축물의 가격으로 산정할 수 있다.

3. 사업시행자는 제1호에 따라 감정평가를 하고자 하는 경우 시장‧군수에게 감정평가업자의 산정‧계약을 요청하고 감정평가에 필요한 비용을 미리 예치하여야 한다. 시장‧군수는 감정평가가 끝난 경우 예치된 금액에서 감정평가 비용을 직접 지불한 후 나머지 비용은 사업시행자와 정산하여야 한다. (5) 도시 및 주거환경정비법 시행령 제13조의 3【주택의 규모 및 건설비율】① 법 제4조의 2제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 범위”란 다음 각 호의 범위를 말한다.

2. 주택재개발사업의 경우 다음 각목의 범위

• 가. 분양을 목적으로 건설하는 주택은 국민주택규모의 주택이 건설하는 주택 전체 세대수의 100분의 80 이하
• 나. 임대주택은 건설하는 주택 전체 세대수의 100분의 17 이하로 하되, 주거 전용면적이 40제곱미터 이하인 임대주택이 전체 임대주택 세대수의 100분의 40 이하

3. 주택재건축사업의 경우 국민주택규모의 주택이 건설하는 주택 전체 세대수의 100분의 60 이하로 하되, 전체 연면적에서 차지하는 비율이 100분의 50 이하

② 제1항 제3호를 적용할 때수도권정비계획법제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역에서 300세대 이상의 주택을 건설하는 경우로서 법 제4조의2 제1항에 따라 국토해양부장관이 고시한 범위에서 시‧도 조례로 주택의 규모 및 건설비율에 관하여 따로 정하는 경우에는 그 규모 및 건설비율에 따른다. 다만, 주택재건축사업조합의 조합원에게 분양하는 주택은 기존 주택의 주거전용 면적의 10퍼센트의 범위에서 그 규모를 확대할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 처분청이 제출한 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난

• 다. (가) 청 구법인은 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 OOO 외 18개업체로부터 쟁점매입세금계산서를 교부받아 2010년 제2기 부가가치세 확정신고시 그 매입세액을 과세․면세 비율로 안분계산하지 아니하고 매입세액 전액을 조기환급신청하였고, 쟁점매입세금계산서를 과세․면세 공통매입세금계산서로 보아 국민주택규모세대 면적비율(80%)로 안분계산하여 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였다. (나) 청구법인이 2011.1.25. 제출한 2010년 제2기 부가가치세 확정 신고 내역은 아래 <표1>과 같다. (다) 2010.4.12. OOO지사가 OOO생활권4구역 정비구역 지정 및 지형도면 고시한 주요 내용(OO 도 제 O 청 고시 제210-5075호)을 보면 주택의 규모 및 규모별 건설비율에 대하여 건설하는 주택 전체 세대수의 80%이상을 85㎡이하로 건설하여야 한다고 기재되어있다. (라) 처분청은 청구법인이 건설하는 주택의 전체 세대수는 80% 이상을 국민주택규모 이하로 건설하여야 한다’ 는 OOO시장의 고시내용을 근거로 아래 <표2>․<표3>과 같이 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 과세와 면세비율로 안분계산하였다. (마) 청구법인이 2010.10.23. 개최한 임시총회 회의자료(시공사 선정 등)에는 아래 <표4>와 같은 사업추진 경과보고서가 첨부되어 있다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2010년 제2기 부가가치세 신고시에 공통매입세액을 안분계산하지 않고 매입세액 전체를 공제신청하였지만, 사업계획승인신청을 위한 총회에서 설계면적비율을 논의한 후 첫 번째 부가가치세 확정신고 시점에부가가치세법제61조의 2 규정에 따라 공통매입세액의 정산을 실시할 예정인 바, 처분청이 객관적인 예정사용면적기준이 없음에도 불구하고 임의의 안분비율을 적용하여 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (나) 그러나, 부가가치세법 시행령제61조 제4항의 규정에 의하면 공통매입세액 안분계산을 함에 있어 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로써 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 과세사업과 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분계산 하도록 규정되어 있는 점, 청구법인이 건설하는 주택의 전체 세대수는 80% 이상을 국민주택규모 이하로 건설하여야 한다’ 고 OOO지사가 고시한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때 이 건의 경우, 사업계획승인이나 관리처분계획인가 전에도 부가가치세법 시행령제61조 제4항에 따라 총예정사용면적기준으로 안분계산이 가능하다고 보아야 할 것이므로 처분청이 경기도지사가 고시한 내용을 근거로 공통매입세액을 안분 계산하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 상가면적과 국민주택규모이상 주택, 국민주택규모이하 주택규모에 대하여 대의원회나 총회에서 한 번도 논의한 바 없는 등 과세․면세비율을 알 수 없어 매입세액 전체를 공제하여 환급신청한 것이므로 초과환급신고가산세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한 것인 바(대법원 2005두3714, 2006.10.26. 같은 뜻), 청구법인이 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과한 사실이 확인되고, OOO지사가 고시한 내용에 의하여 나타나는 이 건의 경우, 청구법인에게는 공통매입세액 안분계산을 하지 아니한데 대하여 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려워 초과환급신고가산세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.