부동산 소유권이전등기 경료 후 매매계약 원인무효나 계약해제로 소유권환원 소송의 판결이 확정되기 전에는 양도세 과세대상에 해당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.5.12. 배우자와 공동으로 경기도 OOO OOO OOO OOOOO필지 대지 1,915.9㎡를 취득하였다가 2000.11.22. 배우자 지분을 수증받은 후, 2001.4.4. 당해 토지상에 근린생활시설 2,952.9㎡(토지와 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 부동산임대업을 영위하다가 2005.6.30. 이OO 외 4인과 매매계약을 체결하고 잔금청산일 이전인 2005.12.22. 매수인 명의로 소유권 이전등기를 하고서, 쟁점부동산의 양도가액을 6,104,000,000원으로, 취득가액을 3,447,077,194원으로 하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였다.
• 나. 중부지방국세청장은 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 뒤 청구인이 쟁점부동산을 양도한 것과 관련하여 계약상 양도가액이 11,800백만원이고, 매수인이 부담한 양도소득세 등 744백만원과 잔금청산전까지 발생한 임대수입으로서 청구인이 수취한 금액 188백만원도 쟁점부동산의 양도가액에 포함되는 금액으로 보아 쟁점부동산의 양도가액을 12,732백만원으로 산정하여 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2011.5.10. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 3,369,374,060원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 매매계약을 체결할 당시 특약사항으로 매수인들이 양도소득세를 부담하기로 하였으며, 이러한 특약에 따라 매수인들은 별도로 다운계약서를 작성하여 양도소득과세표준신고를 하고 양도소득세 등을 납부하였으나 중부지방국세청장의 세무조사결과에 따라 추가로 양도소득세 등이 부과되자 매수인들은 이를 납부하지 아니하겠다는 의사표시를 하였으므로 청구인은 매수인들에게 매매계약을 해지하겠다는 의사표시를 한 후 소유권이전등기말소청구소송을 제기하였으므로 쟁점부동산에 대한 매매계약은 적법하게 해지 또는 취소되었다고 보아야 할 것이므로 양도가 이루어지지 아니하였기 때문에 양도소득세 납부의무가 없다 할 것으로서 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 매수인들이 양도소득세를 부담하기로 하였으므로 청구인에게 납세의무가 없다고 주장하나, 소득세법상 납세의무자는 과세대상 자산을 양도하여 소득이 귀속된 청구인에게 있는 것이므로 쟁점부동산의 매수인들이 양도소득세를 부담하기로 특약을 하였다 하여 매수인을 납세의무자로 할 수는 없다 하겠으며, 청구인은 쟁점부동산에 대하여 매수인들이 양도소득세 납부를 거부함으로써 계약해제의 의사표시를 하고 소유권이전등기말소청구소송을 제기하여 소가 진행중이며, 승소할 것이 확실하므로 양도가 이루어지지 아니하였다고 주장하나, 당해 소송에 대하여 판결이 확정되지 아니하였으므로 소유권이 청구인에게 환원될 것을 전제로 하여 이 건 양도소득세 부과처분이 부당하다는 청구인의 주장은 인정할 수 없다 하겠으므로 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 매수인에게 쟁점부동산의 소유권 이전등기를 해 주었으나, 매매계약 특약사항의 미이행을 이유로 소유권이전등기말소청구소송을 제기하였으므로 양도가 이루어지지 아니한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양 수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2005.5.12. 쟁점부동산 중 토지를 배우자인 한OO와 공동으로 취득(청구인 지분 1447/1915.9, 한OO 지분 468.9/ 1915.9)하였다가 2000.11.22. 한OO 지분을 청구인이 증여받고, 2001.4.4. 당해 토지상에 지하1층, 지상5층의 근린생활시설을 신축하여 사용승인을 받았으며, 2005.12.22. 쟁점부동산을 이OO 외 4인에게 매매를 원인으로 소유권 이전등기를 한 것으로 부동산등기부등본 등에 나타난다.

(2) 중부지방국세청장이 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 뒤 작성한 조사종결복명서상의 조사내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 공동으로 OOOOOO을 운영하던 양수인 이OO, 김O O, 장O O, 유O O, 배O O 에게 쟁점부동산을 양도하고 다운계약서에 의하여 양도가액 6,628백만원을 과소신고하였다. (나) 실지계약서에 대하여 공증을 받았고, 별지 특약사항에 “다운계약서를 재작성하고, 양도소득세는 소득금액에 상관없이 매수인이 부담한다.”는 등의 내용을 기재하여 매수인이 다운계약서 작성사실을 폭로하거나 실지계약내용을 누설하였을 경우에 대비하였던 것으로 보여진다.

(3) 청구인이 2005.6.30. 이OO외 4인과 쟁점부동산에 대하여 체결한 계약서에는 매매대금이 11,800백만원으로, 잔금지금일이 2007.4.30.로 기재되어 있으며, 별지 특약사항은 다음과 같다. (가) 쟁점부동산에 대하여 잔금지급시 다운계약서(55억～65억)를 재작성하기로 한다. (나) 양도소득세는 소득금액에 상관없이 매수인이 부담하기로 하며 잔금지금일은 앞당길 수 있다. (다) 부가가치세는 매수인이 부담하고, 매수인의 필요에 의해 4층은 제2종 근린생활시설에서 제1종 근린생활시설로 용도변경하는데 매도인은 적극 협력한다.

(4) 이후, 청구인은 매수인들인 이OO 외 4인을 상대로 쟁점부동산의 양도와 관련하여 청구인에게 부과된 양도소득세 등을 매수인들이 부담하여야 함에도 매수인들이 이를 거부하는 의사표시를 하였음을 이유로 매매계약을 해제한다는 내용의 통보를 하고, 소유권 이전등기의 말소를 구하는 소송을 수원지방법원 성남지원에 제기하여 현재 소송이 진행중인 것으로 나타난다.

(5) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구인은 특약사항의 미이행으로 인하여 소유권말소등기청구소송이 진행 중이고 청구인이 승소할 것이 확실하므로 양도가 이루어지지 아니한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 이 건 부과처분이 있을 것이 예상됨에 따라 매매계약의 특약사항에 따라 매수인들에게 부담하도록 요청하였으나 이를 거부당함에 따라 소유권이전등기말소청구소송을 제기한 것은 사실이지만, 당해 소송이 현재 진행 중이므로 원인무효나 계약의 적법한 해제로 인하여 청구인에게 소유권이 환원되고, 수수한 매매대금을 정산할지 여부를 알 수 없는 상태에서 이를 이유로 이 건 양도가 원인무효로 되었거나 적법하게 취소되었다고 보기는 어렵다 하겠다. 따라서, 향후 소송결과에 따라 경정청구의 요건이 충족되는 경우 경정청구를 통하여 양도소득세를 환급받는 것은 별론으로 하더라도 현 상태에서 이 건 양도소득세를 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.