종부세 공제되는 재산세액 산정시 공정시장가액비율을 적용하여 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 청구법인이 종합부동산세 과세기준일(2010.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건에 대하여 종합부동산세액 계산 시 공제되는 재산세 상당액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2010.11.22. 청구법인에게 2010년 귀속 종합부동산세 16,436,673,880원과 농어촌특별세 3,287,334,770원을 결정․고지하였다.
• 나. 이에 청구법인은 2011.3.10. 이의신청을 거쳐 2011.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세법제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항의 제정취지 및 개정연혁 등에서 보듯이 기납부 재산세액 합계액 중에서 과세기준을 초과하여 납부한 재산세 비율만큼은 공제하여야 하지만, 본 부과고지서는 공정시장가액 비율을 한번 더 곱함으로써 과세기준 초과금액 중에서 공정시장가액 비율만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세’를 계산함으로 최종적으로 종합부동산세액을 증가시키고 동일 부동산에 대하여 이중과세금지원칙에 반하는 처분이며, 이와 같이 공정시장가액비율을 2회 적용하는 것은 법적 근거가 없는 위법․부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법제9조 제4항 및 제14조 제7항은 종합부동산세 과세시 재산세액의 공제 등에 대하여 시행령에 위임하였고, 같은 법 시행령 제4조의2 및 제5조의3은 2009.2.4. 아래와 같이 개정되었다. < 종합부동산세법 시행령 제4조의2 및 제5조의3의 개정내용> 개정전(2008년까지 적용) 개정후(2009년부터 적용) 재산세 부과세액 × 과세기준금액 초과분에 대한 재산세 상당액 재산세 부과세액 × 과세표준에 대한 재산세 상당액 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액 동 규정의 개정 이전에는 종합부동산세 과세표준 전체에 대하여 과세하지 아니하고 과세표준에 연도별 적용비율을 곱한 후의 공시가격에 대하여만 과세하면서 과세표준 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 재산세가 과다하게 공제되는 측면이 있었으나, 위의 개정규정은 이러한 불합리한 점을 시정하기 위하여 실제 종합부동산세액 계산시에 과세표준에 산입되는 공시가격에 과세되는 재산세 상당액을 공제하도록 함으로써 종합부동산세에서 재산세액을 공제하는 제도의 취지에 부합하도록 하였다. 또한, 재산세 과세표준은 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하며, 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하고 있어 공시가격 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세와 종합부 동산세가 이중으로 과세되는 문제가 발생하므로 종합부동산세에서 종합부동산세 과세표준에 산입된 공시가격에 부과된 재산세 상당액을 공제함으로써 이중과세를 조정하고 있는바, 재산세가 과세되는 부분은 전체 공시가격에 재산세 공정시장가액 비율을 곱한 금액이며, 종합부동산세가 과세되는 부분은 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 공시가격으로, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격 합계액 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 개정규정에 따라 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 금액에 대한 재산세 상당액을 공제한 것이라는 점에서 이중과세로 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 위법․부당한 처분인지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액〔과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액〕에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조【세율 및 세액】③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조【과세표준】① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제14조【세율 및 세액】③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상 한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의 2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4 【공정시장가액비율】① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정 시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】 법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 종합 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 (3) 지방세법 제187조 【과세표준】① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 (4) 지방세법 시행령 제138조 【공정시장가액비율】법 제187조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 종합부동산세법 시행령제5조의3에 규정된 재산세 공제액의 산출방식에 대하여 “과세대상인 토지분 과세기준을 초과하는 분”에서 “과세대상의 토지분 과세표준”으로 개정된 것을 반영하여 이미 과세된 재산세 부과세액 합계액에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 재산세상당액이 전체 공시가격에 대한 재산세상당액에서 차지하는 금액을 종합부동산세액에서 공제하여야 한다고 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타나고 있고, 이에 청구법인은 재산세액 합계액에서 과세기준금액을 초과한 금액에 상당하는 재산세 비율만큼은 공제함이 타당하고 공정시장가액비율을 2회 적용하는 것은 법적 근거가 없음에도 종합부동산세 공정시장가액비율을 한번 더 곱함으로써 과세기준초과금액 중에서 종합부동산세 공정시장가액비율에 상당하는 금액만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세액’을 계산하게 되어 최종적으로 위 축소된 금액에 상당하는 종합부동산세액을 증가시킨 이중과세에 해당하므로 위법․부당한 처분이라고 주장하고 있다. (2) 종합부동산세법제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하 면, 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비 율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법제187조 제1항에 의하면, 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있다. (3) 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 의하면 “주택분(종합․별도)합산과세대상인 토지분 재산세로 부과 된 세액의 합계액” 중 “주택분(종합․별도)합산과세대상 토지를 합산 하여 주택분(종합․별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율 로 계산한 재산세 상당액”에서 “주택분(종합․별도)합산과세 대상인 토 지분 과세표준에 대하여 주택분(종합․별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이 차지하는 비율 에 상당 하 는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규 정하고 있고, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령 7번에 의하면, “(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%”를 “과세 표준 표준세율 재산세액”으로 하도록 규정하고 있다. (4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면,종합부동산세 법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문 제를 조 정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세 표준으로,지방세법에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율 을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므 로 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분(종합․별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분(종합․별도)합산과세대상인 토 지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세 기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱 하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다. 따라서, 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율 을 모두 적용하여야 한다고 보아, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2011서1435, 2011.6.3. 외 다수, 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.