쟁점용역이 부가세가 면제대상 사업에 관련된 매입세액이나, 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분은 잘못이 있음

OOO세무서장이 2010.7.22. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가 가치세 OOO원의 부과처분은 OOO OOO OOO OOO OOOOO OOOO 77,908㎡ 지상의 복합단지개발사업 관련 매입세액 OOO,OOO,OOO원에 대하여 사업계획서상 총예정사용면적(과세 426,776㎡, 면세 9,095㎡)을 기준으로 안분계산하여 과세사업 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2000.4.19.부터 현재까지 부동산 개발 및 시행업을 영위하고 있는 법인으로, 청구외 주식회사 OOO[새로운성남, 차주겸 위탁자(공동사업시행사)], OOO(대주 겸 공동사업시행자), OOO주식회사(시공회사), 대한토지신탁주식회사는 2006.7.5. OOO 77,908㎡에 복합단지개발사업(아파트 1,658세대, 판매업무 58,023㎡, 할인매장 59,702㎡, 이하 “쟁점사업”이라 한다)을 신축하는 공동사업약정서를 체결하였다.
• 나. 청구법인은 2009.11.6. OOO와 사업추진약정서를 체결하여 OOO의 쟁점사업에 관한 공동사업권을 OOO원에 양수(이하 “쟁점사업권리”라 한다)하고, 2009년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점 사업권리의 양수와 관련하여 OOO 주식회사 외 12개 업체 에게 지급한 용역비 OOO원 중 토지등기비용 OOO원을 제외한 공급가액 OOO원의 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)에 대한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급 신청하였다.
• 다. OOO세무서장은 2010년 2월 청구법인의 환급신청에 대하여 현지확인한 결과, OOO는 쟁점사업의 사업시행자가 아니라 단순한 투자자에 불과하고, 쟁점용역은 쟁점사업권리 양수대금 OOO원을 조달하기 위한 자문용역의 대가(청구법인의 과세사업과 직접 관련이 없는 매입에 해당함)로 조사하고 청구법인 관할인 처분청에 통보하였는 바, 처분청은 청구법인의 쟁점매입세액을 불공제하고 2010.7.22. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 OOO원(초과 환급가산세)을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 2010.10.18. 이의신청을 거쳐 2011.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO와 OOO가 체결한 사업약정서를 보면, OOO는 ① 사업부지 매입자금 및 제세공과금 등 대여, ② OOO 명의로 확보할 사업부지의 소유권 확보 및 동 부지상 OOO를 수익자로 하는 처분신탁 변경계약 체결 및 등기업무, ③ 회원분양아파트에 대한 분양업무, ④ 공동주택에 대한 시행참여, ⑤ OOO의 사업시행권 포기사유 발생시 나머지 계약당사자의 합의가 있는 경우 OOO의 지위승계하고(제3조 제4항), 사업승인후에는 지체없이 사업부지에서 OOO가 공동시행을 위하여 위탁한 부지를 신탁해지하기로 하고 이에 부수하여 수익권증서의 회수 및 재발급에 당사자는 이의를 제기하지 않기로 하며(제9조 제5항), 분양가 결정은 OOO와 시공사, 군인 공제회가 상호 협의하여 결정하도록 되어 있는 점(제12조 제3항)으로 보아 OOO는 단순한 투자자가 아닌 공동시행자임을 알 수 있다. OOO와 OOO와 사이에 성립된 화해조서(서울지방법원 2006자1802, 2006.9.25.)에 의하면, OOO가 OOO의 대출원리금 및 사업이익금, 사업지연이자, 제8조에 따른 추가 PF대출원리금 상환가능성이 없다고 판단한 경우 등 일정사유 발생시 OOO는 OOO에게 시행권 포기를 통보하고, OOO는 인허가 명의를 모두 OOO로 변경할 수 있도록 필요한 관련서류 일체를 제공하고 명의 변경절차를 이행하도록 되어 있다. OOO시의 쟁점사업에 대한 승인지연과 OOO의 사정으로 쟁점사업의 추진이 어려워지자, OOO는 2009.11.6. 청구법인과 사업추진약정서를 체결하고 쟁점사업과 관련한 모든 권리를 청구법인에게 양도 하기로 하였는 바, 그 내용을 보면, OOO가 가지는 (가) 기존 사업약정서 및 부속 약정서상의 계약당사자로서의 지위, (나) 질권 설정계약에 기한 토지신탁수익권에 대한 1순위 질권, (다) OOO가 기존 사업약정서에 따라 OOO에 대출한 대출금 채권, (라) 본 건 사업부지로서 OOO가 위탁자이며 동시에 해당토지의 신탁에 따른 제1순위 수익권을 보유하고 있는 토지, (마) 2006.9.25.자 서울 중앙지방법원 2006자1802 화해조서상 OOO가 OOO에 대하여 보유하고 있는 권리 등을 청구법인에게 양도하는 것으로 되어 있다. 처분청은 쟁점매입세액이 토지관련 매입세액이라는 의견이나, OOO는 연기금법인의 특성상 타 사업분야의 참여에 제한받고 자금대여를 함에 있어서도 원금의 회수 등을 위해 담보력이 확실환 사업부지 매입으로 사용용도를 제한함으로써 사업추진이 안될 경우에 자금회수를 보장받기 위해 사업부지 매입자금을 대여한 것으로, 쟁점사업에 참여시 OOO로 하여금 동 개발사업의 추진에 기반이 되는 토지를 취득하게 하여 사업을 수행할 수 있도록 하기 위해 사업부지 매입자금의 대여역할을 담당한 것이고, 사업이 정상적으로 진행되면 그 자금을 회수하려는 것이지 토지취득을 위해 자금을 대여한 것이 아니며, 그 토지에 질권을 설정한 것도 채권보전을 위한 것이고, 청구법인이 OOO로부터 사업을 양수할 당시에도 채권을 양수한 것인지 토지를 양수한 것이 아니므로 쟁점매입세액을 토지관련 매입 세액으로 본 것은 부당하다. 한편, 처분청은 OOO도시개발구역 지정 및 개발계획 수립 고시(2009.5.15.)의 시행자에 OOO가 단독시행자로 되어 있어서 주체가 서로 다른 청구법인에게 OOO의 공통매입세액 안분계산시 적용한 예정사용면적 기준을 적용할 수 없다는 것이나, 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 OOO의 부동산개발사업의 시행자로서의 지위를 포괄양수 하였으므로 OOO가 부가가치세 신고시 공통매입세액 안분 계산비율을 산정하기 위하여 처분청에 제출한 예정사용면적(총 계정사용면적 435,871.46㎡ 중 과세사업과 관련된 예정사용면적 426,776.96㎡→ 97.91%)을 적용하여 안분계산 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 2006.7.5. 체결한 쟁점사업 공동약정서상 OOO가 대주겸 공동사업시행자로 되어 있으나, 구체적인 역할에 있어 사업부지 매입자금 및 제세공과금 등 대여 이외에는 비용을 부담하지 않는 것으로 기재된 사실과 공동사업시행에 따른 지분이나 지분율에 근거한 수입금액 및 공동경비의 배분기준이 없다는 사실, 공동사업시행을 위해서는 공동사업을 위한 별개의 사업자등록을 하고, 이에 따른 세금계산서 수수가 이루어져야 하나, 별개의 사업자등록이 없었던 사실, 성남시장이 2009.5.15. OOO를 단독시행자(제안자)로 하여 개발구역지정 및 개발 계획을 수립․고시한 사실 등으로 보아 OOO가 쟁점사업의 공동시행자로 볼 근거가 부족하며, 청구법인이 양수한 개별자산은 대출채권, 수익권에 대한 1순위 질권, 토지로 되어 있는 점으로 보아 청구외 OOO가 쟁점사업에 참여한 주된 이유는 자사회원에 대한 10% 할인분양, 대출원리금 회수 및 투자에 대한 사업이익금 보장이라고 판단되므로 OOO의 지위는 시행사라기 보다는 투자자에 해당되는 것으로 보여진다. 청구법인이 쟁점사업권리의 양수와 관련한 지출비용 OOO원에 대하여 살펴보면, 복합단지개발사업에 대한 금융조달과 관련하여 재무자문컨설팅, 금융구조개발, 투자자모집 등에 대한 각종 자문을 제공받았거나(OOO 주식회사 공급가액 OOO원), OOO로부터 OOO에 대한 대출채권을 양수하고 쟁점사업을 추진하기 위해 각종 자금을 조달하고자 전략수립 등에 관한 제반자문을 받은 등(OOO 주식회사 공급가액 OOO원)으로 확인되어 쟁점사업과 직접적으로 관련된 비용이라기 보다는 양수도 대금 OOO원을 조달하기 위한 법률․금융 자문 등의 수수료로 지급한 것이고, OOO와 청구법인이 체결한 사업추진약정서상 양수도 목적물이 대출채권, 수익권질권, 토지 등으로 되어 있어 대출채권, 수익권 질권 등은 채권매매로 부가가치세 과세대상이 아니며, OOO가 OOO에 대여한 대출금 OOO원(원금)은 기존사업약정서 제5조에 그 사용용도를 OOO의 토지매입 및 제세공과금 등으로 제한하고 있고, OOO의 역할이 회원아파트 분양을 위한 자금대출 및 부지취득이므로 이와 관련하여 매입세액은 토지관련 매입세액으로 보는 것이 타당하다. 한편, 청구법인은 쟁점사업이 부가가치세 면세․과세 공통매입세액에 해당하므로 복합단지개발사업의 예정사용면적비율을 적용하여 안분계산하여야 한다고 주장하나, 예정면적 비율 등을 적용하여 공통매입세액을 안분계산하기 위하여는 쟁점사업 매입금액이 쟁점사업과 직접적인 관련성이 있어야 함에도, 상기의 제반사항을 종합하여 볼 때, 쟁점사업 매입금액은 사업과 직접적인 관련이 없는 매입세액에 해당하므로 안분계산은 적용할 여지가 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점사업이 청구법인의 과세사업과 직접 관련이 없는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인이 OOO로부터 양수한 쟁점사업이 청구법인의 과세사업과 직접 관련이 없는 것으로 보아 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 과세사업에 관한 것이라고 주장하면서 그에 따른 증빙 으로 쟁점사업시행 약정서, 서울중앙지방법원 화해조서(2006자1802, 2006.9.25.), 청구법인과 OOO가 체결한 사업추진약정서 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 과세자료를 보면, 청구법인은 2009.11.6. OOOOO와 사업추진약정서를 체결하여 쟁점사업권리를 양수하고, 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점사업권리의 양수와 관련하여 OOOOOO 주식회사 외 12개 업체로부터 제공받은 용역비 OOO원 중 토지등기비용 OOO원을 제외한 공급가액 OOO원 상당의 쟁점용역에 부가가치세 신고시 쟁점매입세액을 환급신청 하였고, OOO세무서장은 2010년 2월 청구법인의 환급신청에 대하여 현지확인한 결과, OOO는 쟁점사업의 사업시행자가 아니라 단순한 투자자에 불과하고, 쟁점용역은 청구법인이 쟁점사업권리 양수대금 OOO원을 조달하기 위한 금융자문용역의 대가로 보아 처분청에 통보하였는 바, 처분청은 쟁점사업이 청구법인의 과세사업과 직접 관련이 없는 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 처분을 하였다. (2)부가가치세법제17조 제2항 제2호와 제4호를 보면, ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입 세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출 세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제61조 제1항에 ‘사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 (이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하되, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분 계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다’고 규정하고 있다.

(3) OOO(차주겸 위탁사, 갑), OOO주식회사(시공회사, 을), OOO 주식회사(수탁자, 병), OOO(대주 겸 공동시행 회사, 정)가 2006.7.5. 체결한 쟁점사업시행 약정서에 의하면, OOOOO는 대주겸 공동시행회사 자격으로 계약당사자가 되고(제3조 제4항), 역할과 업무는 ① 사업부지 매입자금 및 제세공과금 등에 대한 비용부담, ② OOO과 제1차 대출금 관리계좌 공동관리 및 통제, ③ 청구법인 명의로 확보할 사업부진의 소유권 확보 및 동 부지상의 “OOO”을 수익자로 하는 처분신탁 변경계약 체결 및 등기, ④ 공사관리(기성확인)을 위한 PF협력관 2명 상주운용(계획대로 사업추진여부 확인 등), ⑤ 회원분양 아파트에 대한 분양홍보, 계약 등 분양업무, ⑥ "갑", “을”,“병”간의 조정역할, ⑦ 공동주택에 대한 시행참여, ⑧ 본 약정 특약에 기한 "갑"의 사업시행권 포기사유 등 발생시 "을" "병" "정"의 합의가 있는 경우 "갑"의 지위를 승계하는 것으로 나타난다.

(4) 서울중앙지방법원 2006자1802 화해조서(2006.9.25.)를 보면, OOOOO(신청인)는 주식회사 OOO(피신청인)에 쟁점사업에 대한 시행권 포기를 통보하고, 주식회사 OOO이 권리실행일 이후에도 일정사유 발생시 OOO OOO OOO OOOOOO O OOO 공장용지 80534㎡, 2466번지 도로 14915.1㎡, 2459번지 구거 787.8㎡ 지상에 2006.7.5.자 사업약정서에 정한 사업을 수행함에 있어 관련 시행권 및 기타 사업의 시행과 관련된 권리를 포기하고, 위 토지들 지상에 건축될 공동주택, 주상복합 건물과 관련된 인허가 명의를 모두 OOO로 변경할 수 있도록 필요한 관련 서류일체를 제공하고 명의변경 절차를 이행하는 것으로 기재되어 있다

(5) 청구법인이 2009.11.6. OOO와 체결한 사업추진약정서상 주요내용은 아래 [표1]과 같은 바, OOO는 쟁점사업 진행이 어려워져서 채권회수가 어려워지자 쟁점사업과 관련된 기존 대출채권, 수익권 질권 및 토지의 소유권 등 모든 권리를 청구법인에게 양도하였다.

(6) 청구법인의 쟁점사업 인수의 건에 대한 이사회회의록(2009.11.5.)을 보면, ① OOO의 (주)OOO에 대한 채권 및 질권: OOO원, ② OOO의 (주)OOO에 대한 채권 및 질권 OOO원, ③ OOO 명의의 토지 3필지 OOO원, ④ OOO에 대한 사업권 OOO원, 합계 OOO원에 인수한 것으로 기재되어 있다.

(7) 청구법인이 2010.5.25. OOO시장에게 신청한 쟁점사업에 대한 사업시행자 지정신청을 한 자료에 의하면, 쟁점사업의 사업시행자로 청구법인을 지정하여 줄 것을 요청한 것으로 나타난다.

(8) 청구법인이 제출한 쟁점사업에 대한 공통매입세액 OOO,OOO,OOO원에 대한 과세와 면세공급가액은 아래 [표2]와 같은 것으로, 쟁점사업의 사업계획서상 총예정사용면적 435,871㎡ 중 과세면적은 426,776㎡(97.91%)이고, 면세면적은 9,095㎡(2.09%)로 나타난다.

(9) 한편, 처분청은 청구법인이 쟁점사업권리의 양수와 관련한 지출비용 OOO원이 복합단지개발사업에 대한 금융조달과 관련 하여 재무자문컨설팅, 금융구조개발, 투자자모집 등에 대한 각종 자문을 제공받았거나(OOO 주식회사 공급가액 OOO원), OOO로부터 OOO에 대한 대출채권을 양수하고 쟁점사업을 추진하기 위해 각종 자금을 조달하고자 전략수립 등에 관한 제반자문을 받은 등(OOO 주식회사 공급가액 OOO원)으로 확인되어 쟁점사업과 직접적으로 관련된 비용이라기 보다는 양수도 대금 OOO원을 조달하기 위한 법률․금융자문 등의 수수료로 부가가치세 과세대상이 아니어서 매입세액 공제대상이 아니라고 의견이나, 쟁점용역의 성격이 과세·면세인지는 쟁점용역의 결과로 조달되는 자금의 성격에 의하여 정해지고, 조달자금의 성격은 자금의 용도에 따라 정해진다고 할 것이 므로, 쟁점용역의 성격은 조달자금의 사용용도에 따라 정해지는 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다(조심 2010중393, 2011.1.20. 같은 뜻임).

(10) 위의 내용을 종합하여 보면, 2006.7.5. 체결된 쟁점사업시행약정서상 OOO는 대주겸 공동시행회사 자격의 계약당사자이고, 청구법인은 OOO의 사업시행권 포기사유 등 발생시 OOO주식회사(시공회사), OOO 주식회사(수탁자)의 합의가 있는 경우 OOO의 지위를 승계하는 것으로 약정하였으며, 청구법인은 2009.11.6. 군인 공제회와 사업추진약정서를 체결하고 OOOOO의 쟁점사업에 대한 공동시행권 OOO원을 포함한 모든 권리를 OOO원에 양수하였을 뿐 아니라, 쟁점사업에 대한 사업시행자를 청구법인으로 지정하여 줄 것을 OOO시장에게 요청한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 군인 공제회로부터 양수한 쟁점사업이 단순한 대출채권이나 토지 등 만이 아닌 공동사업시행권까지 양수한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 쟁점용역이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액)이나, 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.