특수관계자에 해당하는 공익단체에 채무부담부 조건으로 부동산을 출연한 경우 당해 부동산의 시가를 부가가치세과세표준으로 함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.9.6. ○○시 ○○읍 ○○리 662-1 및 같은 곳 662-5에서 “○○○”이란 상호로 노인복지시설을 운영하는 사업자등록(141--***)을 한 후, 위 사업장의 사업용 건물(토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다) 신축과 관련하여 2006년 제2기부터 2010년 제1기까지 부가가치세 3억 1,708만원을 환급받았으며, 청구인의 배우자인 허○○이 대표자로 되어 있는 의료법인 ○○○(2010.8.10. 설립)에 2010.8.10. 쟁점부동산을 출연하고 폐업신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 특수관계에 있는 의료법인에 쟁점부동산을 출연한 것과 관련하여 부가가치세를 신고누락한 것으로 보아 쟁점부동산의 시가(감정가액)를 부가가치세과세표준으로 하여 2011.3.14. 청구인에게 2010년 제2기 부가가치세 275,871,520원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구인이 쟁점부동산을 의료법인에 출연한 것은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 의 규정에 의하여 공익단체에 무상으로 공급한 것이므로 부가가치세를 면제하여야 한다.

(2) 다만, 의료법인의 채무부담분은 유상양도로서 부가가치세 면제대상은 아니지만 청구인의 노인복지관 사업과 관련된 자산과 부채를 사업의 동일성이 유지되는 의료법인에 포괄적으로 양도하였으므로 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 의 규정에 의하여 재화의 공급에 해당하지 아니하는 사업의 양도에 해당한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 사업자가 사업에 공하던 부동산을 특수관계자에 해당하는 공익단체에 채무를 인수하는 조건으로 출연하는 경우 당해 사업용 부동산의 공급에 대한 과세표준은 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 에서 규정하는 시가가 되는 것이므로, 쟁점부동산의 감정가액을 시가로 보아 이를 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세함은 정당하다.

(2) 청구인은 2009.9.6. 과세사업인 노인복지시설 운영업으로 사업자등록을 하고 쟁점부동산을 신축하여 2010.8.10. 면세사업인 요양병원과 과세사업인 노인복지시설을 겸업하는 의료법인에 출연하여 사업의 동일성이 유지되었다고 볼 수 없으므로 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 의 규정에 의한 사업의 양도로 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 특수관계자에 해당하는 공익단체에 채무부담부 조건으로 부동산을 출연한 경우 당해 부동산의 시가를 부가가치세과세표준으로 할 수 있는지 여부

② 공익단체에 부동산을 출연한 것이 사업의 양도에 해당하는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引導) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

④ 사업자가 사업을 폐업하는 경우 남아 있는 재화(제17조 제2항 각 호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화는 제외하고, 제6항 제2호에 따른 사업양도에 의하여 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 제17조 제1항 각 호의 세액을 공제받은 재화를 포함한다)는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서에 따라 등록한 경우 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 법률에 따라 조세를 물납(物納)하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

⑦ 제1항에 따른 재화의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역 (3) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한 재화의 시가 (4) 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(상법에 따라 분할 또는 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제2항 의 요건을 갖춘 분할의 경우, 조세특례제한법 제37조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것 (5) 부가가치세법 시행령 제39조 【공익단체의 범위】

① 법 제12조 제1항 제19호에 규정하는 공익단체는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 단체로 한다. (6) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. (7) 부가가치세법 시행령 제50조 【시가의 기준】

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법 시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다) 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

② 제1항은 법 제6조 제2항 및 제3항에 따라 공급으로 보는 재화의 과세표준의 계산에 관하여 준용한다. 다만, 제15조 제2항에 따라 공급으로 보는 경우에는 제49조 제3항에 따른 해당 취득가액을 과세표준으로 하되, 취득가액에 일정액을 가산하여 공급하는 때에는 그 공급가액을 과세표준으로 하며, 개별소비세·주세·교육세·농어촌특별세 및 교통·에너지·환경세 상당액을 합계한 금액을 과세표준으로 한다. (8) 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

2. 특수관계 있는 자에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

3. 특수관계 있는 자로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우

4. 특수관계 있는 자로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

5. 그 밖에 특수관계에 있는 자와의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. (9) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제62조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(10) 상속세 법 증여세법 제12조 【공익법인등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인 등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 “공익법인 등”이라 한다)를 말한다.

4. 의료법 또는 정신보건법의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 국세통합전산망(TIS) 전산자료 및 의료법인설립허가증 등에 따르면, 청구인은 2006.9.6.부터 부가가치세가 과세되는 노인복지시설을 운영하는 것으로 사업자등록을 하고, 쟁점부동산 신축에 따른 부가가치세를 환급받았으며, 2010.9.7. 폐업한 것으로 나타나고, 의료법인 ○○○은 청구인의 배우자인 허○○을 대표자로 하고, 개업일을 2010.8.10.로 하여 사업자등록을 하였으며, 2010.7.30. ○○요양병원으로 의료법인 허가(○○시장 보건소-15675호)를 받았음이 나타난다.

(2) 청구인이 제시한 사업포괄현물출연계약서에는 2010.8.10. 청구인을 “갑”으로 하고, 의료법인 ○○○을 “을”로 하여 아래와 같이 쟁점부동산 등을 출연한 것으로 나타난다. 제2조(양도·양수방법) 갑이 사업양도에 따른 양도소득세와 부가가치세의 면제를 받기 위하여 2010.8.10. 현재의 기본재산목록의 재산일체와 현금 2억원을 합한 금액에서 부채총액을 차감한 잔액을 현물출연하는 방법에 의하여 을에게 사업일체를 포괄적으로 출연한다. 제3조(재산, 부채의 평가) 자산(부동산): 2,482,185,000원(기본재산 목록 참조) 자산(현금): 200,000,000원(○○은행 ○○지점 잔액) 부채(은행 융자금): 1,000,000,000원(○○○) 제4조(양도·양수의 효력) 본 계약은 2010.8.10. 계약서에 서명을 함과 동시에 그 효력이 발생한다. 제5조(협조의무) 갑은 을의 소유권이전등기 및 사업수행에 필요한 일체의 협조를 하여야 한다. <기본재산목록> (단위: ㎡, 원) 소재지 지번 지목 면적 평가가액

○○도 ○○시

○○읍 ○○리 662-1 대지 796 159,200,000 지하1층 303.6 924,345,000 1층 303.6 2층 303.6 옥탑 1층 30.12 662-5 대지 995 199,000,000 지하1층 396 1,188,000,000 1층 264 2층 264 3층 264 662-6 도로 194 11,640,000 합계 토지 1,985 369,840,000 건물 2,128.92 2,112,345,000 계 2,482,185,000

(3) 청구인에 대한 부가가치세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 쟁점부동산 중 건물가액의 시가를 2010.2.22. 감정평가액 2,112,345,000원 및 2010.9.9. 감정평가액 1,990,749,000원의 평균액인 2,051,547,000원으로 보고, 이를 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세하였음이 나타난다.

(4) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 부가가치세법 제6조 제1항 에서 재화의 공급은 계약상 또는 법률상 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제12조 제1항 제18호는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점부동산을 의료법인에게 채무인수조건부로 출연하였으므로 무상공급이 아닌 부담부증여에 해당한다 할 것이고, 특수관계에 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우에는 시가를 부가가치세과세표준으로 하는 것이므로, 처분청이 쟁점부동산의 시가를 감정가액의 평균액으로 보아 이를 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(5) 또한, 쟁점부동산 신축시 과세사업자로 사업자등록을 하고 관련 부가가치세를 환급받은 청구인이 면세·과세 겸업 사업자인 의료법인에게 쟁점부동산을 양도하여 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’로 보기도 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.