실지거래가액을 토지의 지번별로 임의로 안분하는 경우에는 합리적인 산정근거를 기준으로 하여야 함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2007.11.9. 1,700백만원에 일괄취득한 ○○○대지 621m2외 7필지의 토지 합계 6,642m2(이하 “전체토지”라 한다)중 같은 리 114-7 임야 612m2외 4필지의 토지 합계 4,116m2(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2009.10.28. 주식회사○○○에게 1,618백만원에 양도한후, 취득가액 1,115백만원, 양도가액 1,618백만원을 실지거래가액으로 하여 2010.1.4. 양도소득세 과세표준을 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 2010.11.29.~2010.12.10. 양도소득세 실지조사 결과 청구인이 쟁점토지의 취득가액을 필지별로 임의산정하는 등 근거가 없다 하여 기준시가로 안분하여 산정한 950백만원을 취득가액으로 하여 2011.2.10. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 47,078,040원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 취득 당시 산지전용허가를 득하였고(허가일 2007.8.27.) 토목공사도 거의 완료되어 공부상 지목에 관계없이 토지현황을 감안하여 평당 850천원에 취득한 것이고, 전 소유자가 기준시가로 양도가액을 안분계산하여 신고한 것과 청구인이 실질에 따라 취득가액을 신고한 것은 별개의 사안이며, 쟁점토지를 m2당 363천원에 양도한 것과 2010.10.26. 박○○○에게 쟁점토지 인근 대지를 m2당 700천원에 양도한 것은 토지의 특성상 매매당사자간의 사정 등에 의해 매매가액이 결정되는 특성이 있기 때문이고, 취득가액 확인용도로 제시한 감정평가서는 주변 유사토지의 매매사례가액과 토목공사가 이미 이루어져 개발이익이 반영되어 있는 쟁점토지의 현황을 반영한 것이나 처분청은 단지 담보목적의 감정평가서라는 이유만으로 취득가액을 확인하는 증거자료로 인정하지 않고 있으며, 동 감정평가서는 매매계약일(2007.10.5.) 이후 작성(2007.10.24.)되었으므로 청구인이 감정평가서를 근거로 안분계산하여 신고한 것은 아니고, 처분청 주장대로 기준시가로 안분할 경우 지목상 임야는 양도차익이 481백만원 증가하고, 오래 보유한 지목상 대지는 양도차익이 거의 없어 취득원가 배분에 심한 불균형이 초래되는 등 취득 당시 토지상황과는 괴리가 있는 공부상의 기준시가만을 참조하여 신고한 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 현재 보유중인 지번 114-9 대지 1,435m2는 4차선 도로에 접한 부분이 있고, 쟁점토지는 그 후면에 위치하여 이용도나 효용가치에 상당한 차이가 있음에도 청구인은 동일한 가치로 평가하여 취득가액을 신고하였고, 전 소유자 김○○○은 양도소득세 신고시 양도가액을 기준시가로 안분하여 신고·납부하였으나 청구인은 임의로 쟁점토지의 취득가액을 평당 약 850천원에 신고하였으며, 청구인이 제출한 감정평가서는 금융기관 대출을 위해 토지에 대한 담보목적의 감정평가로서 공동담보로서의 전체적인 토지의 가치가 중요한 것이나, 사실상 현황이 도로인 부분에 대하여는 평가제외하는 등 개별필지별 취득가액 산정이 중요한 쟁점토지의 취득원가 산정시에는 합리성이 부족한 점이 있는 등, 당초 취득한 전체토지의 지목이 대지 및 임야로 기준시가의 차이가 현저함에도 기준시가가 낮은 쟁점토지(임야)만 양도하면서 지방자치단체에 임의로 높게 신고한 거래신고가액을 기준으로 취득가액을 산정하는 등 양도차익을 축소신고한 것으로 보이므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 전체토지의 일괄취득가액을 기준시가 비율에 의해 안분하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 제출된 심리자료에 의하면, 청구인이 쟁점토지 양도후 신고한 취득가액 1,158백만원은 취득 당시 부동산거래계약신고필증상 신고금액을 기준으로 산정한 것이나, 전 소유자 김○○○은 양도가액 17억원을 개별공시지가를 기준으로 필지별로 안분하여 신고하였고, 양도소득세 조사(종결)보고서(2010.12.) 등에 의하면, 청구인이 전체토지 양수시 일괄취득방식으로 17억원에 취득하여, 개별필지가격을 근거없이 산정하여 부동산거래계약 신고를 한 것으로 조사되어 있는바, 전체토지 취득 및 양도, 처분청의 취득가액 안분계산내역은 아래 <표1>, <표2>와 같다.○○○

(2) 청구인이 제출한 감정평가서는 ○○○에 담보제공 목적으로 전체토지에 대하여 2007.10.10~2007.10.25. 기간중 주식회사 ○○○에서 감정평가한 것으로, 공부상 면적 6,639m2중 도로 등 1,011m2를 제외한 면적 5,628m2에 대하여, 인근 유사 표준지○○○ 개별공시지가(공시지가 220천원/m2)를 기준으로 지가변동률로 시점수정하고 위치, 교통, 주위환경 등 입지조건과 형태, 규모, 이용상황 및 지번 114-8 임야 등 5,206m2가 산지전용허가를 득한 점 등을 감안하여 m2당 210천원에서 230천원으로 하여 총합계 1,189백만원으로 평가한 가액이며, 전체토지 중 쟁점토지에 해당하는 임야는 210천원/m2이고, 청구인이 보유하고 있는 나머지 토지(대지)는 220천원/m2 또는 230천원/m2으로 평가되었다.

(3) 처분청이 제출한 양도소득세 조사(종결)보고서(2010.12.)를 보면, 청구인이 보유중인 지번 114-9 대지 1,435m2는 4차선 도로에 접한 부분이며, 양도한 쟁점토지는 청구인이 현재 보유하고 있는 토지 후면에 위치해 있는 토지로 양쪽 토지는 그 이용도에 있어서나 효용가치에 있어서 상당한 차이가 있고, 이 양도건과 별건으로 청구인이 보유중인 지번 114-9와 접한 토지인 지번 114-5 70m2와 합병한 토지 291m2를 합하여 361m2(대지)를 2010.10.26. 박○○○에게 252백만원에 양도(700천원/m2)하여 미래에 대한 전망외 주변여건이나 상황의 변경이 없는 상태에서 2009년 10월 임야 양도가액 363천원/m2와 현저한 차이를 보이고 있는 것으로 조사되어 있고, 지적도를 보면, 청구인이 보유중인 토지는 4차선 도로에 접해 있으며, 양도한 쟁점토지는 청구인이 현재 보유하고 있는 토지 후면에 위치한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인은 취득 당시 쟁점토지 및 주변토지들이 준 대지화되는 등 토지의 특성이 달라져 있음에도 실질현황을 반영하지 못한 기준시가로 안분한 가액을 실지취득가액으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 소득세법 제100조 제2항 및 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항에 의하면 2개 이상의 부동산을 함께 취득하였으나 각 부동산의 가액이 불분명한 경우에는 취득당시 기준시가 또는 감정평가법인이 평가한 감정평가가액 비율에 의하여 안분한 금액을 각 부동산의 취득가액으로 삼도록 하고 있는바, 청구인이 제출한 감정평가서는 금융기관 담보목적의 감정평가로서 도로 등 일부면적(1,011m2)을 제외하고 평가하는 등 쟁점토지의 취득가액 산정근거로 보기에는 합리성이 부족한 점, 청구인이 보유중인 토지는 4차선 도로에 접한 부분이며, 양도한 쟁점토지는 토지 후면에 위치해 있어 이용도에 있어서나 효용가치에 있어서 상당한 차이가 있으나 일괄적으로 쟁점토지의 취득가액을 산정(m2당 250천원 내외)한 점, 청구인이 쟁점토지를 다른 부동산과 함께 취득하면서 전체 부동산의 취득가액만 산정하고 쟁점토지에 대한 가액은 특정한 사실이 확인되지 않는 점 등으로 보아, 쟁점토지의 취득가액이 불분명한 것으로 보이므로 처분청이 전체토지의 취득당시 실지거래가액을 기준시가 비율에 의하여 안분한 금액을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.