법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 개정취지가 영세한 소기업이 무신고 또는 장부가 멸실되었다고 하여 과다한 조세부담을 지우는 것을 방지하기 위한 것인데, 처분청의 기준경비율에 의한 결정소득율(76.15%)이 청구법인의 00~02년도 신고소득율(20.81%)의 3.65배에 달하여 개정취지에 부합하지 않은 것으로 보이므로 폐업한 소기업에 해당하는 청구법인의 04~05년도 과세표준은 단순경비율을 적용함이 합리적임
법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 개정취지가 영세한 소기업이 무신고 또는 장부가 멸실되었다고 하여 과다한 조세부담을 지우는 것을 방지하기 위한 것인데, 처분청의 기준경비율에 의한 결정소득율(76.15%)이 청구법인의 00~02년도 신고소득율(20.81%)의 3.65배에 달하여 개정취지에 부합하지 않은 것으로 보이므로 폐업한 소기업에 해당하는 청구법인의 04~05년도 과세표준은 단순경비율을 적용함이 합리적임
OOO세무서장이 2011.3.11. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 724,270,910원 및 2005사업연도 법인세 222,997,750원의 부과처분은 각사업연도 소득금액을 산정함에 있어서 법인세법 제66조 및 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 의 규정에 의한 추계결정방법으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1의 방법에 의한다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재․지변 기타 불가항력을 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.
3. 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 의 2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법 (3) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제104조【추계결정 및 경정】② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1의 방법에 의한다.
3. 조세특례제한법제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유가 있는 경우에는 제외한다)에는 소득세법시행령제145조에 따른 단순경비율과 직전 사업연도 소득률 중 작은 비율을 곱하여 계산한 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법 (4) 법인세법 시행규칙(2009.3.30. 기획재정부령-66호로 개정되기 전) 제53조 【추계결정방법 등】 영 제104조 제2항을 적용할 때에 기준경비율이 있는 업종과 기준경비율이 없는 업종을 겸영하는 경우 기준경비율이 있는 업종에 대하여는 같은 항 제1호에 따르고 기준경비율이 없는 업종에 대하여는 같은 항 제2호에 따른다. (5) 법인세법 시행규칙(2009.3.30. 기획재정부령-66호로 개정된 것) 제53조 【추계결정방법 등】① 영 제104조 제2항을 적용할 때에 기준경비율이 있는 업종과 기준경비율이 없는 업종을 겸영하는 경우 기준경비율이 있는 업종에 대하여는 같은 항 제1호에 따르고 기준경비율이 없는 업종에 대하여는 같은 항 제2호에 따른다.
② 영 제104조 제2항 제3호에서 “기획재정부령이 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 무자료거래, 위장․가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
2. 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
3. 거래상대방이 조세범처벌법에 따른 범칙행위를 하여 조사를 받고, 조사과정에서 해당법인과의 거래내용이 파악된 경우 4 법인의 사업내용, 대표자의 재산상황 등을 고려할 때 명백한 탈루혐의가 있다고 인정되는 경우 (6) 소득세법 시행령 제143조【추계결정 및 경정】③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다. 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 (7) 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.
1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것
2. 광업ㆍ건설업ㆍ물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것
3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것 어느 하나에 해당하는 서류를 확인하는 것을 말한다.
(1) 처분청의 조사관련 자료 등에 의하면, (가) OOO세무서장은 2006년 6월 청구법인의 거래처인 OOO에 대한 법인세 일반통합조사를 실시하여 청구법인이 2004년 제1기 696,050천원, 2004년 제2기 1,207,973천원, 2005년 제1기 461,744천원, 2005년 제2기 235,480천원, 합계 2,601,247천원의 임가공용역을 제공하고 대금을 어음으로 수령하였으나 세금계산서를 발행하지 아니한 사실을 확인한 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 통보받은 과세자료를 근거로 부가가치세 경정조사(2010.12.13.～2011.1.1.)를 실시하고 조세범처벌법제11조의2의 규정(세금계산서 교부의무 위반범)을 위반한 범칙행위가 확인되어 조세범칙조사심의회의의 승인(2010.12.27.)을 거쳐 조세범칙조사로 전환한 사실이 나타난다. (나) 청구법인의 대표이사 김OOO은 OOO세무서장의 OOO에 대한 법인세 일반통합조사 당시 쟁점매출누락금액을 신고 누락한 사실을 시인하였고(매출누락 시인확인서, 대금수수내역서 등 제출), 청구법인은 사업부진으로 이미 폐업된 상태이기 때문에 관련 장부 및 증빙이 전부 일실되어 대응원가에 대한 자료를 제출할 수 없다고 진술한 것으로 되어 있다. (다) 처분청은 청구법인이 상시근로인원 100인 이하의 제조업법인으로 조세특례제한법제7조 제1항 제2호 가목의 소기업에 해당되고 조사일 현재 폐업한 법인이나, 명백한 조세탈루혐의가 있어 2004～2005사업연도 법인세 무신고법인 처리기준(국세청 법인세과-1377호, 2005.6.14. 및 법인세과-1561호, 2006.6.14.)에 따라 기준경비율을 적용하여 각사업연도 소득금액을 추계결정한 것으로 나타난다.
(2) 청구법인은 1999.12.15. 개업하여 자동차부품(승용차 에어컨 모터) 제조업을 영위하다가 2004.3.31.자로 직권 폐업된 법인으로, 2000～2002사업연도의 법인세 신고내역 및 2004～2005사업연도 법인세 결정내역은 아래〈표1〉과 같다. 〈표1〉 청구법인의 법인세 신고내역 및 결정내역 구분 신 고 내 역 결 정 내 역 2000년 2001년 2002년 2004년 2005년 수입금액 1,792 1,479 2,993 2,368 697 과세표준 111 171 1,022 1,771 563 소득율 6.19% 11.36% 34.34% 74.78% 80.77% 비고 평균 신고소득율 20.81% 평균 결정소득율 76.15% (단위: 백만원)
(3) 살피건대, 처분청은 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정된 것)는 폐업한 소기업이 조세회피의 우려가 없는 경우 소득세법의 단순경비율을 이용한 추계방법 등 국세청장이 정하는 합리적인 방법을 사용할 수 있도록 하기 위한 것이 입법 취지이므로 명백한 탈루혐의가 있는 청구법인에 대하여는 기준경비율을 적용하는 것이 타당하다는 의견이나, 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호의 규정은 사업을 폐지한 소기업의 경우에는 적자 등이 누적되어 소득금액이 없고 내부관리 부실로 장부 등이 멸실된 경우가 많으므로 조세회피의 우려가 없는 경우에 단순경비율을 이용한 추계방법 등 국세청장이 정하는 합리적인 방법을 사용하도록 개정된 것으로, 이는 영세한 소기업이 무신고 또는 장부가 멸실되었다고 하여 과다한 조세부담을 지우는 것을 방지하기 위한 것으로 보이고, 추계요건에 해당된다고 할지라도 처분청의 자유재량이 아니라 가능한 실액에 근사한 과세소득을 산출할 수 있는 추계의 방법과 내용을 선택하여야 하는데, 처분청의 기준경비율에 의한 결정소득율(76.15%)은 청구법인의 2000～2002사업연도 신고소득율(20.81%)의 3.65배에 달하여 개정취지에 부합되거나 실액에 근사한 결정소득이라 볼 수 없는 점, 청구법인은 조세범처벌법제11조의2의 규정의 세금계산서 교부의무 위반으로 고발되었고, 청구법인이 적극적으로 가공이나 허위자료를 발행하거나 수취한 것이 아니라 처분청의 직권폐업 이후 내부관리 부실 등으로 쟁점매출누락액이 발생한 것으로 보여 적극적인 조세탈루혐의가 있다고 단정하기 어려운 점, 조세탈루혐의가 있는 경우 기준경비율을 적용하도록 한 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호 및 법인세법 시행규칙 제53조 제2항 의 규정은 2009사업연도부터 적용하도록 개정(2009.2.4., 대통령령 제21302호)된 점 등을 감안할 때, 조세특례제한법제7조 제1항 제2호 가목의 소기업에 해당되고 조사일 현재 폐업한 법인인 청구법인의 2004～2005사업연도 소득금액은 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따라 단순경비율에 의한 추계결정방법으로 산정하여 그 과세표준과 세액을 결정하는 것이 합리적인 바(조심 2008중2254, 2008.12.31., 같은 뜻), 처분청이 각사업연도 소득금액을 기준경비율에 의해 산정하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인의 2004～2005사업연도 소득금액을 법인세법 제66조 및 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 의 단순경비율에 의한 추계결정방법으로 산정하여 법인세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.