청구법인이 위탁 기술개발비로 지급한 인건비는 연구개발전담부서 설치 여부가 확인되지 아니하므로 연구인력개발비 세액공제를 적용 받는 비용으로 보기 어려움
청구법인이 위탁 기술개발비로 지급한 인건비는 연구개발전담부서 설치 여부가 확인되지 아니하므로 연구인력개발비 세액공제를 적용 받는 비용으로 보기 어려움
OOO세무서장이 2011.3.8. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOOOO,OOO,OOO원 포함)의 부과처분은,
1. 청구법인이 ㈜OOOOO OOO OOOOO OO,OOO,OOOO(OOOOOOOOOOO O,OOO,OOOO, OOOOOOOOOOO O,OOO,OOOO)O OO O OOOOOOOO OOOO,OOOOOOOOOOOOO O OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOOOOO OOO OOO OOO,OOO,OOO원이 조세특례제한법 시행령제9조의 [별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용기준에 적정한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하며, 2010.3.3.～2010.4.2. 기간분에 해당하는 납부불성실가산세는국세기본법제48조 제2항 제3호 가목에 따라 100분의 50을 감면하고, 2010.4.29.∼2011.3.2. 기간분에 해당하는 납부불성실가산세는국세기본법제48조 제1항에 따라 이를 취소한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2007년부터 2년여 기간 동안 노사분규로 경영상 어려움을 겪는 중에서도 조사관청 및 처분청에서 실시한 2004～2005사업연도 법인세 세무조사 등을 받았는바, 2009년 조사관청이 2004～2008 사업연도 연구 및 인력개발비에 대한 수정신고를 권고한 것은국세기본법제81조의4(세무조사의 남용 금지)의 규정에 위배된다.
(2) 특정사업연도의 부과제척기간이 경과하여 과세할 수 없는 경우에 처분청은 이를 근거로 다른 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정할 수 없는 것인 바, 2004 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 대한 부과제척기간은 법인세 신고일인 2005.3.31.로부터 5년이 경과한 2010.3.31.에 만료되었으므로 2011.3.8. 과세처분 당시 이미 부과제척기간이 경과한 사업년도 분으로 신청한 세액공제액을 증감시키는 어떠한 행위도 할 수 없음에도 처분청이 2004사업연도 연구 및 인력개발비세액공제액 중 1억457만원을 부인하고 이월세액 공제를 받은 2007사업연도의 과세표준 및 세액을 재계산하여 이 건 법인세를 과세한 처분은부당하다.
(3) 처분청이 임원이라고 주장하는 OOO 외 3인은 2004～2006년도 중 OOO 직원으로 근무하였고, OOO은 연구개발전담부서장으로서 2007～2008년 2년 동안 연구개발전담부서원을 총괄지휘하면서 기술개발도 전담하여 배수관을 이용한 교면배수시설특허, 쐐기식 선단정착앵커세트특허 등을 취득하였으므로 2004～2008사업연도에 OOO외 4인에게 연구인력비로 지급한 인건비 OOO만원을 연구 및 인력개발비로 인정하여야 한다.
(4) ㈜OOO 등에 지급한 기술개발비 등 청구법인이 2004～2008사업연도 위탁 및 공동기술개발비로 지출한 OOO,OOO만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 실용신안등록비, 특허출원비, 고유디자인 개발비, 기술개발비, 도서 및 간행물 구입비 등이므로 위탁 및 공동기술개발비로 인정하여야 한다.
(5) 조사관청은 청구법인이 2010.2.2. 제기한 과세전적부심사 청구를 2010.4.23.불채택결정하고 2010.5.31. 납기로 납세고지를 하여야 함에도 이를 지연하여 2011.3.31.을 납부기한으로 하여 2007사업연도 법인세 OOO,OOO,OOOO(OO OOOOO OOO,OOO,OOOO O OOOOOOOO OO,OOO,OOOO)을 경정·고지한 바, 국세기본법제48조 제1항의 규정에 의하여 청구법인에게 귀책사유 없이 과세관청의 납세고지서 지연고지로 인한 납부불성실가산세를 취소하여야 한다.
(1) 청구법인은 처분청 및 조사관청으로부터 조사를 받은 사실이 있으므로, 조사관청의연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 추징은 중복조사라는 주장이나, 조사관청은 연구 및 인력개발비 세액공제액에 대한 감면·공제 사후관리 계획에 의거 서면분석을 실시하여 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용기준을 위배한 비용에 대하여 수정신고를 권장한 것이므로 이는국세기본법제17조(조세감면의 사후관리)에 따른 사후관리이므로 중복조사에 해당하지 아니한다.
(2) 청구법인이 2004사업연도에 신고한 연구 및 인력개발비 세액공제 신청액은 전액 이월되었고, 이월된 세액을 2006, 2007사업연도에 세액공제 받았으므로 이 건 국세부과제척기간의 기산일은 실제 세액공제를 받은 2007사업연도의 법인세 신고기한인 2008.3.31.로 보아야 한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙제7조(연구 및 인력개발비 범위)에서 규정하는 연구전담요원에게 지급한 인건비는 세액공제 대상에 해당하나 교육과학기술부 고시 제2조 제2항 제1호에 의하면 연구전담요원은 연구업무 이외에 다른 업무를 겸직하지 않는 자 로 규정하고 있어 임원 직함을 갖고 있는 백대현 등은 사회통념상 연구만 전담할 수 없고 회사 경영에 필수적으로 참여하는 임원으로 연구전담요원에 해당하지 아니한다.
(4) 쟁점금액은 OOOOOOOOOO OOO, OOOOOOO OOO,OOOOOOO, OOOOO,연구전담부서가 미설치된 법인에 지급한기술개발비 등으로 조세특례제한법 시행령제9조 [별표6] 연구·인력개발비 세액공제 기준에 부합하지 아니한다.
(5) 조사관청은 청구법인이 2010.2.2. 제기한 과세전적부심사청구에 대하여 2010.3.2.까지 결정통지 하여야 하나, 2010.4.23. 결정을 지연 고지한 사실이 있고, 2011.3.2.에서야 납세고지 결정·통지하였기에국세기본법제48조 제2항의 규정에 따라 납부불성실가산세(OOO를 재경정하는 것이 타당하다.
① 조세감면의 사후관리에 따른 법인세 과세처분이 중복조사에 해당하는지 여부
② 2004 사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제액 요건이 충족되지 아니하므로 2011.3.8. 이월 공제된 2007사업연도 세액감면을 부인하고 과세한 처분이 부과제척기간을 경과하였는지 여부
③ OOOOOO OOO 등이 연구업무 이외에 다른 업무를 겸직한 것으로 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 배제한 처분의 당부
④ 쟁점금액이 위탁 및 공동기술개발비에 해당하는지 여부
⑤ 과세전적부심사 결정·통지 및 납세고지의 지연에 따른 납부불성실가산세를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부
① 정부는 국세를 감면한 경우에 그 감면의 취지를 성취하거나 국가정책을 수행하기 위하여 필요하다고 인정하면 세법에서 정하는 바에 따라 감면한 세액에 상당하는 자금 또는 자산의 운용 범위를 정할 수 있다.
② 제1항에 따른 운용 범위를 벗어난 자금 또는 자산에 상당하는 감면세액은 세법에서 정하는 바에 따라 감면을 취소하고 징수할 수 있다. 제81조의4 [세무조사권 남용 금지]
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제26조의2 [국세부과의 제척기간]
① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)
1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 1의2. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 소득세법 제45조 제3항, 법인세법 제13조 제1호, 제76조의13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간 제47조의5 [납부·환급불성실가산세]
① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.(단서 생략) 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조 [가산세 감면 등]
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지
③ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제12조의3 [국세부과제척기간의 기산일]
① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조 제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세를 제외한다)에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준 신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.
② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.
3. 공제ㆍ면제ㆍ비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는 일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이 호에서 "공제세액등"이라 한다)을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 당해 공제세액등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날 (3) 국세징수법 제10조 [납세고지서의 발부시기] 납세고지서와 납액통지서는 다음 각호의 시기에 발부하여야 한다.
1. 납부기한이 일정한 경우에는 납세고지서는 납기개시 5일전, 납액통지서는 납기개시 15일전
2. 납부기한이 일정하지 아니한 경우에는 징수결정 즉시
3. 세법에 의하여 기간을 정하여 징수유예한 경우에는 그 기간이 만료한 날의 다음 날 (4) 조세특례제한법 제10조 [연구·인력개발비에 대한 세액공제]
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (5) 조세특례제한법 시행령 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제]
② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) 구 분 비 용
① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서
① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.
② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 "기획재정부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (7) 기술개발촉진법 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “기술개발” 이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다. 제7조[특정연구개발사업의 추진 등]
① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업연구소”라 한다) (8) 기술개발촉진법 시행령 제15조 [특정연구개발사업 참여기관 등의 기준]
① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1. 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5인 이상 (9) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 [기업부설연구소의 신고 등]
② 영 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호 서식에 의한 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.
1. 연구사업개요서 1부
2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부
3. 연구시설명세서 1부
(10) 과학기술부 고시 제2003-10호(2003.8.23.)
② “연구소·전담부서 및 영리연구법인의 직원”(이하 “연구소직원”이라 한다)이라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.
연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외의 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.
(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가)국세통합시스템에 의하면, 2006년, 2007년 처분청 및 조사관청에서 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시한 내역은 아래 <표1>과 같이 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOO OO (나) 처분청의 심리자료에 의하면,청구법인은 1982.4.15. 개업하여 설계감리업, 소프트웨어 개발업, 방재안전대책수립대행업 등을 영위하고 있고,2004～2008사업연도 법인세 신고시조세특례제한법제10조에 의하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받은 법인세는 아래 <표2> 및 <표3>과 같다. OOOOOOOOOOOO O OOOOO OOOO OO (OO: OO) (다) 청구법인이 2004～2008사업연도에 임원에게 연구인력비로 지급한 인건비는아래 <표4>와 같다. OOOOOOOOOO OOO OO OOO(OOOOO) OOOO (OO: OO) (라) 조사관청은 연구 및 인력개발비 세액공제액에 대한 감면·공제 사후관리 계획에 의거 청구법인의 연구 및 인력개발비 사용 내역이 조세특례제한법 시행령제9조의 [별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 기준에 위배되는 비용에 대하여 아래 <표5>,<표6>과 같이 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOOO O OOOOO OOO OOO (OO: OO)
(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 조사관청은 2009년 8월연구 및 인력개발비 세액공제액에 대한감면법인 수동 사후관리 계획에 의거, 2004～2008사업연도 기간동안 청구법인의 연구 및 인력개발비 사용 내역이 조세특례제한법 시행령제9조의 [별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용 받는 비용기준에 적정한지 여부에 대한서면분석을 실시하여, 청구법인의2004～2008사업연도 연구 및 인력개발비에 대한수정신고를 권고하는 내용의 세액공제사후관리검토결과를 2009.12.18.청구법인에게 통지한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2004～2005사업연도 법인세 세무조사를 받은 사실이 있으므로, 조사관청의 2004～2008사업연도 연구 및 인력개발비에 대한 수정신고의 권고는국세기본법제81조의4(세무조사의 남용 금지)의 규정에 위배된다는 주장이다. (다)국세기본법제17조(조세감면의 사후관리) 제1항은 국세를 감면한 경우에 그 감면의 취지를 성취하거나 국가정책을 수행하기 위하여 필요하다고 인정하면 세법에서 정하는 바에 따라 감면한 세액에 상당하는 자금 또는 자산의 운용 범위를 정할 수 있도록 규정하고 있다. (라) 살피건대, 조사관청은국세기본법제17조(조세감면의 사후관리)에 따라 청구법인의 2004～2008사업연도 연구 및 인력개발비에 대하여 서면분석을 하고 그 결과에 따라 청구법인에게 수정신고를 권고한 것이므로 중복조사에 해당하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.
(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 각 사업연도의 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 하여 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 확정된 과세처분과는 별개인 이후의 사업연도에 대한 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나법인세법에 따라 이월결손금에 변동이 발생한다는 주장을 다시 제기할 수 있다고 할 것이다(대법원 2001두2652, 2002.11.26., 참조). (나) 청구법인은 2004사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비는 2011.3.8. 시점에서는 부과제척기간이 만료되었으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 2004사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 OOO원은 공제요건을 충족하지 아니하여 당초조세특례제한법제10조의 세액공제 대상에 해당하지 아니하고, 청구법인이 2004사업연도에 발생하여 이월된 세액공제액을 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상으로 보아 2006 사업연도분 및 2007사업연도분에 세액공제를 하였던 것과 같이 세액공제액이 당초 공제요건을 갖추지 아니하였다면 2006 사업연도분 및 2007사업연도분에 대한 세액공제를 할 수 없다고 할 것이며, 2011.3.8. 시점에서는 2007 사업연도분 법인세는 부과제척기간 내이므로 이 건 과세처분은 정당한 것으로 판단된다.
(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구법인은 OOO은 2004～2006년도 중 연구전담부서 직원으로 근무하였고, 특히 OOOOOO OOO은 대외 명칭만 부사장일 뿐 실제는 2007～2008년 2년 동안 연구전담부서원들을 총괄지휘하면서 기술개발을 전담한 것으로 주장하며 아래 <표7>, <표8>, <표9>와같이 청구법인의 연구전담부서 현황, 연구실적, 인사기록카드를 제출하고 있다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOOO OO (나) 조세특례제한법 시행규칙제7조(연구 및 인력개발비 범위) 제2항은 영 제9조 제2항에 따른 영 [별표6]의 제1호 가목 ①에서 자체기술개발인건비를 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)에게 지급한 인건비로 규정하고 있고, 교육과학기술부 고시 제2조 제2항 제1호는 연구전담요원은 연구업무 이외에 다른 업무를 겸직하지 않는 자로 규정하고 있다. (다) 살피건대, 처분청은 청구법인의 회장 OOO 등 11인은 연구만 전담할 수 없고 회사 경영에 필수적으로 참여하는 임원으로 이들에게 지급한 인건비 OOO을 공제 부인하였으나, 청구법인이 제출한 인사기록카드에 의하면 OOO은 해당 과세연도에 기술연구소에 근무한 것으로 나타나는 점, OOO의 경우 기술연구소장으로 근무하면서 2007.5.23.교량 배수용 유공관에 대한 특허출원 실적이 있는 점, 처분청도 OOO 외 4인이 연구업무이외에 다른 업무를 겸직하였는지 여부에 대하여 조사한 사실이 없었던 점 등을 감안할 때, 처분청이 사실관계를 재조사하여 청구법인이 2004～2008사업연도에OOO 외 4인에게 연구인력비로 지급한 인건비 5억1,114만원이 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에 따른 영[별표6]의 제1호 가목(자체기술개발)에 해당하는 경우에는 이를 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여야 할 것으로 판단된다.
(5) 쟁점④에 대하여 본다. (가) 청구법인은2004～2008사업연도에 위탁 및 공동기술개발비로 지급한 쟁점금액(OOO,OOOOO)은 실용신안등록비, 특허출원비, 고유디자인 개발비, 기술개발비, 도서 및 간행물 구입비로세액공제 대상에 해당하는 것으로 주장하며 아래 <표10>과 같이 그 지급내역을 제출하였다. OOOOOOOOOOOOO O OOOOOOO OOOO (OO: OO) (나) 살피건대, 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에 따른 영[별표6] 제1호 나목 ①은 연구개발전담부서가 있는 기관에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용을 위탁 및 공동기술개발비로 규정하고 있는 바, 청구법인이 실용신안등록비, 특허출원비 및 한국산업기술진흥협회 등에 지급한 협회비, 나모소프트에 지급한 범용소프트웨어 구입비 등은 위탁 및 공동기술개발비로 열거되어 있지 아니하고, 청구법인이 위탁 기술개발비로 지급한 ㈜OOO는 연구개발전담부서 설치 여부가 확인되지 아니하므로 연구·인력개발비 세액공제를 적용 받는 비용으로 보기 어렵다 할 것이다. 다만, ㈜OOO에 연구전담부서 등록을 한 것으로 나타나므로 청구법인이 ㈜OOOOO OOO OOOOO O,OOOOO(OOOOOOOOOOO OOOOO, OOOOOOOOOOO OOOOO)은 연구·인력개발비 세액공제를 적용 받는 비용으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다.
(6) 쟁점⑤에 대하여 본다. (가) 조사관청은 2009.12.29. 2004～2008사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한다는 과세예고통지를 하였고, 청구법인이 2010.2.2.제기한 과세전적부심사 청구에 대하여 2010.3.2.까지 결정 통지하여야 하나 2010.4.28 결정(불채택 결정일: 2010.4.23.)을 지연 통지하였으며, 2004～2008사업연도 연구 및 인력개발비 OOO에 대한 세액공제를 배제하도록 하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 납세고지서를 약 1년이 지난 2011.3.2.에 납부기한을 2011.3.31.로 하여 지연 결정하여 통지(통지일: 2011.3.8.)한 것으로 나타난다. (나)국세기본법제48조 제1항에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제3호 가목에서, 과세전적부심사 결정·통지기간에 그 결과를 통지하지 아니한 경우 결정·통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제47조의4(납부불성실가산세)에 따른 가산세는 50%에 상당하는 금액은 감면하도록 규정하고 있으며, 국세징수법제10조(납세고지서의 발급시기) 제2호에서 납부기한이 일정하지 아니한 경우 징수결정 즉시 고지서를 발부하도록 규정하고 있다. (다) 세법상 가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것이다(대법원 2001두7886, 2003.1.10. 외 다수 같은 뜻). (라) 살피건대, 조사관청은 청구법인의 2010.2.2. 과세전적부심사 청구에 대하여 2010.3.2.까지 결정·통지하여야하나, 52일이나 지나 2010.4.23. 지연 결정하고2010.4.28.에 통보하였고, 납세고지서도 즉시 발부하지 않고 1년이나 지난 2011.3.2.에 납부기한을 2011.3.31.로 하여 발부한 바, 과세전적부심사 결정·통지기간에 그 결과를 통지하지 아니한 경우 결정·통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는국세기본법제47조의5(납부불성실가산세)에 따른 가산세는 50%에 상당하는 금액을 감면하도록 규정하고 있는국세기본법제48조 제2항 제3호 가목에 따라 과세전적부심사 결정기한의 다음 날부터 과세적부심사결정문을 실제로 받는 날(2010.4.28.)까지의 가산세에 대해서는 50%를 감면(처분청은 세법보다 기간을 더 확대하여 2010.3.2. ～ 2011.3.31. 기간에 대해서 50% 감면하겠다는 취지임)하고, 납부불성실가산세는 지연이자적 성격과 행정벌적인 성격을 모두 포함하고 있고, 세법조사 등을 받은 후 과세적부심사 결정문을 받은 납세자에게 고지서가 발부되지 않는다며 고지서를 발부할 것을 과세관청에 요구하지 않았거나, 자진납부하지 않았다는 책임을 묻거나 그것을 기대하는 것은 사회통념상 무리가 있어 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로 2010.4.29.(과세전적부심사 결정문 수령일의 익일)부터 2011.3.2.(고지서 발부일)까지의 납부불성실가산세를 전액 감면하는 것이 타당하다 할 것이다.
① 조세감면의 사후관리에 따른 법인세 과세처분이 중복조사에 해당하는지 여부
② 2004사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제액 요건이 충족되지 아니하므로 2011.3.8. 이월 공제된 2007사업연도 세액감면을 부인하고 과세한 처분이 부과제척기간을 경과하였는지 여부
③ OOOOOO OOO 등이 연구업무 이외에 다른 업무를 겸직한 것으로 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 배제한 처분의 당부
④ 쟁점금액이 위탁 및 공동기술개발비에 해당하는지 여부
⑤ 과세전적부심사 결정·통지 및 납세고지의 지연에 따른 납부불성실가산세를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 처분청은 마을발전기금은소득세법상 필요경비로 열거되어 있지 아니하므로 필요경비가 아니며, 쟁점토지의 수해로 인한 복구공사(추가공사) 비용은 쟁점토지 매수자인 윤금화가 계약하고 공사대금을 지불하는 등 청구인의 쟁점토지 양도거래와는 관련이 없다면서, 과세전적부심사청구 검토보고서, 청구인과 OOO 반장 김OOO이 2008.12.4. 작성한 협의서, 청구인과 윤OOO가 2009.8.13. 작성한 약정서(2010.9.1. 공증), OOO건설주식회사와 최OOO이 2009.10.6. 작성한 공사도급계약서, 청구인과 윤OOO가 2010.1.15. 작성한 합의서 등을 제시하였다.
(2) 청구인은 마을발전기금, 추가공사비용 등이 쟁점토지와 관련된 실제 지출비용이므로 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하면서, 마을발전기금 영수증, 공사도급표준계약서, 추가공사 지급에 관한 약정서, 합의서 등을 제출하였다. (3)소득세법제97조 제1항에서 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 취득가액, 자본적지출액 등으로 대통령령으로 정하는 것, 양도비 등으로 대통령령으로 정하는 것이 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3항 제4호에서 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것이라고 규정되어 있으며, 같은 법 시행규칙 제79조 제1항에서 영 제163조 제3항 제4호에서 기획재정부령이 정하는 것이라 함은하천법·댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용, 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용, 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비라고 규정하고 있다.
(4) 위 처분청과 청구인이 제시한 증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인이 2008.12.4. OOO 1반 마을주민대표 반장 김OOO과 작성한 협의서 에는 사업자(청구인)가 “마을발전기금 OOO원을 3회에 나누어 지급하되 1차 금액 OOO원은 2008.12.4. 지급, 2차 금액 OOO원은2009.1.30. 지급, 3차 금액 OOO원은 택지공사 준공후 지급(단, 2009.4.15.까지 함)”하는 것으로 기재되어 있고, 2010년(작성날짜 미상)에 작성한 영수증에는 마을발전기금 OOO원을 여OOO, 함OOO, 함OOO, 김OOO이 영수한 것으로 되어 있는데 처분청은 이를 윤OOO가 직접 지급한 것으로 조사하였다. (나) 최OOO(발주자)과 OOO건설 주식회사 대표이사 김OOO이 2009.10.6. 작성한 공사도급표준계약서에는 공사명은 OOO 252번지 복구공사, 공사대금은 OOO원, 착공연월일은 2009.10.7., 준공연월일은 2009.11.16.로 기재되어 있다. (다) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 청구인이 필요경비로 인정하여 줄 것을 주장하는 측량비용, 보상비, 장비대금, 부담금은 이미 필요경비로 인정한 것으로 나타난다. (라) 살피건대, 청구인은 2009.9.24. 쟁점토지를 안OOO으로부터 취득하고 같은 날 윤OOO 외 3인에게 양도하였는데, 청구인이 OOO 반장 김OOO과 작성한 협의서에는 마을발전기금을 2008.12.4., 2009.1.30. 2009.4.15. 등 3회에 걸쳐 지급하기로 되어 있어 마을발전기금의 지급예정일이 청구인의 쟁점토지 취득일보다 빠른 점, 처분청의 조사기록에는 마을발전기금을 윤OOO가 직접 지급한 것으로 조사된 반면, 마을발전기금 영수증에는 누구로 부터 언제 수령하였는지가 명시되지 아니하는 등 청구인이 실제 마을발전기금을 지급하였는지 조차 불분명할 뿐만 아니라 마을발전기금은소득세법상 필요경비 항목에 포함되지 않는 점 등에 비추어 청구인이 지급하였다고 주장하는 마을발전기금(OOO원)을 청구인의 쟁점토지 필요경비로 인정하기 어렵다. 또한, 쟁점토지상 복구공사 관련 공사표준도급계약서(2009.1.6. 작성)에 청구인과의 관계가 불분명한 최OOO이 발주자로 기재되어 있고(처분청은 최OOO이 쟁점토지 양수자인 윤OOO의 대리인이라는 의견이다.), 동 추가공사비용을 윤OOO가 직접 지급한 것으로 조사된 점, 청구인이 동 추가공사비용을 직접 지급하였다는 증빙자료 제시가 없고 실제 대금 지급일자 및 지급자가 불분명한 점, 청구인이 윤OOO 외 3인에게 쟁점토지를 양도한 날은 2009.9.24.이나 동 공사의 착공일은 2009.10.7. 인 점, 공동투자약정이 해제되었는지도 불분명한 점 등에 비추어 청구인이 지급하였다고 주장하는 추가공사비용(OOO원)도 쟁점토지의 양도가액에서 공제할 필요경비로 인정하기 어렵다. 따라서, 처분청이 마을발전기금과 추가공사비용을 필요경비에서 배제하고 과세한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.