청구법인은 단지 조경업 등록요건을 충족하기 위하여 조경포지를 임차한 것으로 보이므로 조경포지의 유지ㆍ관리비 등은 청구법인의 비용이 아닌 대표이사 개인 소유의 조경수, 조경석 등의 유지ㆍ관리비용으로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어려움
청구법인은 단지 조경업 등록요건을 충족하기 위하여 조경포지를 임차한 것으로 보이므로 조경포지의 유지ㆍ관리비 등은 청구법인의 비용이 아닌 대표이사 개인 소유의 조경수, 조경석 등의 유지ㆍ관리비용으로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어려움
OOO세무서장이 2011.3.15. 청구법인에게 한 부가가치세 OO년 제O기분 OOO원, OO년 제O기분 OOO원, OO년 제O기분 OOO원과 OO사업연도분 법인세 OOO원, OO사업연도분 OOO원, OO사업연도분 OOO원의 부과처분은
1. 청구법인이 2009.5.7. 법원 판결로 2009.6.15. OOO은 용역의 공급대가에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,
2. 청구법인이 소송비용으로 지급한 OOO을 청구법인의 대표이사 OOO과 공동으로 안분한 후, 그 금액을 청구법인의 소송비용으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
① 청구법인이 비용으로 계상한 조경포지 관리비OOO원(이하 “쟁점1금액”이라 한다)을 대표이사 이동훈 개인사업체인 고려원(업종: 도소매/원예조경) 소유 토지의 비용으로 보고 관련 매입세액 불공제 및 손금불산입과 상여처분하였으며,
② 2007사업연도 중OOO억원(공급대가)에 도급공사계약을 체결하였으나 실제 도급금액은 전기공사 OOO을 익금불산입, 기타 소득처분하고, 전기공사 하도급명목으로 OOO과 더불어 이하 “쟁점2금액”이라 한다)은 실제 재화나 용역을 공급받지 아니하고 수취한 것으로 보아 손금불산입, 기타 소득처분하였으며, OOO OOO에서 발주한 OOO(이하 “쟁점3금액”이라 한다)을 세금계산서를 교부하지 아니하고 잡수익으로 계상한 것에 대하여 부가가치세 신고누락한 것으로 보고, 법원 소송 판결일(2009.5.7.)을 용역의 공급시기로 보아 부가가치세를 부과하였고,
④ 2007년～2009년 청구법인이 계상한 소송비용OOO만원(이하 “쟁점4금액”이라 한다)에 대하여 청구법인의 대표이사 OOO 사적인 소송비용으로 보아 손금불산입 및 관련 매입세액 불공제하고 상여처분하였으며,
⑤ OOO호선 공사와 관련하여OOO주식회사로부터 수취한 세금계산서 OOO만원(부가가치세 포함하며, 이하 “쟁점5금액”이라 한다)에 대하여 2007.7.31. 당좌수표를 발행하여 지급하였으나, OOO만원은 2008.7.2.～2008.12.31. 되돌려 받아 대표이사 가수금으로 기표하고 나머지 금액은 기표하지 아니하여 현금으로 되돌려 받은 후, 되돌려 받은 금액을 대표이사가 수령하여 사적으로 사용한 것으로 보아 손금불산입하고 상여처분하는 것으로 처분청에 통보하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인의 대표이사 OOO의 조경포지를 청구법인이 임차한 것에 대하여 형식적으로 임차한 것에 불과하다고 보았으나, 조경공사업 등록기준을 정하고 있는 건설산업기본법 시행령 제13조 에 수목재배용 토지 30,000㎡를 보유하도록 되어 있으며, 청구법인이 조경포지를 구입 또는 임차하려고 하였으나 할 수 없어 부득이 청구법인의 대표이사 소유 토지를 임차한 것으로, 부당하게 높은 대가를 지급한 것은 아니며 처분청이 계약내용 중 수목관리비용 등을 대표이사 개인이 부담할 비용이라고 부인한 것은 부당하다. 청구법인은 조경포지를 임차하여 조경공사 면허가 유지되어 2005년～2009년 중 OOO원 상당의 조경공사 수입을 올렸으며, 임대차계약시 보증금을 받지 않고 임대료도 저렴하였으며 계약서 특약사항에 조경포지 관리비용을 임차인이 부담한다고 명시되어 있으므로 쟁점1금액을 지출한 것은 부당행위계산 부인규정이 적용되지 않는 한 정상적인 비용으로 인정되어야 한다. 또한 처분청은 조경수 등은 유형자산에 해당하므로 식재비용을 전액 당기비용 처리한 것은 부당하다고 주장하나, 조경수, 잔디 등의 유지관리를 위한 원재료비, 관리인 급여 등에 지출된 비용으로 당해연도 비용처리는 타당하다.
(2) 청구법인은 OOO법인으로부터 공사대금을 수령하고 세금계산서를 발행하였고, 하도급 법인에 공사비를 지급하고 세금계산서를 수취하였으므로 가공거래가 아니며, 매출금액과 매입금액이 반환된 사실이 없는데도 가공으로 본 처분은 부당하다. 청구법인은 OOO억원에 공사계약을 체결하면서 건축공사는 청구법인이 하고, OOO법인이 지정하는 전기공사업체인 OOO의 계좌로 이체하고 세금계산서를 교부받은 것이며, 거래상대방이 자료상으로 고발되었다 하더라도 청구법인이 공사대금을 지급하지 아니하거나 다른 거래처에 지급한 후 세금계산서만 수취한 것이 아닌 한 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당되므로 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고, 건물 신축공사에 전기공사는 필수적인바, 절차상 하자가 있더라도 실지 소요된 전기공사비를 파악하여 비용으로 인정하여야 하며 가산세 부과 역시 취소되어야 한다.
(3) 쟁점3금액은 OOO에 대한 보상지연과 민원발생을 사유로 2000년부터 총 7차례의 공사기간이 연장됨에 따라 청구법인이 제 때에 공사를 할 수 없어 공사기간 연장에 따른 간접비 발생액을 법원 판결에 의하여 수령한 것으로 용역을 제공하고 수령한 대가가 아닌 손해배상금이므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하다. 처분청은 쟁점3금액을 당초 공사계약의 변경으로 쌍방 간에 공사변경 계약을 하여야 할 사항임에도 발주자의 거부로 법원의 조정을 거쳐 증액 공사비를 수령한 것이라고 하나, 공사비를 수령한 것이 아니라 발주자의 위약 즉, 착공지연 등으로 인한 손해를 보상받은 것이며, 청구법인이OOO시와 계약을 체결하여 공사기간을 2000.7.31.～2003.1.27. 하기로 하였으나 군포시가 보상지연, 민원발생 등의 사유로 공사기간을 총 7차례 연장하여 이에 따른 청구법인의 간접비 발생액을 법원 판결에 따라 2009년에OOO만원을 수령한 것이므로 이는 용역대가가 아닌 손해배상금이다.
(4) 쟁점4금액은 청구법인의 임원이었던OOO이 청구법인과 대표이사인 OOO을 상대로 제기한 주식대금, 이익분배금, 퇴직위로금 등 청구소송에 대한 비용으로 청구법인의 업무와 관련된 비용임에도 처분청은 OOO간의 소송으로 보아 소송비용 전액을 비용 부인하고 대표자에게 상여처분하는 것은 부당하며, OOO과의 소송비용이므로 소송가액으로 안분하여야 한다. 소송비용은 대체로 착수금과 성공보수로 나누어 지급되고, 전표에는 착수금과 성공보수로 되어 있으며, 전표에 OOO주식대금 소송의 건 성공보수금으로 적혀 있다고 하여 소송비용 전부를 개인적인 소송비용이라고 본 것은 잘못이다.
(5) OOO주식회사로부터 회수한 쟁점5금액은 2008사업연도 대표이사 가수금으로 계상하였다가 2009사업연도에 직원에게 상여금 등 부외경비로 OOO만원)을 지급하였으나, 이를 장부상 대체처리하지 아니하고 대표이사 가수금반제로 기표한 것에 불과하므로 장부상 비용처리하지 아니한 쟁점5금액에 대하여 법인의 손금으로 인정하고 실제 귀속자에게 원천세를 부과하여야 할 것이다. OOO주식회사로부터 회수한 금액을 2008사업연도 청구법인에 입금하였다가 2009사업연도에 종업원 상여금 등으로 지급하였음이 지급내역서와 지출전표에 나타나고 있으며, 종업원에 대한 근로소득세를 추징하여 납부한 사실을 보아도 회수한 금액에서 지급한 것이 분명하므로 상여처분은 부당하다.
(1) 조경포지에 대한 청구법인의 지출 및 회계처리 내용을 보면, 이동훈 개인 소유 토지상의 조경수, 조경석 및 잔디 등의 유지․관리를 위한 원재료비(농약대금, 잔디, 식자재 등), 관리인 급여, 인부 임금, 복리후생비, 통신비, 소모품비, 굴삭기 등 중기임차료, 덤프차 등 운반비, 유류비 등으로 이는 사실상 OOO 도소매/원예조경) 관련 비용을 청구법인이 대신하여 지급한 것이며, 청구법인 본래의 사업목적인 조경공사업과는 전혀 무관한 대표자의 사적 지출비용이므로 당초 처분은 정당하다.
(2) OOO의 진술에 의하면, 당초 사업계획서상 건물 신축비가 OOO억원으로 명시되어 있어 도급금액을OOO억원으로 한 것으로 세부공사 내역에 의하여 산출된 것이 아님을 알 수 있고, 건축물관리대장을 확인한바, 지상 1층, 일반철골구조, 연면적 656㎡ 건축물로 공사도급금액이OOO억원이라면 평당 신축가액이 OOO만원인데 이는 과도하게 높은 가액으로 신빙성이 없으며, 공사도급금액 중OOO되돌려 받은 사실이 있는 것으로 볼 때, 공사도급금액을 부풀린 것으로 보이고, OOO회사는 재화나 용역의 공급없이 세금계산서만 교부한 혐의로 2010.2.1. 의정부경찰서에 고발된 업체이며, 청구법인이 2007.5.3. OOO원을 송금받아 며칠 후인 2007.5.10. OOO주식회사에 전기공사 준공금으로 지급한 것이 확인되고 있는바, 공동구판장 사용승인일이 2007.11.16.임을 감안할 때, 공사 초기인 2007.5.10. 전액 지급하였다는 것은 상식적으로 납득이 가지 아니하고, 이는 청구법인이 계약 당시 세부공사내역이 아닌 OOO법인의 사업계획서상 건물신축비OOO억원을 도급금액으로 계약하고 세금계산서를 교부하고 OOO회사에 전기공사를 하도급 준 것처럼 세금계산서를 수취한 것은 OOO법인에 공사대금 일부를 돌려주기 위해 공사도급금액을OOO억원으로 부풀리는 과정에서 세금계산서만 수취한 것이며, 부풀린 공사대금 일부를 영농조합법인 이사 OOO 개인 계좌에 입금한 것으로 판단되므로 당초 처분은 정당하다.
(3) 청구법인이 OOO지방법원의 판결에 의하여OOO시로부터 추가로 지급받은 금액은 공사기간이 연장됨에 따라 발생한 추가간접비 등(노무비 등)에 대하여 지급하라는 내용으로 그 성격이 추가 발생한 공사원가인 만큼 도급 금액의 증액 성격으로 보아야 하는 것이며, 또한 상기 용역의 공급시기를 법원의 결정(2009.5.7.)이 이루어져 공급가액이 확정된 때로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.
(4) 청구법인은 임원 박세권이 청구법인에게 투자수익 OOO억원 지급청구소송을 제기하여 이에 대한 소송비용은 법인의 비용이라고 주장하나, 상기 소송은 청구법인과는 무관한 대표이사 OOO 개인의 소송으로 관련 소송비용은 청구법인의 비용으로 볼 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.
(5) 이 건 조사 당시 청구법인의 경리과장 OOO으로부터 회수내역을 확인한바, 청구법인이 건창산업주식회사로부터 수취한 세금계산서OOO(공급가액)에 대한 대금을 되돌려 받은 것이라고 진술하였으며, 쟁점5금액은 2007사업연도에 대한 소득금액 계산상 공사원가를 감액하여 수정신고한 사실이 없을 뿐만 아니라 2008사업연도 법인 결산시 잡수익 또는 전기오류수정익으로 계상하지 아니하고 대표이사 가수금(가공부채)으로 장부에 반영하였다가 대표이사 OOO에게 반제 처리한 사실이 확인되고, 쟁점5금액을 되돌려받은 사실이 청구법인 대표이사OOO이 자필로 작성한 진술내용에 의해서도 확인되는 등 실지 귀속자가 이동훈으로 나타난다. 청구법인이 쟁점5금액을 되돌려 받았다는 것은 재화나 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서만 수취한 것을 인정하는 것이며, 쟁점5금액을 2007.3.31.(공사대금은 2007.7.31. 지급) 허위로 교부받아 공사원가에 계상하여 2007사업연도 법인세를 신고한 것은 사외유출이 분명하므로 상여 처분은 정당하고, 청구법인이 쟁점5금액을 청구법인의 종업원 상여금으로 사용하였다며 상여처분의 부당성을 지적하는 것은 법리 및 사실관계를 오인한 것에 불과하므로 청구주장을 받아들일 수 없다.
① 청구법인이 대표이사 OOO 개인사업체 소유의 토지 등을 조경포지로 임차한 후, 청구법인이 지급한 조경수, 잔디 등의 조경포지의 유지관리 비용을 대표이사 OOO의 비용으로 보아 과세한 처분의 당부
② 청구법인이OOO만원을 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
③ OOO정리사업(2000.7.31.～2003.1.17.)의 공사가 공기연장에 따라 공사를 하지 못한 기간에 대하여 법원 판결로 청구법인이 지급받은OOO원을 용역의 공급대가로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
④ 청구법인이 비용으로 계상한 소송비용OOO의 개인적인 비용으로 보아 과세한 처분의 당부
⑤ 청구법인이 외주비 명목으로 OOO회사로부터 수취한 세금계산서OOO만원에 대하여 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용등 대통령령이 정하는 금액
2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 법인세법 제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다 (3) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
10. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 (4) 법인세법 시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】
① 법 제27조제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 생략) (5) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 조경공사 면허를 보유하고 있는 법인으로서 건설산업기본법 시행령 제13조 에서는 수목재배용 토지 25,000㎡ 이상, 수목 1,000주 이상을 보유하도록 규정하고 있어 부득이 청구법인 대표이사 OOO개인 소유 토지를 임차한 것이고, 청구법인이 조경포지를 임차하여 2005～2009사업연도 기간 중 수입금액이 OOO이 청구법인과 임대차계약시 보증금을 받지도 않았고, 임대료도 저렴하게 받은 것이므로 임대차계약서상 특약사항에 따라 임차기간 중에 위 토지상 조경수, 조경석, 잔디 등의 유지․관리 비용인 쟁점1금액을 지출한 것은 정상적인 비용이라고 주장하고 있다. (나) 2008.6.5. 개정 전의 건설산업기본법 시행령 제13조 제1항 제1호 는 법 제10조에 따른 건설업 중 조경공사업의 등록기준은 수목재배용 토지 25,000㎡ 이상, 사무실 전용면적 33㎡ 이상으로 되어 있다가 2008.6.5. 개정되면서 토지 보유 요건이 삭제된 것으로 나타난다. (다)OOO방국세청장의 2010.9.1.～2010.10.19. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사 자료(2010.10.)에 의하면, 청구법인은 대표이사 OOO부동산/임대)을 2005.3.1.부터 임차하여 법인을 영위하고 있으며, 같은 면OOO 개인 사업장인 OOO에 필요한 조경포지로 이용할 목적으로 2003.4.1.부터 임대차계약을 체결하여 현재까지도 임차하고 있은 상태이고, 청구법인과 OOO이 체결한 부동산임대차계약서 특약사항 내용을 근거로 상기 임대토지상에 있는 모든 조경수, 조경석, 잔디 등의 관리비용을 임대인인OOO이 부담하지 않고 아래 <표>와 같이 임차인인 청구법인의 비용으로 회계처리하여 부담하고 관련 부가가치세 매입세액을 공제받은 사실에 대하여 확인한 것으로 나타난다. (라) 국세청의 국세통합전산망 자료에 의하면, OOO은 2005.2.22. 부동산임대업으로 사업자등록하여 임대료에 대한 부가가치세를 신고․납부하였고, 2008.6.3. 업종(도․소매/정원수 등)을 추가하였으나 현재까지 조경관련 매출액은 발생되지 아니한 것으로 나타난다. (마) 청구법인과OOO과의 조경포지에 대한 부동산임대차계약서에 의하면, 2003～2007년(5년간) 보증금 없이 월 250만원으로 OOO만원으로 되어 있으며, 특약사항에 “임차인은 임대기간 동안 상기 임대토지상에 있는 모든 조경수 및 기타 관리 부대비용을 임차인이 부담하여야 하며, 조경수 관리를 위하여 관리인 1명을 상주시켜야 한다. 또한 임대인은 임대기간 동안 임차인의 조경포지 사용을 보장한다”고 기재되어 있는 것으로 나타난다. (바) 청구법인 대표이사 OOO의 진술서(2009.9.30.)에는 조경포지 관련 비용인 쟁점1금액은 임대차계약서의 특약사항에 의하여 부담한 것이라고 진술하고 있으며, 조사공무원이 조경포지 관련 쟁점1금액을OOO이 부담하지 아니하고 청구법인이 부담하였다는 내용으로 작성한 확인서에는 날인을 거부한 것으로 나타난다. (사) 위 사실관계 등을 종합하면, 청구법인은 조경업 등록요건에 조경포지를 보유하도록 규정하고 있어 이를 충족시키기 위하여 부득이 청구법인의 대표이사 개인 소유의 토지를 임차하고 임대차계약서 특약사항에 따라 조경포지 유지․관리비용을 지급한 것이므로 정상적인 비용이라고 주장하나, 2008.6.5. 개정 전 건설산업기본법 시행령 제13조 제1항 제1호 는 조경공사업의 등록기준은 수목재배용 토지 25,000㎡ 이상, 사무실 전용면적 33㎡ 이상으로 되어 있고 수목을 보유할 필요가 없음에도 지상에 있는 수목, 조경석, 잔디 등을 유지․관리하는 것으로 계약을 체결한 점, 청구법인은 임차한 조경포지를 사용․수익한 것으로 나타나지 아니한 점, 청구법인의 대표이사 OOO은 개인 소유의 토지상에 식재된 조경수 등의 매출실적이 없는 점 등으로 보아, 청구법인은 단지 조경업 등록요건을 충족하기 위하여 조경포지를 임차한 것으로 보이므로 조경포지의 유지․관리비 등은 청구법인의 비용이 아닌 대표이사 개인 소유의 조경수, 조경석 등의 유지․관리비용으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점1금액에 대하여 청구법인의 비용으로 보지 아니하여 관련 매입세액을 불공제, 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 부과하고 대표자 상여 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
1.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO억원에 공사계약을 체결하면서 건축공사는 청구법인이OOO원에 시공하고, 전기소방공사는 OOO법인이 직접 하기로 하여 공사비를 수령한 다음, 이 중OOO법인이 지정한 전기공사업체의 계좌에 이체하고 세금계산서를 교부받은 것이므로 정당한 세금계산서이고, 거래상대방이 자료상으로 고발되었다고 하더라도 공사대금을 다른 거래처에 지급한 후 세금계산서만 수취한 것이 아니므로 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하며, 전기공사는 필수적이므로 실지 소요된 전기공사비를 비용으로 인정하여야 한다고 주장하고 있다. (나) 삼상2리 공동구판장 신축 관련, 청구법인의 세금계산서 수수내역은 아래 <표>와 같이 나타난다. (다) 청구법인 대표이사 OOO의 진술서(2010.10.28.)에 의하면, OOO은 상기 공동구판장 신축공사 하도급계약이 적법한 거래이고 OOO의 진술은 허위이며, 공사대금 조기지급은 영세업체 자금지원차원에서 지급된 것으로 알고 있다고 진술한 것으로 나타난다. (라) OOO의 확인서 및 계좌내역에 의하면, OOO만원을 돌려받았고, 돌려받은 돈은 OOO부지 매입비를 지출하기 위하여 대출받은 대출금과 이자비용, 운영비에 충당하였다고 진술하였으며, OOO만원을 송금한 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 2007년 3월 OOO에게 제시한 공사내역서를 보면, 도급금액은 OOO억원이며, 공사원가계산서에는 순공사원가(재료비, 노무비, 경비)와 일반관리비 등으로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (바) 처분청의 조사자료에 의하면, 청구법인의 계좌에 2007.5.3. OOO에 전기공사 준공금으로 전액 지급한 것으로 확인되고, 공동구판장 사용승인일이 2007.11.16.로 나타나며, 청구법인의 대표이사 OOO이 2차례 제출한 소명서에서 발주처인 영농조합법인의 요청에 의하여 청구법인은 건축공사만 하고 전기공사는 전혀 관여한 사실이 없고 OOO가 책임지고 완료하였다고 한 것으로 나타난다. (사) 살피건대, 청구법인은OOO억원의 도급계약을 체결하고 세금계산서를 교부하였고, 전기공사와 관련하여 OOO만원 상당의 세금계산서를 수취하고 대금을 지급하였으므로 정상적인 세금계산서라고 주장하나, 당시OOO은 공동구판장 공사대금의 일부를 조합원인 OOO 계좌로 돌려받은 사실이 있다고 확인하고 있고, 청구법인의 직원인 OOO원을 송금한 점, 주열소방전기는 자료상 혐의로 OOO서에 고발된 점, 공동구판장 신축공사대금 7억원 중 전기공사가 OOO만원이고 공사초기에 전액 지급된 점으로 보아 OOO만원이 전기공사 대금이라는 청구주장에 신빙성이 부족한 점, 청구법인의 대표이사 OOO이 전기공사에는 관여하지 아니하였다고 소명한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 OOO원 상당의 세금계산서를 교부받았다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점2금액을 과다 계상한 금액으로 보아 이를 익금불산입 및 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 주식회사 OOO만원으로 토지구획정리사업 공사계약을 체결하였으나 OOO시의 귀책사유로 7차례의 공사기간 연장과 2000.12.4. 주식회사 OOO만원을 수령하였는 바, 쟁점3금액은OOO시의 보상지연과 민원발생 등으로 2000년부터 총 7차례의 공사기간이 연장됨에 따라 청구법인이 제때 공사를 할 수 없음에 따른 간접비 발생액을 판결에 의하여 수령한 것이므로 이는 용역의 대가가 아닌 손해배상금이라고 주장하고 있다. (나) 청구법인 및 주식회사 OOO시와 2000.7.21. 공사기간 2000.7.21.～2003.1.17., 공사계약금액 OOO만원으로 공사계약하였으며, 청구법인이 2007년에 작성한 공사도급변경계약서에 의하면, 계약금액은 OOO만원으로 증액되었고, 공사기간은 2000.7.31.∼2006.12.31.에서 2000.7.31.∼2007.2.6.까지로 연장되었으며, 세금계산서는 청구법인 지분(49%)인 OOO만원을 교부한 것으로 나타난다. (다) OOO 2009.5.7.)내용을 보면, 공사기간 연장은 공사지역의 민원발생 및 보상지연, 동절기공사 중지 등 피고(OOO시) 측의 사정으로 인한 것이었으므로 피고는 원고들(OOO, 청구법인)에게 추가간접비(노무비 등)를 지급할 필요가 있다고 조정하고, 청구법인의 공사기간 연장에 따른 추가간접비를 군포시가 청구법인에게 OOO원을 지급하라고 판시하였으며, 청구법인은 2000.12.4. 파산선고를 받은 주식회사 OOO의 책임에 따른 공사 지체에 대하여 2009.6.15. 주식회사 OOO만원을 정산 수령하여 잡수익으로 계상한 것으로 나타난다. (라) 살피건대, 부가가치세법 제13조 제1항 에서 말하는 공급가액이란 금전으로 받는 경우 재화나 용역의 공급에 대가관계가 있는 가액 곧 그 대가를 말한다 할 것이므로 재화나 용역의 공급대가가 아닌 위약금이나 손해배상금 등을 공급가액이 될 수 없다 할 것인바(대법원 81누412, 1984.3.13. 참조), 토지구획정리사업 관련 발주처인 군포시와 청구법인은 당초 계약을 설계변경 등에 따라 7차례에 걸쳐 공사기간을 변경하였으나 공사기간 연장으로 인하여 발생한 추가간접비를 반영하지 아니한 점, 청구법인이 소송을 제기하여 법원은 공사기간의 연장은 군포시의 귀책사유로 인하여 발생하였고 이로 인한 추가간접비를 지급할 책임이 있다고 판시한 점, 토지구획정리사업 공사는 2007.2.6. 용역의 공급이 완료되고 공사대금도 확정된 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 변경도급계약서에 간접노무비 등이 직접비와 함께 반영되지 아니하고 법원의 판결로 지급받은 쟁점3금액은 독립된 용역의 제공대가로 보기는 어렵다 할 것이므로, 쟁점3금액은 재화나 용역의 공급대가가 아닌 당초 계약의 위반에 따른 위약금이나 손해배상금 성격으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점3금액을 군포 당정지구 토지구획정리사업의 도급금액의 증액 성격으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 청구법인의 임원이었던 박세권이 청구법인과 대표이사 OOO을 상대로 제기한 주식대금, 이익분배금, 퇴직위로금 등 청구소송에 대한 비용으로 청구법인의 업무와 관련된 비용도 포함되어 있으므로 안분계산하여야 한다고 주장하고 있다. (나) 2007.10.5. OOO에 따르면, 채권자인 OOO이 채무자인OOO 소유 부동산을 가압류하고, 청구법인이 2007.10.8. 위 부동산가압류와 관련한 변호사 수임료 500만원을 지급하였으며, 2009.12.3.자 지출전표에는 “OOO0만원을 김앤장 법률사무소에 지급한 것으로 기재되어 있고, 청구법인의 대체 입․출금 전표상에 기재된 내용 및 소송대금 지급 현황은 아래 <표>와 같이 나타난다. (다) 청구법인, OOO, OOO(반소), 2008.9.10.]의 소송내용을 보면, ① OOO과 대표이사 OOO간의 청구법인 주식 매도대금 OOO과 청구법인 간의 투자이익금 OOO억원에 대한 사항, ③ OOO과 OOO 간의 부당환급금 OOO만원의 반환에 대하여, OOO이 원고이자 반소피고, 청구법인은 피고, OOO은 피고이자 반소원고로서 원고의 본소 청구 및 OOO의 반소 청구를 모두 기각하였으며, OOO 기각한 것으로 나타난다. (라) OOO의 소송관련 확인서(2010.10.18.)에 의하면, OOO은 개인의 사적경비인 소송비용OOO을 법인의 일반관리비로 계상하고 부가가치세 매입세액을 공제받았다고 확인하고 있다. (마) 청구법인, 박세권, OOO간의 소송으로 인한 서울중앙지방법원의 소송비용액 확정소송OOO, 2011.10.18. 등)에 의한 소송비용계산서 내용을 보면, 청구법인과 OOO간의 소송비용은 40,882,576원이고, OOO과 박세권의 소송비용은 OOO이 발생한 것으로 나타난다. (바) 위 사실관계 등을 종합하면, 처분청은 쟁점4금액이 청구법인의 대표이사 OOO의 사적 소송비용으로 보았으나, 소송내용을 보면 원고 박OOO이 청구법인 및 청구법인 대표이사 OOO을 상대로 소송을 제기하였고, OOO은 OOO을 상대로 소송을 제기한 것으로 나타나는 점, 법원의 소송비용이 청구법인과 박세권, OOO과 OOO으로 나누어 발생하고 있는 점 등을 감안하여 볼 때, 쟁점4금액은 청구법인과 청구법인의 대표이사 OOO을 공동피고인으로 하여 제기된 소송에 대한 변호사수임료로 보이므로 이를 공동으로 안분하는 것이 타당하다 하겠다. 다만, 2007.10.8. 지급된 변호사비용 500만원은 채권자 OOO이 OOO의 부동산 압류를 위하여 지불된 비용이므로 안분금액에서 제외한다. 따라서, 소송비용으로 지출된 쟁점4금액 중 500만원을 제외한 OOO(공급가액)을 공동으로 안분하여 부가가치세 및 법인세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(5) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO로부터 회수한 쟁점5금액은 2008사업연도 대표이사 가수금으로 계상하였다가 2009사업연도에 직원에게 상여금 등 부외경비로 OOO)을 지급하였으나, 이를 장부상 대체처리하지 아니하고 대표이사 가수금반제로 기표한 것에 불과하므로 장부상 비용처리하지 아니한 쟁점5금액에 대하여 법인의 손금으로 인정하고 실제 귀속자에게 원천세를 부과하여야 한다고 주장하고 있다. (나) 청구법인의 OOO로부터 세금계산서를 수취한 후, 대금 지급 및 회수와 가수금 계정별 원장 내역은 아래 <표>와 같이 나타난다. (O) OO OOOO 공사와 관련한 OOO의 확인서(2010.10.18.)에 의하면, 청구법인이OOO주식회사로부터 수취한 세금계산서 OOO원에 대하여 2007.7.31. 당좌수표를 지급하였으나OOO만원을 회수하여 대표이사 가수금으로 기표하고 나머지는 장부상 기표하지 아니하고 현금으로 회수하여 대표이사 본인이 수령하여 사적으로 사용하였다고 확인한 것으로 나타난다. (라) 청구법인의OOO은행 계좌로 입금된 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 대표이사 OOO의 진술서(2010.10.28.)에 의하면, OOO은 국도 OOO로부터 수취한 세금계산서는 담당직원의 실수로 착오에 의한 비정상적인 지출로 판단되어 회수하였다고 진술한 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 제출한 지급내역서, 지출전표에는 2009사업연도에 아래 <표>와 같이 종업원 상여금 등을 지급한 것으로 되어 있으나 어떠한 자금으로 지급되었는지는 나타나지 아니한다. (사) 살피건대, 청구법인은 쟁점5금액을 회수하여 대표이사 가수금으로 계상하고 이를 직원 상여금 등으로 지급하였다고 주장하나, 법인이 OOO로부터 세금계산서를 수취한 후 2007.7.31. 쟁점5금액이 지급된 것으로 나타나고 있는 점, 청구법인이 쟁점5금액을 현금으로 회수한 것으로 기재되어 있으나 청구법인에 귀속된 사실이 객관적으로 나타나지 아니한 점, 청구법인은 2008.7.2.～2008.12.31. 3회에 걸쳐 OOO원을 대표자 가수금으로 계상하였다가 2009.3.23.까지 이를 반제한 것으로 나타나는 점, 직원 상여금 등은 2009.4.30.～2009.12.24. 기간 동안 지급된 것으로 되어 있어 가수금반제 금액으로 직원 상여금 등이 지급되었는지가 객관적으로 입증되지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구법인이 2007.7.31. 쟁점5금액을 지급하고 이를 회수하는 과정에서 청구법인에 귀속되었다고 보기 어렵고, 대표이사 가수금으로 계상하여 반제하는 등 실질적으로 대표이사에게 귀속된 것으로 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점5금액에 대하여 사외유출된 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.