장기요양시설 면세 전환에 따라 전환 이전에 대금을 지급한 선발행 세금계산서에 대하여 자가공급으로 보지 아니함

OOO세무서장이 2011.1.18. 청구인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구인이 2008.6.30. 이전에 노인장기요양시설 신축건물의 공사대금을 지급하고 세금계산서를 수취한 부분은 자가공급가액에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO에서 노인장기요양시설인 OOO를 운영코자 2008.3.10. 일반과세자 사업자등록 후 2008년 제1기 부가가치세 확정신고시 건물 신축관련 매입세액으로 OOO원을 환급받았고, 2008.8.12. 장기요양기관 지정을 받아 2008.10.17. 면세사업자 사업자등록을 하였다.
• 나. 처분청은 국세청의 종합감사시 청구인이 면세사업으로 전환한 2008.8.12.을 기준으로 재화의 자가공급 규정을 적용하여 부가가치세를 추징하라는 시정지시에 따라 2011.1.18. 청구인에게 2008년 제2기 부가가치세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 이에 불복하여 청구인은 2011.3.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 2008.6.25. 건축물을 신축하고 요양사업 개시를 준비하던 중 부가가치세법 시행령제29조 제13호의 신설에 따라 2008.7.1 납세자의 의지와 상관없이 면세로 전환되었고, 2008.6.25. 건물이 사실상 완공된 후 2008.8.12. 장기요양기관 지정을 받아 면세사업을 하고 있으므로 건물 매입세액 전액에 대하여 부칙의 경과조치 규정에 따라 자가공급 면제조항을 적용해야 하며, 설령 건물 준공검사일인 2008년 7월 30일을 공급시기로 본다고 하더라도 중간지급조건부계약에 따라 2008.6.30. 이전에 공사대금이 지급되고 세금계산서를 수취한 부분에 대하여는 재화의 공급이 이루어진 것으로 보아 자가공급 면제조항을 적용하여야 한다.

(2) 장기요양사업을 운영하기 위하여 2008.1.24. 가평군청에 요양사업계획서를 제출하고 2008.3.28부터 건축공사를 시작하여 2008.6.25. 쟁점건물 완공에 따른 매입세금계산서를 교부받은 것이므로 관련 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 아니하고, 처분청에서 조사한 결과 타당하다 하여 부가가치세를 환급해 준 후, 거기에 법률의 부지 및 착오가 발생하였다면 그 책임은 과세관청에 있음에도 책임을 전가하여 가산세를 적용한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 2008.8.12. 장기요양기관으로 신규 지정되어 그 이전에는 요양용역을 제공하였다고 보기 어렵고, 신축 건축물은 개정세법 시행일 이전에 과세사업에 사용하던 재화가 아니므로 2008.7.1. 시행된부가 가치세법 시행령부칙에 따라 자가공급 면제규정을 적용받을 수 없다.

(2) 2008.6.30.까지 건축물 공사대금 OOO원(공급대가) 중 OOO원만 지급되었고 잔금 OOO원은 공사의 하자로 지급을 보류한 것으로 나타나 2008.6.30. 현재 건물이 완공되지 않았다고 할 것이므로 이에 대한 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

• 가. 쟁 점 장기요양사업용 건물을 면세전환에 따른 자가공급으로 볼 것인지 여부 및 가산세 적용의 적법성 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 경우 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. 제9조【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. <개정 2003.12.30> 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제29626호로 개정된 것) 제15조【자가공급의 범위】① 법 제6조 제2항에 따라 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화(법 제17조 제2항에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 것은 제외한다) 제21조【재화의 공급시기】① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 제29조【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 가호에 규정하는 것(괄호내용 생략)으로 한다.

13. 노인장기요양보험법제2조 제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동․가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역(2008.2.22. 신설) 부칙 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제29조 제13호의 개정규정은 2008.7.1.부터 시행한다. 부칙 제9조【노인장기요양보험법에 따른 장기요양기관이 제공하는 용역에 대한 부가가치세 면제에 관한 경과조치】① 사업장 관할 세무서장은 제29조 제13호의 개정규정에 따라 부가가치세 면세사업자로 전환되는 자에 대하여는 이 영 시행 후 지체 없이 사업자등록을 말소하고, 교부한 사업자등록증을 회수하여야 한다.

② 제29조 제13호의 개정규정에 따라 부가가치세 면세사업자로 전환 되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 이 영 시행 전에 취득한 재화 를 이 행 시행 후 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 사용하는 경우에는 제15조 제1항 제1호를 적용하지 아니한다.

(3) 국세기본법 제47조【가산세 부과】① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(세목)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다. 제47조의3【과소신고가산세】① 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 노인장기요양보험법 (2007.4.27. 법률 제8403호) 제31조【장기요양기관의 지정】① 장기요양기관을 설치․운영하고자 하는 자는 소재지를 관할 구역으로 하는 시장․군수․구청장으로부터 지정을 받아야 한다.

② 제1항에 따라 장기요양기관으로 지정받고자 하는 자는 보건복지부령으로 정하는 장기요양에 필요한 시설 및 인력을 갖추어야 한다. 부칙 제1조【시행일】이 법은 2008.7.1.부터 시행한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 심리자료에 따르면 청구인의 장기요양사업 추진경과는 아래 <표 1>과 같다.

(2) 2008.4.30. 민간건설공사 표준도급계약서에 따르면 청구인과 (주)OOO은 건물 신축과 관련하여 아래와 같이 약정한 것으로 나타난다. 착공연월일: 2008.5.6. 준공예정일: 2008.6.30. 총공사금액: OOO원 (부가가치세 별도) 대금지급방법: 계약금 20%(2008.4.30. 계약), 중도금 40%(골조완료 후), 잔금 40%(시설허가 취득 후)

(3) 2008.6.24. OOO군수가 발행한 지적측량결과부에 따르면 각 지번별 건물 입지면적을 측정하기 위하여 촬영한 사진에는 건물의 외관형태는 거의 완성된 것으로 보이나, 건물 주위의 토지가 정리되지 아니하였고, 창문유리 등이 설치되지 아니하여 사용이 가능한 상태는 아닌 것으로 나타난다.

(4) 건물 신축과 관련하여 청구인의 세금계산서 수취 및 공사대금 지급 내역은 아래 <표2>와 같다.

(5) OOO군수는 2008.8.12. OOO에 대하여 노인장기요양보험법제31조 같은 법 시행규칙 제23조 제3항에 따라 장기요양기관으로 지정한 것으로 나타난다.

(6) 2010.9.20. 일반건축물대장(갑)을 보면 건물에 대하여 2008.4.16. 건축이 허가된 후 2008.5.13. 착공되어 2008.7.30. 사용승인된 것으로 나타난다.

(7) 종합하여 살피건대, 부가가치세법 시행령부칙 제9조 제2항에 따르면 기존의 요양사업자가 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 시행령 개정 전에 취득한 재화를 이 영 시행 후 면세사업을 위하여 사용하는 경우 자가공급을 면제하도록 되어 있는 바, 청구인은 2008.3.10. 장기요양 사업자등록을 한 후 2008.4.30. 도급으로 사업장 건축을 시작하여 2008.6.25. 건물신축에 대한 마지막 세금계산서를 교부받았으나 2008.7.30. 준공검사 및 2008.8.12. 요양기관 지정을 받기 전인 2008.7.1. 요양사업이 면세로 전환되었으며, 이 사실관계를 부칙 제9조에 비추어 보면, 개정령 시행일 현재 면세전환자로 보기는 어려우나 2008.8.12. 면세사업(요양사업)의 지정을 받았으므로 면세사업이 추가되는 사업자로 볼 수 있고, 준공된 재화를 개정령 시행 후 면세사업에 사용하고 있으므로 2008.6.30. 이전에 취득한 재화에 대하여는 자가공급 규정을 적용하지 아니할 수 있을 것이나 2008.7.30. 준공검사일을 공급시기로 보면 사업장 건물을 개정령 시행일 전에 취득한 재화로 보기는 어렵다 할 것이다. 다만, 부가가치세법제9조 제3항에 재화의 공급시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서를 교부하는 경우 그 교부하는 때를 재화의 공급으로 보도록 하고 있으므로 2008.6.30. 이전에 공사대금을 지급하고 세금계산서를 수취한 부분에 대하여는 재화의 공급이 이루어진 것으로 보아 개정령 부칙 제9조 제2항에 따라 자가공급으로 보지 아니함이 타당한 것으로 판단된다. 한편, 부가가치세 매입세액의 환급 이후 부가가치세를 추징하면서 부과하는 가산세는 관련 법령에 따라 일반적으로 적용되는 것으로서 청구인에게 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있는 것으로 보이지 아니하므로 관련 가산세 부과는 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.