경정청구기한을 경과하여 제기한 경정청구를 거부한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 중부지방국세청장이 청구법인에 대하여 유통과정추적조사를 실시하여 청구법인이 2007년 제1기 공급가액OOO원, 2007년 제2기 공급가액 OOO원, 2008년 제1기 공급가액 OOO원, 2008년 제2기 공급가액 OOO원, 2009년 제1기 공급가액OOO원 합계OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다) 및 2008년 제1기 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 실물거래 없이 가공으로 수수한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 나. 처분청은 통보받은 과세자료를 근거로 하여 2010.8.2. 세금계산서기재불성실가산세를 가산하고 쟁점매출세금계산서 매출액 중 쟁점매입세금계산서 매입금액을 초과하는 금액을 공제받지 못할 매입금액으로 가산하여 부가가치세 2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분OOO원, 2008년 제2기분 OOO 원, 2009년 제1기분 OOO원, 합계 OOO원을 경정․고지하였
• 다. 다. 청구법인은 2010.12.8. 쟁점매출세금계산서에 의하여 신고․납부한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구에 대하여 처분청은 2011.1.3. 경정․결정이 있는 날부터 90일 이내 청구를 하지 아니하였다는 이유로 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.27. 이의신청을 거쳐 2011.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 가공매출세금계산서에 대하여 세금계산서불성실가산세만을 경정하였고 세금계산서상의 매출세액을 납부하였음에도 환급하는 경정을 하지 아니함에 따라 그 납부세액의 환급을 구하는 경정청구는 처분청이 경정한 바 없는 것이므로 법정신고기한 경과 후 3년 이내에는 얼마든지 경정청구가 가능한데도, 결정 또는 경정으로 인하여 해당처분이 있음을 안 날부터 90일이 경과하여 제기한 경정청구라 하여 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 경정청구는 중부지방국세청장이 청구법인에 대하여 실시한 유통과정추적조사 결과에 의하여 경정된 것으로 처분청이 경정한 바 없다는 청구법인의 주장은 타당하지 않으며, 경정청구기한은 결정 또는 경정으로 인하여 해당처분이 있음을 안 날부터 90일 이내 로 보아야 하므로 청구기간이 경과하여 이를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 가공매출로 확정된 쟁점매출세금계산서에 의하여 신고․납부한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구에 대하여 결정 또는 경정으로 인하여 해당처분이 있음을 안 날부터 90일이 경과하였다는 사유로 거부한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 ｢유통과정조사 종결보고서｣ 및 부가가치세 경정결의서 등에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 가공매출에 따른 조사적출사항은 2007년 제1기OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 합계 OOO원이며, 가공매입에 따른 조사적출사항은 2008년 제1기 OOO원이고, 가공매출․매입세금계산서의 합계는 OOO원이다. (나) 2010.8.2. 청구법인에게 고지한 세금계산서불성실가산세(2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 합계 OOO원)는 가공 매입․매출금액 OOO원의 2%에 해당한다. (다) 부가가치세 경정결의서에 의하면 가공매출금액 상당의 과세표준과 매출세액을 감액하면서 조사적출사항에 나타나지 아니하는 동일한 금액을 공제받지 못할 매입금액과 매입세액에 각각 가산하여 가산세만 차감고지세액으로 하여 경정․고지하였다.

(2) 청구법인은 1993.8.2. 개업하여 의료장비와 시약을 국내․국외에 판매하고 있고, 유통과정조사 대상기간인 2007년 제1기부터 2009년 제1기까지 과세기간 마다 OOO원 이상의 매출과세표준을 신고하였으며, 납부한 부가가치세는 2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원 등으로 확인된다.

(3) 청구법인이 제기한 심판청구 이유서에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가)국세기본법제45조의2(경정 등의 청구) 규정을 해석함에 있어서 경정청구기간 3년이 경과하기 전에 후발적 사유가 발생한 경우에는 그 사유 등이 발생한 것을 안 날로부터 90일 내에 후발적 경정청구를 하지 않더라도 당초 경정청구기간 내에는 경정청구를 할 수 있기에 적법하게 경정청구를 한 것이므로 청구기간이 경과하였다하여 거부통지를 한 처분은 부당하다. (나) 처분청이 가공매출세금계산서에 대하여 세금계산서불성실가산세만을 경정하면서 이미 납부한 매출세액을 경정을 하지 아니하여 그 납부세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였는바, 이는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에는 얼마든지 경정청구가 가능한데도, 가산세 고지처분이 있음을 안 날부터 90일이 경과하였다는 이유로 거부한 처분은 부당하다.

(4) 국세통합전산망에 의하면 청구법인으로부터 가공매입세금계산서를 교부받은 거래처인 주식회사 OOO은OOO원을, 주식회사OOO은OOO원을, 주식회사 OOO은 OOO원을, OOO 주식회사는 OOO원을 가공거래와 관련하여 공제받았던 부가가치세를 세무조사 이후 추가로 납부하였다.

(5) 처분청의 답변서 등 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 2011.3.24. 결정된 중부지방국세청장의 이의신청 결정서에 의하면 ‘쟁점매출세금계산서와 관련한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구는 납세자의 신의성실에 의하여 받아들여 질 수 없는 것으로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.’고 결정하였다. (나) 경정청구기한은국세기본법제45조의2 ‘결정 또는 경정으로 인하여 해당처분이 있음을 안 날부터 90일 이내’로 보아야 할 것이므로 경정청구기간을 법정신고기한 후 3년으로 할 수 있다는 청구내용은 타당하지 않아 당초의 거부통지는 정당하다.

(6) 청구법인은 2010.8.2. 2007년 제1기～2009년 제1기분 부가가치세 OOO원의 고지서를 수령하고 2010.12.8. 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일이 도과되었음을 이유로 2011.1.3. 경정청구를 거부하자 심판청구를 제기하였다. (7)국세기본법제45조의2 제1항에는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있으며, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(7) 위 사실관계를 종합하면, 청구법인은 가공매출세금계산서에 해당하는 납부세액을 처분청이 경정한 바 없어 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 경정청구가 가능하므로 이를 거부함은 부당하다고 주장하나, 중부지방국세청장의 유통과정추적조사 결과에 의하여 처분청이 가산세를 경정․고지한 점, 경정청구기한은 결정 또는 경정으로 인하여 해당처분이 있음을 안 날부터 90일 이내이나 청구법인은 그 기한을 경과하여 경정청구를 제기한 점 등을 감안할 때, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.