대토 감면규정의 적용에 있어 종전농지의 양도일로부터 1년이 되는 날이 휴무토요일인 경우, 다음 월요일이 취득기간의 종기에 해당함.

○○○세무서장이 2010.9.18. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 135,670,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2006.12.15. ○○○(답과 전 6,852㎡로 이하 “종전농지”라 한다)를 양도한 후, 2007.2.28. 양도소득 과세표준 예정신고시조세특례제한법제70조 규정에 의거 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청(감면세액 1억원)을 하였고, 2007.12.17. ○○○ 소재 답 4,098㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 3억 1,000만원에 취득하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 종전농지의 양도일부터 1년이 경과하여 쟁점농지를 취득하였고, 이는 농지대토에 대한 양도소득세 감면 요건을 충족하지 아니한 것이라 하여, 2010.9.18. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 135,670,000원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.3. 이의신청을 거쳐 2011.3.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 시행령제162조 제1항 제2호에 의하면 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 자산의 양도차익 계산을 위한 양도 또는 취득의 시기로 보고 있는 바, 종전농지의 양도일부터 1년이 되는 기간의 말일이 휴무토요일인 경우 그 말일에는 등록세 수납업무나 등기접수업무가 행하여지지 아니하고 있으므로 그 다음 월요일에 대체농지에 관한 소유권이전등기가 접수되었다면 종전농지를 양도한 날부터 1년 이내에 대체농지를 취득한 것으로 보아야 하며, 만약 이와 같이 보지 않는다면 청구인은 기간의 말일 전날인 금요일까지 쟁점농지의 취득에 관한 등기신청을 하였어야 한다는 것인데, 이는 법으로 보장한 1년간의 대체농지 취득시기가 등록세 수납업무 및 등기접수업무의 토요일 휴무라는 사정으로 인하여 사실상 줄어드는 결과가 되고, 이는 종전농지 처분일부터 1년이 되는 날이 일요일인 경우 그 다음날인 월요일까지의 등기접수일을 유예기간에 포함시키는 것에 비하여 불리하게 되어국세기본법제18조 제1항 즉 “세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다”는 세법해석의 기준에 어긋나게 되며, 토요 휴무제는 2005.7.1.부터 시행되었고, 기한의 특례를 규정한국세기본법제5조는 2006.4.28. 개정되어 휴무토요일을 추가하였으나국세기본법제4조에 따라 기간을 정하는 기준인 민법제161조는 2007.12.21.에야 “기간의 말일이 토요일 또는 공휴일에 해당한 때에는 기간은 그 익일로 만료한다”고 개정되어, 제도의 시행시점과 이에 필요한 관련법의 개정시점 사이에 발생한 이 건과 같은 경우에 있어 그 입법적 미비로 인한 불이익을 전적으로 납세자에게 부담시키는 것은 부당하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 종전농지의 양도일부터 1년 이내에 쟁점농지를 취득하였는지 여부를 판단함에 있어서 기간의 계산은국세기본법제4조 및 민법제161조를 적용하여야 할 것인데, 관공서의 토요휴무제가 2005.7.1.부터 시행되었다 할지라도 휴무토요일은민법제161조(2007.12.21. 법률 제8720호로 개정되기 전의 것)에서 규정하는 공휴일에 포함되지 않으므로, 종전농지의 양도일(2006.12.15.)로부터 1년 이내에 해당하는 기간의 만료일은 2007.12.15.이며, 이 날이 휴무토요일에 해당한다고 하여 달리 볼 사항은 아니라고 판단되고, 또한 토지매매계약서상 잔금지급일이 2007.12.17.인 점, “매도인은 매수인으로부터 매매대금의 잔금을 수령함과 동시에 매수인에게 소유권 이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 이전등기에 협력하며, 부동산을 2007년 12월 17일에 인도한다”라고 기재되어 있는 점, 2008.10.29. 처분청이 청구인에게 잔금지급일을 확인할 수 있는 서류를 요청하는 ‘과세자료 소명안내문’을 발송하였음에도 불구하고 실제 잔금지급일을 입증하지 못한 점 등으로 보아, 이 건 쟁점농지의 실제 취득일(잔금청산일)은 2007.12.17.인 것으로 판단되므로, 종전농지의 양도일부터 쟁점농지를 취득한 시점이 1년을 경과한 것으로 보아 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 부인하고 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세를 고지한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용에 있어 종전농지의 양도일부터 1년이 되는 날이 휴무토요일인 경우, 그 후 도래하는 월요일을 대체농지 취득기간의 종기로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것 (3) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (4) 국세기본법 제4조 【기간의 계산】 이 법 또는 세법에 규정하는 기간의 계산은 이 법 또는 그 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 의한다. 제5조【기한의 특례】

① 이 법 또는 세법에 규정하는 신고·신청·청구 기타 서류의 제출·통지·납부 또는 징수에 관한 기한이 공휴일·토요일 또는근로자의 날 제정에 관한 법률에 따른 근로자의 날에 해당하는 때에는 공휴일·토요일 또는 근로자의 날의 다음 날을 기한으로 한다. (5) 민법 제157조 【기간의 기산점】 기간을 일, 주, 월 또는 년으로 정한 때에는 기간의 초일은 산입하지 아니한다. 그러나 그 기간이 오전영시로부터 시작하는 때에는 그러하지 아니하다. 제159조【기간의 만료점】 기간을 일, 주, 월 또는 연으로 정한 때에는 기간말일의 종료로 기간이 만료한다. 제160조【역에 의한 계산】

① 기간을 주, 월 또는 년으로 정한 때에는 력에 의하여 계산한다.

② 주, 월 또는 년의 처음으로부터 기간을 기산하지 아니하는 때에는 최후의 주, 월 또는 년에서 그 기산일에 해당한 날의 전일로 기간이 만료한다.

③ 월 또는 년으로 정한 경우에 최종의 월에 해당일이 없는 때에는 그 월의 말일로 기간이 만료한다. 제161조【공휴일 등과 기간의 만료점】 기간의 말일이 토요일 또는 공휴일에 해당한 때에는 기간은 그 익일로 만료한다.(2007.12.21. 법률 8720호로 개정된 것) 제161조【공휴일 등과 기간의 만료점】 기간의 말일이 공휴일에 해당한 때에는 기간은 그 익일로 만료한다.(2007.12.21. 법률 8720호로 개정되기 전의 것)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고내역을 보면, 청구인은 종전농지○○○를 2006.12.15. 양도한 후 2007.2.28. 아래 <표1>의 내용과 같이 양도소득세를 신고하면서 농지대토 감면신청을 한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 쟁점농지○○○의 취득일이 종전농지의 양도일부터 1년을 경과하였다 하여, 아래 <표2>와 같이 양도소득세를 경정·결정한 것으로 양도소득세 결정결의서상 나타난다.

(3) 쟁점농지의 등기부등본상 주요 기재사항을 보면, 청구인은 쟁점농지를 2007.12.17. 매매를 원인(2007.12.11.)으로 하여 취득한 것으로 나타나고, 쟁점농지 취득관련 매매계약서의 주요내용을 보면, 제1조에서 매매대금은 3억 1,000만원이며, 계약금 3,000만원은 계약시에 지불하고, 잔금 2억 8,000만원은 2007.12.17. 지불한다고 기재되어 있고, 제2조에서 매도인은 매수인으로부터 매매대금의 잔금을 수령함과 동시에 매수인에게 소유권 이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 이전등기에 협력하며, 위 부동산을 2007.12.17.에 인도한다고 기재되어 있으며, 특약사항에서 잔금지급일은 상호합의하에 조정할 수 있다고 기재되어 있고, 이 건 토지매매계약서 작성일은 2007.12.11.이며, 쌍방측 중개인이 모두 기재된 것으로 나타난다.

(4) 한편, 쟁점농지 취득과 관련하여 종전농지 양도일부터 1년이 되는 기간의 계산에 있어 기산일은 2006.12.16.이고 1년의 만료일은 2007.12.15.인 사실에 다툼은 없고, 2007년도 달력을 보면, 2007.12.15.은 토요일인 것으로 확인된다.

(5) 처분청이 제출한 과세자료 소명 안내문(발송일자: 2008.10.29.) 에 의하면, 청구인이 종전농지 양도 후, 2007.12.17. 쟁점농지를 취득하여 1억원을 감면결정하였으나, 취득계약서 및 등기접수일에 의한 양도일로부터 1년을 경과하여 쟁점농지를 취득하여 감면요건에 해당 없는 것으로 판단되므로 쟁점농지의 실제취득일 확인이 가능한 서류(잔금지급 관련서류 등)를 제출하여 소명하여 달라고 안내한 사실이 확인된다.

(6) 처분청 담당공무원이 작성한 재산제세 비과세·감면 및 공제 사후관리카드를 보면, “2007.10.30. 재촌·자경중으로 계속 사후관리, 2008년 5월 자료 미결정으로 계속 사후관리, 2008년 10월 자료 미결정으로 계속 사후관리, 2009년 7월 재촌·자경중으로 계속 사후관리, 2010년 1월 재촌·자경중으로 계속 사후관리”하는 것으로 기재되어 있다.

(7) 청구인이 이 건 과세와 관련하여 “기한이 휴무토요일인 경우 월요일로 연장되는지 여부”를 기획재정부 장관에게 질의한데 대해 기획재정부 장관은 “종전의 농지를 2006.12.15. 양도하고 다른 농지를 2007.12.17. 취득한 경우에는국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제4조와민법(2007.12.21. 법률 제8720호로 개정되기 전의 것) 제161조에 따라조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것) 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)가 적용되지 아니한다”고 회신(조세정책과-618, 2011.5.24.)한바 있고, 기획재정부 장관은 청구인의 상기 질의와 관련하여 사전에 법무부장관(법무심의관)에게민법제161조와 관련한 질의(조세정책과-475, 2011.4.20)를 하였고, 법무부장관(법무심의관)은 “본 건 기한이 문제되는 2007.12.17.까지는 아직 개정민법이 시행되지 않아 개정전 민법이 적용되며 공휴일에는 토요일은 포함되지 아니하고, 본 건의 경우 개정 전민법제161조에 따라 2006.12.16.부터 1년의 기간이 만료되는 날은 2007.12.15.가 되는 것”이라고 회신(법무심의관실-4655, 2011.5.20.)한 사실이 관련 공문상 나타난다.

(8) 살피건대, 이 건 양도소득세 과세와 관련된 특례기간 계산의 경우,국세기본법제4조 규정에 따라민법제161조가 적용되어야 할 것인데, 관공서의 토요휴무제가 2005.7.1.부터 시행되었고 이에 따라 국세기본법제5조의 기한의 특례규정이 2006.4.28. 개정되었음에도민법제161조는 2007.12.21.에야 개정되었는바, 이는 법령개정이 제도시행보다 늦게 이루어졌음에도 입법미비로 인해 납세자들에게 기간이익이 박탈되는 결과를 초래하여 불합리한 것으로 보여지는 점, 종전농지 양도일부터 1년이 되는 기간의 말일이 휴무토요일인 경우 그 말일에는 등록세 수납업무나 등기접수업무가 행하여지지 아니하고 있으므로 그 다음 월요일에 쟁점농지에 관한 소유권이전등기가 접수되었다면 종전농지를 양도한 날부터 1년 이내에 쟁점농지를 취득한 것으로 보는 것이 경험칙상 타당하다고 보여지는 점(대법원 2011.6.24. 선고 2010두2081 판결 참조)에서, 이 건의 경우 청구인이 종전농지 양도일인 2006.12.15.부터 1년 이내에 쟁점농지를 취득한 것으로 보아 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하는 것이 타당하다 하겠다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.