재활용폐자원 및 중고품을 공급하는 자가 비사업자 또는 미등록사업자로 간이과세 배제기준에 해당하지 아니하고 1역년 공급대가가 48백만원을 초과하는 경우 재활용폐자원 매입세액 공제를 받을 수 없으며 근로자의 1역년 공급대가가 48백만원에 미달한 경우 재활용폐자원 매입세액 공제가 가능함.
재활용폐자원 및 중고품을 공급하는 자가 비사업자 또는 미등록사업자로 간이과세 배제기준에 해당하지 아니하고 1역년 공급대가가 48백만원을 초과하는 경우 재활용폐자원 매입세액 공제를 받을 수 없으며 근로자의 1역년 공급대가가 48백만원에 미달한 경우 재활용폐자원 매입세액 공제가 가능함.
○○○세무서장이 2010.8.19. 청구인에게 한 2008년 제2기분 부가가치세 14,998,450원은 이를 청구인이 ○○○으로부터 매입한 6,176,510원에 대하여조세특례제한법제108조 제1항의 규정에 의한 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제특례를 적용하여 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각한다.
○ 부가가치세법 제25조 【간이과세】
① 직전 연도의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만원 이상 같은 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하여는 제4장부터 제6장까지의 규정에도 불구하고 이 장의 규정에 따라 부가가치세를 부과ㆍ징수한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자
2. 업종, 규모, 지역 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업자
② 직전 연도 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 시작한 개인사업자에 대하여는 그 사업 개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가를 합한 금액을 12개월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항을 적용한다. 이 경우 1개월 미만의 끝수가 있을 때에는 이를 1개월로 한다.
③ 신규로 사업을 시작하는 개인사업자는 사업을 시작한 날이 속하는 연도의 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액에 미달될 것으로 예상되는 경우에는 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록과 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
④ 제3항에 따른 신고를 한 개인사업자는 최초의 과세기간에는 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤ 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 시작한 날이 속하는 연도의 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서는 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제28조 제1항에 따라 결정 또는 경정한 공급대가가 제1항에 따른 금액 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다.
○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】
① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우
○ 부가가치세법 시행령 제74조 의 2 【간이과세 및 일반과세의 적용시기】
① 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항의 규정에 의한 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다.
② 제1항의 경우에 해당 사업자의 관할세무서장은 법 제25조에 따라 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시당일까지 발급하여야 한다.
③ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용한다. 다만, 부동산임대업을 영위하는 사업자의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 일반과세자에 관한 규정을 적용한다.
④ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용한다.
⑤ 간이과세자가 제74조 제2항에 규정하는 사업을 신규로 겸영하는 경우에는 당해 사업의 개시일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 간이과세자에 관한 규정을 적용하지 아니한다.
⑥ 법 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장(이하 이 조에서 “기준사업장”이라 한다)의 1역년의 공급대가가 제74조 제1항의 규정에 의한 금액에 미달하는 경우에는 제1항에서 규정한 기간동안에 기준사업장과 법 제25조 제1항 제1호의 규정에 의하여 일반과세로 전환된 사업장에 대하여 간이과세에 관한 규정을 적용한다. 다만, 법 제25조 제1항 제1호의 규정에 의하여 일반과세로 전환된 사업장의 1역년의 공급대가가 제74조 제1항의 규정에 의한 금액 이상이거나 법 제25조 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑦ 간이과세자가 법 제30조의 규정에 의한 간이과세포기신고를 하는 경우에는 일반과세를 적용받고자 하는 달이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 당해 사업장외의 사업장에 대하여 간이과세자에 관한 규정을 적용하지 아니한다.
⑧ 간이과세자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받는 사업장을 신규로 개설하는 경우에는 당해 사업개시일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 간이과세자에 관한 규정을 적용하지 아니한다.
⑨ 기준사업장이 폐업되는 경우에는 법 제25조 제1항 제1호의 규정에 따라 일반과세로 전환된 사업장에 대하여 기준사업장의 폐업일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 간이과세자에 관한 규정을 적용한다. 다만, 법 제25조 제1항 제1호의 규정에 따라 일반과세로 전환된 사업장의 1역년의 공급대가가 제74조 제1항의 규정에 따른 금액 이상이거나 법 제25조 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
○ 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】
① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 국가, 지방자치단체 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 2013년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 106분의 6(중고자동차에 대해서는 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 110분의 10을, 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 109분의 9를 각각 적용한다)을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법제17조 제1항에 따른 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.
② 제1항에 따라 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 경우에는 부가가치세 확정신고를 할 때 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대해서는 100분의 90을 적용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 발급받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액은 제외한다)을 뺀 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 부가가치세법 제18조 에 따른 예정신고 및 같은 법 제24조 제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제19조에 따른 확정신고를 할 때 정산하여야 한다.
③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】
① 법 제108조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 자”란 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.
③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.
1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자
2. 자동차관리법에 따라 자동차매매업등록을 한 자
3. 한국환경공단법에 따른 한국환경공단
4. 제4항 제2호의 중고자동차를 수출하는 자
5. 기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 기획재정부령이 정하는 자
④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 “재활용폐자원등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.
1. 재활용폐자원(각 목 생략)
⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 다음 각호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.
1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우에는 그의 성명)
⑥ 제5항의 규정에 의한 매입세액의 공제에 관하여는 부가가치세법 시행령 제60조 제1항 의 규정을 준용한다.
(1) 청구인은 2008년 1기부터 2009년 2기까지의 과세기간 중 미등록사업자 등으로부터 재활용폐자원을 매입하여조세특례제한법제108조의 규정에 의한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였으며, 처분청에서는 청구인에 대한 현지확인 결과 쟁점매입액은 일반과세자 등으로부터 매입한 금액으로조세특례제한법제108조의 규정에 해당하지 않는 것으로 보아 부가가치세 2008년 1기분 21,036,330원, 2008년 2기분 18,973,030원, 2009년 1기분 2,534,990원, 2009년 2기분 476,760원, 합계 43,021,110을 경정·고지하였으며, 청구인의 이의신청에 따라 청구인이 미등록사업자의 1역년의 공급대가가 48백만원을 초과하는지를 알 수 없는 상황이었던 것으로 보아 가산세 2008년 1기분 5,112,986원, 2008년 2기분 3,974,589원, 2009년 1기분 441,687원, 2009년 2기분 64,480원을 직권 취소하였음이 처분청에서 제출한 심리자료에 나타난다.
(2) 청구인의 간이과세 판정기준 및 처분청에서 재활용폐자원 매입세액 공제를 배제한 내역은 아래 표와 같다.
○○○ ※ 위 표의 진하게 표시된 금액외에는 청구인과 처분청간 다툼이 없다. ※ ①, ②: 청구인은 2006년 2기 공급대가 및 연간 환산가액이 48백만원에 미달하고 2007년의 공급대가가 48백만원을 초과하므로 2008년 2기 과세기간부터 일반과세자의 적용을 받으므로 2008년 1기 거래분에 대하여는 의제매입세액 공제대상이라고 주장한다. ※ ③, ④, ⑤: 청구인은 2007년까지의 공급대가 및 연간 환산가액이 48백만원에 미달하고 2008년의 공급대가가 48백만원을 초과하므로 2009년 2기 과세기간부터 일반과세자의 적용을 받으므로 2008년 거래분 및 2009년 1기 거래분은 공제대상이라고 주장한다. (3) 부가가치세법 시행령제25조 제2항의 규정에 의하면 직전연도 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 시작한 개인사업자에 대하여는 그 사업 개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가를 합한 금액을 12개월로 환산한 금액을 기준으로 하여 간이과세자 여부를 판정하도록 하고 있으며, 제5항에는 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 시작한 날이 속하는 연도의 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 따른 금액(연간 48백만원)에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서는 간이과세자로 한다고 규정하고 있는 바, 처분청 및 청구인이 제출한 자료에는 공급자의 사업개시일이 확인되지 아니한다.
(4) 처분청은 청구인이 2008년 제2기 ○○○으로부터 매입한 6,716,510원에 대하여 ○○○은 근로소득자로서 실제 거래한 사실이 없는 것으로 판단하였으나, 근로소득자라는 사실외에는 달리 이를 입증할 근거서류는 제출하지 못하고 있으며, ○○○은 ○○○(대표자 ○○○, 비철고철 도매업)에서 2008년 귀속 근로소득 총급여액 23,900,000원을 수령한 근로자인 것으로 처분청의 심리자료에 나타난다.
(5) 위 사실관계 및조세특례제한법제108조 등 관련법령을 종합하여 보면, 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 1역년 공급대가가 48백만원에 미달하는 간이과세자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하는 경우에 한하여 매입세액 공제특례규정에 따라 매출세액에서 당해 매입세액을 공제할 수 있는 것이므로 위 재활용폐자원 및 중고품을 공급하는 자가 과세사업을 영위하는 일반사업자이거나 1역년 공급대가가 48백만원 이상인 경우에는 위 매입세액 공제특례규정에 따른 매입세액 공제대상이 아니라고 하겠는바, 청구인은 청구인에게 재활용폐자원을 공급한 미등록사업자들의 1역년의 공급대가가 4,800만원을 초과하여 매입세액을 공제할 수 없다고 하더라도 그 불공제시기는 부가가치세법 시행령제74조의2 제1항에 따라 위 공급행위가 있었던 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간이 되어야 할 것이지 공급행위가 있었던 그 당해 과세기간에 불공제할 것은 아니라고 주장하나, 이 건 미등록사업자들은 모두 1역년의 공급대가 합계액이 48백만원을 초과하는 사람들로서 간이과세자가 아니고(위 미등록사업자들이 사업자등록을 하지 아니한 이상 이들을 일반 간이과세자나 간이과세적용신고자라고 할 수도 없다), 간이과세 및 일반과세의 적용시기에 관한 규정은 사업자등록을 마친 사업자로서 간이과세자에 해당되게 되었거나, 간이과세자에 해당되었다가 간이과세자에 해당되지 아니하게 되는 자에 대하여 적용되는 것으로서, 사업자등록을 마치지도 아니하였고 간이과세자에 해당되었던 것으로 보기도 어려운 이 건 미등록사업자들에게 적용될 것은 아니라 할 것이다.(서울고등법원 2008누27157, 2009.5.20. 같은 뜻임) 따라서 ○○○ 외 4명은 1역년의 공급대가가 48백만원 이상인 것으로 확인되는 이상 청구인이 2008년 제1기 ○○○ 외 4명으로부터 공급받은 매입액 192,645,350원, 2008년 제2기 ○○○ 외 2명으로부터 공급받은 매입액 102,742,520원 및 2009년 제1기 ○○○으로부터 공급받은 매입액 35,901,590원에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 다만, ○○○의 경우에는 청구인에게 공급한 금액이 48백만원에 미달하고, ○○○은 근로소득자인 것으로 확인되며, 달리 실지 거래가 없었다는 사실이 확인되지 않으므로 ○○○으로부터 매입한 6,176,510원에 대하여는조세특례제한법제108조 제1항의 규정에 의한 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제특례를 적용하여야 할 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.