사실과 다른 세금계산서를 수취했다 하더라도 실제 매입사실이 확인되는 경우, 종합소득세 필요경비로 인정할수 있는 것임.

1. ○○○세무서장이 2011.1.7. 청구인에게 한 종합소득세 2008년 귀속분 24,078,390원, 2009년 귀속분 459,222,500원, 합계 483,300,890원의 부과처분은 이를 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2002.3.11. ○○○에서 ○○○(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 주유소를 개업하여 운영하다가 2010.4.30. 폐업한 사업자이다.
• 나. 중부지방국세청장이 청구인의 매입처인 (주)○○○(이하 “쟁점1법인”이라 한다)를 조사한 결과 동 법인을 자료상으로 확정하고, 청구인이 쟁점1법인으로부터 수취한 2009년 제1기 367,536천원, 2009년 제2기 516,945천원 합계 884,481천원(공급가액, 이하 “쟁점1거래” 또는 “쟁점1세금계산서”라 한다)을 가공거래자료로 처분청에 통보하였으며, ○○○세무서장이 청구인의 또다른 매입처인 (주)○○○(이하 “쟁점2법인”이라 한다)을 조사한 결과, 해당 거래처로부터 수취한 세금계산서인 2008년 제2기 61,945천원, 2009년 제1기 43,109천원 합계 105,054천원(이하 “쟁점2거래” 또는 “쟁점2세금계산서”라 한다)를 가공거래자료로 통보함에 따라, 처분청은 쟁점1․2거래를 가공거래로 보아 해당 매입세액을 불공제하고 종합소득세 필요경비에서 차감하였으며, 여기에 2006년 제1기～2006년 제2기 세금계산서 불일치자료에 의한 매출누락분을 포함하여 2011.1.7. 부가가치세 2006년 제1기분 1,135,420원, 2006년 제2기분 678,880원, 2008년 제2기분 11,165,580원, 2009년 제1기분 71,788,850원, 2009년 제2기분 87,518,780원 합계 172,287,510원과 종합소득세 2006년 귀속분 4,126,720원, 2008년 귀속 24,078,390원, 2009년 귀속 459,222,500원 합계 487,427,610원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2002.3월부터 쟁점사업장을 시작하여 ○○○ 직영주유소로 운영하면서 ○○○로부터 유류를 공급받았는데, 2008년말 자금난에 허덕이던 중 ○○○ 보다 가격이나 대금지급 조건이 유리한 쟁점1․2법인과 거래를 시작하였으며, 거래시마다 거래명세서, 출하전표, 세금계산서를 교부받았으며 대금지급은 텔레뱅킹을 통하여 해당법인의 계좌에 입금하였다. 처분청은 쟁점1․2거래를 가공거래라 하나, 청구인은 가공이란 말이 무엇인지도 모르며, 쟁점1․2법인은 석유제품 일반대리점으로 등록된 업체로서 청구인은 첫 거래시 사업자등록증 및 석유판매업 등록증을 제시받아 정상사업자임을 확인하고 나서, 유류를 주문하여 판매하고 대금을 정산하였는데, 도대체 무엇이 잘못된 것인지 이해할 수 없으며, 만일 쟁점1․2법인과의 거래가 전무하다면 2009년도 매출총이익율이 무려 32.66%에 달하게 되는 비정상적인 상황이 된다. 처분청은 쟁점1․2법인이 자료상으로 검찰에 고발되었다는 것을 중요한 과세근거로 보고 있으나, 검찰조사결과 2009.10.30. 쟁점2법인이 무혐의 처분을 받았으며, 또한, 처분청은 청구인에 대해서도 조세범처벌법 위반혐의로 고발하였으나 검찰조사결과 2011.3.30. 무혐의 통지를 받은 사실로 보아 본 건 부가가치세 및 종합소득세의 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 중부지방국세청장이 쟁점1법인을 조사한 결과, 쟁점1법인은 사무실만 보유한 사업자로 유류저장시설 및 유류수송차량이 전혀 없는 것으로 확인되었으며, 조사 착수 당시 사무실에는 매출․매입세금계산서, 2009년도에 발행된 출하전표, 출하전표 용지 3박스와 기본적인 비품만 있을 뿐 수개월 동안 수백억원의 매입․매출을 신고한 내역과 관련한 거래처별 매입․매출장부와 거래처 수금현황 및 운전기사 등에 대한 자료는 전혀 없는 것으로 보아 정상적인 유류도매업자로 볼 수 없는 것으로 확인된다.

○○○세무서장이 쟁점2법인에 대하여 조사한 결과, 사업장은 폐문 상태이었으며 임대인 방○○○에게 확인한 바 임대차 계약이후 사무실을 사용한 적이 없는 것으로 확인되었고, 유류저장 시설물의 임대인인 (주)○○○과 운송차량의 임대인인 ○○○(주)에게 확인한바 임대차 계약서만 작성하고 실제 이용한 사실이 전혀 없는 것으로 확인된다. 따라서, 쟁점1․2거래는 가공거래로 판단되므로 이에 대하여 해당 매입세액을 불공제하고 종합소득세 계산시 필요경비에서 제외한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점1․2거래를 가공거래로 보아 해당 매입세액을 불공제한 처분의 당부

② 쟁점1․2거래를 가공거래로 보아 해당 거래금액을 종합소득세 필요경비에서 제외한 처분의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분, 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제53조【세금계산서】

① 법 제16조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소 2의2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

7. 제6조의3에 따라 사업자단위과세의 승인을 얻은 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호

② 재화 또는 용역을 공급받는 자가 사업자가 아닌 경우에는 법 제16조 제1항 제2호의 등록번호에 갈음하여 제8조 제2항의 규정에 의하여 부여받는 고유번호 또는 공급받는 자의 주소·성명 및 주민등록번호를 기재하여야 한다.

③ 사업자는 법 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항과 기타 필요하다고 인정되는 사항 및 국세청장에게 신고한 계산서임을 기재한 계산서를 국세청장에게 신고한 후 교부할 수 있다. 이 경우 동 계산서는 법 제16조제1항에 의한 세금계산서로 본다. 제60조【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우 (3) 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. (4) 소득세법 시행령 제55조 【부동산임대소득등의 필요경비의 계산】① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제 외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 2006년 제1기～2006년 제2기 세금계산서 불일치자료에 의하여 확인된 ○○○ 및 ○○○에 대한 매출누락분에 대하여 2011.1.7. 청구인에게 부가가치세 2006년 제1기분 1,135,420원, 2006년 제2기분 678,880원과 2006년 귀속 종합소득세 4,126,720원을 경정․고지하였으며, 이에 대하여 청구인은 이를 본 건 심판청구서상 처분의 내용란에는 기재하였으나, 불복의 이유란에는 아무런 언급을 하지 아니하여 심리에서 제외하였다 (2)청구인의 부가가치세 신고 및 경정내역과 부가율 현황은 <표1>과 같다. <표1> 부가가치세 신고 및 경정내역과 부가율 현황 (단위: 천원, %) 과세기간 구 분 신고금액 부가율 경정금액 부가율 전국평균부가율 2008.2기 매출액 2,549,868 5.5 2,549,868 7.9 7.30 매입액 2,408,513 2,346,568 2009.1기 매출액 1,947,580 4.5 1,947,580 25.6 7.68 매입액 1,858,276 1,447,631 2009.2기 매출액 1,734,771 3.2 1,734,771 33.0 7.68 매입액 1,678,678 1,161,733

(3) 중부지방국세청장이 2009년 8월부터 2010년 1월까지 쟁점1법인에 대하여 자료상 조사를 실시한 후 작성한 조사복명서의 주요내용은 다음과 같다. (가) 2009년 제1기 부가가치세 확정신고 후, 자료상긴급게시판에 게시된 석유 도소매업체인 (주)○○○(속칭 폭탄업체)를 이용한 석유류 자료상 혐의로 조사하게 되었음 (나) 사업장에 대한 조사 쟁점1법인은 사무실 사업자로 유류저장시설 및 유류수송차량이 전혀 없는 것으로 확인되며, 조사착수 당시 사무실에는 매출․매입세금계산서, 2009년도에 발행된 출하전표, 출하전표 용지 3박스와 기본적인 비품만 있을 뿐 수개월 동안 수백억원의 매입․매출 관련하여 거래처별 유류매입․매출 관련장부와 거래처 수금현황 및 운전기사 등에 대한 상세자료는 전혀 없는 것으로 보아 정상적인 유류도매업자로 볼 수 있는 여지가 없음 (다) 대표자 조사 대표이사인 김○○○은 유류딜러 생활을 3년 정도 하다가 법인 사업자등록을 내었으며, 과거 사업자이력으로는 2000년경에 유흥주점을 두 번 정도 운영한 이력이 있고, 그 외 별다른 체납 및 불성실이력은 없는 것으로 확인되며, (주)○○○의 실질적인 역할은 하부자료상으로서, 중간 자료상들로부터의 지시에 따라 출하전표 및 세금계산서 발행 업무와 금융조작업무만을 담당했던 것으로 추측됨 (라) 관련 직원 조사 유류 운전기사인 박○○○은 쟁점1법인이 사용한 용차 중 전체운송량의 약 15%정도를 차지하고 있는 차량○○○의 운전기사로 면담을 시도하기 위해 ○○○에 출장을 나가 입구에서 기다리던 중, 상기 차량이 출차되는 것을 확인하여 차를 세운 뒤 박○○○에게 행선지를 묻자 ○○○에 있는 주유소로 간다는 대답을 듣고 소지하고 있는 출하전표를 확인한 바, 출하전표상의 주문자는 서울 서초에 있는 주유소로 확인이 되어 연유에 대해 수차례 진술을 듣기를 요청하였으나 끝내 거부하고 유류운송차량을 고양저유소에 주차한 뒤 사라졌으며 현재는 쟁점1법인의 운송업무를 그만둔 상태라고 함 (바) (주)○○○와 대표이사 김○○○은 실물거래 없이 가공세금계산서를 발행․수취한 것으로 확인되어 특정범죄가중처벌법 등에 관한 법률 제8조의 2 조세범처벌법 제11조 의 2 제4항을 위반하였기에 조세범처벌절차법 제9조 제3항 에 의거 고발 조치하고 직권폐업 의뢰함으로써 조사 종결함

(4) ○○○세무서장의 쟁점2법인에 대한 조사내용은 다음과 같다. (가) 사업장 및 시설물 등에 대한 조사

○ 사업장인 ○○○는 폐문 상태로 임대인 방○○○에게 확인한 바 임대차 계약이후 사무실을 사용한 적이 없는 것으로 확인됨

○ 유류저장 시설물 임대인 (주)○○○ 및 운송차량 임대인 ○○○(주)에게 확인한바, 임대차 계약서만 작성하고 실제 거래사실이 전혀 없는 것으로 확인됨 (나) 대표자 및 관련인에 대한 조사

○ 2009.3.2. 대표자 배○○○ 및 관련인 3인○○○에게 장부제시 및 출석요구서를 발송하였으나 수취인 미거주 등으로 전부 반송됨

○ 매출처에 대한 조사중에 확인된 대표자 배○○○의 핸드폰○○○으로 전화연결한 바, 전 대표자 국○○○이 수신하고 자진출석하여 매입, 매출 거래증빙(세금계산서 및 입,출금전표)을 제출하면서 국○○○ 자신이 (주)○○○의 실제 사업자임을 시인

(5) 처분청의 쟁점사업장에 대한 조사내용은 다음과 같다.

○ 사업자 조사 4대정유사에서 유류를 출고할 때에는 출하전표와 함께 주문한일반대리점이나 주유소에서 요청한 지정된 운반차량에 유류를 출하하고 있고, 원 출하전표를 유류도착지에 전달함에도 불구하고 유류도착 당시에 원 출하전표를 확인하지 않았고 운송기사로부터 쟁점1․2법인이 발행한 출하전표만을 수령하였다고 함

(6) 청구인이 제출한 증빙서류 (가) ○○○ 검사장이 2011.3.30. 통보한 청구인에 대한 피의사건 처분결과 통지서 및 2009.10.30. 통보한 쟁점2법인에 대한 피의사건 처분결과 통지서를 보면 조세범처벌법위반에 대하여 ‘혐의없음’으로 기재되어 있다. (나) 쟁점1․2법인의 대표이사가 쟁점1․2거래가 사실임을 확인한다는 내용의 확인서와 쟁점1․2거래에 따른 유류대금을 해당 법인 명의의 통장에 입금한 금융증빙을 제시하였다. (다) 쟁점1법인은 2009.1.8. ○○○세무서장에게 도매 석유류업에 대한 사업자등록증을 교부받았고, 2009.1.14. ○○○로부터 석유판매업(일반대리점)등록증을 교부받았다. (라) 쟁점1거래에 대한 출하전표를 보면, 발행자 및 출하지는 쟁점1법인, 도착지는 쟁점사업장으로 나타나고, 쟁점2거래에 대한 출하전표도 발행자 및 출하지는 쟁점2법인, 도착지는 쟁점사업장으로 기재되어 있으나, 전표고유번호, 정유사명, 출하시각 등은 기재되어 있지 아니하였다.

(7) 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은 쟁점1․2거래가 실제 거래이므로 해당 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 쟁점1법인에 대하여 중부지방국세청장이 조사한 내용을 보면, 사무실만 보유한 사업자로 유류저장시설 및 유류수송차량이 전혀 없는 것으로 확인되고, 관련 증빙자료도 전혀 보관하고 있지 아니한 것으로 나타나는 점, 쟁점2법인에 대하여 ○○○세무서장이 조사한 내용을 보면, 사업장은 폐문 상태로 임대차 계약이후 사무실을 사용한 적이 없고, 유류저장 시설물도 임대차 계약서만 작성하고 실제 사용한 사실이 없는 것으로 확인된 점, 통상적으로 정상적인 경로로 유통되는 석유류는 정유사에서 발행한 출하전표에 전표고유번호, 정유사명, 출하시각, 도매상명, 도착지가 사실대로 기재되어 유류의 유통경로를 알 수 있고 사후검증이 가능한데, 청구인이 제출한 출하전표는 전표고유번호가 없고 실제 출하되는 정유사 및 출하시간 등도 표시되지 아니한 사실로 보아 쟁점1․2법인이 출하전표양식을 모방하여 작성한 것으로 보이는 점 등을 감안하여 볼 때, 쟁점1․2세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(8) 쟁점②에 대하여 본다. 처분청은 쟁점1․2거래가 가공거래이므로 해당 금액을 종합소득세의 필요경비로 공제할 수 없다는 의견을 제시하고 있다 살피건대, 쟁점1․2거래를 가공거래로 볼 경우 쟁점사업장의 부가율이 2008년 제2기 7.9%, 2009년 제1기 25.6%, 2009년 제2기 33.0%로 전국평균부가율에 비하여 지나치게 높아지는 점, 청구인이 쟁점1․2거래에 대한 유류대금을 입금한 내역이 금융자료에 의하여 확인되고 당해 입금액이 청구인에게 반환된 사실이 달리 나타나지 않는 점, 거래명세서 등에 거래된 물량 및 가액 등이 상세히 기재되어 있고 제출증빙간 기재내역이 일치하고 있는 점 등을 감안하여 볼 때, 청구인이 쟁점1․2거래금액에 상당하는 유류를 실제 매입한 것으로 보여지므로 동 금액을 필요경비에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.