양도인 명의의 예금계좌로 이체된 양도가액 중 출금 사실을 들어 주장하나 귀속자자 불분명하므로 실제양도가액으로 인정할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 비상장법인인 ○○○의 대표이사 겸 대주주로서 본인 소유의 ○○○ 주식 2,805,000주(○○○ 발행주식 3,120,000주의 89.9%로서 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 ○○○에게 매매대금 10,788,001,950원에 양도한 것으로 하여 2010.5.31. 양도소득세 납부세액을 938,300,195원으로 신고하였다가, 2011.1.7. 쟁점주식 실지 양도가액이 3,596,150,250원이라는 이유로 기신고한 양도소득세를 228,975,200원으로 감액경정하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2011.2.7. 청구인이 경정청구한 쟁점주식의 양도가액이 사실임을 입증할 증빙이 없다는 이유로 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 ○○○의 최대주주이자 대표이사로서 1994년 1월경부터 ○○○을 운영하여 왔으나 2008년부터 매출감소와 연구개발비의 증가로 자금난을 겪고 있는 와중에 당시 ○○○에너지로부터 쟁점주식 양도 및 경영권보장 제안을 받고 이에 응하여 2009.2.5. 청구인 등 ○○○의 주주들은 ○○○에너지와 동 법인이 제3자 배정방식의 유상증자를 통하여 발행할 40억원(발행가액 기준) 상당의 주식을 대금으로 받고 ○○○ 발행주식 전부를 양도하기로 약정한기본합의서를 작성하였고, 이 계약에 따라 청구인 등은 ○○○에너지에 주식을 전부 양도하면서 양도대금으로 ○○○에너지의 신주를 배정받기 위하여 ○○○ 등 10인을 지정하여 통보한 후 위 10인 명의로 개설된 증권계좌를 통하여 총 10,256,410주를 배정받고 이를 40억원에 양도하였다. 그러나 ○○○에너지는 주식양도대금을 120억~140억원으로 하고 그 대금도 현금을 지급하는 내용의 이면계약서 작성을 요구함에 따라 자금 조달이 급선무였기 때문에 이에 응하여 2차례의 이면계약서를 작성하게 되었고 동 이면계약서가 실제 계약내용과 다르다는 사실은 기본합의서 등에서 40억원을 초과하는 부분에 대한 세금을 규정하고 있거나, 기본합의서 등이 주식 양수도 계약서보다 우선함을 상호확인한 내용 등에 의하여 확인된다. 따라서, 쟁점주식을 ○○○에너지에 양도하고 받은 양도대금은 3,596,150,250원이므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 기본합의서 등에 기재된 양도가액을 실제 양도가액이라고 주장하면서, 본인 등 주주가 지정하는 10인의 명의로 ○○○에너지의 신주를 배정받기로 하였다고 하나, 이를 입증할 증빙을 제출하지 못하고 있는 반면, 처분청에서 ○○○에너지로부터 제출받은 입금증에 의하면 2009.4.30. ○○○은행을 통하여 청구인에게 10,788,460,000원 등 합계 120억원이 입금된 사실이 확인될 뿐 아니라 외부기관인 ○○○회계법인에 의뢰하여 2009.4.13. 위 양도가액에 대한 평가를 받은 결과도 가액이 적정하다는 것으로 나타났으므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주식 양도가액이 당초 신고한 10,788,001,950원인지, 아니면 경정청구한 3,596,150,250원인지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2) 국세기본법 제14조 【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 과세표준 신고서 및 경정청구서의 내용은 <표1>과 같은바, 최초 양도소득세 신고시 청구인은 2009.4.14.자 주식양수도계약 수정합의서를 제출하면서 ○○○ 발행주식 전체 3,120,000주를 120억원에 양도한 것으로 하여 쟁점주식 양도가액을 산출(쟁점주식은 ○○○ 발행주식의 89.9%이므로 쟁점주식 양도가액은 총 양도가액 중 동 비율 상당액이며 이하 같다)하였는데, 경정청구시에는 2009.3.12.자 합의서를 제출하면서 ○○○ 발행주식을 40억원에 양도한 것으로 하여 쟁점주식 양도가액을 산출하고 경정청구를 제기하였다.

(2) 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 근거는 다음과 같다. (가) 청구법인은 이 건 경정청구시 2009.3.12.자 합의서 이외 주장을 입증할 객관적 증빙을 제출하지 못하였고, 처분청에서는 쟁점주식 양수자인 ○○○에너지에게 주식양수계약서, 외부평가기관이 평가한 ○○○ 주식평가서, 거래금융증빙 등 쟁점주식양수관련 서류의 제출을 요청하였다(재산세2과-719, 2011.3.8.). (나) 이에 대하여 ○○○에너지에서 제출한 증빙은 다음과 같다.

1. 2009.3.13. 주식양수도계약서 및 2009.4.14.자 주식양수도계약 수정합의서에 의하면, 당초 2009.3.13. 청구인 등과 ○○○에너지는 ○○○ 발행주식 전부를 독립된 외부평가기관의 평가를 거쳐 140억원에 양도하기로 합의하고 대금은 동 법인의 제3자 배정방식의 유상증자를 통해서 지급하기로 하였다가 2009.4.14. 양수가액을 120억원으로 하향조정하기로 합의하였다.

2. 입금증 3매에 의하면, ○○○에너지에서 2009.4.30. 청구인에게 10,788,460,000원(○○○은행, 계좌번호: 103-01-004xxx-x), ○○○ 합계 120억원을 송금한 것으로 나타난다.

3. 당시 주권상장법인이었던 ○○○에너지는 당초 2009.3.13. ○○○ 주식 전부를 140억원에 양수한다는 사실을 공시하였다가 2009.4.14. 이를 120억원에 양수하기로 한 사실을 수정공시한 것이 금융감독원 전자공시시스템 자료에 나타난다.

4. ○○○에너지가 ○○○ 주식을 양수하는 과정에서 가격(120억원)의 적성성 여부 판단을 하기 위하여 ○○○회계법인과 2009.2.15. 계약을 체결하고 2009.4.13. 제출받은 평가의견서에는 양수가액(주당: 3,846원)이 현금흐름할인법에 의한 ○○○의 주당 가치(1,818원~6,191원) 범위 내에 있는 것으로 기재되어 있다.

(3) 처분청의 경정청구 거부처분에 대하여 청구인이 제출하고 있는 증빙은 다음과 같다. (가) 청구인 등 ○○○ 주주와 ○○○ 간에 체결된 기본합의서(2009.2.5.) 및 청구인 등 ○○○ 주주와 ○○○에너지 간에 체결된 합의서(2009.3.12.)에는 당초 청구인 등 ○○○ 주주는 ○○○ 발행주식 및 경영권을 ○○○이 지명하는 자에게 40억원에 양도하고 그 대금은 ○○○이 인수예정인 ○○○에너지의 제3자 배정 유상증자 시 발행가액기준 40억원에 상당하는 주식을 배정하는 방식으로 지급하기로 약정하였다가, 2009.3.12. ○○○에 대한 가치평가보고서가 나온 후 ○○○ 주식에 대한 계약을 체결하고 청구인 등이 ○○○ 경영권을 가지며, 주식양도 대금은 ○○○에너지 주식(제3자 배정 유상증자 신주 발행가액 기준 40억원)을 배정받는 방식으로 지급받으며, 청구인 등이 실제 지급받은 40억원 이외의 세금은 양수자가 책임을 지고 이러한 내용의 합의서는 2009.3.13. 체결될 주식 양수도 계약서보다 우선하기로 약정한 것으로 나타나는데, 그 이후 작성된 2009.3.13자 주식양수도계약서(쟁점주식 포함 양도가액 140억원), 2009.4.14.자 주식양수도계약 수정합의서(쟁점주식 포함 양도가액 120억원)는 ○○○에너지의 요구에 따라 작성한 것이라는 주장이다. (나) 위 (2)-(나)-2)에서 적시한 바와 같이 ○○○에너지에서 청구인 등 ○○○ 주주계좌로 합계 120억원을 이체한 사실과 관련하여, 청구인이 제시한 청구인, ○○○ 명의 ○○○ 거래내역 및 출금전표 등에 의하면, ○○○에너지에서 2009.4.30. 청구인 명의 위 ○○○은행 예금계좌 입금한 쟁점주식 양도대금 10,788,460,000원은 같은 날 ○○○ 명의 예금계좌로 각 4,788,460,000원, 3,000,000,000원, 3,000,000,000원이 이체된 후 같은 날 모두 수표로 인출된 것으로 나타나고, ○○○ 명의 ○○○ 거래 내역 등에 의하면 ○○○의 계좌에 입금되었던 각 557,690,000원, 653,850,000원 또한 같은 날 ○○○의 계좌로 이체되었다가 같은 날 전액 수표로 출금된 것으로 나타나는데, 이에 대하여 청구인은 쟁점주식 거래계약을 주선한 ○○○이 위 대금을 회수하였다는 주장이다. (다) 한편, 청구인은 제출한 ○○○ 등 10인의 ○○○거래내역에 의하면, 2009.5.12. 위 10인의 증권계좌로 ○○○에너지 주식 합계 10,256,410주가 입고되었다가 단기간에 양도○○○된 사실이 나타나나, 동 10인의 계좌에서 출금된 주식양도대금의 귀속이 확인되지 아니하며, 양도가액 또한 청구인이 주장하는 주당 390원 이상이 다수인 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인은 청구인 등 ○○○ 주주들이 발행주식 전부를 합계 40억원에 양도하였다고 주장하고 있으나, 청구인은 당초 위 주식을 합계 120억원에 양도한 것으로 하여 양도소득세 신고를 하였으며, 거래상대방인 ○○○에너지 또한 외부평가기관의 평가를 거쳐 이를 120억원에 양수한 사실을 공시하였을 뿐 아니라 동 금액 상당액의 자금을 주주들에게 이체한 금융증빙 등을 제출하고 있고, 이에 대하여 청구인은 본인 등의 예금계좌로 이체된 120억원이 출금된 사실을 제시하고 있으나 동 금액의 귀속자가 구체적으로 확인되지 아니하며 본인 등이 실제 수령하였다고 주장하는 40억원에 대하여도 제출한 ○○○ 등 10인 명의 증권계좌에 ○○○에너지 주식이 입고되었다고 양도된 사실이 확인될 뿐 동 주식양도대금 귀속주체 및 양도가액(다수가 청구인이 주장하는 주당 390원을 초과한다)도 불명확한 이상 이러한 증빙들을 이유로 하여 청구인의 당초 신고 및 거래상대방의 확인내용을 부인할 수는 없다고 할 것이다. 따라서, 처분청에서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.